요지

원고가 피합병법인에게 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올리 수 있는 무형의 재산적 가치가 있다고 인정하였다고 볼 만한 사정이 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

  피고가 2015. 3. 24. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 9,991,555,400원(일반과소신고가산세 611,050,441원, 납부불성실가산세 3,321,625,419원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

  제1심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거에다 가 이 법원에 추가로 제출된 증거들을 보태어 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정

당한 것으로 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결 제11면 제1행의

‘5,700원’을 ⁠‘5,690원’으로 고치고, 피고가 항소이유로 특별히 강조하거나 새로이 한 주장에 대한 판단을 아래 제2항에 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 피고의 주장의 요지

(1) 의약품 제조업 및 판매업을 영위하는 CCCC은 간질환 치료제인 KKK를 대표 상품으로 하여 동종업계에서 차별화된 기술력을 보유하고 있는 회사로, 탄탄한 판매망 및 영업구조를 가지고 있고, 재무구조가 건실하며 성장가능성이 높았다. 이에 원고는 이 사건 합병을 통하여 의약품 제조업에 진출하여 CCCC의 영업상 비밀 등 을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 평가하여 이 사건 합병대가를 산정하였다. 따라서 이 사건 영업권이 구 법인세법상의 합병평가차익에 해당함을 전제 로 한 이 사건 처분은 적법하다(이하 위 주장을 ⁠‘제1주장’이라 한다).

(2) 원고는, 2015. 5. 11. 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당함을 전제로 그 감가상각비를 2011 내지 2014 사업연도의 손금에 산입하는 내용의 경정청구를 하였고(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다), 피고는 위 청구를 그대로 인용해주었다. 그럼에도 이 사건에서 원고의 주장이 인정된다면, 원고는 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당하지 않음을 이유로 2009 사업연도의 세액을 환급받게 되는바, 이러한 원고의 청구는 피고의 신뢰를 저버리는 것으로 신의성실의 원칙에 위배된다(이하 위 주장을 ⁠‘제2주장’이라 한다).

나. 제1주장에 대한 판단

(1) 관련 법리

영업권이라 함은 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치를 의미하는 것이다. 한 회사가 다른회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익율을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아 무방하다(대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결).

또한 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다(대법원2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등).

(2) 구체적인 판단

피고는, CCCC이 가지고 있는 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로서 △ 우수의약품 제조 및 품질관리기준 적격업체 승인(KGMP), △ CCCC 및 그 자회사(DDDDDD)가 보유한 의약품 관련 지적재산권, △ 높은 매출신장률 및 영업이익률, △ 기타 의약품 연구개발 능력, 영업망, 기술 인력 등을 제시하였다.

그러나 제1심판결이 설시한 사실 및 사정들에다가, 갑 제5 내지 8, 13, 14호증, 을 제2, 13, 26호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들까지 종합하여 보면, 피고가 주장하는 위와 같은 사정들만으로는 이 사건 합병당시 CCCC에게 특별히 동종 산업의 다른 기업들의 통상수익보다 높은 수익을 얻을 수 있는 초과수익력이 있는 영업권의 가치가 인정되어 원고가 CCCC의 영업권에 대하여 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급하였다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 우수의약품 제조 및 품질관리기준 적격업체 승인(KGMP)는 피고 주장에 의하더라도 의약품 제조업을 영위하기 위하여 필수적으로 요구되는 자격인바, 의약품 제조업을 영위하는 법인에게 있어 위 승인이 ⁠‘동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치’에 해당한다고 보기 어렵다.

② 피합병회사인 CCCC이 보유하고 있었던 지적재산권의 가치는 CCCC의 순자산을 공정가액으로 계산하는 과정에서 무형자산에 대한 항목에서 별도로 평가되었던 것으로 보인다(을 제2호증 2009사업연도 감사보고서 13면 등 참조).또한 CCCC의 자회사 DDDDDD가 보유한 지적재산권이나 개발 중인 신약에 대하여, 원고가 ⁠‘이 사건 합병 이후 유의미한 성과를 낸 경우는 없으며 그 연구개발내용의 대부분이 일반 제네릭 의약품(복제약)이므로 사업상 가치가 없다’고 다투고 있음에도 피고는 그 목록을 나열할 뿐 구체적인 사업상 가치에 대하여는 별다른 설명을 하지 않고 있다.

③ 갑 제13호증의 기재에 의하면 CCCC을 비롯한 중소제약사들의 평균매출액과 영업이익률은 아래 표와 같은데, 이에 따르면 2004 내지 2008 연도의 CCCC 매출액은 오히려 중소제약사들의 평균 및 중간값에 미치지 못하며, 그 영업이익률도 다른 중소제약사들의 평균 및 중간값보다 현저히 높다고도 할 수 없다.

④ 이 사건 합병 당시 CCCC의 주가는 지속적인 하락세였던 점(갑 제6호증),원고의 합병가액은 11,089원인 반면 CCCC의 합병가액은 3,367원으로 원고의 주가가 3배 가량 높게 평가되고 있었고1) 이에 기초하여 합병비율이 1 : 0.303634로 산정되기도 한 점(갑 제5호증 합병신고서 15, 16면) 등에 비추어 보더라도, CCCC의 영업권에 대한 사업상 가치 평가가 높게 이루어질만한 상황이었다고 보기 어렵다.

⑤ 원고는 2007, 2008년에 적자 상태였다가 이 사건 합병이 있었던 2009년 다시 흑자로 전환되었다. 그러나 원고가 이 사건 합병 당시 특별히 자본잠식 상태에 있었던 것은 아니고, 원고는 2009년 주식회사 AAAA SSSS(이하 ⁠‘AAAA SSSS’라 한다)와 독점판매권 계약을 체결하는 등 호재가 복합적으로 작용하는 상황이었으므로, 원고가 2009년에 흑자로 전환된 것이 CCCC의 초과수익력 때문이라고 단정하기 어렵다.

⑥ CCCC의 2008년 자산총계는 39,149,058,843원이었는데, 그 중 매출채권은12,521,625,024원, 유형자산은 10,407,100,777원, 무형자산은 338,325,678원, 기타비유동자산은 1,448,538,741원으로, CCCC이 특별히 영업권의 가치가 높은 기업구조를영위하고 있었다고 보기는 어렵다(갑 제14호증 CCCC 2009 감사보고서).

⑦ 이 사건 합병에 대한 합병신고서 중 ⁠“Ⅳ. 영업 및 자산의 내용”(갑 제5호증21면)에도 ⁠“해당사항 없습니다”라고 기재되어 있을 뿐인 점, 원고는 이를 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 영업권의 가액을 익금에 산입하지 않고 세무상 감가상각비로 손금처리 하지도 않은 점 등을 더하여 보더라도, 이 사건 합병당시 별도로 영업권으로서 사업상 가치가 평가된 자산이 있었다고 볼 수 없다. 한편, 피고는 원고가 이 사건 처분 이후에 2015 내지 2017 사업연도 귀속 법인세신고를 하면서 영업권 감가상각비를 손금 산입하였으므로 원고가 이 사건 영업권을 세법상의 영업권으로 인식한 것이라고도 주장한다. 그러나 △ 이는 이 사건 합병 및 이 사건 처분 당시로부터 약 6년이 경과한 이후의 사정인 점, △ 원고는 이 사건영업권의 감각상각비를 손금 산입하기 시작한 시기에 즈음한 2015. 5. 12. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2016. 10. 5. 이 사건 소송을 제기한 점 등에 비추어 보면, 원고가 위와 같이 영업권 감가상각비를 손금산입하게 된 것은 2015. 3. 24. 이 사건 처분이 내려진 것을 계기로 이 사건 처분에 따른 법인세를 납부하는 것으로 소송결과가 나올 경우의 자금상의 부담을 감소시키기 위해 취한 조치로 보일 뿐, 원고가 실제로 이 사건 영업권의 초과수익력에 따른 사업상 가치를 평가한 것이라고 보기는 어렵다.

⑧ KKK의 판매량 및 점유율에 관한 을 제6, 7호증 등의 자료는 이 사건 합병이후의 사정이어서 이 사건 합병 당시 위 KKK 상호에 어떤 초과수익력이 있었다는사실을 뒷받침할 근거가 된다고 할 수 없다. 오히려 원고는 2008년 10월 AAAA SSSS와 독점 판매권 계약을 체결하여 이미 의약품 판매에 대한 유통권을 확보하고 있었던 점(갑 제7호증), 언론 등 매체에서도 이 사건 합병에 대하여 ⁠“그저 그런 회사였던 CCCC은 AAAA에 인수된 후 급격한 변화를 맞았다”거나 ⁠“AAAA 후광효과”라고 평가하기도 한 점(갑 제8호증, 을 제26호증) 등을 더하여 보면, 이 사건 합병 이후 중심적인 영업망 등을 구축한 것은 AAAA SSSS의 영업기반에 기초한 것으로 보인다.

다. 제2주장에 대한 판단

(1) 관련 법리

납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인바(대법원 1999. 11.26. 선고 98두17968 판결 참조), 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용된다고 할 것이고, 더구나 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다(대법원1997. 3. 20.선고 95누18383 전원합의체 판결, 대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두6300판결 등 참조).

(2) 구체적인 판단 을 제35호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2015. 5. 11. 피고에게 2011 내지 2014사업연도의 감가상각비를 세무조정을 통하여 손금산입하고 이를 해당 사업연도의 과세표준에서 공제하는 취지로 이 사건 경정청구를 하였고, 피고는 위 경정청구에 따라 약 5,636,000,000원(= 2011 내지 2014 사업연도 각 약 1,409,000,000원)을 손금산입하고 관련 법인세액 732,906,683원(=2011년 310,075,904원+ 2012년140,943,592원 + 2013년 140,943,594원 + 2014년 140,943,593원)을 환급한 사실은인정된다.

그러나 원고가 이 사건 처분 이전에는 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당하지 않음을 전제로 익금에 산입하지도 않았고 그 감가상각비를 손금으로 산입하지도 아니하였다는 점을 감안하면, 원고가 2015. 5. 11. 이 사건 경정청구를 하게 된 것은 피고가 2015. 3. 24. 이 사건 영업권이 감가상각자산인 영업권으로서 합병평가차익에 해당하므로 해당 금액을 2009 사업연도의 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입하여야 한다는 이유로 이 사건 처분을 하였던 것이 원인이 된 것으로 보인다. 또한 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호는 ⁠‘행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결 등이 확정된 경우 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다’고 해석되고, 같은 항 제1호의2는 ⁠‘제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 다른 과세기간에 대해서도 경정결정이나 그 밖의 필요한 처분을 할 수 있다’고 해석된다. 위 규정에 의하면, 이 사건 영업권의 세법상 영업권 해당 여부에 관한 이 사건 처분이 취소되는 판결이 확정될 경우, 피고는 이 사건 처분에 따른 원고의 경정청구에 따라 2011 내지 2014 사업연도와 관련하여 환급한 법인세액 부분을 다시 돌려받을 수 있도록 경정결정 등을 할 수 있다고 볼 여지가 있다. 앞서 본 바와 같은 사정들을 종합하면, 원고의 이 사건 청구가 이 사건 경정청구에 반한다고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기도 어렵다 할 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 06. 25. 선고 서울고등법원 2018누64247 판결 | 국세법령정보시스템