요지

법인세 추징세액이 발생하였다고 하더라도 세목을 달리하는 양도소득세 환급세액을 법인세 추징세액에서 당연히 충당할 수 없는 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고는 원고에게 1,452,520,510원 및 이에 대하여 2019. 8. 28.부터 2020. 9. 24.까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 2017. 1. 31. 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 7,100,000,000원에 양도하고, 2017. 3. 31. 피고에게 2017년 귀속 양도소득세(이하‘이 사건 양도소득세’라 한다)로 1,816,883,070원을 신고․납부하였다.

나. 원고는 2017. 10. 23. 피고 산하 ○○세무서장으로부터 구 국세기본법(2017. 12.19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로서 승인을 받고, 2018. 3. 26. ○○세무서장에게 2017 사업연도 법인세(이하 ⁠‘이 사건 법인세’라 한다)를 신고하면서 당기순이익 4,405,288,399원에 고유목적사업비용 2,239,529,240원을 익금산입하고, 유형자산 처분이익(고유목적) 5,693,023,000원을 손금산입하여 산출된 세액 161,300,029원에서 이 사건 양도소득세 기납부세액 1,816,883,084원을 차감한 –1,655,583,055원을 납부할 세액으로 신고한 뒤, 2018. 3. 27. 이 사건 양도소득세 1,816,883,070원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, ○○세무서장은 국세기본법 제45조의2 제3항에 따른 통지기간 2개월이 지나도록 아무런 통지를 하지 않았다(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다).

다. 원고는 2019. 3. 8. ○○세무서장을 상대로 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 소(수원지방법원 2019구단6776)를 제기하였고, ○○세무서장은 위 소송 계속 중인2019. 8. 27. 원고에게 아래와 같이 통지하였다.

라. ○○세무서장이 이 사건 거부처분을 직권으로 취소한 2019. 8. 27. 기준으로 원고에게 환급하여야 할 금액은 이 사건 양도소득세 기납부세액 1,816,883,070원 및 이에 대한 환급가산금 48,906,510원 합계 1,865,789,580원이다.

마. ○○세무서장은 2019. 8. 28. 원고에게 413,269,070원(환급가산금 10,151,080원포함)을 환급하였는데, ○○세무서장이 원고에게 보낸 ⁠‘국세환급금 통지서’에 세목은 ⁠‘법인세’, 환급사유는 ⁠‘착오초과납부’로 각 기재되어 있었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1호증, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

가. 원고의 주장

○○세무서장은 2019. 8. 27. 이 사건 거부처분을 직권으로 취소하였으므로 원고에게 이 사건 양도소득세 기납부세액 1,816,883,070원 및 이에 대한 환급가산금 48,906,510원 합계 1,865,789,580원을 전액 반환하여야 한다. 그런데 ○○세무서장은 원고에게 413,269,070원만 환급하고 나머지 1,452,520,510원(= 1,865,789,580원 – 413,269,070원)을 지급하지 않고 있으므로, 피고는 부당이득반환으로 원고에게 1,452,520,510원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

나. 피고의 주장

○○세무서장은 이 사건 거부처분의 직권취소와 더불어 원고가 이 사건 법인세 신고 당시 유형자산처분이익(고유목적) 5,693,023,000원을 손금산입한 것과 관련하여 이를 배제하는 경정결정을 함으로써 이 사건 법인세 추징세액이 발생하였는바, ○○세무서장은 이 사건 거부처분의 직권취소로 발생한 이 사건 양도소득세 환급세액을 이 사건 법인세 추징세액에서 충당하고 남은 금액을 원고에게 모두 환급하였으므로, 이 사건 양도소득세 환급세액 중 피고가 부당이득으로 반환할 금액은 남아있지 않다.

3. 판단

가. 원고의 청구원인에 대하여

위 기초사실에 의하면, 특별한 사정이 없는 한 피고는 원고에게 ○○세무서장의 이 사건 거부처분의 직권취소에 따라 환급하여야 할 이 사건 양도소득세 기납부세액 및 환급가산금 중 미지급분 1,452,520,510원(= 1,865,789,580원 – 413,269,070원) 및 이에 대한 2019. 8. 28.부터의 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

나. 피고의 주장에 대하여

1) 법인세법 제70조, 같은 법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제109조에 따르면, 세무서장이 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 납부고지서에 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지해야 그 결정 또는 경정의 효력이 발생하는데, 가사 ○○세무서장이 2019. 8. 27. 이 사건 거부처분의 직권취소를 할 당시 원고가 이 사건 법인세 신고 당시 유형자산 처분이익(고유목적) 5,693,023,000원을 손금산입한 것을 배제하여 이 사건 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였다고 하더라도, 을 제1호증만으로는 ○○세무서장이 원고에게 납부고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 이 사건 법인세의 과세표준과 세액에 대한 경정결정을 고지한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 양도소득세 환급세액을 가지고 충당할 수 있는 이 사건 법인세 추징세액 자체가 발생하였다고 볼 수 없다.

2) 가사 2019. 8. 27. 이 사건 법인세 추징세액이 발생하였다고 하더라도, 세목을 달리하는 이 사건 양도소득세 환급세액을 이 사건 법인세 추징세액에서 당연히 충당할 수는 없고, 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제51조 제2항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항에 따라 ○○세무서장은 이 사건 양도소득세 환급세액을 이 사건 법인세 추징세액에 충당한다는 결정을 하고 이를 문서로써 원고에게 통지하였어야 하는데, ○○세무서장이 위와 같은 조치를 취한 사실을 인정할 만한 아무런 증거가 없다.

3) 따라서 피고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

다. 소결

1) 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다. 이 때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의·악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 국세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그 중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 등 참조).

2) 따라서 피고는 원고에게 이 사건 양도소득세 환급세액 중 미지급분 1,452,520,510원 및 이에 대하여 이 사건 거부처분의 직권취소일 다음날인 2019. 8. 28.부터 이 사건 소장 송달일인 2020. 9. 24.까지는 민법이 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울중앙지방법원 2021. 06. 10. 선고 서울중앙지방법원 2020가합580649 판결 | 국세법령정보시스템