요지

부가가치세법은 전단계세액공제 제도를 채택하고 있어, 매출 발생을 전혀 예정하고 있지 않은 지주회사업을 영위하면서 그 매입세액을 모두 공제해 달라고 하는 것은 부가가치세의 체계에 어긋남

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한 별지 1 처분목록 ⁠‘불복세액’란 기재 금액의 각 부가가치세 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 사업목적과 수익 내역

1) 원고는 금융지주회사법에 따라 설립된 금융지주회사로, 금융업을 영위하는 자회사의 지배 내지 경영관리, 자금지원 등을 사업목적으로 하고 있다.

2) 원고는 2014년 제1기부터 2019년 제1기까지 각 부가가치세 과세기간 동안 자회사 주식(지분) 보유에 따른 배당수익, 금융상품 보유 내지 자회사에 대한 자금지원에 따른 이자수익(이하 이자수익 중 자회사에 대한 자금지원에 의한 것을 ⁠‘대여이자 수익’이라

한 다 ) , 상표(이하 ⁠‘이 사건 상표’라 한다)의 상표권자인 **은행으로부터 지급받은 이른바 브랜드관리 위탁수수료(이하 ⁠‘이 사건 수수료’라 한다)와 노후서버 기기 매각료 등을 포함한 기타수익을 얻었다.

나. 원고의 부가가치세 신고납부

1) 원고는 위 각 과세기간에 관한 부가가치세 신고납부 과정에서 매출세액이 있는 것으로 신고하면서도, 자회사에 대한 자금지원 업무가 구 부가가치세법 시행령(2020. 2.11. 대통령령 제30397호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)1) 제40조 제2항에 따른 면세용역에 해당하고 원고의 사업 전체가 면세사업임을 전제로 매입세액 전부를 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 신고하였다.

2) 구체적인 신고내역은 아래와 같다.

다. 원고의 감액경정청구와 피고의 경정거부처분 등

1) 원고는 ⁠‘당초 신고한 불공제분 매입세액 중 그룹공통경비(계열사 분담분) 관련 매입세액, 자동차 관련 매입세액, 접대비 관련 매입세액을 제외한 나머지 매입세액은 과세사업인 지주회사업(한국표준산업분류 분류코드 64992)에 관련된 것이므로 매출세액에서 전부 공제되어야 한다’며 2019. 7. 25. 2014년 제1기분 부가가치세에 관해, 2019. 9. 16. 2014년 제2기부터 2019년 제1기까지 각 부가가치세에 관해 별지 1 처분목록 ⁠‘경정청구액’란 기재 금액의 환급을 구하는 취지의 각 감액경정청구를 하였다.

2) 피고는 ⁠‘과세매출에 대응하는 매입세액의 확인이 불가하다’며 2020. 1. 2. 내지2020. 1. 6. 위 각 감액경정청구를 모두 거부하였고(이하 통틀어 ⁠‘당초 처분’이라 한다), 원고는 2020. 3. 31. 조세심판원에 당초 처분에 대한 심판청구를 하였다.

3) 조세심판원은 2021. 11. 8. ⁠‘부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 따라 ① 과세기간별로 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세사업에 대한 공급가액 포함) 비율을 재조사하여 ② 면세사업 등(면세사업 및 비과세사업, 이하 같다)에 관련된 매입세액을 산

정하고, ③ 위 1)항의 나머지 매입세액에서 면세사업 등에 관련된 매입세액을 제외한금액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 하여 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 재조사 결정을 하였다.

4) 피고는 위 재조사 결정 이후 원고에게 이 사건 수수료 수익에 대응하는 매입세액과 관련하여 별지 1 처분목록 ⁠‘환급세액’란 기재 금액을 환급하였다. 이에 따라 당초처분은 별지 1 처분목록 ⁠‘불복세액’란 기재 금액 부분만이 남아있다(이하 남아있는 처분만을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실

2. 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

피고가 재조사 결정 이후에도 매출세액에서 공제하는 것을 거부한 매입세액(이하 ⁠‘이사건 매입세액’이라 한다)은 다음의 이유로 전부가 매출세액에서 공제돼야 한다.

① 원고가 영위하는 지주회사업은 그 전부가 과세사업에 해당하고 배당수익이나 이자수익은 용역의 공급대가가 아니어서 그에 대한 매입세액이 없으므로, 이 사건 매입세액 전부가 과세사업에 관련된 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제되어야 한다.

② 원고가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보고 이 사건 매입세액을 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)으로 보더라도, 대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 등에 따를 때 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 의해서는 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없고, 보충적으로 부가가치세법 제81조 제4항 제1호에 의할 때는 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 비과세사업에 관련된 매입가액 비율을 구함에 있어 비과세사업에 관련된 매입세액이 0원이므로 비과세사업에안분되는 매입세액도 0원이며, 다른 합리적인 안분방법도 없다. 결국 이 사건 매입세액은 그 전부가 과세사업의 매입세액으로 안분되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 이 사건 처분 중 2014년 제1기~2016년 제2기 부분의 위법 여부에 대한 판단

1) 관련 규정

구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라고만 한다) 제2조 제6호는 ⁠‘과세사업이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다’고 정하고 있고, 제4조는 ⁠‘부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다’고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’을, 제2호에서 ⁠‘재화의 수입’을 그 거래로 정하여 두고 있다.

그중 용역의 공급에 관련하여 구 부가가치세법 제2조 제2호는 ⁠‘용역이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제3조 제1항은 ⁠‘용역은 재산 가치가 있는 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무와 그 밖의 행위로 한다’고 규정하면서 제5호에서 그 사업 중 하나로 ⁠‘금융 및 보험업’을 명시하고 있다. 한편 같은 법 제11조 제1항은 ⁠‘용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서, 역무를 제공하는 것 또는 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것을 말한다’고 규정하는데, 제12조 제2항은 ⁠‘사업자가 대가를 받지 아니하고타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다’고 정하고 있다.

2) 구체적 판단

원고의 주장은 원고가 2014년 제1기~2016년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 금융지주회사로서 과세사업을 영위하였음을 전제로 한다. 그런데 앞서 든 증거들, 갑 제12,13, 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면, 원고가 위 과세기간에 과세사업을 영위하였다고 보기 어렵다. 이를 전제로 하는 원고의 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(1) 구 부가가치세법은 부가가치 자체가 아니라 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 ⁠‘거래’를 과세대상으로 하면서, 그와 같은 과세거래를 영위하는 사업을 과세사업으로 규정하고 있다(제2조 제6호, 제4조). 다만 구 부가가치세법상 용역의 무상공급은 과세대상이 아니므로(제12조 제2항), 용역의 무상공급을 사업으로 영위한 경우에는 구 부가가치세법상 과세사업을 영위한 것이라 볼 수 없다.

(2) 금융지주회사란 주식의 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 지배하는 것은 주된 사업으로 하면서 하나 이상의 금융기관을 지배하고 자산총액이 대통령령으로 정하는 기준 이상인 회사로서 금융위원회의 인가를 받은 회사를 말한다(금융지주회사법 제2조 제1항 제1호). 금융지주회사는 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무로서 대통령령으로 정하는 업무를 제외하고는 영리를 목적으로 하는 다른 업무를 영위할 수 없고(금융지주회사법 제15조), 이를 위반할 경우 형사처벌의 대상이 된다(금융지주회사법 제70조 제4항 제1호). 금융지주회사가 영위할 수 있는 경영관리업무로는 ① 자회사 등에 대한 사업목표의 부여 및 사업계획의 승인, ② 경영성과의 평가 및 보상의 결정, ③ 경영지배구조의 결정, ④ 업무와 재산상태에 대한 검사, ⑤ 내부통제 및 위험관리 업무 등이 있고, 그 부수 업무로는 ① 자회사 등에 대한 자금지원, ② 자회사에 대한 출자 또는 자회사 등에 대한 자금지원을 위한 자금조달, ③ 자회사 등의 금융상품의 개발·판매를 위한 지원, 그 밖에 자회사등의 업무에 필요한 자원의 제공, ④ 전산, 법무, 회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무, ⑤ 그 밖에 법령에 의하여 인가·허가 또는 승인 등을 요하지 아니하는 업무가 있다(금융지주회사법 시행령 제11조 제1항).

(3) 금융지주회사는 주된 사업으로 주식의 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사등을 지배하는 사업을 영위하면서 자회사로부터 배당금 수입을 얻게 되는데, 이는 재화 또는 용역의 공급과 무관하게 발생하므로 위와 같은 주식 소유를 통한 금융회사 지배 자체만으로는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이라고 보기 어렵다. 다만, 금융지주회사는 금융지주회사법 등이 제한하는 범위 내에서 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무를 수행할 수 있으므로, 그 과정에서 자회사에 유상으로 공급하는 용역 거래 등으로서 부가가치세를 창출하는 사업을 영위한다면 이는 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 것으로 볼 수 있다.

(4) 그런데 원고는 ⁠‘금융지주회사업’이라는 과세사업을 영위하고 있다고 주장하고 있을 뿐 2014년 제1기~2016년 제2기까지 각 부가가치세 과세기간 동안 구체적으로 어떠한 과세사업을 영위하였다는 것인지를 밝히고 있지 않다.

즉 원고가 구체적으로 자회사 등에게 어떠한 용역을 공급하는 사업을 영위하였다는 것인지, 원고가 자회사 등에게 어떠한 역무를 제공하거나 재화를 사용하게 하였다는 것인지 분명하지 않다. 원고가 자회사 등에게 어떠한 용역을 공급하는 사업을 영위하였다고 하더라도 그 대가를 받지 아니한 이상, 이는 비과세거래인 용역의 무상공급으로서 이를 계속적이고 반복적으로 영위하는 사업은 비과세사업에 불과하다. 그런데 원고가 2014년 제1기부터 2016년 제2기까지 재화 또는 용역의 공급의 대가로 수익을 얻었다거나 그러한 대가를 얻기 위한 사업을 영위하였다고 볼 만한 자료가 없다.

용역을 유상공급하는 사업을 영위하였으나 매출이 발생하지 않은 것과 당초부터 용역의 무상공급 사업을 영위한 것은 구별되어야 하므로, 부가가치세법이 매출세액이 공제할 수 있는 매입세액보다 적은 경우에 부가가치세의 환급을 인정하고 있다고 하더라도이를 달리 볼 수 없다. 원고가 2017년 제1기부터 브랜드관리 위탁업무에 기한 이 사건 수수료 수익을 얻게 되었더라도, 이는 ⁠‘지주회사는 계열회사로부터 브랜드 사용료를 받으라’는 취지의 금융감독원 권고에 따라 위 시기부터 관련 용역을 유상으로 공급하기로 한 것 때문이므로, 이를 근거로 그 이전의 과세기간에까지 원고가 과세사업을 영위하였다고 볼 수는 없다.

(5) 금융지주회사인 원고가 주된 사업으로 금융업을 영위하는 회사 등을 지배하는 사업을 영위하면서, 그 과정에서 금융지주회사법 제15조, 같은 법 시행령 제11조 제1항 제1호에 따른 자회사의 경영관리업무(자회사 등에 대한 사업목표의 부여 및 사업계획의 승인, 경영성과의 평가 및 보상의 결정, 경영지배구조의 결정, 업무와 재산상태에 대한 검사, 내부통제 및 위험관리 업무, 위 업무에 부수하는 업무)를 수행하였던 것으로 보이기는 한다. 그런데 이러한 경영관리업무는 기본적으로 주주로서 원고의 권리행사에 관한 것이거나 원고의 자회사 지배를 위한 업무에 관한 것으로 보일 뿐이고, 원고가 경영관리업무의 일환으로 자회사 등에게 계속적이고 반복적으로 용역을 ⁠‘유상’공급하였다고 볼만한 자료는 없다.

결국 원고가 금융지주회사로서 위와 같은 경영관리업무를 수행한 사업은 기본적으로 비과세사업에 해당한다.

(6) 원고의 주된 주장은 ⁠‘원고는 금융지주회사이고, 지주회사업은 한국표준산업분류상 금융 및 보험업의 일종이며 부가가치세법령은 지주회사를 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있지 않으므로 원고는 지주회사업이라는 과세사업을 영위하였다’는 것이다.

그러나 부가가치세법령 등에 따를 때 지주회사업이 과세사업으로 분류되어 있다고 하더라도, 이는 금융지주회사가 금융지주회사법 등이 정하는 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무를 수행하는 과정에서 자회사에 유상으로 공급하는 용역 거래등으로서 부가가치세를 창출하는 사업을 영위한다면 이를 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 것으로 볼 수 있다는 취지로 보일 뿐이다. 금융지주회사라는 사실만으로 그가 행하는 모든 사업이 과세사업이라고 볼 수는 없다. 이는 금융지주회사가 자회사에 개별적으로 자금을 대여하고 순수한 이자 명목의 돈을 받는 사업이 비과세사업으로 분류되는 것을 보아도 알 수 있다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 참조).

(7) 부가가치세법은 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있는데, 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받은 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제 환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다. 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 된다.

원고 주장대로라면, 원고는 매출 발생을 전혀 예정하고 있지 않은 지주회사업을 영위하면서 그 매입세액을 모두 공제해 달라고 하는 것으로, 이는 부가가치세의 체계에도 어긋난다.

(8) 원고가 주장의 주된 근거로 원용하고 있는 대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결은 금융지주회사가 상표권 사용계약 등을 통한 과세사업을 영위하면서 브랜드 수수료 매출을 발생시키고, 쟁점 매입세액이 위 과세사업과 비과세사업(자회사 등에 대한 자금지원사업)의 공통매입세액이라는 점에 대하여 별다른 다툼이 없던 사안에 관한 것으로서 이 사건과 사안을 달리한다.

라. 이 사건 처분 중 2017년 제1기~2019년 제1기 부분의 위법 여부에 대한 판단

1) 관련 법리 등

가) 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 거래상대방 등으로부터 돈을 받았더라도 이를 비과세사업에 해당하는 용역 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2013. 2. 15. 개정 전 시행령’이라 한다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수 없다. 이러한 경우에는 같은 조 제4항 각호의 방법등 다른 합리적인 안분계산방법 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 등 참조).

나) 2013. 2. 15. 개정 전 시행령 제61조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액에 관하여 ⁠‘면세사업에 관련된 매입세액’을 ⁠‘공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액’의 산식에 의하여 계산하도록 하면서, 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자의 공통매입세액의 안분기준을 명시하고 있지 않았다.

부가가치세법 시행령이 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되면서 제61조 제1항은 위 산식상 면세사업에 비과세사업을, 면세공급가액에 비과세공급가액을 포함하게 되었으나, 위 개정은 2013. 2. 15. 개정 전 시행령 제61조를 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 유추 적용하던 대법원 판결의 취지를 반영한 것에 불과하다. 그러므로 위 개정 이후 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 거래상대방 등으로부터 돈을 받았더라도 이를 비과세사업에 해당하는 용역 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 여전히 과세사업과 비과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 부가가치세법 시행령 규정을 적용할 수 없는 것이 원칙이다.

다만 부가가치세법 시행령이 2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되면서 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 사업자의 매입세액 안분에 관한 규정이 제61조에서 제81조로 이전되었고, 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정된 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 위 산식상 면세공급가액에 면세사업 등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액(이하 ⁠‘국고보조금 등’이라 한다)을 포함하였다. 따라서 위 2018. 2. 13. 자 개정 이후로는 국고보조금 등이 면세사업 등에 해당하는 용역 공급에 대한 대가가 아닌 경우에도 국고보조금 등의 액수를 면세사업 등의 공급가액에 포함하여, 제81조 제1항에 따라 과세사업과 면세사업 등의 공급가액 비율을 적용하여 공통매입세액을 안분할 수 있게 되었다.

2) 구체적 판단

가) 과세사업과 비과세사업의 겸영 여부

(1) 과세사업

원고는 2017년 제1기부터 2019년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 이 사건 상표의 상표권자인 **은행으로부터 이 사건 수수료를 지급받았다. 원고가 이 사건 수수료 수익을 얻은 브랜드관리 위탁업무는 이 사건 상표의 가치를 제고하는 업무이거나 이를 위한 홍보업무로 보인다. 이는 금융지주회사법 제15조, 같은 법 시행령 제11조제1항 제2호 라목, 마목이 규정하고 있는 ⁠‘전산, 법무, 회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무’ 내지 ⁠‘그 밖에 법령에 의하여 인가·허가 또는 승인 등을 요하지 아니하는 업무’에 해당한다.

원고는 피고에게 위 브랜드관리 위탁업무에 관련된 용역을 제공하면서 그에 대한 대가로 이 사건 수수료를 영위하는 사업을 영위하였으므로, 이 사건 수수료 관련 사업은 과세사업이라고 볼 수 있다(피고도 이 부분을 다투지는 않는다).

(2) 비과세사업

앞서 본 바와 같이 원고는 비과세사업으로서 주식의 소유를 통하여 자회사를 지배하면서 자회사의 경영관리업무를 수행하였다(자회사로부터 상표권 등의 관리위탁을 받는 이 사건 수수료 관련 사업은 자회사의 경영관리업무를 수행하는 사업과 그 업무가 상이하고 위 사업에 통상적으로 수반되거나 거래의 관행상 부수되는 업무도 아니며 인적·물적으로 분리하여 운영하는 것이 특별히 어렵지도 않으므로 이를 별개의 사업으로 보아야 한다. 원고가 이 사건 수수료 관련 사업을 하였다고 하여 원고가 수행하는 자회사의 경영관리사업이 위 수수료 관련 사업과 함께 과세사업이 된다고 볼 수는 없다. 더욱이 이 사건 수수료는 2017년 기준으로는 이자수익, 배당수익, 기타수익 합계액의 0.028%, 2018년 기준으로는 0.061%, 2019년 제1기 기준으로는 0.083%에 지나지 않는다).

또한 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따르면, 원고는 사업으로서 이전의 과세기간과 마찬가지로 2017년 제1기~2019년 제1기 부가가치세 과세기간에도 자회사에 자금을 대여하여 온 사실을 인정할 수 있다. 원고가 자회사에 대한 자금지원에 은행업자 등이 개입되었다거나 대여이자 수익에 수수료 명목의 금전이 포함되는 등으로 대여이자가 순수한 이자가 아니라고 볼 만한 자료가 없으므로, 원고는 비과세사업인 자회사에 대한 자금지원사업을 영위하였다고 봄이 타당하다(대법원 2019. 1. 17. 선고2015두60662 판결 등 참조).

(3) 소결론

결국 원고는 2017년 제1기~2019년 제1기 각 부가가치세 과세기간 동안 과세사업으로 이 사건 수수료 관련 사업을, 비과세사업으로 자회사의 경영관리사업과 자회사에 대한 자금지원사업을 겸영한 것으로 볼 수 있다.

나) 매입세액의 귀속 등에 관하여

(1) 원고는 먼저, 배당수익이나 이자수익은 용역의 공급대가가 아니어서 그에 대한 매입세액이 존재하지 않으며, 이에 이 사건 매입세액 전부는 과세사업과 관련된 것으로서 과세사업에 귀속된다는 취지로 주장한다.

그러나 배당수익이나 이자수익이 용역의 공급대가가 아니라는 사정은 매출세액 산정의 기초가 되는 과세표준을 산정할 수 없도록 하는 사정에 불과할 뿐(애초에 배당 수익이나 이자수익 발생과 관련한 거래는 비과세대상이다), 매입세액과는 별다른 관련이 없다. 부가가치세법 제39조 제1항 제7호가 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함)’을 명시하여 두고 있는 점까지 고려하여 보면, 재화 또는 용역의 공급을 전제로 재화 또는 용역을 공급받았을 때만 매입세액이 발생한다고 보이지는 않는다. 달리 이 사건 매입세액이 과세사업인 이 사건 수수료 사업에 실지귀속된다고 볼 만한 자료도 없다.

나아가 원고의 위 주장은 원고가 수행하는 자회사의 경영관리업무까지 과세사업에 포함됨을 전제로 하는 것으로 보이는바, 앞서 본 바와 같이 위 사업을 과세사업으로 볼 수는 없으므로, 이 점에서도 원고의 주장은 받아들이기 어렵다

(2) 원고는 이 사건 매입세액을 공통매입세액으로 보더라도 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것) 내지 구 부가가치세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30397호로 개정되기 전의 것) 제81조 제1항에 의하여는 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없고, 제81조 제4항 각호에서 열거하는 안분 방법 중 가장 적용될 여지가 있는 제1호에 따라 매입가액비율에 의하더라도 비과세사업에 안분되는 매입세액이 0원이거나 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없어 결국 이 사건 매입세액 전부를 매출세액에서 공제하여야 한다는 취지로 주장한다. 일반적으로 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다. 그런데 이 사건 처분은 신고납부방식의 조세인 부가가치세에 있어 납세자인 원고가 스스로 한 신고가 잘못되었다는 것이 경정청구사유이고, 매입세액의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세자의 지배영역 안에 있는 것이므로, 납세자인 원고로서는 매입세액과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 구체적 내용이나 공급의 목적을 확인할 수 있는 최소한의 소명자료를 제시할 부담을 진다고 봄이 타당하다.

납세자인 원고가 그러한 소명자료조차 제시하지 않으면서 매입세액 전부가 실지귀속을구분할 수 없는 공통매입세액이라고 주장하는 등의 경우에는, 그 매입세액 전부를 면세 사업 등에 실지귀속되는 매입세액으로 보는 것이 형평의 원칙에 부합한다.

살피건대 앞서 든 증거들, 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 매입세액은 자산 감정평가 비용, 법률 자문 비용, IT 장비 설치 및 유지비용, 회계 및 세무 자문 비용, 임직원 복지 비용, 사무실 임차 및 유지 비용 등에 관련되는데, 자산 감정평가 비용, 법률 자문 비용, 회계 및 세무 자문 비용 관련 매입세액은 구체적인 재화 또는 용역의 공급 내용에 따라 과세사업과 비과세사업 간의 실지귀속을 구분할 수 있는 매입세액을 포함할 것으로 보이는 점(예컨대, 원고의 매입거래 상대방 중에는 신용평가회사가 포함되어 있는데 그 평가용역이 자회사에 대한 자금지원사업의 이자율 산정을 위한 것이라면 이와 관련된 매입세액 내지 매입가액은 위 비과세사업인 자금지원사업에 실지귀속되는 매입세액 내지 비과세사업에 관련된 매입가액이고, 법률 자문이나 회계 및 세무 자문 같은 경우에도자회사의 경영관리업무 사업을 위한 것이라면 이와 관련한 매입세액 내지 매입가액은그 비과세사업인 위 사업에 실지귀속되는 매입세액 내지 비과세사업에 관련된 매입가액이다), ② 다른 매입세액도 구체적인 재화 또는 용역의 공급 내용을 살펴보아야만 어느 사업에 귀속이 가능한 것인지를 판가름할 수 있을 것으로 보이고, 그러한 귀속의분류가 충분히 가능하다고 보이는 점, ③ 이에 법원이 원고에게 매입세액을 종류별로정리하여 사업별로 귀속이 명확한 부분과 공통매입세액으로 보아야 할 부분을 구분하여 줄 것을 석명하기도 하였고, 액수가 크지 않은 매입세액의 경우에는 원고로서도 관련된 자료를 보유하고 있지 않을 개연성이 있다는 점을 감안하여 일정 금액 이상의 주요 매입세액에 대해서라도 매입세액 귀속에 대한 의견을 밝힐 것을 석명하기도 하였던점, ④ 그런데 원고는 막연히 매입세액의 귀속을 구분할 수 없다는 주장만을 반복하고있고 매입세액과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 내용이나 공급의 목적을 구체적으로 밝히거나 그 근거가 되는 자료를 제출하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 원고는 최소한의 소명자료조차 제출하지 않았다고 봄이 타당하다. 결국 형평의 원칙상 원고가 공통매입세액이라고 주장하는 매입세액은 그 전부를 면세사업 등에 실지귀속되는매입세액으로 보아야 한다.

일부 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있다고 하더라도, 이 사건에서 위 각 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 의하여는 비과세사업인 자회사에 대한 자금지원사업에 안분되는 공통매입세액을 가려낼 수 없고(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 참조), 재화 또는 용역의 공급대가가 아닌 배당수익과 관련된 경영관리사업에 안분되는 공통매입세액을 가려낼 수도 없으므로 결국 제81조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법에 의하여 공통매입세액을 안분하여야 한다.3) 그리고 원고가 언급하고 있듯이 합리적인 안분방법의 하나로 제81조 제4항 제1호[총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율]를 고려해 볼 수 있을 터인데, 원고가 최소한의 소명자료도 제출하지 않은 이 사건에서 공통매입가액을 제외한 매입가액 전부를 비과세사업에 관련된 매입가액으로 보아 공통매입세액전부를 면세사업 등에 안분하는 것이 형평에 맞다고 할 것이다. 결국 이 사건 매입세액 중 과세사업에 귀속되거나 안분되는 매입세액은 존재하지 않는다고 봄이 타당하다.이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 12. 06. 선고 서울행정법원 2022구합54269 판결 | 국세법령정보시스템