요지

원양어선 선박유 공급에 대해 영세율을 적용할 경우 세금계산서 발급 의무있는 사례

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구 취 지

피고가 원고에게 한 별지1 목록 제1항 기재 법인세 부과처분 및 같은 목록 제2항 기재 각 부가가치세 부과처분 중 각 ⁠‘남은 세액’란에 대한 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017.4.3.분할 전 aaa해운 주식회사가 aaaaa 주식회사로 상호변경하면서 물적분할을 통해 신설된 법인으로, 분할계획서에 따라 분할 전 aaa해운 주식회사의 해상운송, 벙커링, 선박관리업 등 해운사업 부문에 관한 권리·의무를 포괄승계하였다(이하 분할 전후를 불문하고 aaa해운 주식회사를 ⁠‘원고’라 한다).

나. 원고는 2012.8.21.싱가포르에 자회사인 bbb(이하 ⁠‘bbb’라 한다)를 설립하였고, bbb는 2012.9.13. 원고의 사업장과 동일한 장소에 서울영업소를 설치하였다. 원고는 2012. 10. 1. bbb에 벙커링 사업에 관한 영업권(이하 ⁠‘이 사건 영업권’이라 한다)을 ccc감정평가법인의 감정가액인 *** 원에, 원고의 선박에 적재되어 있던 재고자산인 벙커유를 장부상 가액인 *** 원에 양도하면서 영세율을 적용하고 세금계산서를 발급하지 않았다.

다. 원고는 벙커링 사업과 관련하여 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 국내 정유사로부터 구매하여 국내 수산사의 원양어선에 공급한 선박연료유(공급가액 ***원, 이하 ⁠‘이 사건 선박연료유’라 한다)에 대해 영세율을 적용하고 세금계산서를 발급하지 않았다.

라. 서울지방국세청장은 2016.2.25.부터 2016.7.15.까지 원고에 대한 법인제세 통합 세무조사를 실시하고 아래와 같은 내용의 과세자료를 통보하였다.

① bbb는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인으로서 이 사건 영업권 양도는 내국법인과의 거래에 해당하고, 이 사건 영업권의 시가는 *** 원이므로 위 양도가액과의 차액인 *** 원을 원고의 익금에 산입하여야 한다.

② 이 사건 영업권과 재고자산 양도 중 국내 정유사로부터 공급받은 벙커유(공급가액 ***, 이하 ⁠‘이 사건 재고자산’이라 한다)의 양도는 내국법인과의 거래로서 국내거래에 해당하므로, 그 공급가액을 과세표준에 포함하고(이 사건 영업권 ***원, 이 사건 재고자산 ***원) 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 한다.

③ 원고가 국내 정유사로부터 구매하여 국내 수산사의 원양어선에 공급한 이 사건 선박연료유 거래는 외국항행선박에 공급하는 재화로서 영세율 적용대상이나, 공급받는 자가 내국법인으로서 세금계산서 발급 대상이므로 세금계산서 미발급 가산세를 부과하

여야 한다.

마. 이에 따라 피고는 2016.7.7. 및 2016.8.11. 원고에 대하여 2011,2012,2015 사업연도 법인세(가산세 포함) 합계 ***원, 2011년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(가산세 포함) 합계 ***원을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘당초 부과 처분’이라 한다).

바. 원고는 당초 부과처분에 불복하여 2016.9.29. 조세심판원에 심판청구를 제기하고, 2017년 3월경 ddd회계법인에 구 상속세 및 증여세법(2014.1.1. 법률 제12168호로 개정되기 전의 것) 제64조, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제59조의 규정에 따라 보충적 평가방법에 의한 이 사건 영업권의 가액 평가를 의뢰하였고, 소득에서 차감할 벙커링 사업 부문의 자기자본 금액을 합병법인의 구분경리에 대한 구 법인세법 시행규칙(2013.6.28.기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조 제1항에 따라 산정하는 경우 이 사건 영업권의 보충적 평가가액은 ***원이라는 평가보고서를 조세심판원에 제출하였다.

조세심판원은 2019.4.15. ⁠‘이 사건 영업권의 시가를 .법인세법 시행령. 제89조 제2항 제2호의 규정에 의한 평가액으로 하고, hhh중공업 주식회사와의 1차 선박계약 축소에 따른 위약금 ***원을 손금산입하며, 관련 증빙불비가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 일부 인용결정을 하였다.

사. 이에 따라 피고는 이 사건 영업권의 시가 및 공급가액을 위 ***원으로 하여, 2011, 2015 사업연도 법인세 부과처분을 전부 취소하고 2012 사업연도 법인세 부과처분 및 2012년 제2기 부가가치세 부과처분 중 별지1 목록 해당 ⁠‘취소세액’란 기재 부분을 취소하였다[이하 당초 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 별지1 목록 제

1항 ⁠‘남은 세액’란 기재 법인세(가산세 1)) 부과처분을 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 같은 목록 제2항 ⁠‘남은 세액’란 기재 각 부가가치세(가산세 포함2)) 부과처분을 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다].

[인정근거] 

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6 내지 8, 16, 20, 21, 29호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제11, 15, 16, 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

1) 이 사건 영업권 관련 과소신고분 수입금액에 대한 부정과소신고가산세이다.

2) 이 사건 영업권 관련 과소신고분 납부세액에 대하여는 부정과소신고가산세를 부과하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 법인세 부과처분

  이 사건 법인세 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

가) 이 사건 영업권의 양도는 거래당사자의 일방인 bbb가 외국법인으로서 국제거래이므로 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항 본문에 따라 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다.

나) 부당행위계산 부인규정을 적용하더라도 감정평가법인의 감정가액에 의하여 시가를 계산하도록 한 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제1호를 적용하여 ccc감정평가법인의 감정가액을 이 사건 영업권의 시가로 보아야 한다.

다) 원고가 부정행위로 이 사건 영업권 양도가액을 과소신고하였다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 부가가치세 부과처분

  이 사건 부가가치세 부과처분 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한

다. 

가) 이 사건 영업권 및 이 사건 재고자산은 bbb의 싱가포르 본점에 공급되었으므로 재화의 수출이나 외국물품의 국외거래로서 부가가치세 과세거래가 아니다. 이 사건 영업권의 양도가 국내거래로서 부가가치세 과세거래라 하더라도 그 양도가액은 ccc감정평가법인의 감정에 의한 것이므로 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제3호의 ⁠‘부당하게 낮은 대가를 받은 경우’에 해당하지 않는다. 나아가 원고가 부정행위로 이 사건 영업권의 공급가액을 과소신고하였다고 볼 수 없다.

나) 이 사건 선박연료유 거래는 수출신고가 수리된 외국물품을 국외인 공해(公海)에서 공급한 것으로 국외거래에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 아니어서 세금계산서를 발급할 의무가 없다. 설령 이 사건 선박연료유 거래에 관한 세금계산서 발급의무가 있다고 보더라도 그 의무위반에 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단

1) 외국법인인 bbb와의 국제거래라는 주장에 대하여

가) 구 법인세법 제2조 제1항 등은 내국법인과 달리 외국법인은 원칙적으로 국내원천소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는 것으로 정하고 있는데, 제1조 제1호는 ⁠‘“내국법인”이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.’고 규정하고, 제3호는 ’“외국법인”이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체 ⁠(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다.‘고 규정하고 있다.

내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ⁠‘실질적 관리장소’란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 이러한 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중 요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896

판결 등 참조).

나) 한편 위 규정의 ⁠‘실질적 관리장소’의 도입은 2005. 12. 31. 법률 제7838호 개정에 의한 것으로, 조세피난처 등에 명목회사의 본점 또는 주사무소를 두고 실질적으로 국내에서 주된 업무를 수행하는 외국법인 등에 대하여 조세회피 등을 방지함으로써 우리나라의 과세기반을 확대하고, 외국의 입법례 및 국제관행과 상충되는 문제점을 해결하기 위해 OECD 모델조세조약에서 법인의 최종 거주지 결정기준으로 채택하고 있는 사업의 실질적 관리장소(place of effective management)를 내국법인과 외국법인을 구별하는 기준의 하나로 도입한 것이므로, 그 입법연혁 및 취지상 ⁠‘실질적 관리장소’를 기준으로 내·외국법인을 구별함에 있어 형식과 실질의 괴리를 통해 조세부담을 회피하려는 의도가 있었는지 등이 고려될 수 있다.

  그러나 위 규정의 입법취지는 단지 실질적 관리장소를 이용한 조세회피 방지에만 있는 것이 아니라, 외국 소재의 본점이 명의상의 것에 불과하고 주된 활동의 본거지가 국내에 있는 경우에도 본점소재지주의에 집착하게 되면 그 실질적 활동 장소가 내국법인의 그것과 다르지 않은데도 내국법인과 달리 취급되는 불합리한 결과가 생길 수 있으므로 이를 방지하여 우리나라의 과세기반을 확대하기 위한 것이다. 아울러 OECD 모델조세조약상 실질적 관리장소 개념을 수용함으로써 외국의 입법례 및 국제관행과 상충되는 문제점을 해결하고자 하는 입법자의 의도 역시 있다고 할 것이다.

위 규정의 문언적 의미와 기능에 비추어 보면, 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이라 하더라 도 국내에 사업의 실질적 관리장소를 두고 있음이 인정되는 이상 내국법인에 해당한다 할 것이고, 조세회피목적이 인정되는 경우에 한하여만 실질적 관리장소의 개념을 적용 할 수 있다고 볼 수는 없다.

다) 앞서 든 증거들에 갑 제9, 10, 18, 19호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 2010년 2월경 대규모 선박투자를 위하여 2010년부터 2012년까지 미화 22억 달러 규모의 투자재원이 필요할 것으로 예상되자, 원고의 벙커링 사업 부문을 분리 양도할 자회사를 설립하여 이 사건 영업권 등을 양도하고 자회사의 지분 일부를 매각하여 자본을 조달하는 내용의 벙커링 사업부 분사(分社)계획을 실행하기로 하였다.

(2) 이에 따라 원고는 2012. 8. 21. 싱가포르에 bbb를 설립하고, bbb의 서울영업소가 설치된 후인 2012. 10. 1. bbb에 이 사건 영업권을 양도하였다.

(3) bbb는 설립 이후 서울영업소에서 원고로부터 벙커링 사업을 분사하기 전 과 같이 30명가량의 임직원들이 근무하면서 급유선 운항, 선박연료유 판매 및 재무, 기획,

인사 등의 운영업무를 수행하였고, 싱가포르 본점에서는 국내에서 파견된 부장급 이하 주재원 2명과 현지 채용인원이 근무하면서 사업개발 업무와 선박연료유 구매 업무 등을 수행하다가 이후 싱가포르 주재원이 1명으로 줄어들게 되었으며, 2015년 4월 경 모든 주재원을 철수시켜 현지 채용인원 외에 bbb의 소속 직원은 근무하지 않았다.

(4) bbb의 대표이사를 비롯한 임원들은 현지 법령에 따라 이사로 등재되어야 하는 주재원 1명 외에 모두 국내에 거주하였고, bbb의 이사회는 국내에서 개최되었으며, 중요 경영사항에 대한 의결이 위 이사회에서 이루어졌다. 한편 bbb의 회계장부는 본점과 서울영업소에서 각각의 발생분에 대해 보관하고 있었으나 내부 전산 망을 통해 싱가포르 본점과 서울영업소에서 그 접근이 가능하였다.

(5) bbb는 2014년 7월경 ⁠‘이사회 개최 및 주요 업무의 실질적 관리 등 사업의 핵심적인 의사결정이 한국 지점에서 이루어지고, 대표이사를 비롯한 주요 임원이 한국에 거주하는 등 실질적 관리장소 판정에 따라 bbb를 내국법인으로 볼 가능성이 높으므로, ① 이사회 50% 이상 싱가포르 본점에서 개최, ② 싱가포르 거주자를 공동대표로 선임, ③ 싱가포르 거주 이사에게 직책 부여 및 업무 수행, ④ 한국에서 담당하는 운항 업무를 싱가포르에서 수행하는 형식 구비, ⑤ 싱가포르 업무인 구매팀장 현지 거주, ⑥ 이사회 의사록 등 중요문서를 싱가포르에서 보관하는 등으로 세무 리스크에 대응할 필요가 있다.’는 내용의 ⁠‘bbb 실질적 관리장소 검토’ 문건을 작성하였다.

라) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉

① bbb의 대표이사 및 임직원 대부분은 국내에 거주하면서 회사 경영 및 관리 업무를 수행하였고, 주요 경영사항 등에 관한 이사회 개최도 모두 서울영업소 등 국내에 서 개최된 후 그 의결서만을 싱가포르 본점에 전달하였던 점, ② bbb의 회사 전반

운영에 관한 업무는 서울영업소의 경영기획본부에서, 영업 운영 및 개발 등 마케팅 업

무는 서울영업소의 마케팅본부에서 각 담당하였고, 주요한 계약의 체결 업무 또한 서

울영업소에서 이루어졌으며, 싱가포르 본점에서는 주재원으로 파견된 사업개발팀 소속 구매팀장 등이 서울영업소로부터 위임받은 범위 내에서 제한된 업무만을 수행하였던

점, ③ bbb가 2014년 7월경 실질적 관리장소를 검토한 문건에도 싱가포르 본점에

서는 선박연료유 구매업무와 자체 재무업무를 수행하였을 뿐 주요 업무의 실질적 관리 는 서울영업소에서 이루어졌다고 기재되어 있는 점 등을 종합하면, bbb의 사업수

행 과정에서 중요한 관리 및 상업적 의사결정이 실질적으로 이루어진 장소는 국내에 있었다 할 것이다.

마) 따라서 bbb는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인이라 할 것이 므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) ccc감정평가법인의 감정가액이 시가에 해당한다는 주장에 대하여

가) 구 법인세법 제52조 제2항은 부당행위계산 부인규정을 적용할 때는 시가를 기준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제89조 제2항은 ⁠‘법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.’고 하면서, 제1호에서 ⁠‘감정평가법인이 감정한 가

액이 있는 경우 그 가액(주식 등을 제외한다)’을, 제2호에서 ⁠‘.상속세 및 증여세법. 제

64조 등의 규정을 준용하여 평가한 가액’을 규정하고 있다. 그러나 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 감정가액을 시가로 볼 수 있기 위하여는 어디까지 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 한다.

나) 앞서 든 증거들에 갑 제13호증, 을 제6 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고의 회계팀장 ggg이 2012. 4. 24.경 작성한 ⁠‘SK 벙커링 지분 매각’ 문건 에는 이 사건 영업권에 관하여 ⁠‘영업권 금액은 외부 감정평가기관에 의뢰하여 산정(세 법상 가액보다 낮은 금액으로 결정 예정). ⁠(참고) 상속세 및 증여세법상 추정가액 $ ***’이라고 기재되어 있다.

(2) eee회계법인은 원고의 의뢰에 따라 2012. 7. 31. ⁠‘벙커링 사업부 가치평가 보고서’를 작성하였는데, 신설되는 자회사가 이 사건 영업권을 미화 ***달러에 취득하는 사업계획 및 추정재무제표 등을 기초로 2013. 1. 1. 기준 자회사의 주주가치를 미화 ***달러로 산정하였다.

(3) 원고는 ccc감정평가법인에 이 사건 영업권의 가치평가를 의뢰하면서 기재와 같이 eee회계법인에 제공하였던 추정재무제표와 다른 추정재무제표를 제공하였다.

(4) ccc감정평가법인 소속 감정평가사는 2012. 7. 16. 이 사건 영업권의 가치평가액을 산정하여 이메일을 통해 ggg을 비롯한 원고 직원들에게 전달하였는데, 해당 이메일의 본문에는 ⁠‘부득이 할인율을 높였으며, 이에 대한 데이터 수집 및 수정은 모두 완료된 것이 아니다.’라고 기재되어 있고, 첨부된 평가자료에는 이 사건 영업권 산정금액이 ***원으로, 목표금액이 ***원으로 기재되어 있다. 이후 ccc감정평가법인은 원고와 반복하여 협의하면서 할인율, 판매관리비 및 예상 매출이익 등을 조정하여 최종적으로 이 사건 영업권의 가치를 ***원으로 평가하였다.

다) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 영업권에 대한 ccc감정평가법인의 감정가액은 그 가액 평가에 미치는 요인들을 조정함으로써 원고의 목표금액에 근접하게 도출된 것이라 할 것이므로, 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 부정행위로 이 사건 영업권 양도에 관한 과세표준을 과소신고하였는지 앞서 든 증거들에 을 제20호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 영업권을 저가양도하여 법인세 납부의 무를 면탈하려는 의도에서 조세의 부과징수를 불가능 또는 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하였으므로, 이 사건 영업권 관련 과소신고분 수입금액에 대해 부정과소 신고가산세가 부과되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 원고는 2012년 4월경 싱가포르에 자회사를 신설하여 벙커링 사업 부문을 양도한 다음 영업권 대가를 수령하고 사업양도 후 그보다 높은 가격에 자회사의 지분을 매각하기로 하면서, 이 사건 영업권의 양도가액은 외부 감정평가기관에 의뢰하여 이 사건 영업권의 보충적 평가가액보다 낮은 금액으로 산정하기로 하였다.

나) 원고는 eee회계법인으로부터 이 사건 영업권을 미화 ***달러에 양도하는 사업계획 및 추정재무제표를 제공하여 2013. 1. 1. 기준 자회사의 주주가치를 미화 ***달러로 산정한 벙커링 사업부 가치평가 보고서를 제출받았는데, 이 사건 영업권 양도가액의 산정을 위해 ccc감정평가법인에 가치평가를 의뢰할 때에는 다른 추정재무제표를 제공하였다.

다) 원고는 이 사건 영업권 가치평가를 위한 감정 과정에서 ccc감정평가법인에 목표금액을 제시하고 가액 평가에 미치는 요인들을 조정하도록 하여 원고의 목표금액에 근접한 감정가액을 도출하도록 한 다음, 그 감정가액에 따라 특수관계자인 bbb 에 이 사건 영업권을 양도하고 소득금액을 신고하였다.

라) 원고는 2013. 4. 30.경 bbb의 지분 매각방안을 검토하면서, bbb의 지분가치가 약 ***원임을 전제로 현재 지분을 매각한다면 2015년 정기 세무조사에서 이 사건 영업권의 저가양도에 대해 양도가액을 부인하고 법인세, 가산세 등을 부과 할 위험이 높아 2~3년이 경과한 후 매각하는 것이 타당하다고 분석하였다.

라. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 판단

1) 이 사건 영업권 및 이 사건 재고자산의 공급 관련 주장에 대하여

가) 부가가치세 과세거래 여부

(1) 구 부가가치세법 제5조 제1항이 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 같은 법 제32조 제1항 제2호의 ⁠‘재화를 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도받는 사업장을 의미한다고 할 것인바, 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급받는 사업장이

어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 재화공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 재화공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약 체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 한다

(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조).

(2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 의하면, 이 사건 영업권과 이 사건 재고자산을 공급받은 사업장은 bbb의 싱가포르 본점이 아닌 서울영업소로 봄이 타당하고, 따라서 이 사건 영업권 및 이 사건 재고자산의 양도는 국내거래로서 부가가치세 과세거래에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(가) 원고와 bbb 사이에 체결된 양도계약에 따라 이 사건 영업권과 이 사건 재고자산은 그 계약 체결일인 2013. 10. 1. bbb의 자산으로 귀속되었다.

(나) bbb는 2012. 9. 13. 원고의 사업장과 동일한 장소에 서울영업소를 설치하였다. 서울영업소에서는 원고가 벙커링 사업부를 분사하기 전과 같이 급유선 운항, 선박연료유 판매 및 재무, 기획, 인사 등의 운영업무를 수행하였고, 회사 전반 운영에 관한 업무는 서울영업소의 경영기획본부에서, 영업 운영 및 개발 등 마케팅 업무는 서울영업소의 마케팅본부에서 각 담당하였으며, 주요한 계약의 체결 업무 또한 서울영업소에서 이루어졌다. 따라서 이 사건 영업권을 공급받은 사업장은 위와 같이 영업활동 및 매출활동이 이루어지는 bbb의 서울영업소라 할 것이고, 이 사건 영업권 양도는 국내거래로서 부가가치세 과세거래에 해당한다.

(다) bbb는 서울영업소에서 선박연료유 판매업무를 하였고, 싱가포르 본점에서는 선박연료유 구매업무와 자체 재무업무를 수행하였을 뿐 영업이나 판매조직이 존재하지 않았으므로, 판매용 벙커유인 이 사건 재고자산은 서울영업소의 각 영업팀에서 운영하고 있는 영업에 제공된 것이다. 따라서 이 사건 재고자산을 공급받은 사업장은 bbb의 서울영업소이므로, 이 사건 재고자산 양도 또한 국내거래로서 부가가치세 과세거래이다.

(라) 이에 대해 원고는 이 사건 재고자산에 대해 관세법에 따른 수출신고가 이루어진 후 영해 밖의 지역에서 원고의 선박에 적재되어 있었으므로 ⁠‘외국물품’의 국외 거래에 해당한다고 주장한다. 그러나 구 부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 따른 재화의 수출은 재화의 공급, 즉 계약상 또는 법률상 모든 원인에 의해 재화를 인도 또는 양도하는 것을 전제로 하는 것이므로 재화의 공급 없이 내국물품을 외국으로 반출하는 것만으로는 부가가치세법상 재화의 수출에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 수출신고가 수리되었다 하더라도 재화의 공급으로서 외국에 반출된 것이 아닌 이상 부가가치세법에서 정한 ⁠‘수출’이 이루어졌다고 할 수 없고, 이러한 재화를 영해 밖의 지역에서 국내사업자에게 공급하는 경우 구 부가가치세법 제10조에 따라 재화의 이동이 시작되는 장소인 국내에서 재화가 공급된 것으로 보게 되므로, 결국 이 사건 재고자산의 양도는 국내사업자 사이에 이루어진 국내거래로서 부가가치세 과세거래에 해당한다.

나) 이 사건 영업권 양도가 ⁠‘부당하게 낮은 대가를 받은 경우’에 해당하는지 여부

(1) 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호는 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받은 경우 자기가 공급한 재화의 시가를 과세표준이 되는 공급가액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대

통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제50조 제1항 제3호는 ⁠‘제1호 및

제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 .법인세법 시행령. 제89조 제

2항 및 제4항의 규정에 의한 가격’을 그 시가로 하도록 규정하고 있으며, 같은 시행령

제52조 제1항은 ⁠‘법 제13조 제1항 제3호 및 제4호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는

사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한

조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가로 한다.’라고

규정하고 있다.

(2) 

그런데 위 다. 2)항에서 살펴본 것처럼 ccc감정평가법인의 감정은 평가요인 들을 조정하는 등의 방법으로 이 사건 영업권의 가치평가액을 원고의 목표금액에 근접하게 도출한 것에 불과하고, 이 사건 영업권 양도가액은 위와 같이 결정된 감정평가액 에 근거하여 정하여졌으므로, 이 사건 영업권의 양도는 특수관계자와의 거래에 있어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로서 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 의 규정에 따라 보충적 평가방법에 의하여 산정한 평가액을 공급가액으로 보아야 한다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 부정행위로 인한 과소신고 여부

(1) 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호는 부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우에는 부정과소신고납부세액과 부정초과신고환급세액을 합한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액에 일반과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 하도록 규정하고 있다.

(2) 위 다. 3)항에서 살펴 본 여러 사정들과 함께, 원고가 bbb에 벙커링 사업 부문을 양도함에 있어 이 사건 영업권을 공급받는 사업장이 원고의 사업장과 동일한 장소에 설치되는 서울영업소임을 알고 있었음에도 싱가포르 본점에 양도하는 재화의 수출인 것처럼 양도계약서를 작성하고 영세율을 적용함으로써 부가가치세의 납부세액을 과소신고한 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 영업권 양도에 관한 부가가치세 납부의무를 면탈하려는 의도에서 조세의 부과징수를 불가능 또는 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하였다 할 것이므로, 이 사건 영업권 관련 과소신고분 납부세액에 대해 부정과소신고가산세를 부과함이 타당하다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 선박연료유 거래 관련 주장에 대하여

가) 세금계산서 발급의무 여부

(1) 구 부가가치세법 제19조와 제20조에서 재화 및 용역의 공급장소를 규정하고 있는 것은 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급이 국내거래인 경우에만 우리나라의 과세권이 미치는 거래로 하는 기준을 정한 것이다. 구 부가가치세법 제19조 제1항은 재화의 공급장소에 대해 재화의 이동이 필요한 경우는 ⁠‘재화의 이동이 시작되는 장소’(제1호), 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우는 ⁠‘재화가 공급되는 시기에 재화가 있는 장소’(제2호)라고 규정하고 있다.

이 사건 선박연료유 거래는 국내항에서 공급받은 선박연료유를 운반하여 공해상에서 국내 수산사 선박에 공급한 것으로, ⁠‘재화의 이동이 시작되는 장소’가 국내인 이상 우리나라의 과세권이 미치는 국내거래에 해당한다.

(2) 이에 대해 원고는 국내에서 선적한 선박연료유를 영해 밖의 지역으로 반출한 이상 수출이 이루어졌고 공해에 이르러 판매계약을 체결한 때부터 재화의 이동이 시작되는 것으로 보아야 한다는 전제에서, 이 사건 선박연료유 거래는 ⁠‘외국물품’의 국외거래에 해당한다고 주장한다. 그러나 ① 앞서 살핀 바와 같이 구 부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 따른 재화의 수출은 재화의 공급을 전제로 하는 것이므로 재화의 공급 없이 내국물품을 외국으로 반출하는 것만으로는 부가가치세법상 재화의 수출에 해당한다고 볼 수 없는 점, ② 구 부가가치세법 제10조에서 재화 및 용역의 공급장소를 규정하고 있는 것은 과세권이 미치는 거래에 대한 판정기준을 정하기 위한 것이므로 내국물품의 공급거래는 공급장소인 재화의 이동이 시작되는 장소를 국내로 보아야 하는 점, ③ 구 부가가치세법 제11조 제1항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호는 ⁠‘외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역’ 에 대해 과세권이 미치는 거래임을 전제로 영세율을 적용하도록 규정하고 있는 점 등 에 비추어 보면, 국내항에서 선박연료유를 적재하고 영해를 벗어난 이후 국내 수산사와 판매계약을 체결하여 공급한 경우에도 우리나라의 과세권이 미치는 거래라고 보아야 한다.

(3) 세금계산서 발급의무의 면제 등에 관한 구 부가가치세법 제16조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제57조 제1항 제4호는 같은 시행령 제26조 제1항 제3호에 따른 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우에 한하여 세금계산서 발급의무를 면제하고 있다.

(4) 따라서 이 사건 선박연료유 거래는 국내사업자 사이에 이루어진 국내거래이고, 영세율이 적용되는 외화 획득 재화의 공급이지만 세금계산서 발급의무가 면제되지 않으므로, 원고에게 영세율과세표준 신고 및 세금계산서 발급의무가 인정된다.

원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 가산세 면제사유로서의 정당한 사유 인정 여부

갑 제25, 26호증, 을 제12, 13, 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다

(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

(2) 원고는 2011. 11. 16.경 fff 법률사무소로부터 국내 수산사의 원양어선에 대한 선박연료유 공급과 관련하여 ⁠‘선박연료유를 국내에서 구입하여 공급하는 경우 영세율이 적용되는 거래로서 세금계산서를 교부하여야 한다.’는 내용의 자문을 받았고, 2012. 7. 2.경 ddd회계법인으로부터 ⁠‘벙커링 소득은 영세율 적용대상에 해당하고, 공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우에 한하여 세금계산서 발급의무가 면제된다.’는 내용의 자문을 받은 바 있다.

(3) 원고는 이 사건 선박연료유 거래와 관련하여 기획재정부, 조세심판원에서 세금계산서 발급대상이 아니라고 보고 있으므로 세금계산서를 발급하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러나 원고가 들고 있는 기획재정부의 질의회신(법인세제과-894, 2013. 9. 12.)의 요는 ⁠‘원양어선업을 영위하는 내국법인이 국내사업자로부터 국외에서 재화 등을 공급받는 경우에는 .법인세법 시행규칙. 제79조 제4호에 따른 ⁠“국외에서 재화 또는 용역을 공급받는 경우”에 해당한다.’라는 것으로, 이에 따라 공급받는 자에 대하여는 지출증빙의 수취특례 규정이 적용되더라도 공급하는 자는 법인세 법 제121조에 따른 계산서 발급의무가 있으며, 위 회신 내용에서는 공급하는 자에게 계산서 발급의무가 있음을 분명히 하고 있다. 원고가 들고 있는 조세심판원 결정(2018 서0045) 또한 위 기획재정부 예규와 같은 취지에서 해상에서 선박연료유를 공급받은 법인에 대해 구 법인세법 시행규칙 제79조 제4호에 따라 지출증빙서류 가산세를 부과 할 수 없다고 판단한 것이다. 따라서 위 기획재정부의 질의회신과 조세심판원 결정은 이 사건 선박연료유 거래에 있어서의 원고와 같은 ⁠‘공급하는 자’에 대해 세금계산서 발급의무가 없다는 견해를 표명한 것이 아니다.

(4) 원고는 2013년 1월경 대해수산에 대한 선박연료유 공급에 관하여 피고의 권고에 따라 법인세법 제121조 제1항의 계산서 미발급을 이유로 같은 법 제76조 제9항 제4호의 계산서 미발급 가산세를 납부하였다고 주장한다. 그러나 이는 이 사건 부가가 치세 부과처분의 과세기간 이후에 이루어진 것이므로 원고가 위 권고에 따라 이 사건 선박연료유 거래에 관하여 세금계산서가 아닌 법인세법상 계산서를 발급하였다고 볼 수 없으며, 세금계산서 발급대상인지 법인세법상 계산서 발급대상인지는 부가가치세 과세대상 여부에 따라 달라지는 것으로 당시 대해수산에 공급한 선박연료유가 국내 매입분인지 국외 매입분인지 여부가 분명하지 아니하였던 이상, 원고가 주장하는 사정만 으로는 피고의 권고가 이 사건 선박연료유 거래와 동일한 사안에 대해 법인세법상 계산서를 발급하도록 하는 내용이었다고 볼 수 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과

같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 01. 26. 선고 서울행정법원 2019구합72090 판결 | 국세법령정보시스템