요지

토지 매수인이 농업법인을 거쳐 양수자에게 매도하였으나 경제적 실질 내용에 따라 매수인이 직접 양수인에게 매도한 것에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2017. 5. 4. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세

137,000,000원의 부과처분을 취소한다(원고는 당초 140,000,000원의 양도소득세 부과

처분의 취소를 구하였다가 이 법원에서 위와 같이 청구취지를 감축하였다).

이 유

1. 제1심 판결의 인용

  이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 원

고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 관하여 아래 제2항에서 추가 판단을 하 는 것 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송

법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

         ○ 제1심 판결 제2쪽 제14행 내지 제16행을 다음과 같이 고쳐 씀

『원고는 피고에게 이 사건 토지가 농업회사법인에 현물출자되었음을 이유로 양도

소득세의 면제를 신청하였으나, 피고는 2017. 5. 4. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세

140,537,880원의 부과처분을 하였다가 이후 원고가 2016. 5. 31. 이미 납부한 세액을

공제하여 그 세액을 137,890,703원으로 감액경정하여 이를 2020. 12. 9. 원고에게 고지

하였다(이와 같이 최종적으로 남은 처분을 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).』

     ○ 제1심 판결 제2쪽 제20행의 ⁠“4호증” 다음에 ⁠“제12, 13호증”을 추가함

     ○ 제1심 판결 제6쪽 제7행과 제8행 사이에 다음을 추가함

『(5) 원고는, 그린BB 설립 초기에 필요한 영농자금 조달을 위해 이 사건 토지를

현물출자한 후 매각한 것이고, 이 사건 토지의 매매대금이 전부 그린BB에 지급되어

모두 그린BB의 영업에 사용되었으며, 그린BB는 원고와 독립된 별개의 경제적 실체 를 가지고 영농사업을 하는 법인이므로, 실제로 그린BB에 현물출자가 이루어진 것이 라고 주장한다.

    살피건대, 농업회사법인에 대한 과세특례를 도입한 구 조세특례제한법 제68조의

입법 목적은 농촌지역의 생산인력 부족 현상 심화에 따른 문제점을 보완하고자 협업적·

기업적 농업경영을 할 수 있도록 농업회사법인의 설립·육성을 적극적으로 지원하는 데 에 있는바(대법원 2015. 10. 29. 선고 2015두44424 판결 등 참조), 원고가 매수인들과

사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하였다가 그린BB에 이 사건 토지를 현물

출자한 후 다시 매수인들과 사이에 그린BB 명의로 이 사건 토지에 관한 매매계약서를

작성한 것은 오로지 양도소득세를 면제받을 목적이었던 것으로 보이고, 이와 같이 양도

소득세의 부담 없이 토지를 매각하여 자금을 마련할 목적으로 현물출자의 형식을 취하 는 것을 농업회사법인에서 협업적·기업적 농업경영을 통하여 그 토지를 보유·경작하기

위하여 이루어지는 현물출자와 동일시할 수 없으며, 설령 그린BB가 실제로 영농사업 을 하는 법인이고, 영농자금을 조달하기 위한 것이었다고 하더라도 달리 볼 수 없다(그

매매대금이 전부 그린BB의 영농사업을 위하여 사용된 것으로 보이지도 않는다). 따라서

원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.』

2. 추가 판단

가. 피고가 위법하게 처분사유를 추가하였다는 주장

1) 원고 주장의 요지

   피고는 이 사건 처분 당시 그 사유로 ⁠‘원고가 그린BB에 이 사건 토지를 현물

출자한 것’을 들었다가 제1심 소송 계속 중 비로소 ⁠‘원고가 매수인들에게 이 사건 토지 를 직접 매도한 것’을 처분사유로 추가하였는바, ① 이는 처분의 동일성이 인정되지 않 는 것일 뿐만 아니라, ② 위 추가된 처분사유에 관하여는 원고가 조세심판절차 등을

거치지 못하여 원고의 소송절차상 이익과 방어권이 침해되었다.

2) 관련 법리

    과세처분이란 법률에 규정된 과세요건이 충족됨으로써 객관적, 추상적으로 성립

한 조세채권의 내용을 구체적으로 확인하여 확정하는 절차이고 그 취소소송은 과세처

분의 실체적, 절차적 위법을 취소원인으로 하는 것으로서 심판의 대상은 과세처분에

의하여 확인된 조세채무인 과세표준과 세액의 객관적인 존부라고 할 것이므로 양도소

득세부과처분에 있어서 양도 상대방을 오인하여 한 것이라도 과세원인이 된 양도자산 이 동일하면 처분의 동일성은 유지된다(대법원 1994. 5. 24. 선고 92누9265 판결 등

참조). 또한 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청

으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이

유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자

료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는

것은 아니다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결 등 참조).

3) 판단

   위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, ① 당초 이 사건 처분의 사유와 피

고가 제1심에서 추가한 사유는 이 사건 처분에 관한 과세표준과 세액을 달리하지 않는

것으로서(즉, 당초 처분사유와 추가된 처분사유는 원고의 취득가액과 양도가액을 각 동

일하게 산정하고 있고, 동일하게 구 조세특례제한법 제68조 제2항의 적용을 배제하고

있다) 양도 상대방을 달리보는 것이라고 하더라도 처분의 동일성이 유지되는 것으로

보아야 하고, ② 과세처분취소소송에서 사실심 변론종결 전이라면 조세심판절차 등 행

정소송의 전심절차 이후에라도 처분사유의 추가·변경이 가능한 것이므로[더욱이 조세

심판결정문(을 제3호증)의 제5쪽 제2의 나.(2)항에는 피고의 의견으로 ⁠“이 사건 토지는

원고가 그린BB에 현물출자하기 전에 이미 개인 간에 매매 거래가 이루어졌으나, 그

린BB에 현물출자한 후 다시 매수인들에게 양도하는 형식으로 양도소득세를 부당하게

면제받음으로써 농업회사법인에 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제하는 입법취지인

‘농업생산성 향상과 영농구조의 개선’에도 부합하지 않으므로 이 사건 처분은 정당하

다.”라고 기재되어 있는 점에 비추어 보면, 이미 조세심판절차에서 위 추가된 처분사유 가 제시되었으므로, 원고의 소송절차상 이익과 방어권이 침해되었다고 보기 어렵다], 이 와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

나. 이 사건 처분에 중복세무조사금지의무를 위반한 절차상 하자가 있다는 주장

1) 원고 주장의 요지

    피고는 2016. 9. 19.부터 2016. 9. 30.까지 원고에 대하여 현물출자감면 등 양도

소득세 신고 적정 여부에 관한 현장조사를 실시하였는바(제1차 조사), 그 조사 대상인

세목은 양도소득세, 과세기간은 2014. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로서 이는 실질적인

질문조사권을 행사한 세무조사에 해당하고, 피고는 다시 2017. 2. 20.부터 2017. 3. 10.

까지 제1차 조사와 동일한 세목과 과세기간을 대상으로 중복하여 세무조사를 실시하였

다(제2차 조사). 따라서 제2차 조사는 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로

개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 ⁠‘재조사’에 해당하므로 그에 기초

하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 관련 법리

    세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세

표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검

사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의

질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인

정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문 에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기

간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침

해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에

현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

     그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모

든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서 는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할

수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세

자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무

조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다 고 볼 것은 아니다.

    결국 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부 는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한

자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로

판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을

결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에

서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장

부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는

‘세무조사’로 보아야 할 것이지만, 그 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단

순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자

발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에

수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있 을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적 으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두

8360 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조).

3) 판단

      위 인정사실 및 앞서 든 증거들에다가 갑 제45호증, 을 제10호증의 각 기재를

보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 제1차 조사가

재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

  가) 피고는 2016. 9. 5. 원고에게 ⁠“2016. 9. 19.부터 2016. 9. 30.까지 현물출자감

면 등 양도소득세 신고 적정 여부를 확인할 목적으로 각종 증빙서류에 의한 과세자료

내용확인을 통한 양도소득세 현장확인을 할 예정인바, 위 현장확인은 세무조사가 아니

므로 확인자가 확인목적, 확인범위를 넘어난 행동 또는 무리한 자료요구 등을 할 경우

납세보호담당관에게 권리보호요청을 하여 시정받을 수 있다.”라고 통지한 다음 2016.

9. 19.부터 2016. 9. 30.까지 사이에 피고 소속 담당공무원이 이 사건 토지의 현황을

확인하는 한편 그린BB 사무실에 한 차례 방문하여 원고에게 현장확인 기간, 목적 및

범위를 설명하고 현장확인 통지서를 교부한 다음 이 사건 토지의 직접 경작 여부, 현

물출자 과정 등에 대하여 질문을 하고 원고의 답변을 듣는 방식으로 현장확인을 하였다.

     나) 피고 소속 담당공무원은 위 현장확인 당시 원고에게 원고의 양도소득세 신 고 당시 제출한 첨부서류를 요구하였을 뿐 그 외에 별다른 자료제출을 요구하지 않았 고, 그린BB 사무실에서 사업에 관한 장부·서류 그 밖의 물건들을 검사·조사하지도 않

았으며, 그린BB 사무실에 실제로 방문한 날은 하루, 방문한 시간은 한 시간 정도에 불

과하였다.

      다) 피고 소속 담당공무원은 원고가 신고한 양도소득세 내역과 관련된 내용에

대하여 질문하고 신고 당시 첨부한 서류를 요구하였으므로, 원고가 어렵지 않게 응답

하며 서류를 제출할 수 있었을 것으로 보이고, 그 밖에 위 현장확인이 원고에게 과도

한 부담을 부과하는 등으로 영업의 자유를 침해하였다고 볼 만한 자료가 없다.

다. 세무조사 대상 선정이 위법하므로 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다는 주장

1) 원고 주장의 요지

    피고는 원고를 세무조사 대상으로 선정한 이유로 ⁠‘원고가 현물출자한 이 사건 토

지를 현물출자 후 1년 이내 제3자에게 양도하거나, 원고 본인이 제3자와의 양도 계약 이

 행 도중 그린BB에 현물출자하는 등 양도소득세 탈루를 위해 그린BB를 설립한 혐의 가 확인되었음’을 들고 있는바, 양도소득세 탈루의 개연성을 확인하려면 이 사건 토지의

처분대가가 원고에게 귀속됨으로써 원고가 이 사건 매매계약의 실질적 당사자라는 점에

관한 자료를 확인하였어야 함에도 피고는 사전에는 물론 세무조사 과정에서도 이를 확

인하지 않았으므로, 결국 피고는 원고에 대한 세무조사 대상 선정 이유가 존재하지 않음

에도 불구하고 원고를 세무조사 대상으로 선정하여 세무조사를 한 다음 이 사건 처분을

한 것이어서 이 사건 처분은 위법하다.

2) 관련 법리

     국세기본법 제81조의6 제3항은 ⁠“세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하 는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.”라고 규정하면서 같은 항 제4호에서 ”신고내용에

탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우“를 세무조사 대상자 선정

이유로 규정하고 있고, 이때 ”신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자

료가 있는 경우“라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합

리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우를 의미한다(대법원 2010. 12. 23. 선고

2008두10461 판결 등 참조).

3) 판단

   살피건대, 을 제11호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 소속 담당공

무원이 원고의 양도소득세 신고 내용을 검토한 후 원고와 원고의 처 조CC가 그린BB 및 농업회사법인 로사 유한회사에 이 사건 토지 등을 현물출자한 후 2~3개월 내에 제3

자에게 양도하는 등으로 양도소득세 탈루 혐의가 있다고 보고 원고를 비정기 세무조사

대상자로 선정한 사실을 인정할 수 있다. 그런데 설립된 지 약 1주일(로사) 또는 2개월

(그린BB)만에 농업회사법인이 현물출자 받은 부동산을 즉시 매도한다는 것은 그 자체 로 매우 이례적이므로 원고의 신고 내용에 탈루나 오류가 있을 개연성을 시사하고, 이러

한 개연성은 이 사건 토지에 관한 등기사항전부증명서에 의해서도 충분히 객관성과 합

리성이 인정된다고 보인다. 따라서 피고의 원고에 대한 세무조사 대상자 선정이 위법하

다고 보기 어렵다.

따라서 원고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다.

라. 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장

1) 원고 주장의 요지

    구 조세특례제한법 제68조 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령

령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제63조 제4항에서는 양도소득세 면제의 요건으로

서 농지 등을 ⁠‘영농조합법인’에 현물출자하는 경우에만 ⁠‘4년 이상 직접 경작한 자’라는

요건을 규정하였고, ⁠‘농업회사법인’에 현물출자하는 경우에는 ⁠‘4년 이상 직접 경작한

자’라는 요건을 두고 있지 않았는데, 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되어 같은

날부터 시행된 구 조세특례제한법 시행령(이하 ⁠‘개정 조특법 시행령’이라 한다) 제63조

제4항에서는 ⁠‘농업회사법인’에 현물출자하는 경우에도 ⁠‘4년 이상 직접 경작한 자’를 요

건으로 규정하였다.

       그런데 개정 조특법 시행령 제63조 제4항은 본래 2015. 2. 3.부터 시행됨에도

불구하고 기획재정부, 국세청 등은 개정 조특법 시행령 제63조 제4항이 시행되기 이전 에 ⁠‘2015. 7. 1. 이후 양도하는 것부터 개정 조특법 시행령 제63조 제4항이 적용된다’

는 내용의 보도자료를 배포하는 등의 방법으로 수차례 공적 견해표명을 하였고, 만일

원고가 그 시행일자를 제대로 알았다면 2015. 2. 3. 이전에 그린BB에 현물출자를 하

여 양도소득세를 면제받았을 것임에도 위와 같은 기획재정부 등 과세관청의 공적인 견

해표명을 신뢰하고 양도소득세를 면제받을 것으로 기대하여 2015. 2. 3. 이후인 2015.

3. 26. 그린BB에 이 사건 토지를 현물출자함으로써 양도소득세를 면제받지 못하게

되는 결과가 초래되었으며, 기획재정부 등 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한

데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다.

따라서 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

2) 판단

앞서 본 바와 같이 원고가 그린BB에 이 사건 토지를 실제로 현물출자하였다고

보기 어려워 원고가 이 사건 토지를 ⁠‘4년 이상 직접 경작한 자’에 해당하는지 여부에

관계없이 개정 조특법 시행령 제63조 제4항이 시행되기 전부터 구 조세특례제한법 시

행령 제63조 제4항이 적용되지 않아 원고는 양도소득세를 면제받을 수 없었던 것이므 로, 설령 이 사건 매매계약이 2015. 2. 3. 이전에 체결되었다고 하더라도 이러한 결론

에는 차이가 없다. 즉, 원고가 기획재정부 등의 개정 조특법 시행령 제63조 제4항의

시행일에 관한 공적인 견해표명을 귀책사유 없이 신뢰하여 이 사건 매매계약을 체결하

였다고 하더라도 그로 인하여 원고의 이익이 침해되는 결과가 초래되었다고 볼 수 없다.

      따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장 역시 나머지 점에 관하여 더 나아 가 살필 필요 없이 받아들이지 않는다.

3. 결론

   그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와

결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과

같이 판결한다.

출처 : 광주고등법원 2021. 03. 10. 선고 광주고등법원(제주) 2020누1065 판결 | 국세법령정보시스템