요지

자산의 고유목적사용기간인 3년의 기준시점을 처분일 현재로 한정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하여 생기는 수입만이 법인세의 과세소득에서 제외.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건 2020구합5923 법인세부과처분취소

원 고 ○○○

피 고 ○○세무서장

변 론 종 결 2020. 12. 10.

판 결 선 고 2021. 1. 7.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

  피고가 원고에 대하여 한 2018. 9. 7.자 2017년도 법인세 163,967,920원의 부과처분, 2019. 4. 8.자 2015년도 법인세 17,814,041원 및 2016년도 법인세 67,162,087원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 기독교 복음화·해외선교·봉사 등을 목적으로 설립된 종교단체로서 2007.9. 10. 분할 전 충주시 달천동 177-1 양어장 13,370㎡ 및 같은 동 177-8 대 249㎡를 각매수하였고, 그 중 달천동 177-1 토지를 아래 기재와 같이 3차례에 걸쳐 총 15필지로 분할한 후 달천동 177-1, 177-9 토지를 제외한 나머지 13필지 토지와 달천동177-8 토지를 양도하였다(이하 원고가 양도한 14필지의 토지를 통틀어‘이 사건 쟁점토지’라고 하고, 개별적으로는 당해 토지의 지번으로만 특정한다).

 나. 피고는 이 사건 쟁점토지가 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항, 제3항 제5호 단서에 따라 비영리국내법인에 대한 과세소득에서 제외되는‘고유목적사업에 직접 사용하는 자산’에 해당하지 않는 다는 이유로, 2018. 9. 7. 원고에 대하여 2016년도 법인세 63,345,390원, 2017년도 법인세 331,038,420원을 각 부과하였다.

 다. 원고는 이에 불복하여 2018. 12. 3. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고는 이 사건 쟁점토지 중 일부의 양도소득 귀속시기를 변경하고 그 취득과 관련하여 원고가 지출한 이자비용 등을 추가로 손금에 산입하여 2019. 4. 8. 원고에게 2015년도 법인세23,494,616원을 부과하는 한편, 2016년도 법인세를 97,068,898원으로 증액경정하고, 2017년도 법인세를 212,070,932원으로 감액경정 하였다.

 라. 원고는 다시 위 부과처분 등에 불복하여 2019. 5. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2020. 1. 30.‘원고가 이 사건 쟁점토지를 양도하는 과정에서 공사비 등을 지출한 것으로 보이므로, 이를 재조사하여 그 결과에 따라 택지개발공사비로 확인되는 금액을 그 양도차익에서 차감하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 하고, 177-8 토지를 제외한 나머지 쟁점토지의 양도차익에 대하여는 가산세를 부과하지 않아야 한다.’는 취지의 결정을 내렸다.

 마. 피고는 위 결정에 따라 2020. 2. 18. 원고의 2015년도 법인세를 17,814,041원으로, 2016년도 법인세를 67,162,087원으로, 2017년도 법인세를 163,967,920원으로 각 감액경정 하였다.

 바. 원고에 대한 일련의 법인세 부과 및 경정내역은 아래와 같고, ① 2020. 2. 18.자감액경정결정에 따라 일부 취소된 후 남아 있는 2019. 4. 8.자 2015년도 법인세 부과처분, ② 2019. 4. 8.자 증액경정결정 중 2020. 2. 18.자 감액경정결정에 따라 일부 취소된 후 남아 있는 2016년도 법인세 부과처분, ③ 2019. 4. 8. 및 2020. 2. 18.자 감액경정결정에 따라 취소된 후 남아있는 2018. 9. 7.자 2017년도 법인세 부과처분을 통틀어‘이 사건 처분’이라 한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

 가. 원고의 주장

  1) 제1 주장

  가) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 단서, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 시행령 제3조 제2항에 따르면‘자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 자산’의 경우 그 처분으로 인한 수입이 법인세 과세소득에 포함되지 아니하는바, 위 규정은 해당 자산의 전체 보유기간 중 3년 이상 계속하여 고유목적에 직접 사용된 자산이기만 하면 처분일 기준으로 소급하여 3년 이상 사용되지 않았다고 하더라도 법인세 부과대상의 예외에 해당한다고 해석하여야 한다. 따라서 원고가 이 사건 쟁점토지를 2012. 1. 1.부터 2015. 10. 12.까지 3년을 초과하는 기간에 걸쳐 교회 운영에 필요한 농산물 생산과 야적장으로 사용한 이상 이 사건 쟁점토지는 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 자산에 해당하므로, 그 처분으로 인한 수입을 법인세의 과세소득에 포함시킬 수 없다.

  나) 같은 이유에서 이 사건 쟁점토지를 ⁠‘비사업용 토지’로 판단하여 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 따라 그 양도소득의 100분 10에 해당하는 금액을 법인세 명목으로 추가 납부케 한 것 역시 위법하다.

  2) 제2 주장

설령 이 사건 쟁점토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 자산에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고는 이 사건 쟁점토지의 양도금액을 고유목적사업에 전액 사용하였으므로, 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 원고의 2015년도부터 2017년도까지의 소득금액 계산 시 그 양도금액의 50%를 손금에 산입하여야 한다. 이와 같이 원고의 위 각 사업연도별 소득금액을 산정할 경우 각 사업연도별 정당한 법인세액은 2015년도 8,907,020원, 2016년도 29,330,137원, 2017년도 65,707,307원이므로, 이 사건 처분은위 각 금액을 초과하는 범위에서 취소되어야 한다.

 나. 관계법령

별지 기재와 같다.

 다. 판단

  1) 제1 주장에 대한 판단

  가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 참조).

구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은‘해당 유·무형자산의 처분일̇ 현재̇ 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’을 법인세의 과세소득에서 제외하고 있는바, 위 규정에서 자산의 고유목적사용기간인 3년의 기준시점을 처분일 현재로 한정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하여 생기는 수입만이 법인세의 과세소득에서 제외된다고 해석함이 타당하다. 그리고‘자산을 고유목적사업에 직접 사용’한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한 경우에는‘고유’목적사업에‘직접’사용한 경우에 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조).

한편, 과세소송 취소소송에서 과세대상이 된 토지가 비과세 혹은 면제대상이 라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등).

  나) 이 사건의 경우, 충주시장이 이 사건 쟁점토지가 원고의 목적사업에 직접 사용하는 부동산임을 전제로 원고에 대하여 2012. 1. 1.부터 양도일까지 이 사건 쟁점토지에 관한 재산세를 부과하지 않은 사실은, 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 6, 16호증의 각 기재에 의하여 이를 인정할 수 있고, 갑 18호증의 영상에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고의 보유기간 동안 이 사건 쟁점토지는 아래와 같이 나대지 상태로 있거나 농지로 이용되면서 그 중 일부 지상에 물건들이 적치되었던 것으로 보이기는 한다.

  그러나 원고가 주장하는 방법대로 이 사건 쟁점토지가 사용되었다고 하더라도, 이 사건 쟁점토지가 원고의 고유목적사업 수행에 필수적인 자산에 해당하지 않았음은 그 주장 자체로도 명백하므로, 이 사건 쟁점토지가 원고의 목적사업에 간접적으로나마 도움이 되었다고 볼 수는 있을지언정 원고의‘고유’목적사업에‘직접’이용되었다고 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

  2) 제2 주장에 대한 판단

  가) 구 법인세법 제3조 제3항은 ⁠‘비영리내국법인의 경우 수익사업에서 생기는 소득만을 법인세 과세소득으로 한다’고 규정하고 있고, 한편 같은 법 제29조 제1항은‘비영리내국법인이 소득이 발생하는 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 금액의 범위 내에서 손금에 산입한다’고, 같은 조 제2항은 ⁠‘비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금 으로부터 순차로 상계하되, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다’고 각 규정하고 있다. 이와 같이 법인세법이 비영리내국법인의 경우 수익사업과 비수익사업을 구분하여 그 중 수익사업에 대하여만 과세하면서도 수익사업에서 얻은 수입을 고유목적사업 등에 사용할 경우 이를 ⁠‘수익사업’의 손금으로 산입하도록 특례를 규정한 것은, 비영리내국법인의 수익사업소득에 대하여 영리내국법인과 동일한 방법으로 과세할 경우 결과적으로 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 사용할 수 있는 수익사업소득 중 일부가 국가에 귀속되는 결과를 초래하여 당해 공익사업의 원활한 수행에 장애가 될 수 있으므로, 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우에 한하여 이를 수익사업의 손금으로 산입하도록 함으로써 비영리내국법인으로 하여금 고유목적사업 등에 사용할 재원을 유보할 수 있도록 하기 위함이다. 이와 같은 규정의 취지에 비추어 볼 때, 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하였다고 하더라도, 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 이를 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2013. 11. 28. 선고2013두15996 판결 참조).

나) 따라서 원고가 이 사건 쟁점토지의 양도대금 상당의 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않은 이상, 위 양도대금을 원고의 교회 운영에 사용하였다고 하더라도 이를 손금에 산입할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각한다.

출처 : 청주지방법원 2021. 01. 07. 선고 청주지방법원 2020구합5923 판결 | 국세법령정보시스템