요지

납세의무자가 관할세무서장에 신고하여야 하는 것은 과세표준과 세액일 뿐 과세표준에 영향을 미치는 개별적인 각 항목 자체라고 할 수 없으므로, 최종적으로 과세표준과 세액에 없다면 납세자의 심한 배신행위가 있다고 보기 어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2018. 6. 26. 원고에게 한 2013 사업연도 귀속 법인세 ***,***,***원의 경정거부처분을 취소한다.

  3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결 중 해당 부 분(제2쪽부터 제4쪽에 기재된 ⁠‘1.처분의 경위’ 항목 부분) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 ○ 제1심판결 제2쪽 제19행 ⁠“한다)에 따라 설치된”을 ⁠“한다) 제38조는 금융기관이 보 유하고 있는 부실채권 등의 효율적인 정리를 위하여 공사에 부실채권정리기금을 둔다고 규정하였다. 이에 따라 설치된”으로 바꾸어 쓴다.

 ○ 제1심판결 제3쪽 제5 내지 9행을 아래와 같이 바꾸어 쓴다.

『1) 구 자산관리공사법 부칙(1997. 8. 22. 법률 제5371호로 제정된 것) 제2조는, 제1항 에서 부실채권정리기금의 재원조성 및 부실채권, 자구계획대책자산의 인수는 위 법 시행일부터 5년간에 한하여 할 수 있다고 규정하고, 제3항에서 제1항의 규정에 의한 기금의 운용기간이 종료된 후 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등이 완료된 때에는 기금의 잔여재산을 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하여야 한다고 규정하였는데, 위 부칙 제2조 제1항이 2002. 12. 5. 개정되어 부실채권정리 기금의 운용기간이 2007. 11. 22.까지로 연장되었다. 한편, 2006. 12. 30. 위 부칙 제2조 가 다시 개정되어 부실채권정리기금의 운용기간이 2012. 11. 22.까지로 연장되었으며(제2조 제4항), 운용기간 종료 후 3개월 이내에 잔여재산을 출연비율 등을 감안하여 출연자인 금융기관에 반환하되, 금융위원회가 부실채권정리기금의 자산과 부채를 실사한 결과 운용기간 종료일에 잔여재산이 있을 것이 확실하고 그 금액을 추정할 수 있는 경우에는 추정된 잔여재산의 일부를 운용기간 종료 전에 반환할 수 있다고 규정하였다(제2조 제5 항).』

2. 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 중 해당 부분(제5쪽부터 제6쪽에 기재된 ⁠‘가. 원고의 주장’ 항목 부분) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

 다. 인정 사실 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결 중 해당 부분(제6쪽부터 제7쪽에 기재된 ⁠‘1) 인정 사실’ 항목 부분) 기재와 같으므로, 행정소송법제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제6쪽 제24행의 ⁠“갑 제9, 10호증”을 ⁠“갑 제8, 9, 10, 15, 16, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)”으로 바꾸어 쓴다.

 ○ 제1심판결 제7쪽 제1행과 제2행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

『나) AAA은 위와 같은 회계처리에 따라 쟁점출연금을 포함한 약 8,592억 원을 손금산입하여 계산한 2000 사업연도의 소득을 약 2,675억 원으로, 이월결손금 공제액을 위와 같은 약 2,675억 원으로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 0원으로 신고하였다. 한편, AAA은 1997 사업연도에 약 7,160억 원, 1998 사업연도에 약 1조 3,044억원, 1999 사업연도에 약 3조 4,277억 원의 결손금이 발생하였고, 2000 사업연도의 공제기한 내 이월결손금 잔액은 약 5조 390억 원이었다.』

 ○ 제1심판결 제7쪽 제2행의 ⁠“나)” 부분을 ⁠“다)”로, 같은 쪽 제8행의 ⁠“다)” 부분을 ⁠“라)”로 각 고친다.

 ○ 제1심판결 제7쪽 제13행과 제14행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

『마) 원고가 신고한 2000 내지 2005, 2013 사업연도의 각 사업연도소득, 이월결손금공제, 과세표준, 산출세액 및 이월결손금 잔액의 내역은 아래 표와 같다.

라. 판단

위 인정사실과 관계 법령의 취지․체계 등을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점출연금은 2013 사업연도 법인세 소득금액 계산에 있어 손금에 산입 할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 전제를 달리하는 이 사건 처분은 위법하다.

 1) 부실채권정리기금에 대한 출연금의 손금 산입 시기 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결 중 해당

부분(제7쪽부터 제9쪽에 기재된 ⁠‘가) 선결적 쟁점’ 항목 부분) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 ○ 제1심판결 제8쪽 마지막 행부터 제9쪽 둘째 행까지의 ⁠“손금불산입으로 하여 자산으로 계상하였다가, 부실채권정리기금의 운용기간 종료․청산 시 잔여재산의 가액이 최종 확정되는 사업연도에 손금산입하는 것이 타당하고,” 부분을 ⁠“손금불산입(유보)로 하여 세무조정하여 두었다가, 부실채권정리기금의 운용기간 종료․청산 시 잔여재산의 가액이 최종 확정되어 그 잔여재산이 익금에 산입되는 사업연도의 손금에 산입하는 것이 타당하고,”로 고친다.

○ 제1심판결 제9쪽 제3행의 ⁠“없다(따라서”부터 제6행까지의 부분을 다음과 같이 고친다.

『없다(따라서 △ 이 사건 출연금은 원고에게 잔여재산을 반환받을 사법상 권리가 인정되지 않는 공과금에 해당하므로 이 사건 출연금을 그 출연 시점인 1997 사업연도의 손금에 산입하어야 한다거나, △ 이 사건 출연금을 원고가 이 사건 출연금을 초과하는 분배금을 지급받은 시점인 2008 사업연도의 손금에 산입하여야 한다는 취지의 피고의 관련 주장은 모두 받아들이지 않는다).』

○ 제1심 판결 제9쪽 제6행과 제7행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

『(3) ㈎ 이에 대하여 피고는, 원고는 법적 권리에 기하여 부실채권정리기금의 잔여재산을 배분받은 것이 아니라 정책적 판단에 의하여 잔여재산을 배분받은 것에 불과하고, 이 사건 출연금은 수익을 예정한 출자가 아닌 반대급부가 예정되어 있지 아니한 출연(기부)에 해당하므로, 부실채권정리기금 청산이 완료된 사업연도에 수익․비용 대응의 원칙이 적용될 수 없고 부실채권정리기금 정산금의 익금산입시기를 이 사건 출연금의 손금산입시기로 볼 수 없다는 취지로도 주장한다.

㈏ 관련 법령에 앞서 본 바와 같은 사정을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 의하면 위와 같은 피고 주장은 받아들이기 어렵다.

① 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것)1) 제16조 제5호는 ⁠‘대통령령이 정하는 것 이외의 공과금’은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하였고, 구 법인세법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 그 각 호에서 각종 기금에 대한 출연금, 부담금 또는 분담금을 손금에 산입되지 않는 공과금으로 열거하고 있었다.

그런데 헌법재판소는 1997. 7. 16. ⁠‘위 구 법인세법 제16조 제5호는 대통령령이 정하는 것 이외의 공과금은 손금에 산입하지 아니한다고 하여 공과금이 원칙적으로 손금에 산입되지 않는다고 규정하고 있으나, 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것으로 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것이 소득에 대한 과세로서의 법인세법의 본질 및 구조에 부합한다 할 것이므로, 위 법률조항은 이를 정당화하는 특별한 사유가 없는 한 실질적 조세법률주의에 위배된다’는 취지로 결정하였고(헌법재판소 1997. 7. 16. 선고 96헌바36 전원재판부 결정 참조), 1997. 12. 31. 개정된 구 법인세 법 시행령 제25조는 ⁠‘법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것(제1호)’, ⁠‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지・제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것(제2호)’을 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호가 정한 ⁠‘대통령령이 정한 공과금’으로 규정하였다.

② 위와 같은 △ 구 법인세법 시행령의 개정 경위와 관련법령이 공과금을 손금에 산입하지 않는 취지, △ 국세청 역시 1998. 3. 25.자 질의회신(갑 제8호증)을 통하여 ⁠‘부실채권정리기금의 운용기간 종료시 해당 기금의 잔여재산 정도에 따라 당초 출연금보다 부족하게 반환받는 금액은 반환이 확정된 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입하여온다고 지도하여 온 점, △ 금융회사 등이 보유하는 부실자산의 효율적 정리를 촉진하기 위하여 부실채권정리기금을 둔 자산관리공사법의 취지, △ 부실채권정리기금은 그 형성 당시부터 기금운용기간을 정하여 두고 기간 종료 이후 잔여재산을 출자비율 등을 감안하여 반환할 것을 예정하여 둔 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 출연금은 금융회사인 원고(AAA 및 구 BBB)의 사업을 위하여 출연된 것임이 분명하고, 비록 부실채권정리기금 운용 종료 이전에는 그 종료 이후 분배받게 될 잔여재산의 가액이 확정되지 않아 구체적인 사법상 분배청구권이 인정되기 어려웠다거나 운용기한 종료 시 기금 잔액이 0원이 되어 원고가 분배받을 잔여재산이 없게 될 가능성이 높았다고 하더라도, 원고가 이 사건 출연금을 아무런 반대급부 없이 기부한 것이라고 볼 수는 없다.

(4) 또한 피고는, 부실채권정리기금의 잔여재산 분배청구권은 금전채권으로 가분성을

본질로 하고, 2006. 12. 30. 개정된 자산관리공사법 부칙 제2조 제5항은 추후 잔여재산이 예상치보다 적은 경우라도 사전지급한 분배금을 환급하는 규정을 두지 않은바 출연금을 초과하는 분배금을 사전지급 받은 경우에는 잔여재산 분배청구권이 즉시 소멸하고, 따라서 쟁점출연금의 손금귀속 시기는 원고가 이 사건 출연금을 초과하는 분배금을 지급받은 2008 사업연도로 보아야 한다는 취지로도 주장한다.

살피건대 자산관리공사법 부칙 제2조 제5항은 부실채권정리기금 잔여재산의 반환은 운용기간 종료 이후 3개월 이내에 이루어져야 한다고 규정하면서, 다만 운용기간 종료일에 잔여재산이 있을 것이 확실한 경우에 한하여 출연자의 자금운용 편의 등을 위하여 이를 일부 사전에 반환할 수 있다고 규정한 것으로 해석될 뿐, 운용기간 종료 이전에 잔여재산에 관한 권리․의무관계를 미리 가분적으로 확정하기 위한 것으로 보기는 어렵고, 사전 반환의 요건에 비추어 사전지급한 분배금의 반환이 문제될 여지는 고려되지 않았을 것으로 보인다. 피고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.』

2) 신의성실의 원칙

가) 피고는, 원고가 쟁점출연금을 2000 사업연도에 손금산입하여 법인세를 신고․납부하여 쟁점출연금이 해당 사업연도의 소득금액에서 전액 공제되는 세제상 혜택을 부여 받았음에도 2000 사업연도 법인세에 대한 부과제척기간이 도과한 이후에야 재차 쟁점출연금을 2013 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙(권리남용금지․모순금지원칙)에 반한다는 취지로 주장한다.

나) 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 조세소송 절차법과 관련한 적용 및 실체법과 관련한 적용으로 나누어 볼 수 있고 조세소송의 절차법과 관련한 적용은 민사소송에서의 그것과 특별히 구분된다 할 수 없을 것이지만, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세 실체법과 관련한 적용은 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이다. 더구나 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실・기장불성실・자료불제출가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 참조).

납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인바, 앞서 본 바와 같이 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용되는 점에다가, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 증명책임도 부담하고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 분식결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고, 납부하였다가 그 과다납부한 세액에 대하여 취소소송을 제기하여 다툰다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 볼 수는 없는 것이고, 과세관청이 분식결산에 따른 법인세 신고를 그대로 믿고 과세하였다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두6300 판결 등 참조).

다) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 아래와 같은 사정에 비추어 보면 AAA이 쟁점출연금을 2000 사업연도의 손금에 산입하여 법인세를 신고․납부한 후에 다시 쟁점출연금을 2013 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하더라도 이를 신의성실의 원칙에 위반될 정도의 심한 배신행위라거나, 피고가 AAA의 법인세 신고․납부에 관하여 보호받을 가치 있는 신뢰를 가지게 되었다고 단정하기 어려울 뿐 아니라, 앞서 본 바와 같은 이 사건 출연금의 손금산입시기에 관한 원칙을 그대로 적용할 경우 나타나는 결과가 합법성을 희생하여서라도 인정할 수 없을 만큼 현저히 부당하다고 평가되지도 아니한다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

① AAA이 쟁점출연금을 손금에 산입한 2000 사업연도 당시, AAA의 사업소득은 약 2,675억 원이었던 반면 공제기한 내 이월결손금 잔액은 5조 389억 원에 이르렀다. 따라서 AAA으로서는 쟁점출연금 603억 5,000만 원의 손금산입 여부와 무관하게 법인세 과세표준 및 세액이 0원으로 유지되는 상황이었고, 당시 구 AAA의 경영상황에 비추어 근시일 내에 사업소득이 증가하여 위 사업소득에서 이월결손금을 공제할 수 있으리라고 예상하지도 못하였을 것으로 보인다. 이러한 상황에서 구 AAA이 부당한 법인세 감면・회피 목적으로 쟁점출연금을 손금에 산입하였으리라고 보기는 어렵고, 오히려 AAA이 당시 상당한 손실이 예상되던 쟁점출연금에 관한 회계정리를 조속히 마무리하려는 의도로 위와 같이 장부에 기재하였을 가능성도 배제할 수 없다. 그렇다면 AAA이 쟁점출연금을 2000 사업연도에 손금으로 산입하였음에도 다시 쟁점출연금을 2013 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하더라도 이를 조세회피를 위한 심한 배신행위라고 볼 수는 없고, 오히려 AAA이 2000 사업연도에 세무조정사항을 단순히 누락하였을 뿐이라고 볼 여지도 있다.

② 구 법인세법(2000. 2. 3. 법률 제6259호로 개정된 것) 제60조 제1항은 납세의 무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일로부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 ⁠‘과세표준과 세액’을 납세지 관할세무서장 에게 신고하도록 규정한다. 위 규정에 따르면, 법인세 납세의무자가 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것은 ⁠‘과세표준과 세액’일 뿐 과세표준에 영향을 미치는 개별적인 각 항목 자체라고 할 수 없으므로, 과세표준에 영향을 미치는 개별항목에 변동이 발생하더라도 최종적으로 산출된 과세표준이나 세액에 영향이 없다면 위 개별항목의 조정은 단순한 세무조정사항의 변경에 불과하여 납세의무자의 법인세 납세의무에는 영향을 주지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 법인세 납세의무자가 세무조정사항을 누락하였으나 결과적으로 과세표준과 세액에 영향이 없었던 경우에는 그와 같은 신고를 납세의무자의 심한 배신행위라고 보기는 어렵다.

③ 국세청은 1998년 당시 부실채권정리기금에 출연한 금액은 손금에 산입하여서 는 안 된다는 유권해석을 하였고(갑 제8호증), 구 BBB은 동일한 출연금에 대하여 2000 사업연도 당시 손금불산입 세무조정을 하여 법인세를 신고・납부하였으므로, 과세관청으로서도 AAA의 2000 사업연도 법인세 신고내역에 세무조정의 오류가 있었음을 인지할 수 있었을 것으로 보인다.

④ 피고는 합병 후 회사인 구 BBB이 AAA의 세무조정 오류를 바로잡지 않았다는 점을 지적하나, 앞서 본 바와 같이 AAA에는 다액의 이월결손금이 누적되어 있었으므로, 구 BBB으로서도 결과적으로 부당하게 감면된 법인세가 없었던 이상 AAA의 회계를 적극적으로 바로잡지 않았을 가능성이 있고, 이와 달리 구 BBB이 AAA의 쟁점출연금 상당의 장부상 누적 이월결손금 증가분을 활용하여 법인세를 부당하게 감면・회피하였다거나 구 BBB에게 그와 같은 의도가 있었다고 볼 자료가 없다.

⑤ 원고의 2000년 이후 사업연도의 이월결손금 잔액과 해당 사업연도의 각 소득 의 규모에 비추어 보면, AAA이 2000 사업연도에 쟁점출연금에 관한 정당한 세무조정을 통하여 쟁점출연금을 손금불산입(유보) 처리하여 두었다고 하더라도, 이로 인 하여 원고가 최종적으로 신고・납부하였어야 할 법인세 과세표준과 세액에는 영향이 없었을 것으로 보이므로(2000 사업연도 당시 AAA이 보유하였던 이월결손금의 공 제기한은 현재 도과하였고, 해당 기간 내에 원고가 쟁점출연금 상당액의 이월결손금을 더 보유함으로 인하여 과세표준이나 세액이 변동되지도 않은 것으로 나타난다), 법인세해당 세액의 산출 과정을 전체적으로 고찰하면 당시 원고가 이를 통하여 실질적으로도 세제상 혜택을 부여받았다고 단정하기는 어렵다.

⑥ 설령 법인세법 제18조 제6호, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호에 따라 장래자산수증익, 채무면제이익 등이 발생할 경우 10년의 일반적인 공제기간 제한 없이 소득금액을 이월결손금으로 공제하여 원고가 법인세를 절감할 가능성이 있다고 하더라도, 원고에게 장래 정당한 이월결손금을 초과하는 자산수증익, 채무면제이익 등이 발생할 가능성이 크다고 볼 근거가 없는 이상, 위와 같은 추상적인 가능성만으로는 합법성을 희생하여서라도 과세관청의 신뢰를 보호할 필요성이 인정된다고 할 수도 없다.

 ⑦ 각 사업연도에 대한 법인세 부과는 모두 독립적으로 이루어지고, 부과제척기간과 각 사업연도의 정당한 세액 산정 역시 별개의 문제이다. 따라서 설령 특정 사업연도의 과세표준에 오류가 존재하였고 위 사업연도에 대하여 부과제척기간이 도과하였다고 하더라도, 이와 같은 사정만으로 조세법이 요구하는 합법성의 원칙을 희생하면서까지 후행 사업연도의 법인세 과세표준에 대한 경정청구를 거부하는 것이 조세정의의 관념에 부합한다고 보기 어렵다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하는바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 따라서 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 08. 20. 선고 서울고등법원 2020누42257 판결 | 국세법령정보시스템