요지

이 사건 건물을 철거하고 이 사건 아파트를 신축하기 위하여 이 사건 매매계약을 체결하였으므로 이 사건 건물의 취득에 관련된 이 사건 매입세액은 부가가치세법 시행령 제80조 제2호가 규정한 매입세액 공제 제외 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 5. 1. 원고에게 한 2017년 제1기 부가가치세 2,536,200,000원의 부과처분 을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 부동산임대 및 매매업, 부동산분양, 컨설팅업 등을 주된 목적으로 설립된

법인이다.

  나. 1) 원고는 2016. 8. 5. BBBB 주식회사(이하 BBBB이라 한다)와 00시 000구 00동 587-1 대 8570㎡ 외 3필지(이하 이 사건 토지라 한다) 및 그 지상 8층 건물

(이하 이 사건 건물이라 하고, 이 사건 토지와 건물을 통틀어 이 사건 부동산이라 한

다)을 630억 원에 매수하는 내용의 매매계약(이하 이 사건 매매계약이라 한다)을 체결

하였다. 이 사건 매매계약 중 이 사건과 관련된 내용은 다음과 같다.

     2) 원고는 2017. 3. 15. BBBB에 잔금을 지급하고, 같은 날 이 사건 부동산에

관한 소유권이전등기를 각 마쳤다.

   다. 이 사건 매매계약 2.2에 따라, 원고와 BBBB은 이 사건 부동산에 대해 감정평

가를 실시한 후 이 사건 건물의 가액을 25,362,000,000원으로 결정하였다. 원고는

2017. 3. 15. BBBB으로부터 이 사건 건물 공급가액을 25,362,000,000원, 매입세액을

2,536,200,000원으로 한 매입세금계산서(이하 위 매입세액을 이 사건 매입세액이라 한

다)를 교부받았다. 원고는 2017년 1기분 부가가치세를 신고·납부하면서 이 사건 매입세

액을 공제하였다.

  라. 피고는 원고의 2017년 귀속 부가가치세 등에 관한 세무조사를 실시하여, 원고는 이 사건 토지에 건물을 신축할 목적으로 이 사건 건물을 토지와 함께 취득한 것이어

서, 이 사건 매입세액은 ⁠‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’에 해당하여 매출세액에

서 공제할 수 있는 매입세액이 아니라는 이유로 2019. 5. 1. 원고에게 2017년 1기 부

가가치세 3,366,707,370원(부가가치세 2,561,820,401원 + 일반과소신고 가산세

256,182,040원 + 납부불성실 가산세 548,704,938원, 원 이하 버림)을 경정·고지하였다

(이하 당초처분이라 한다).

 마. 원고는 2019. 8. 12.경 당초처분에 불복하여 조세심판을 청구하였고, 조세심판원 은 2021. 1. 5. ⁠‘당초처분은 신고 및 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고,

나머지 심판청구를 기각한다’는 결정을 하였다. 피고는 2021. 1. 15.경 위 조세심판원

결정의 취지에 따라 당초처분 중 위 각 가산세 합계 804,886,978원 부분을 전액 감액

경정하였다(이하 당초처분 중 감액경정되고 남은 부분을 이 사건 처분이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 19 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

원고가 BBBB으로부터 이 사건 건물에 관한 임대차계약들을 포괄적으로 승계한

점, 원고가 이 사건 매매계약 체결 이전 주식회사 CC과 용역 계약을 체결한 후 이

사건 건물에서 임대사업을 진행할 경우 수익성이 있는지를 검토하고 매장 재구성 등

임대사업의 수익성을 강화할 수 있는 방안을 모색하였던 점, 이 사건 건물의 일부 임

차인은 건물 철거 이전까지 계속 사업을 영위하였고 원고는 새로운 임차인과 임대차계

약을 체결하기도 한 점, 이 사건 건물은 건축된 지 약 15년 밖에 되지 않은 것으로서

감정가가 이 사건 매매대금의 40% 가량을 차지하는 등 현실적인 가치가 있었던 점, 원

고는 이 사건 부동산의 재매각을 검토하기도 하였던 점 등에 비추어, 원고는 BBBB

으로부터 포괄적으로 승계받은 부동산 임대사업에 사용할 목적으로 이 사건 건물을 취

득하였으므로 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하고, 따라서 이를 공제하

지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 관계 법령

별지와 같다.

  다. 인정 사실

    1) 가) 원고는 2016. 8. 6. 주식회사 CC(이하 CC이라 한다)과 이 사건 부동산

매수 및 개발 사업에 관한 용역 계약(이하 이 사건 컨설팅 계약이라 한다)을 체결하였

다. 이 사건 컨설팅 계약 중 이 사건과 관련된 내용은 다음과 같다.

      나) 원고와 CC은 2017. 3. 1. 이 사건 컨설팅 계약 중 제3조 제2항의 컨설팅

보수 지급시기를 ⁠‘원고의 요청이 있을 시 CC은 컨설팅 용역 결과물에 상응하는 기성

금 청구를 하여야 하며, 원고의 승인을 득한 후 컨설팅 용역 기성금을 지급하도록 한

다.’는 내용으로 변경하는 부동산 컨설팅 변경 계약을 체결하였다.

      다) CC은 원고에게 다음과 같은 용역 결과물(용역 보고서)을 제출하였다.

    2) 가) 이 사건 매매계약 7.1(b)에 따라, 원고는 2016. 11. 4. BBBB과 이 사건

건물에 관한 임대차계약을 승계하고 임대인 지위를 양수하는 내용의 임대차양도계약을

체결하였다.

     나) 원고는 2017. 2. 23. 이 사건 건물 6, 7층의 임차인인 DDDD 주식회사와

그에게 영업손실 보전을 위한 금원(이하 보상금이라 한다)으로 52억 5,000만 원을 지

급하고 계약종료일 이전에 기존의 임대차계약을 합의해지하기로 하는 내용의 합의서

(을 제6호증)를 작성하였다.

    다) 원고는 2017. 3. 9. 이 사건 건물의 2층의 임차인 윤EE(블레싱, 임대차기간

2013. 6. 14.~2017. 5. 13., 임대차보증금 15,560,000원)에게 보상금으로 1,600만 원을,

2017. 5. 31. DDDD 주식회사(임대차기간 2013. 2. 22.~2022. 12. 31., 임대차보증금

35억 원)에 위 나)항 합의에 따라 보상금으로 52억 5,000만 원을 지급하는 등 2017. 3.

9.부터 2017. 5. 31.까지 이 사건 건물의 임차인들 중 임대기간이 남아 있는 임차인 전

부에게 보상금으로 합계 12,045,540,000원을 지급하고 기존의 임대차계약을 합의해지

하였다.

    3) 원고는 2017. 1. 12. 국세청에 이 사건 매매계약이 사업의 포괄양도·양수로서

재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도로 볼 수 있는지에 관해 세법해석 사전답변

신청을 하였다. 국세청은 2017. 2. 14. ⁠‘부동산임대사업을 양도하는 경우 사업장별로 그

사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되어 사업의 동일성이 유지되는 경우

에는 부가가치세법 제10조 제8항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 따라 재화의 공

급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다.’는 취지로 답변하였다.

      4) 원고는 2017. 1. 26. FFF광역시 000구청장(이하 000구청장이라 한다)에

게 이 사건 토지 상에 공동주택(아파트) 548세대 및 판매시설 등(이하 이 사건 아파트

라 한다)을 신축하는 내용의 건축위원회 심의 신청서를 제출하였고, FFF광역시 건축위

원회는 2017. 5. 19. 조건부 의결을 하였다. 원고는 2017. 8. 21. 000구청장에게 위

사업에 관한 주택건설사업계획 승인 신청을 하였고, 해운대구청장은 2017. 11. 16. 주

택건설사업계획을 승인하였다(이하 위와 같이 승인받은 사업을 이 사건 신축사업이라

한다).

     5) 원고는 2017. 12. 11. 주식회사 웅진이엔씨와 이 사건 건물 철거공사 계약을,

2017. 12. 13. 주식회사 대우건설과 이 사건 토지에 이 사건 아파트를 신축하는 내용의

공사도급 계약을 각 체결하고, 그 후 이 사건 건물은 철거되고 이 사건 아파트가 건축

중이다.

[인정 근거] 앞서 든 증거, 갑 제10 내지 18, 22 내지 27호증, 을 제1 내지 8호증의 각

기재

  라. 판단

     1) 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호(2017. 12. 29. 법률 제15223호로 개정되

기 전의 것)는 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 매입세액 공제 제외

대상으로 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로

개정되기 전의 것) 제80조는 ⁠‘법 제39조 제1항 제7호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 토지 에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로

서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 토지의 취득 및 형질변경,

공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그

건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건물의 취득 및 철거 비용과 관

련된 매입세액, 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비

용에 관련된 매입세액’이라고 규정하고 있다.

   2) 앞서 본 사실, 앞서 든 증거 및 갑 제28호증(가지 번호 포함)의 각 기재를 종합

하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 아파트를 신축하기 위하여 이 사건 매매계약을 체결하였다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 건물의 취득에 관련된 이 사건 매입세액은 부가가치세법 시행령 제80

조 제2호가 규정한 매입세액 공제 제외 대상이므로, 이를 이유로 한 이 사건 처분은

적법하고 원고의 주장은 이유 없다.

   ① 원고는 이 사건 매매계약을 체결한 다음 날인 2016. 8. 6. CC과 이 사건 컨설팅

계약을 체결하면서, 컨설팅 보수를 ⁠‘이 사건 부동산 매매대금 630억 원의 2%인 12억

6,000만 원과 이 사건 신축사업의 예상매출액 4,000억 원의 2%인 80억 원을 합한 92

억 6,000만 원’으로 정하는 한편, 위 보수를 이 사건 신축사업의 진행 정도에 따라 나

누어 지급하기로 하였으며, 컨설팅 계약기간을 이 사건 신축사업 종료일까지로 정하였

다. 이 사건 컨설팅 계약의 위와 같은 내용에 비추어 보면 원고는 이 사건 매매계약을

체결할 무렵 이미 이 사건 신축사업을 진행하기로 결정한 것으로 보인다.

  ② 원고는 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2017. 1. 26. 해운대구청장에게 이 사

건 신축사업에 관한 건축위원회 심의를 신청하였고, 그로부터 11개월 후인 2017. 11.

16. 000구청장으로부터 주택건설사업계획 승인을 받아, 2017. 12. 11. 이 사건 건물

의 철거공사 계약을 체결하였다. 이처럼 이 사건 신축사업은 원고가 이 사건 부동산을

취득하기 전에 시작되어 비교적 신속하게 진행되었는바, 원고는 위 건축위원회 심의를

신청하기 이전부터 사업의 진행을 위해 많은 노력을 기울였을 것으로 보인다.

   ③ 원고는 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2017. 2. 23. 이 사건 건물 6, 7층의

임차인인 DDDD 주식회사와 보상금을 지급하고 기존의 임대차계약을 해지하는 내용

의 합의서를 작성하였는바, 원고는 그 이전부터 이 사건 건물의 임차인들과 기존 임대

차계약 해지를 위한 협의를 하였던 것으로 보인다.

   또한, 원고는 이 사건 신축사업에 관한 건축위원회의 의결 이전인 2017. 3. 9.부터

2017. 5. 31.까지 이 사건 건물의 임차인들 중 임대기간이 남아 있는 임차인 전원에게

보상금을 지급하고 기존 임대차계약을 계약종료일 이전에 해지하는 합의를 하였고, 원

고가 지급한 보상금은 합계 12,045,540,000원으로 기존 임대차보증금 합계

5,081,283,270원(이 사건 매매계약 별지 3)의 2배를 넘는 금액이다. 만약 원고가 이 사

건 신축사업 이전 이 사건 건물에서 임대업을 지속하고자 하였다면 위와 같이 거액의

보상금을 지급하는 방법으로 모든 임대차계약을 단기간에 해지할 필요는 없었을 것이

다.

한편, 원고가 이 사건 부동산을 취득 이후인 2017. 3. 24. 강GG에게 이 사건 건물

지하 1층, 지상 1, 2층을 임대하는 내용의 임대차계약을 체결한 사실은 인정된다. 그러 나 위 임대차계약의 임대기간은 약 2개월(2017. 4. 14.~2017. 5. 31.)에 불과하고 원고 가 위 임대수익 이외에 이 사건 건물의 임대로 인한 매출을 신고한 사실은 없다.

    ④ 원고가 CC으로부터 이 사건 건물에서 임대업을 지속할 경우의 수익성 또는 매

장재구성 등 임대수익을 높일 수 있는 방안을 검토한 용역결과물을 제공받는 등 이 사

건 건물에서 임대업을 지속하는 방안에 대해 검토한 사실은 인정되나, 이는 이 사건

매매계약을 체결하기 이전의 사정에 불과하고 원고가 이 사건 매매계약 체결 이후 강

GG와 단기 임대차계약을 체결한 외에 새로운 임차인이나 임대업종을 물색하는 등 임

대업을 지속하기 위한 방안을 검토한 사실을 인정할 증거가 없다.

    ⑤ 원고는 그가 BBBB으로부터 이 사건 건물의 임대차계약을 승계하는 등 임대사

업에 관한 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다고 주장한다. 그러나 사업양도의 경우 일

반적으로 자산·부채의 평가와 영업권의 평가 등이 중요한 요소로 작용하는데 원고와

BBBB 사이에 BBBB이 영위하던 임대업과 관련된 자산·부채의 평가와 영업권의

평가가 있었다고 볼 사정이 없고 사업상 비밀, 경영조직 등의 이전이 있었다고 볼 수 도 없는 점, 원고의 세법해석 사전답변 신청에 대한 국세청의 답변은 사업에 관한 모

든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되어 사업의 동일성이 유지되는 경우를 전제로 한

것에 불과한 점 등에 비추어, 원고의 주장을 받아들이기 어렵다.

    ⑥ 원고가 이 사건 매매계약을 체결할 무렵 이 사건 건물이 준공된 지 약 15년 밖에

되지 않았고, 2016. 9.경 그 가액이 358억 원으로 감정평가된 사실은 인정된다. 그러나

BBBB이 2012. 4.경 이 사건 부동산을 취득할 당시 감정평가액의 51.2%인 691억 원

(감정평가액 1,350억 원)에 낙찰받은 사정(갑 제22호증 19쪽)에 비추어 위 감정평가액 이 이 사건 건물의 시가를 정확히 반영한다고 보기 어렵고, 원고는 이 사건 신축사업

의 예상매출액을 4,000억 원으로 산정하는 등(이 사건 컨설팅 계약 제3조 제1항) 위

신축사업에 따라 더 큰 이익을 얻을 것으로 판단한 것으로 보인다.

      ⑦ 이 사건 건물의 관리업체였던 HH스코리아 주식회사의 직원인 증인 홍II는 이

법정에서 ⁠‘원고에게 이 사건 건물의 상권, 운영 현황에 관한 정보를 제공하거나 매장

재구성 방안 등을 논의한 사실이 있다. 원고로부터 이 사건 건물의 재개발에 관한 이

야기를 들은 사실은 없다.’는 취지로 증언하였다. 그러나 홍II는 BBBB과의 계약 에 따라 건물관리업무를 수행하던 회사의 직원에 불과하고, 상업시설의 매장관리 업무

만을 담당하였을 뿐 재개발 관련 업무를 수행한 사실이 없어 원고의 이 사건 매매계약 및 신축사업의 진행 경위를 상세히 알 수 없었던 것으로 보인다. 증인 홍II의 일부

증언만으로는 위와 같은 판단을 뒤집기에 부족하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 부산지방법원 2021. 09. 17. 선고 부산지방법원 2021구합21607 판결 | 국세법령정보시스템