요지

이 사건 토지를 업무에 사용하지 못한 사유는 이 사건 토지 취득 이전에 설치되어 있던 이 사건 도로의 존재에 불과하고 이는 ⁠‘당해 부동산 취득 후’에 발생한 사유에 해당한다고 볼 수가 없으므로 ⁠‘정당한 사유’에 대한 주장도 이유 없다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지 : 피고가 2018. 9. 17. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 *,*61,503,424원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지 : 주문 제1, 제2항과 같다.

이 유

1. 처분의 경위, 2. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부 중 가. 원고의 주장과 나. 관계법령이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심 판결문의 이유 중 해당 부분(제1심 판결문 제2면 4행부터 제5면 아래에서 3행까지 부분이다)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

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○ 제1심 판결문 제4면의 중 항목의 ⁠“업무무관부동산의 취득․관리비용과 지급이자 손금부인” 다음에 ⁠“(이하 ⁠‘손금불산입 부분’이라 한다)”를, 위 항목의 ⁠“토지등 양도소득에 대한 법인세” 다음에 ⁠“(이하 ⁠‘양도소득 부분’이라 한다)”를 각 추가한다.

○ 제5면 아래에서 3행과 2행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

『 1) 구체적으로 손금불산입 부분과 관련하여, 구 법인세법 제27조 제1호는 ⁠‘해당

법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득․관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액’은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 위 ⁠‘대통령령으로 정하는 자산’에 대하여 같은 법 시행령(2018. 10. 30. 대통령령 제29269호로 개정되기 전의 것) 제49조 제1항 제1호의 단서는 ⁠‘법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산 … 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산은 업무와 관련이 없는 자산에서 제외한다’고 규정하며, 위 ⁠‘기획재정부령이 정하는 부득이한 사유’에 대하여 같은 법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제844호로 개정되기 전의 것) 제26조 제5항 제30호는 ⁠‘당해 부동산 취득 후 … 도시계획의 변경등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산’으로 규정하고 있다.

2) 또한 양도소득 부분과 관련하여, 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제3항은 ⁠‘비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액’을 해당 사업연도 법인세액에 추가하여 납부하여야 하고, 다만 ⁠‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다‘고 규정하고, 위 ’대통령령으로 정하는 부득이한 사유‘와 ’대통령령으로 정하는 바‘에 대하여 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제1, 3호는 ’공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지‘는 ’기획재정부령으로 정하는 기간‘ 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 본다고 규정하며, 위 ’기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유‘와 ’기간’에 대하여 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호는 ⁠‘당해 토지를 취득한 후 … 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’와 ⁠‘당해 사유가 발생한 기간’으로 규정하고 있다.』

○ 별지 제16면 제12행의 ⁠“법인세법 시행령” 다음에 ⁠“(2018. 10. 30. 대통령령 제29269호로 개정되기 전의 것)”을 추가한다.

○ 별지 제18면 아래에서 3행의 ⁠“법인세법 시행규칙” 다음에 ⁠“(2019. 3. 20. 기획재정부령 제844호로 개정되기 전의 것)”을 추가한다.

다. 판단

1) 관련 법리 등

구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전부 개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제1호와 구 법인세법 시행규칙(2001. 3. 28. 재정경제부령 제183호로 개정되기 전의 것) 제26조 제5항 제2호 ⁠(가)목은 지급이자 손금불산입과 관련하여 비업무용 부동산으로 보지 아니하는 경우의 하나로 ⁠‘당해 부동산의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산’을 들고 있는바, 위 규정들은 당해 부동산의 ⁠‘취득 후’법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산을 그 요건으로 하고 있으므로, 취득전에 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 있었다면 이를 적용할 여지가 없다(대법원 2007. 1. 25. 선고 2005두5598 판결). 이러한 법리는 각 규정의 내용이 사실상 동일한 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제844호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제5항 제30호 및 제46조의2 제1항 제13호에서도 동일하다고 할 것이다.

이 사건에서 보건대, 원고가 손금불산입 부분과 관련하여 법인세법 시행규칙 제26 조 제5항의 다른 사유의 주장 및 양도소득 부분과 관련하여 위 시행규칙 제46조의2 제1항의 다른 사유에 대한 주장을 각 하지 아니하고 있고, 원고가 취득 시부터 양도시까지 이 사건 토지를 업무에 사용하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 위 채택증거들에 의하여 인정할 수 있는 이 사건에서, 손금불산입 부분과 관련하여 이 사건 토지가 ⁠‘업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산’에 해당하는지 여부 및 양도소득 부분과 관련하여 이 사건 토지가 ⁠‘비사업용토지’에 해당하는지 여부는 결국 위 시행 규칙 제26조 제5항 제30호 및 제46조의2 제1항 제13호에서 각각 정한 ⁠‘당해 부동산취득 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산에 해당하는 여부에 따라 판가름 난다고 할 것이다.

2) 먼저 ⁠‘당해 부동산 취득 후’의 사유로 업무에 사용하지 아니한 것인지 본다.

2013. 5. 22. 원고가 이 사건 토지를 취득하였는데 이 사건 토지의 중앙을 가로지르는 이 사건 도로는 그 이전에 설치되어 있었던 사실, 2015. 8.~12.경 원고가 2차례에 걸쳐 동구청장에게 이 사건 도로를 폐지하여 달라는 도시계획시설 변경제안을 신청하였으나 2016. 3. 15. 위 변경제안 신청이 거부된 사실, 이에 원고가 이 사건 도로의 폐지가 전제되어야만 분산물류센터 건립이 가능한데도 위 변경제안 신청이 거부됨으로써 분산물류센터 건립이 사실상 무산되었다고 판단하고 해양수산부장관으로부터 사업중단 승인을 받은 다음 2017. 12. 19. 이 사건 토지를 양도한 사실은 모두 위 ⁠‘1. 처분의 경위’에서 본 바와 같다.

이러한 사실관계를 위에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 업무에 사용하지 아니하거나 못한 사유는 ⁠‘이 사건 토지 취득 이전에 설치되어 있던 이 사건 도로의 존재’ 그 자체로 인한 것에 불과하고 이는 ⁠‘당해 부동산 취득 후’에 발생한 사유에 해당한다고 볼 수가 없다.

따라서 원고의 이 사건 청구는 ⁠‘정당한 사유’ 또는 ⁠‘사업용으로 의제될 수 있는 기간’ 등에 대한 주장에 대하여 판단할 필요 없이 이유 없다고 할 것이다(다만, ⁠‘정당한 사유’에 원래 이 사건 도로의 폐지가 가능하였거나 기대할 수 있었는데 사후에 사정변경이 생겨 폐지에 이르지 못하게 된 것에 불과한 경우도 해당함을 전제로 아래와 같이 가정적으로 판단한다).

3) 가정적으로 ⁠‘정당한 사유’로 인하여 업무에 사용하지 아니한 것인지 본다.

가) 관련 법리

구 법인세법 시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정된 것) 제18조 제3항 제1호에서 말하는 '정당한 사유'라 함은, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도,당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 10.선고 2000두4989 판결). 이러한 법리는 각 규정의 내용이 사실상 동일한 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제30호 및 제46조의2 제1항 제13호에서도 동일하다고 할 것이다.

나) 인정사실

① 2006년경부터 2008년경까지 **광역시장과 *구청장은 원고에게 악취와 소음이 심하고 노후화 되어 지역주민들이 불만을 제기한 **공판장의 이전을 여러 차례 요청하였다. **광역시장은 2006. 2. 21.에, 동구청장은 2008. 1. 24.에 원고에게 ’원고가 신규 공판장을 개설․이전하면 도시계획시설결정 등 제반 행정사항은 적극 지원하겠다‘는 취지로 각각 공문을 보내기도 하였다.

② 이 사건 토지 취득 전에 동구청장은 원고에게 분산물류센터의 부지를 추천하기도 하였다. 원고는 자체적으로 분석한 결과 위 부지가 부적절하고 반면에 이 사건 토지가 적합하다고 판단하여 2013. 5. 22. 이 사건 토지를 취득하게 되었다.

③ 2013. 6. 5. 원고와 **공판장의 대표자들은 이 사건 토지 내 도시계획도로인 이 사건 도로의 폐쇄를 요청하고 원활한 사업추진을 위하여 동구청장을 면담하게 되었는데 그 자리에서 동구청장으로부터 ’수협이 부지 확보는 제대로 했다. 분산물류센터기본안을 신속히 제출하면 도시계획시설 폐쇄도 긍정적으로 검토하겠다‘는 취지의 말을 듣게 되었다. 이후 2015. 6. 9. 원고와 동구청 관계자 사이의 도시계획시설(도로) 협의과정에서 동구청 관계자가 ⁠“사업추진여하에 따라 ⁠(이 사건 도로의) 폐도 적극 검토“의 의사를 표명하기도 하였다.

④ 이에 따라 2015. 2.경 원고는 사업부지를 체계적으로 관리하고, 원활하게 착공(예정 착공일 : 2015. 8.경)하기 위하여 5,800만 원을 들여 이 사건 토지 주변에 가설울타리를 설치하였다. 그와 같은 설치 과정에서 동구청 건축주택과 및 창조경제과 담당직원들과 원만한 협의를 거치기도 하였다. 또한 그 무렵 분산물류센터가 기피시설로 인식되어 민원을 해결할 필요성이 생기자 원고는 지역주민을 상대로 여러 차례 사업설명회와 간담회 등을 개최하거나 여러 형태의 타협안을 제안하기도 하고, 정동고등학교관계자를 상대로 여러 차례 협의를 하여 정동고등학교 관계자와는 합의에 이르렀다.

⑤ 2015. 8. 1. 원고는 동구청장에게 이 사건 도로의 폐지를 핵심으로 하는 도시관리계획 도로 변경 제안서를 제출하였으나 2015. 9. 1. ’교통성 검토, 환경성 검토의 추가 수행, 건축계획 등에 지역주민들의 의견을 반영하여야 한다‘는 사유로 반려되었다.

이후 원고는 2015. 12. 30. 동구청장의 지적사항을 반영하여 도시관리계획 도로 변경제안서를 다시 제출하였으나 2016. 3. 15. ’도시계획도로 변경 시 교통 혼잡 가중 및교통안전 위협, 지역주민들과의 합의 실패, 지역주민들의 이익보호‘를 사유로 재차 반려되었다.

⑥ 위 반려 사유 중 ’지역주민들과의 합의 실패, 지역주민들의 이익보호‘의 사유는 주로 이 사건 토지에 인접한 **타운아파트 주민과 관련된 것인데 위 주민들의 대표자라는 사람은 1세대 당 2억 원의 보상금을 요구하였다. 위 요구금액은 276억 원(= 1세대 당 2억 원 × 138세대)이고, 위 금액은 위 138세대 전체의 거래가격에 상당하며, 이 사건 사업 경비 약 380억 원의 대부분을 차지하게 된다.

⑦ 이 사건 토지 중앙에 위치한 이 사건 도로는 실제 이용률이 상당히 저조하여 사실상 도로의 본래 기능을 수행하지 못하고 있었고, 1988년경 신설되어 2006년경 주택건설사업 승인으로 폐지되었다가 2012년경 주택건설사업 승인취소로 도로로 회복된 바 있고, 이 사건 토지의 양도(2017. 12. 19.) 직후인 2018년경 다시 주택건설사업 승인으로 폐지되었다.

다) 정당한 사유 여부

(1) 지방자치단체 아닌 비영리 특수법인에 불과한 원고가 이 사건 토지의 취득 이전에 스스로 이 사건 도로를 폐지할 수 있었음을 인정할만한 증거는 없다.

(2) 원고로서는 위 인정사실에서 본 것과 같이 이 사건 도로를 폐지하도록 관할관청 등에 신청 등을 할 계획을 수립하고 이를 추진하였으나 결과적으로 그 목적을 달성하지 못한 것에 불과하므로, 위 법리에 비추어 볼 때 이러한 경우까지 ⁠‘정당한 사유’로 인하여 업무에 사용하지 아니한 때에 해당한다고 볼 수가 없다.

원고는 동구청장이 이 사건 도로의 폐지를 확약하였는데 새로 취임한 동구청장이 민원 등을 사유로 확약을 이행하지 아니하는 사정변경이 생긴 것이라는 취지로도 주장하고 있으나, 동구청장이 원고의 이 사건 토지의 취득 이전에 이 사건 도로의 폐지를 확약하였다고 인정할 증거가 없으므로(다만, 이 사건 토지의 취득 이전에는 위 인정사실 ①에서와 같이 **광역시장과 동구청장이 **공판장의 이전을 요청하고 아울러 이전 시 행정사항에 대한 일반적인 협력의사를 표명한 것이거나, 위 인정사실 ②에서와 같이 동구청장이 다른 부지를 추천한 것에 불과하고, 이 사건 토지의 취득 이후에 는 위 인정사실 ③에서와 같이 동구청에서 이 사건 도로의 폐지에 협력하겠다고 한 것에 불과하다), 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 설사 위 ⁠(2)항에서와 같이 이 사건 도로를 폐지하도록 관할 관청 등에 신청 등 을 할 계획을 수립하고 추진을 하였으나 결과적으로 그 목적을 달성하지 못한 경우까지도 ⁠‘정당한 사유’에 해당할 수 있다고 가정하더라도, 위 인정사실과 원고가 제출한 증거만으로는 위 채택증거들에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때 원고가 이 사건 토지를 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 평가하기 어렵다.

① 이 사건 도로의 폐지가 이 사건 사업에 결정적으로 중요한 요소라는 것이 원고의 주장인데, 이 사건 토지의 취득 이전에 관할 관청으로부터 이 사건 도로의 폐지에 대한 확약 등을 받았다거나 이 사건 도로의 폐지에 대한 원고의 계획이 구체적으로 수립되었다는 뚜렷한 자료가 없다. 또한 원고는 이 사건 토지를 취득한 2013. 5. 22.로 부터 2년 정도가 지난 2015. 6. 9. 동구청 관계자들과의 이 사건 도로의 폐지에 대한 협의를 하였고, 2015. 8. 1. 이 사건 도로의 폐지를 내용으로 하는 변경제안을 신청하였을 뿐이다.

② 원고는 이 사건 도로의 폐지에 대한 협의를 시작한 2015. 6. 9. 이후 불과 1년이 지난 2016. 9. 9. 이 사건 사업의 사업중단 승인신청을 하였고(갑 제17호증) 그 직후 승인을 받았다.

③ **타운아파트 주민의 보상요구는, 그 대표자에 의하여 제기되었다는 것이지만 주민들 대다수의 진정한 의사로 볼 수 있는지 의문이고, 보상요구 금액이 아파트 전체 세대의 거래가격에 상당하므로 협상 등을 통하여 합리적으로 조정할 여지가 없었다고 단정할 수도 없는 금액이다.

④ 이 사건 도로는 이미 1988년 신설되었다가 2006년 폐지된 바 있고, 원고가 이 사건 사업의 사업중단 승인신청을 한 2016. 9. 9. 또는 이 사건 토지의 양도일인 2017.

12. 19. 직후인 2018년 다시 폐지되기에 이르렀다.

4) 소결론

그렇다면 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하

여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 청구를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 07. 22. 선고 서울고등법원 2020누57587 판결 | 국세법령정보시스템