요지

공동수급협정서에 따라 공동수급체를 형성하였고, 계약당사자의 지위가 인정되므로 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없으며, 인정사실에 비추어 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급받았다고 볼 수 없으므로 5년의 부과제척기간이 적용되고, 부당과소신고가산세도 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2017. 8. 1. 원고에 대하여 한 2010년 제2기 부가가치세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분, 2012년 제1기 부가가치세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분, 2013년 제2기 부가가치세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분, 2014년 제1기 부가가치세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분, 2014년 제2기 부가가치세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 1998. 4. 4. 설립되어 컴퓨터 소프트웨어 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이다.

  나. 원고는 ① bb 유한회사(이하 ⁠‘bb’라 한다)와 함께 cc공사가 2010년에 발주한 ⁠‘ ○○○용역’(이하 ⁠‘이 사건 제1 프로젝트’라 한다) 및 dd공사가 2011년에 발주한 ⁠‘○○○용역’ 및 ⁠‘○○○수 용역’(이하 ⁠‘이 사건 제2 프로젝트’라 하고, 이 사건 제1 프로젝트와 통틀어 ⁠‘이 사건 각 프로젝트’라 한다)에 공동수급체를 형성하여 참여하였고, ② 주식회사 ee(이하 ⁠‘ee’라 한다)으로부터 2010년 제2기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 가공매입을 통한 세금계산서를 수취하고 관련 매입세액을 차감하여 부가가치세를 신고․납부하였다.

  다. 서울지방국세청장은 2016. 11. 24.부터 2017. 7. 5.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, ① 원고가 이 사건 각 프로젝트에 명의상으로만 공동수급체 구성원으로 참여하여 일정한 수수료를 지급받았음을 이유로 원고가 이 사건 각 프로젝트와 관련하여 사실과 다른 세금계산서를 발급하거나 수취하였고(이하 ⁠‘이 사건 제1 세금계산서’라 한다), ② 원고가 매출분산 목적으로 ee를 운영하면서 ee로부터 가공매입에 따른 세금계산서를 수취하였다(이하 ⁠‘이 사건 제2 세금계산서’라 한다)고 보아 관련 매출세액 및 매입세액을 부인하고, 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 부가가치세를 부과하도록 하는 과세자료를 피고에게 통보하였다. 이 사건 제1, 2 세금계산서의 내역은 아래 표 기재와 같다.

[표] 생략

  라. 이에 피고는 2017. 8. 1. 원고에 대하여 2010년 제2기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세(가산세 포함)을 증액경정․고지하였는데, 그 중 원고가 이 사건에서 다투는 2010년 제2기, 2012년 제1기, 2013년 제2기, 2014년 제1기, 2014년 제2기 각 부가가치세에 대한 부분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)은 아래 표 기재와 같다.

[표] 생략

  마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 10. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 10. 25. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

   원고는 아래와 같은 이유를 들어 이 사건 처분 중 주문 기재와 같은 부분이 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

   1) 이 사건 제1 세금계산서 관련

    원고는 이 사건 각 프로젝트와 관련하여 공동수급체의 구성원으로서 지분비율에 상당한 도급금액을 수령하고 그에 대한 매출세금계산서를 발행하였으며, 지분비율에 상당한 공사를 이행하기 위하여 하도급계약을 체결하고 그에 대한 매입세금계산서를 수취하였다. 공동수급체는 민법상 조합에 해당하므로, 조합의 대표사인 bb가 조합을 대표하여 공사를 이행하였다고 하더라도 조합의 구성원 전부가 공사를 이행한 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 제1 세금계산서가 사실과 달리 발행․수취된 것이라고 볼 수 없으므로 이 사건 처분 중 이 사건 제1 세금계산서와 관련한 부분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

   2) 이 사건 제2 세금계산서 관련

    원고가 가공매입에 따른 이 사건 제2 세금계산서를 수취하여 매입세액을 환급받기는 하였으나, 거래처인 ee은 관련 매출세액을 전부 신고․납부하였으므로, 원고에게는 매입세액 공제가 국가의 부가가치세 수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 없었고, 실제로 부가가치세의 탈루가 발생하지 않았다. 따라서 원고의 매입세액 공제를 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 인한 것이라고 볼 수 없어 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없으므로, 이 사건 처분의 이 사건 제2 세금계산서와 관련한 부분 중 2010년 2기 부분은 부과제척기간이 도과하여 이루어진 것으로서 위법하다. 마찬가지 이유로 이 사건 제2 세금계산서와 관련하여 부과된 구 국세기본법(2014. 12. 23. 국세기본법 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항에 따른 부당과소신고가산세 역시 위법하다.

  나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

  다. 인정사실

   갑 제5 내지 11호증, 15호증, 을 제2 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

   1) 이 사건 제1 세금계산서 관련

    가) 이 사건 각 프로젝트에서 중소기업이 공동수급체로 참여할 경우 입찰 평가에 가산점이 있기 때문에, bb는 원고를 공동수급체에 참여시켰다. 다만 실제 프로젝트 관련 업무는 bb가 모두 수행하되, 원고는 공동수급체 구성을 위한 명의를 빌려주는 대가로 원고의 공동수급체 지분 비율 상당 용역대금 중 3%를 수수료로 지급받기로 하였다.

    나) 이에 원고는 bb 및 다른 업체들과 공동수급체를 구성하여 아래 표 기재와 같은 사업에 참여하면서, cc공사 및 dd공사와 해당 공동수급체 구성원들을 계약당사자로 하는 용역도급계약을 체결하였고(이하 ⁠‘이 사건 도급계약’이라 한다), 원고 명의로 하도급업체들과의 하도급계약을 체결하였다.

[표] 생략

    다) 원고가 이 사건 제2 프로젝트와 관련하여 bb, rr주식회사와 작성한 각 공동수급협정서(이하 ⁠‘이 사건 공동수급협정서’라 한다)의 주요 부분은 다음과 같다.

   2) 이 사건 제2 세금계산서 관련

    가) 원고의 대표이사 CC는 2010. 9. 30. DD로부터 ee의 주식 100%를 인수하면서 DD을 원고의 상무로 영입하였다. 그에 따라 원고의 매출이 증가하자, 원고는 매출분산을 위하여 ee과 허위의 하도급계약(이하 ⁠‘이 사건 하도급계약’이라 한다)을 체결하고, ee으로부터 가공매입에 따른 이 사건 제2 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 차감하여 부가가치세를 신고, 납부하였다.

    나) ee은 이 사건 제2 세금계산서의 금액을 매출세액으로 하여 2010년 2기부터 2016년 2기까지의 부가가치세를 신고, 납부하였다.

    다) ee은 2011년~2016년 귀속 근로소득지급명세서상 CC의 배우자 EE, DD의 배우자 FF, 원고의 상무 GG의 배우자 HH을 각 직원으로 신고하였으나, 이들은 실제로 ee에서 업무를 담당하지 않았다.

   3) 관련 형사사건의 경과

    가) bb 전무 II, bb 이사 JJ, 주식회사 ff 실운영자 KK, dd공사 차장 LL은 서울중앙지방법원 ○○ 선고 ○○고합○○호로 아래와 같이 이 사건 제2 프로젝트와 관련한 업무상배임 등의 범죄사실을 유죄로 인정받아, LL은 징역 5년, 벌금 2억 6,000만 원 및 2억 6,000만 원 추징, II, KK은 징역 1년 6개월, JJ는 징역 1년 6개월 및 3년의 집행유예를 각 선고받았다(이하 ⁠‘이 사건 관련 형사판결’이라 한다). 이에 위 피고인들 및 검사가 서울고등법원 ○○노○○호로 항소하였으나 2015. 5. 29. 항소가 모두 기각되었고, 위 피고인들이 대법원 ○○도○○호로 상고하였으나 2015. 8. 27. 상고가 모두 기각되어 그대로 확정되었다.

    나) 서울지방국세청장은 원고 및 대표이사 CC을 이 사건 제2 프로젝트와 관련하여 허위의 세금계산서를 발급하거나 수취하였고, ee으로부터 재화 또는 용역의 공급 없이 허위의 세금계산서를 발급받았다는 조세범처벌법위반 혐의로 검찰에 고발하였으나, 2018. 5. 15. 이 사건 제2 프로젝트와 관련한 부분 중 일부는 5년의 공소시효가 도과하였음을 이유로 하는 각하 결정이 내려졌고, 나머지는 ⁠‘제출한 증빙자료 및 참고인의 진술로 보아 원고와 dd공사가 용역계약을 체결하고 하도급업체를 통하여 유지보수용역을 공급하고 공급받은 사실 인정되며, 이는 정상적으로 세금계산서를 발급하고 수취한 것으로 보이는 점, 이 사건 관련 형사판결 내용만으로 원고가 형식적인 업무만을 수행하여 수수료 3%를 제외한 97%의 세금계산서를 허위로 과다발급하고 과다수취하였다고 인정할 만한 인정하기 부족하고 다른 증거가 없는 점’ 등을 이유로 증거불충분 혐의없음 불기소결정이 내려졌으며, ee과 관련한 부분은 5년의 공소시효가 도과하였음을 이유로 하는 각하 결정이 내려졌다.

  라. 판단

   1) 이 사건 제1 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

    가) 구 부가가치세법(2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에 의하면 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

     납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2017. 4. 7. 선고 2015두49320 판결 등 참조), 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하는바, 이는 거래 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다고 다투어지는 경우에도 증명책임을 전환하는 별도의 법률 규정이 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 마찬가지이다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 등 참조).

     한편 공동이행방식의 공동수급체는 기본적으로 민법상 조합의 성질을 가지는 것이므로, 공동수급체가 공사를 시행함으로 인하여 도급인에 대하여 가지는 채권은 원칙적으로 공동수급체 구성원에게 합유적으로 귀속하는 것이어서 특별한 사정이 없는 한 구성원 중 1인이 임의로 도급인에 대하여 출자지분 비율에 따른 급부를 청구할 수 없다(대법원 2016. 8. 29. 선고 2015다5811 판결 등 참조). 다만 공동이행방식의 공동수급체와 도급인 사이의 공사도급계약에서 공동수급체의 개별 구성원으로 하여금 공사대금채권에 관하여 지분비율에 따라 직접 도급인에 대하여 권리를 취득하게 하는 약정이 이루어진 경우, 특별한 사정이 없는 한 개별 구성원들은 실제 공사를 누가 어느 정도 수행하였는지에 상관없이 도급인에 대한 관계에서 공사대금채권 중 각자의 지분비율에 해당하는 부분을 취득하고, 공사도급계약의 이행에 있어서의 실질적 기여비율에 따른 공사대금의 최종적 귀속 여부는 도급인과는 무관한 공동수급체 구성원들 내부의 정산문제일 뿐이라고 할 것이다. 따라서 공동이행방식의 공동수급체와 도급인 사이에서 공동수급체의 개별 구성원으로 하여금 공사대금채권에 관하여 지분비율에 따라 직접 도급인에 대하여 권리를 취득하게 하는 약정이 이루어진 경우에 있어서는 일부 구성원만이 실제로 공사를 수행하거나 일부 구성원이 그 공사대금채권에 관한 자신의 지분비율을 넘어서 수행하였다고 하더라도 이를 이유로 도급인에 대한 공사대금채권 자체가 그 실제의 공사비율에 따라 그에게 귀속한다고 할 수는 없다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2012다107532 판결 등 참조).

    나) 살피건대, 원고는 bb 등 업체들과 이 사건 각 프로젝트의 입찰 참가 및 도급계약의 체결 및 이행을 위하여 이 사건 공동수급협정서에 따라 공동수급체를 형성하였는바, 이는 민법상 조합에 해당한다. 또한 원고는 위 공동수급체 구성원으로써 이 사건 각 프로젝트의 입찰에 참가하였고, dd공사 및 cc공사는 중소기업인 원고가 공동수급체에 포함된다는 전제 하에 입찰점수를 평가하여 위 공동수급체 구성원들과 이 사건 도급계약을 체결하고 그에 따른 용역대금을 지급한 것으로 보이므로, 원고에게 이 사건 도급계약의 계약당사자 지위가 인정된다. 그렇다면 비록 이 사건 관련 형사판결에서 인정된 것과 같이 원고와 bb와의 사이에 실제 도급계약에 따른 이행은 모두 bb가 담당하고, 원고는 공동수급체 구성의 대가로 소액의 수수료만을 취득하기로 하는 약정이 있었다고 하더라도, 이는 계약상대방인 dd공사 및 cc공사의 의사와는 무관하게 조합원 사이에서 수익의 사후정산에 대한 내부약정을 한 것에 불과하다고 할 것이므로, 이를 들어 dd공사 및 cc공사와의 관계에서 원고의 계약당사자 지위를 부정하거나 용역대금의 귀속비율이 달라진다고 볼 수는 없다. 따라서 dd공사 및 cc공사와의 관계에서 계약당사자에 해당하는 원고는 공동수급체의 지분 비율에 따른 용역을 공급하는 자에 해당한다고 봄이 상당하다. 마찬가지로, 하도급업체들과의 관계에서도 이 사건 도급계약의 계약당사자 지위에 있는 원고가 그 명의로 하도급계약을 체결하고 하도급대금을 지급한 이상, 이 사건 관련 형사판결에서 인정된 것과 같이 원고가 bb의 내부적인 지시를 받아 하도급계약을 체결하였다고 하더라도 이는 조합원들 사이의 약정에 따른 업무분담에 불과하므로, 여전히 원고가 하도급계약의 계약당사자로서 하도급업체들로부터 용역을 공급받는 자에 해당한다고 봄이 상당하다.

    따라서 원고 명의로 발급하거나 수취한 이 사건 제1 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분 중 이 사건 제1 세금계산서와 관련한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

   2) 이 사건 제2 세금계산서에 관하여 부정한 행위가 인정되는지 여부

    가) 2010년 2기 부가가치세에 대한 부과제척기간 도과 여부

     (1) 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는 ⁠‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’을 국세 부과제척기간으로 정하고 있고, 같은 항 제3호는 이에 해당하지 않는 일반적인 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있다. 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ⁠‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2017. 1. 12. 선고 2016두52811 판결 등 참조).

     (2) 살피건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ee은 원고에게 발행한 이 사건 제2 세금계산서 금액을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고, 납부하였고, 이에 대한 경정청구 등을 통해 당초 신고한 부가가치세액을 환급받으려는 시도를 하지 아니한 점, 원고의 대표이사 CC은 ee의 100% 지분권자로서 이 사건 제2 세금계산서와 관련한 ee의 부가가치세 신고․납부 업무에 관여할 수 있을 것으로 보이는 점, 원고는 중소기업의 지위를 유지하기 위한 매출분산 목적에서 이 사건 제2 세금계산서를 수취한 것으로 보이고, 그 밖에 이 사건 제2 세금계산서상의 부가가치세 납세의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소가 발생하였다고 볼 만한 사정이 없는 점 등을 종합하면 원고는 ee이 원고로부터 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고․납부할 것이라고 인식하고 있었던 것으로 봄이 상당하므로, 원고에게 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받았다고 볼 수 없으므로 이 사건 제2 세금계산서와 관련한 부가가치세 부과처분에 대하여는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하고, 이 사건 처분의 이 사건 제2 세금계산서와 관련한 부분 중 2010년 2기 부분은 제척기간이 경과된 후 부과된 것이어서 위법하다.

    나) 부당과소신고가산세의 적법 여부

     (1) 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항 제2호에서 정한 ⁠‘부정행위로 부가가치세 등의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2018두50468 판결 등 참조).

     (2) 살피건대, 이 사건 하도급계약에 따른 거래는 가공거래에 해당하는 것으로서 그에 관하여 발급된 이 사건 제2 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 허위의 세금계산서에 해당하는 것임은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고에게 이 사건 제2 세금계산서로 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵다는 점은 앞서 가)항에서 본 바와 같으므로 이 사건 처분의 이 사건 제2 세금계산서 관련 부분 중 부당과소신고가산세 부분 역시 위법하다.

   3) 정당세액의 산정

    부당과소신고가산세 부과처분은 일반과소신고가산세 부과처분과는 독립한 별개의 과세처분이 아니라 동일한 세목의 가산세 부과처분으로서 그 세율만을 가중한 것에 불과하므로, 법원이 심리한 결과 부당과소신고가산세의 부과요건이 충족되지 아니하더라도 일반과소신고가산세의 부과요건이 충족된 경우라면 법원으로서는 일반과소신고가산세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2016두35335 판결 등 참조).

    따라서 이 사건 처분 중 2010년 제2기 부분 및 이 사건 제1 세금계산서 관련 부분을 전부 취소하고, 이 사건 제2 세금계산서 관련 부분은 부당과소신고가산세 대신 구 국세기본법 제47조의3 제1항, 제2항을 적용하여 일반과소신고가산세를 산출하는 것을 전제로 산정한 정당세액은 아래 표 기재와 같다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 02. 11. 선고 서울행정법원 2019구합51673 판결 | 국세법령정보시스템