요지

원고는 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기 목적이 없고 대체
주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라고
인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 해당하므로 원고의 종전주택 양도를 중과세율이
적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 볼 수 없고, 부칙 14조 제1항이
적용되지 않고, 구 소득세법 제140조 제7항 제3호도 적용되지 않으므로 피고 주장과
같이 장기보유특별공제가 배제되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2023. 8. 18. 원고에게 한 양도소득세 31,652,258원(과소신고 가산세 2,115,722원, 납부불성실 가산세 8,379,316원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지 

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

   가. 원고의 양도소득세 신고·납부

    1) 원고와 배우자 서ㅇㅇ ⁠(이하 ⁠‘원고 등’이라 한다)은 각 2분의 1 공유지분으로 2009.

6. 29. ⁠‘서울시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1***외 *필지 ㅇㅇ4차ㅇㅇ아파트 **1동 **2호(이하 ⁠‘종전주택’

이라 한다)‘를 취득하였다. 원고 등은 2018. 7. 30. 김ㅇㅇ 등과 사이에, 김ㅇㅇ 등에게 종전

주택을 15억 8,000만 원에 매도하되 계약금 1억 원은 계약시에, 중도금 3억 원은 2018. 9. 17., 잔금 11억 8,000만 원은 2018. 10. 30. 지급받기로 정하여 매매계약을 체결하고,

2018. 10. 30. 김ㅇㅇ 등에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 종전주택 소재지는 2016. 11.

3. 조정대상지역으로 지정되었다.

    2) 원고 등은 각 2분의 1 공유지분으로 2018. 7. 17. 이ㅇㅇ 등과 사이에, 이ㅇㅇ등으로

부터 ⁠‘서울시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1***-** ㅇㅇㅇㅇ캐슬 **2동 **2호(이하 ⁠‘대체주택’ 이라 한다)’

를 16억 원에 매수하되 계약금 1억 6,000만 원은 계약일에, 잔금 14억 4,000만 원은 2018.

10. 8.에 지급하기로 정하여 매매계약을 체결하고, 2018. 10. 8. 소유권이전등기를 마쳤다.

    3) 원고는 소득세법령상 조정대상지역 내에 있는 고가주택인 종전주택의 양도에 대해,

1세대 1주택으로 일시적 2주택이 되었다가 종전 주택을 양도한 경우에 해당한다고 보고[구

소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통법령 제29523로 개정되기 전의 것, 특별한 표시 없으면

이하 같음) 제155조 제1항], 고가주택에 대한 양도차익 계산방식(같은 시행령 제160조)에

따라 양도가액의 9억 원을 초과하는 부분에 대하여 장기보유특별공제 및 기본 소득세율을

적용하여 양도소득세 2,959,140원을 신고·납부하였다.

    4) 원고는 2011. 5. 17. ⁠‘ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 3** 주택(이하 ⁠‘임대주택’이라 한다)’

을 취득하고 2012. 10. 2. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 사업자등록[5년임대주택

(민간)]을 마친 후 이를 임대하여, 종전주택의 양도 당시 임대주택도 보유하고 있었다.

  1. 처분의 경위

    1) 피고는 원고에 대한 양도소득세 조사를 하여, 원고가 종전주택의 양도 당시 조정

지역 내 1세대 3주택(종전․대체․임대주택)을 보유한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제

하고 다주택 중과세율을 적용하여, 2023. 8. 18. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세

65,541,240원(가산세 포함)을 결정·고지하였다.

    2) 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호,

2012. 1. 1. 법률 제11146호) 부칙 제14조 제1항은 ⁠‘2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31까지

취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 1세대 3주택 이상 중과세율 적용을

배제하고 일반세율을 적용’하는 특례 규정을 두었다(이하 ⁠‘부칙 제14조’라고만 한다).

2014. 1. 1. 소득세법 개정(법률 제12169호)으로 제104조 제1항 4호 내지 7호(다주택

자에 대한 양도소득세 중과)가 삭제되고, 제104조 제4항 1호(지정지역에 있는 부동산

으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해 양도소득세 중과)가 신설되었다. 과세

관청은 제104조 제4항 4호 내지 7호가 삭제됨으로써 이를 전제로 한 구 소득세법 부칙

제14조는 실효되었다고 주장하였으나, 2014. 1. 1. 소득세법 개정에도 불구하고 구 소득

세법 부칙 제14조는 계속 유효하다는 판결(수원고등법원 2023. 6. 21. 선고 2022누

13943 판결)이 선고되었다.

    피고는 2024. 10. 7. 판결의 취지에 따라 직권으로 일반세율을 적용하여 원고에 대한

양도소득세 33,888,989원을 감액․경정하였다[2023. 8. 18.자 처분 중 감액되고 남은

31,652,258원(과소신고 가산세 2,115,722원, 납부불성실 가산세 8,379,316원 포함)만

‘이 사건 처분’이라 한다].

    4) 원고는 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 5. 8. 기각결정을

받았다. 

[인정근거] 갑 제1 내지 5, 7 내지 9호증, 을 제1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 종전주택 양도가 1세대 3주택 이상인 주택의 양도인지 여부

 1) 관련 법리

   투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는

취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록

하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기

위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 관련

규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주

자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도,

주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기 목적이 없고 대체

주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어

사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를

1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원

2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

    2) 구체적 판단

 갑 제6, 10 내지 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체

의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 고려하면, 원고는 주거를 이전

하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 투기 목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전

주택을 양도하기까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이

있는 경우에 해당한다. 원고의 종전주택 양도를 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에

해당하는 주택의 양도로 볼 수 없다.

① 원고 등은 2010. 1. 18. 종전주택에 전입신고를 마치고 거주하다 대체주택 취득 후

2018. 10. 31. 대체주택에 전입신고를 마치고 현재까지 거주하고 있다. 원고 등은 실제

주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득하였다.

② 원고 등은 2018. 7. 17. 대체주택을 매수하는 매매계약을 체결하고, 2018. 7. 30. 종전

주택을 매도하는 매매계약을 체결하였다. 원고는 종전주택의 매매대금을 받아 종전주택을

담보로 대출받은 채무를 변제하고, 지인으로부터 대체주택의 매수대금을 빌렸다가 종전

주택의 잔금을 받아 빌린 돈을 갚고, 대체주택을 담보로 대출을 받아 부족한 잔금을

지급하였다. 종전주택의 매도와 대체주택의 매수에 투기 목적도 없다.

③ 원고 등은 종전주택 취득일로부터 1년 이상이 지난 후 대체주택을 취득하였고, 대체

주택에 대해 소유권이전등기를 마치고 22일 후에 종전주택에 대해 소유권이전등기를

마쳐 주었다. 원고 등은 2018. 10. 8. 대체주택에 관한 소유권이전등기를 마치고, 내부

인테리어 공사를 한 후 2018. 10. 31. 전입신고를 마치고 입주하였다. 대체주택 내부

공사를 위해 종전주택보다 먼저 대체주택에 관해 소유권이전등기를 마친 것으로 보인다.

종전주택과 대체주택의 매매계약일이 인접해 있고, 잔금 지급일이나 소유권이전등기일

모두 인접해 있으며, 내부 공사를 위해 대체주택을 먼저 취득하였으며, 대체주택 취득

하고 종전주택을 양도한 기간도 22일로 주택거래의 현실에 비춰 이례적이지도 않다.

④ 종전주택의 전유부분 면적은 140.03㎡, 대체주택의 전유부분 면적은 208.63㎡, 임대

주택 전용면적은 40㎡~60㎡ 또는 85㎡ 정도이다. 면적이나 거주 지역 등에 비춰, 원고

등이 종전주택을 매도하고 임대주택으로 이사할 수 있었다고 하여 대체주택 취득에 거주

이전 목적이 없다고 할 수도 없다.

  나. 장기보유특별공제의 배제 여부

    1) 종전주택을 양도하기 전에 신규주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우

조정대상지역 내 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 후 조정대상지역 내 신규주택을

취득하고, 신규주택 취득 후 2년 내 종전주택을 양도하면, 종전주택은 1세대 1주택으로

간주된다(구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제154조 참조). 원고 등은 조정대상지역

내 종전주택을 2년 이상 보유하고, 조정대상지역 내 대체주택을 취득하고 대체주택 취득

후 2년 내에 종전주택을 처분하여, 원고의 종전주택 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당

한다. 

    원고 등은 9억 원 이상 고가주택인 종전주택을 2년 이상 보유하고 2년 이상 거주하

였으므로 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 계산한다[구

소득세법 제95조 제2, 3항, 구 소득세법 시행령 제160조 참조].

    원고의 종전주택 양도가 조정지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도임을

이유로 장기보유특별공제를 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

   2) 피고는, ① 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택에 대해 부칙 제14조

제1항에 따라 1세대 3주택 이상 중과세율이 아니라 일반세율이 적용되더라도 삭제되는

것으로 개정되기 전 부칙 제14조 제2항에서 장기보유특별공제를 배제하도록 규정을 두

었고, ② 구 소득세법 제104조 제7항도 부칙 제14조 제2항과 마찬가지로 중과세율이

적용되는 다주택자에 대해 장기보유특별공제를 제외하고 있으므로, 종전주택 양도에 대해

부칙 제14조 제1항에 따라 일반세율을 적용하더라도 장기보유특별공제를 배제하여야

한다고 주장한다. 피고의 주장은, 종전주택 양도가 1세대 3주택 이상으로 중과세율이

적용되는 양도임을 전제로 한다.

    원고는 장기임대주택을 제외하고 주거이전을 위해 대체주택을 취득하여 일시적 2주

택자가 되었다가 종전주택을 양도한 것이어서 위 가.항에서 본 바와 같이 원고의 종전

주택 양도를 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 볼 수

없다. 부칙 14조 제1항이 적용되지 않고, 구 소득세법 제104조 제7항 3호도 적용되지

않는다. 피고 주장과 같이 장기보유특별공제가 배제되지 않는다.

    3) 2021. 2. 17. 구 소득세법 시행령 제167조의3이 개정(대통령령 제31442호)되면서

1세대 3주택 이상에 해당하지 않는 주택에 ⁠‘제155조에 따라 1세대 1주택으로 보아

제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택(13호)’이

신설되었다. 즉 1세대 1주택 특례규정에 따라 1세대 1주택으로 간주되는 종전주택도

1세대 3주택 이상에 해당하지 않는다. 2010두27806 판결에서 본 바와 같이 1세대 3주택

이상에 해당하는 주택의 양도에 대해 중과세율을 적용하는 취지나 장기임대주택, 일반

주택도 중과세율의 적용대상에서 제외하는 관련 규정의 입법취지를 고려하면, 시행령

규정에서 이를 명문으로 신설하기 전에도 장기임대주택을 제외하고 주거이전을 위한

일시적 2주택자가 종전주택을 양도하는 경우 해당 종전주택도 1세대 3주택 이상에 해당

하지 않는다. 시행령 제167조의3 제13호가 2021. 2. 17. 신설되었지만, 1세대 1주택

특례에 관한 시행령 제155조, 제154조와 관계를 고려하면, 위 시행령은 해석상 인정

되는 내용을 확인한 규정이라 보아야 한다.

    피고 주장과 같이 장기임대주택을 제외한 일시적 2주택을 1세대 3주택으로 보면,

장기임대주택 외 1주택 보유자가 거주를 이전하기 위해서는 ① 의무임대기간 5년이 지나

장기임대주택을 처분하거나 ② 장기임대주택으로 이사하거나, ③ 종전 주택을 먼저 처분

하지 않으면 대체주택을 취득할 수 없다. 이러한 해석은 서민의 주거안정이라는 정책적

필요에 위해 도입된 장기임대주택의 입법 취지에 반하고, 거주이전의 자유를 보장하기

위하여 일시적 2주택을 1주택으로 간주하는 시행령 제155조 제1항이나, 일반주택에

대해서도 중과세율을 배제하는 규정(구 소득세법 시행령 제167조의 3 제1항 제10호)과

형평에도 맞지 않으며, 장기임대주택 외 실거주 1주택 밖에 없는 국민의 거주이전의 자유를

지나치게 제한하는 결과가 된다.

3. 결론

  원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2025. 03. 19. 선고 서울행정법원 2024구단9402 판결 | 국세법령정보시스템