어떤 법률 도움이 필요하신가요?
즉시 상담을 받아보세요!
* 연중무휴, 24시간 상담 가능

금융기관 전산시스템 위탁개발 연구개발비 세액공제 인정요건과 한계

서울행정법원 2018구합79322
판결 요약
금융기관이 전산시스템을 외부에 위탁하여 개발한 비용은 과학적 또는 기술적 불확실성을 해소하여 과학기술 진전을 도모하는 활동이 아니면 연구개발비 세액공제가 불가합니다. 단순한 시스템 효율화 및 기존 솔루션 활용은 세액공제 요건에 해당하지 않으며, 서비스활동 목적의 위탁개발 역시 공제 대상이 아닙니다.
#전산시스템 위탁개발 #연구개발비 세액공제 #조세특례제한법 #금융기관 #서비스 활동
질의 응답
1. 금융기관이 전산시스템을 외주로 개발했을 때 연구개발비 세액공제가 가능한가요?
답변
과학적·기술적 불확실성 해소를 목적으로 체계적 연구개발이 아닌 한 전산시스템 위탁개발 비용에는 연구개발비 세액공제가 인정되지 않습니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결은 '전산시스템 위탁개발이 과학 혹은 기술적 진전을 위한 활동이 아니라면 공제대상이 아님'을 명확히 하였습니다.
2. 시스템이 실제로 업무를 혁신하거나 신규 기능을 도입해도 세액공제를 받을 수 있나요?
답변
주요 개선·신규 서비스 도입 등 성과가 있어도 서비스활동 목적의 위탁개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결은 '금융업 신규 서비스 개발 등 서비스활동 목적으로 위탁된 개발비는 세액공제 대상 아님'이라고 판시했습니다.
3. 기존 소프트웨어 패키지에 기반한 시스템 개발도 조세특례제한법상 연구개발로 인정되나요?
답변
이미 존재하는 솔루션 기반 최적화 개발은 과학적·기술적 진전을 위한 창의적 연구개발로 인정되지 않습니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결에 따르면, 기존 상용 솔루션으로 이루어진 시스템 개발은 연구개발비 세액공제 대상이 아닙니다.
4. 시스템 개발 계약에 완료기한·지체상금 등 위험 부담 조항이 있으면 기술개발로 인정받을 수 있나요?
답변
개발 실패 위험의 부재는 연구개발의 본질에서 벗어나므로 세액공제 요건 충족에 영향이 없습니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결에서 개발실패의 불확실성이 크지 않은 점을 들어 연구개발 인정 요건을 부정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

금융기관의 전산시스템 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으며, 이는 금융업 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐, 서비스활동의 위탁연구개발비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2018구합79322 법인세경정거부처분취소

원 고

○○○○○ 주식회사

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 17.

판 결 선 고

2025. 4. 21.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6. 8. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 귀속 법인세 9,239,xxx원, 2013사업연도 귀속 법인세 913,921,xxx원, 2014 사업연도 귀속 법인세 3,559,xxx원의 각

경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 할부금융업무, 신용대출 및 담보대출 업무 등을 영위하는 법인인 원고는 2012년부터 원고의 금융서비스를 신속하고 편리하게 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하‘이 사건 전산시스템’이라 한다)을 주식회사 투****, 현***** 주식회사, 뱅****** 주식회사, 한***** 주식회사에 위탁하여 개발하며 별지1 표 ⁠‘연구․인력개발비’란 기재 금원(이하 ⁠‘쟁점 비용’이라 한다)을 지출하였다.

 나. 원고는 2015. 7. 27. 피고에게 쟁점 비용이 연구․인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ⁠‘쟁점 세액공제’라 한다)의 적용대상[구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호]에 해당한다고 주장하면서 별지1 표 ⁠‘세액공제액’란 기재 각 금액 상당의 2012 내지 2014 사업연도 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

 다. 피고는 2016. 6. 8. 쟁점 비용이 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당[구 조특법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제8조 제1항 ⁠[별표 6](이하 ⁠‘이 사건 별표’라 한다) 제1호 ⁠(나)목 1)의 괄호규정]하여 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9, 15호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

  가. 구 조특법 제9조 제2항 제1호는 ⁠‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한연구개발의 경우 ⁠“자체” 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구ㆍ인력개발비에 해당한다’고 규정하고 있으므로, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(구 조특법 제9조 제5항, 이하 ’서비스활동‘이라 한다)의 ⁠“위탁”연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 원고는 이 사건 전산시스템을 위탁개발하였으므로 이 사건 전산시스템이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(구 조특법 제9조 제5항, 이하 ⁠‘과학기술활동’이라 한다)에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대하여 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다.

  나. 앞서 든 증거, 갑 제3 내지 15호증 및 을 제1 내지 4호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산시스템의 개발이 과학기술활동에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

   1) 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ⁠‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을, ⁠‘과학기술’이란 ⁠‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다.

    연구개발, 그중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결 등 참조).

  2) 원고는 이 사건 전산시스템 개발의 핵심 설계방식으로 사용하기 위해 ⁠‘카시오페패키지’의 라이선스를 구매한 후 이를 기초로 이 사건 전산시스템을 개발하였다. 이 사건 전산시스템 및 각 어플리케이션(기본 단위 프로그램)은 이미 존재하는 유닉스 서버를 포함한 상용 솔루션을 사용하여 고객정보 통합 및 보호, 상품정보 통합 및 상품개발관리 통제, 시점데이터 확보 등을 이루는 것으로서, 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션은 이미 개발되어 있었다. 또한 이 사건 전산시스템의 어플리케이션 중 상당수는 기존의 메인프레임 내에 존재하던 다수의 프로그램이 재구축 또는 재사용되었다.

    이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없더라도, 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 ⁠‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’이라고 보기는 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발방식으로 이 사건 전산시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였고, 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 전산시스템과 본질적으로 다르지 않다.또한 원고가 수탁사나 재수탁사와 체결한 이 사건 전산시스템 개발 관련 계약에 ⁠‘완료기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁사가 배상하여야 할 ⁠‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁사의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보인다. 이처럼 이 사건 전산시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지와는 거리가 멀다.

    위와 같이 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 금융서비스를 더 신속하고 편리하게 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 그 목표와 결과, 위탁 비용 등을 고려할 때 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다.

  3) 이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는 금융업 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다.

  다. 종합하면, 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지1]

원고의 수탁업체에 대한 연구개발비 지급 및 세액공제액 계산 내역

사업연도 

연구․인력개발비

연평균 

공제율

세액공제액

2012

303,561,xxx원

3.04%

9,239,xxx원

2013

2,588,xxx,xxx원

303,xxx,xxx원

40%

913,921,xxx원

2014

11x,xxx,xxx원

3.02%

3,559,xxx원

[별지2]

관계법령

▣ 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)

제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입)

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 ⁠“연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 ⁠“연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 ⁠“신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 ⁠“원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 ⁠“일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

   가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

   나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

    1) 중소기업인 경우: 100분의 25

    2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

     가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

     나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

    3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

    4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

▣ 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)

① 법 제9조제2항제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

 1. 일반적인 관리 및 지원활동

 2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

 3. 반복적인 정보수집 활동

 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

 5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

 7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[별표 6]

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)

구 분

비용

1. 연구개발

가. 자체연구개발

 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ⁠“전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

  가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

  나) 「소득세법」 제29조 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

  다) 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등

 2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

 3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동연구개발

 1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

  가) ⁠「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

  나) 국공립연구기관

  다) 정부출연연구기관

  라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

  마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)

  바) ⁠「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

  사)「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업

  아)「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

  자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업

 2) ⁠「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다) 에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

(이하 생략)

▣ 구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것)

제7조(연구 및 인력개발비의 범위)

① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하 는 연구소 및 전담부서(이하 ⁠“전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 ⁠“연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

 1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

 2.「문화산업진흥 기본법」 제17조의3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개

정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. ⁠“연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

6. ⁠“연구시설”이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다.

제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준)

① 법 제14조제1항제2호에서 ⁠“연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

 1.「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만,「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

 2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5명 이상

 3. 제1호에도 불구하고 미래창조과학부령으로 정하는 과학기술 분야연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설연구소: 2명 이상

 4.「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 중견기업으로서직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하며, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설연구소: 7명 이상

 5. 그 밖의 기업부설연구소: 10명 이상

② 법 제14조제1항제2호에서 ⁠“연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 ⁠“전담부서”라 한다)를 말한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 특정연구개발사업 참여기관 등이 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 미래창조과학부령으로 정한다.

▣ 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것)

제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준)

③ 기업부설연구소등의 연구전담요원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자격기준을 갖추어야 한다. 이 경우 제3호부터 제6호까지의 기준은 중소기업에만 적용하되, 중소기업이 설립한 기업부설연구소등에서 제3호부터 제6호까지의 자격 중 어느 하나에 해당하는 자격을 갖추고 연구전담요원으로 근무하던 자가 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업이 된 후에도 계속하여 그 기업부설연구소등의 연구전담요원으로 근무하는 경우에는 해당 기업이 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업에 해당할 때까지는 연구전담요원의 자격을 갖춘 것으로

본다.

1.「대학설립ㆍ운영 규정」 별표 1에 따른 자연과학계열ㆍ공학계열 및 의학계열(이하 ⁠“자연계분야”라 한다)의 학사 이상 학위를 가진 사람으로서 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람

 2. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의기사 이상 기술자격을 가진 사람

 3. 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공한 자연계분야 전문학사 또는 이와 같은 수준의 학력이 있다고 인정되는 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상(3년제 전문대학을 졸업한 경우에는 1년 이상) 근무한 사람

 4. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의산업기사 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상 근무한 사람

 5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 고등학교를 졸업(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는고등학교로 지정ㆍ고시되기 전에 그 학교를 졸업한 경우를 포함한다)하고 기업의 연구개발활동과 관련된 분야에서 4년 이상 근무한 사람

  가. 「초ㆍ중등교육법 시행령」제90조제1항제10호에 따른 산업수요 맞춤형 고등학교

  나. 「초ㆍ중등교육법 시행령」제91조제1항에 따른 특정분야의 인재양성을 목적으로 하는 특성화고등학교

 6. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의기능사 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 4년 이상 근무한 사람. 끝.

출처 : 서울행정법원 2025. 04. 21. 선고 서울행정법원 2018구합79322 판결 | 국세법령정보시스템

판례 검색

  • 뒤로가기 화살표
  • 로그인

금융기관 전산시스템 위탁개발 연구개발비 세액공제 인정요건과 한계

서울행정법원 2018구합79322
판결 요약
금융기관이 전산시스템을 외부에 위탁하여 개발한 비용은 과학적 또는 기술적 불확실성을 해소하여 과학기술 진전을 도모하는 활동이 아니면 연구개발비 세액공제가 불가합니다. 단순한 시스템 효율화 및 기존 솔루션 활용은 세액공제 요건에 해당하지 않으며, 서비스활동 목적의 위탁개발 역시 공제 대상이 아닙니다.
#전산시스템 위탁개발 #연구개발비 세액공제 #조세특례제한법 #금융기관 #서비스 활동
질의 응답
1. 금융기관이 전산시스템을 외주로 개발했을 때 연구개발비 세액공제가 가능한가요?
답변
과학적·기술적 불확실성 해소를 목적으로 체계적 연구개발이 아닌 한 전산시스템 위탁개발 비용에는 연구개발비 세액공제가 인정되지 않습니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결은 '전산시스템 위탁개발이 과학 혹은 기술적 진전을 위한 활동이 아니라면 공제대상이 아님'을 명확히 하였습니다.
2. 시스템이 실제로 업무를 혁신하거나 신규 기능을 도입해도 세액공제를 받을 수 있나요?
답변
주요 개선·신규 서비스 도입 등 성과가 있어도 서비스활동 목적의 위탁개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결은 '금융업 신규 서비스 개발 등 서비스활동 목적으로 위탁된 개발비는 세액공제 대상 아님'이라고 판시했습니다.
3. 기존 소프트웨어 패키지에 기반한 시스템 개발도 조세특례제한법상 연구개발로 인정되나요?
답변
이미 존재하는 솔루션 기반 최적화 개발은 과학적·기술적 진전을 위한 창의적 연구개발로 인정되지 않습니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결에 따르면, 기존 상용 솔루션으로 이루어진 시스템 개발은 연구개발비 세액공제 대상이 아닙니다.
4. 시스템 개발 계약에 완료기한·지체상금 등 위험 부담 조항이 있으면 기술개발로 인정받을 수 있나요?
답변
개발 실패 위험의 부재는 연구개발의 본질에서 벗어나므로 세액공제 요건 충족에 영향이 없습니다.
근거
서울행정법원-2018-구합-79322 판결에서 개발실패의 불확실성이 크지 않은 점을 들어 연구개발 인정 요건을 부정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

금융기관의 전산시스템 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으며, 이는 금융업 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐, 서비스활동의 위탁연구개발비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2018구합79322 법인세경정거부처분취소

원 고

○○○○○ 주식회사

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 17.

판 결 선 고

2025. 4. 21.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6. 8. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 귀속 법인세 9,239,xxx원, 2013사업연도 귀속 법인세 913,921,xxx원, 2014 사업연도 귀속 법인세 3,559,xxx원의 각

경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 할부금융업무, 신용대출 및 담보대출 업무 등을 영위하는 법인인 원고는 2012년부터 원고의 금융서비스를 신속하고 편리하게 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하‘이 사건 전산시스템’이라 한다)을 주식회사 투****, 현***** 주식회사, 뱅****** 주식회사, 한***** 주식회사에 위탁하여 개발하며 별지1 표 ⁠‘연구․인력개발비’란 기재 금원(이하 ⁠‘쟁점 비용’이라 한다)을 지출하였다.

 나. 원고는 2015. 7. 27. 피고에게 쟁점 비용이 연구․인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ⁠‘쟁점 세액공제’라 한다)의 적용대상[구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호]에 해당한다고 주장하면서 별지1 표 ⁠‘세액공제액’란 기재 각 금액 상당의 2012 내지 2014 사업연도 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

 다. 피고는 2016. 6. 8. 쟁점 비용이 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당[구 조특법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제8조 제1항 ⁠[별표 6](이하 ⁠‘이 사건 별표’라 한다) 제1호 ⁠(나)목 1)의 괄호규정]하여 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9, 15호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

  가. 구 조특법 제9조 제2항 제1호는 ⁠‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한연구개발의 경우 ⁠“자체” 연구개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용만 연구ㆍ인력개발비에 해당한다’고 규정하고 있으므로, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(구 조특법 제9조 제5항, 이하 ’서비스활동‘이라 한다)의 ⁠“위탁”연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다. 원고는 이 사건 전산시스템을 위탁개발하였으므로 이 사건 전산시스템이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(구 조특법 제9조 제5항, 이하 ⁠‘과학기술활동’이라 한다)에 해당하는 경우에 한하여 쟁점 비용에 대하여 쟁점 세액공제를 적용받을 수 있다.

  나. 앞서 든 증거, 갑 제3 내지 15호증 및 을 제1 내지 4호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산시스템의 개발이 과학기술활동에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

   1) 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ⁠‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을, ⁠‘과학기술’이란 ⁠‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다.

    연구개발, 그중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결 등 참조).

  2) 원고는 이 사건 전산시스템 개발의 핵심 설계방식으로 사용하기 위해 ⁠‘카시오페패키지’의 라이선스를 구매한 후 이를 기초로 이 사건 전산시스템을 개발하였다. 이 사건 전산시스템 및 각 어플리케이션(기본 단위 프로그램)은 이미 존재하는 유닉스 서버를 포함한 상용 솔루션을 사용하여 고객정보 통합 및 보호, 상품정보 통합 및 상품개발관리 통제, 시점데이터 확보 등을 이루는 것으로서, 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션은 이미 개발되어 있었다. 또한 이 사건 전산시스템의 어플리케이션 중 상당수는 기존의 메인프레임 내에 존재하던 다수의 프로그램이 재구축 또는 재사용되었다.

    이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없더라도, 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 ⁠‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’이라고 보기는 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발방식으로 이 사건 전산시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였고, 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 전산시스템과 본질적으로 다르지 않다.또한 원고가 수탁사나 재수탁사와 체결한 이 사건 전산시스템 개발 관련 계약에 ⁠‘완료기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁사가 배상하여야 할 ⁠‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁사의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보인다. 이처럼 이 사건 전산시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지와는 거리가 멀다.

    위와 같이 이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 금융서비스를 더 신속하고 편리하게 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 그 목표와 결과, 위탁 비용 등을 고려할 때 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다.

  3) 이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는 금융업 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 아니다.

  다. 종합하면, 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지1]

원고의 수탁업체에 대한 연구개발비 지급 및 세액공제액 계산 내역

사업연도 

연구․인력개발비

연평균 

공제율

세액공제액

2012

303,561,xxx원

3.04%

9,239,xxx원

2013

2,588,xxx,xxx원

303,xxx,xxx원

40%

913,921,xxx원

2014

11x,xxx,xxx원

3.02%

3,559,xxx원

[별지2]

관계법령

▣ 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것)

제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입)

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 ⁠“연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 ⁠“연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 ⁠“신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 ⁠“원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 ⁠“일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

   가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

   나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

    1) 중소기업인 경우: 100분의 25

    2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

     가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

     나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

    3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

    4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

▣ 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)

① 법 제9조제2항제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

 1. 일반적인 관리 및 지원활동

 2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

 3. 반복적인 정보수집 활동

 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

 5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

 7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[별표 6]

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)

구 분

비용

1. 연구개발

가. 자체연구개발

 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ⁠“전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

  가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

  나) 「소득세법」 제29조 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

  다) 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등

 2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

 3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동연구개발

 1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

  가) ⁠「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

  나) 국공립연구기관

  다) 정부출연연구기관

  라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

  마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)

  바) ⁠「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

  사)「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업

  아)「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

  자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업

 2) ⁠「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다) 에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

(이하 생략)

▣ 구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것)

제7조(연구 및 인력개발비의 범위)

① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하 는 연구소 및 전담부서(이하 ⁠“전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 ⁠“연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

 1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

 2.「문화산업진흥 기본법」 제17조의3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개

정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. ⁠“연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

6. ⁠“연구시설”이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다.

제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준)

① 법 제14조제1항제2호에서 ⁠“연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

 1.「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만,「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

 2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5명 이상

 3. 제1호에도 불구하고 미래창조과학부령으로 정하는 과학기술 분야연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설연구소: 2명 이상

 4.「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 중견기업으로서직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하며, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설연구소: 7명 이상

 5. 그 밖의 기업부설연구소: 10명 이상

② 법 제14조제1항제2호에서 ⁠“연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 ⁠“전담부서”라 한다)를 말한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 특정연구개발사업 참여기관 등이 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 미래창조과학부령으로 정한다.

▣ 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것)

제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준)

③ 기업부설연구소등의 연구전담요원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자격기준을 갖추어야 한다. 이 경우 제3호부터 제6호까지의 기준은 중소기업에만 적용하되, 중소기업이 설립한 기업부설연구소등에서 제3호부터 제6호까지의 자격 중 어느 하나에 해당하는 자격을 갖추고 연구전담요원으로 근무하던 자가 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업이 된 후에도 계속하여 그 기업부설연구소등의 연구전담요원으로 근무하는 경우에는 해당 기업이 영 제16조제1항제4호에 따른 중견기업에 해당할 때까지는 연구전담요원의 자격을 갖춘 것으로

본다.

1.「대학설립ㆍ운영 규정」 별표 1에 따른 자연과학계열ㆍ공학계열 및 의학계열(이하 ⁠“자연계분야”라 한다)의 학사 이상 학위를 가진 사람으로서 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람

 2. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의기사 이상 기술자격을 가진 사람

 3. 기업의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공한 자연계분야 전문학사 또는 이와 같은 수준의 학력이 있다고 인정되는 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상(3년제 전문대학을 졸업한 경우에는 1년 이상) 근무한 사람

 4. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의산업기사 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 2년 이상 근무한 사람

 5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 고등학교를 졸업(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는고등학교로 지정ㆍ고시되기 전에 그 학교를 졸업한 경우를 포함한다)하고 기업의 연구개발활동과 관련된 분야에서 4년 이상 근무한 사람

  가. 「초ㆍ중등교육법 시행령」제90조제1항제10호에 따른 산업수요 맞춤형 고등학교

  나. 「초ㆍ중등교육법 시행령」제91조제1항에 따른 특정분야의 인재양성을 목적으로 하는 특성화고등학교

 6. 기업의 연구개발활동과 관련된 「국가기술자격법」 제9조제1호에 따른 기술ㆍ기능분야의기능사 기술자격을 가진 사람으로서 해당 연구 분야에서 4년 이상 근무한 사람. 끝.

출처 : 서울행정법원 2025. 04. 21. 선고 서울행정법원 2018구합79322 판결 | 국세법령정보시스템