요지

(1심 판결과 같음) 원고가 ’15년 벤처기업확인서를 발급받고 2015사업연도 법인세 신고 시 창업벤처중소기업 세액감면 신청하였으나, 2016사업연도는 매출급성장으로 중소기업 요건을 충족하지 못한 경우 창업벤처중소기업세액감면을 적용할 수 없음

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판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 7. 25. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 2,755,860,910원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결 이유의 인용 이 법원이 이 판결에 기재할 이유는 아래에서 추가하거나 고쳐 쓰는 부분 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

􎆖 제1심 판결문 제2면 제6, 7행의 ⁠“벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 ⁠‘벤처육성법’이라고 합니다)”을 ”구 벤처기업육성에 관한 특별법(2016. 3. 29. 법률 제14127호로 개정되기 이전의 것, 이하 ’구 벤처기업법‘이라 한다)“으로 고쳐 쓴다.

􎆖 제1심 판결문 제6면 제8행의 ⁠“규정하고”와 ⁠“있는바” 사이에 ⁠“있고, 구 조세특례제한법 시행령 제5조 제4항 제1호는 구 조세특례제한법 제6조 제2항의 ⁠‘대통령령으로 정하는 기업’이란 구 벤처기업법 제2조의 요건을 갖춘 ⁠‘중소기업’이라고 규정하고”를 추가한다.

􎆖 제1심 판결문 제7면 제5행(도표는 행수에서 제외한다)의 ⁠“제4조”를 ⁠“제6조”로 고쳐 쓴다.

􎆖 제1심 판결문 제8면 제2행과 제3행 사이에 아래의 내용을 추가하고, 제3행의“④”를 ⁠“⑧”로 고쳐 쓴다.

『④ 한편 원고는 구 조세특례제한법 제6조 제2항의 중소기업 요건은 최초 벤처기업으로 확인을 받을 때만 필요한 요건으로 벤처기업의 확인을 받은 이후에는 구 조세특례제한법 제6조 제2항에 의한 세액감면을 받기 위하여 계속하여 중소기업의 요건을 유지할 필요가 없으므로, 세액감면기간 중 규모의 확대 등으로 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 되더라도 벤처기업의 확인이 취소되지 않는 한 위 조항에 의하여 세액감면을 받을 수 있다고 주장한다.

  그러나 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제6조 제2항의 적용을 받는 대상은‘중소기업’이어야 하는데, 구 조세특례제한법 시행령 제2조는 ⁠‘중소기업의 범위’라는 제목 하에 제1항에서 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등을 규정하고, 제2항에서 제1항의 중소기업이 향후 그 규모의 확대 등으로 제1항의 중소기업 규모 요건 등을 갖추지 못하게 되는 경우에 원칙적으로 구 조세특례제한법을 일정 기간 적용할 수 있되 위와 같은 유예기간을 배제할 수 있는 사유를 단서에 규정하였다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제4호는 유예기간 배제사유로 ⁠‘창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우’를 들고 있는바, 당초 중소기업 요건을 갖추어 벤처기업의 확인을 받았다고 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제4호에 규정하고 있는 사유에 해당하게 되어 ⁠‘중소기업’ 요건을 계속하여 유지하지 못하게 되었다면 구 조세특례제한법 제6조 제2항에 따른 세액감면 특례를 더 이상 적용 받지 못하게 된다고 봄이 타당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

⑤ 구 조세특례제한법 제6조 제2항은 본문에서 세액감면 대상기업, 감면내용 및 감면기간에 대하여 규정하면서 단서에서 세액감면 대상기업에서 배제되는 경우로 세액감면기간 중 ⁠‘벤처기업의 확인이 취소된 경우’를 들고 있다. 그러나 위 단서 규정은 세액감면기간 중에 구 조세특례제한법 제6조 제2항의 적용 대상요건 중 ⁠‘벤처기업의 확인’ 요건과 관련하여 ⁠‘벤처기업의 확인이 취소’됨으로써 그 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 이를 배제하는 규정이라고 할 것이고, 그 외 '중소기업‘과 관련된 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 구 조세특례제한법의 적용 대상기업인 모든 ’중소기업‘에 적용되는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항이 적용되어야 한다(한편 원고는, 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 제6조 제2항 단서에 ’벤처기업확인이 취소된 경우‘ 세액감면 특례를 배제하는 규정이 신설되었으므로 벤처기업의 확인이 취소되는 경우 이외에는 세액감면 특례를 배제할 수 없다고 주장하나, 위와 같은 사유는 ’중소기업‘과 관련된 요건에 대하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항을 적용함에는 영향을 미치지 아니한다).

⑥ 구 조세특례제한법 제6조 제2항 단서 및 구 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호 및 제2조의2에 의하면 벤처기업의 확인을 받은 창업벤처중소기업이 ⁠‘중소기업’의 요건을 갖추지 아니하게 되어 벤처기업의 확인이 취소되면 구 조세특례제한법 제6조 제2항의 세액감면을 받을 수 없도록 규정되어 있으나, 한편 구 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호는 ⁠‘중소기업’의 요건을 갖추지 못하게 되더라도 반드시 그 취소를 하도록 규정되어 있는 것이 아니라 재량에 의하여 취소를 할 수 있도록 규정하고 있다. 이에 반하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 된 경우에도 그 단서에 해당하지 아니하면 원칙적으로 일정한 유예기간 동안에는 계속하여 구 조세특례제한법에서 정한 세액감면의 특례를 적용 받을 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 창업벤처중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업의 요건을 갖추지 못한 경우라도 구 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호에 의하여 벤처기업의 확인이 취소될 때까지는 구 조세특례제한법 제6조 제2항에 의하여 조감면의 특례를 적용받을 수 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 규정된 요건을 구비하지 않는 한 본문에 해당되면 세액감면의 특례를 받을 수 있으므로, 위 두 조항이 서로 충돌하거나 모순된다고 할 수 없다.

⑦ 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 이전의 것, 이하 ⁠‘2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제5조 제4항은 법 제6조 제2항에서 규정한 ⁠“대통령령이 정하는 기업”에 관하여, ⁠‘벤처기업법(2002. 8. 26. 법률 제6723호로 개정되기 이전의 것, 이하 ’2002년 개정 전 벤처기업법‘이라 한다) 제2조 제1항 제1호, 제3호, 제4호의 규정에 의한 중소기업(제1호)’과 ⁠‘연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 재정경제부령이 정하는 비용이 당해 과세연도의 수입금액의 100분 의 5 이상인 중소기업(제2호)’으로 규정하면서, 제5항에서 위 제2호의 규정은 2002년 개정 전 벤처기업법 제25조의 규정에 의한 벤처기업 해당 여부의 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 계속하여 유지되는 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다. 그런데 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 본문에서 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 등에도 일정 기간 조세특례제한법을 적용할 수 있도록 규정하면서 단서에서 본문의 유예규정이 배제되는 경우를 규정하고 있어, 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 해당하는 중소기업의 경우에는 조세특례제한법령의 세액감면 특례를 적용 받을 수 없었다. 따라서 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제5조 제4항, 제5항에서 구 조세특례제한법 제6조 제2항에 의한 세액감면을 받을 수 있는 창업벤처중소기업을 규정하고 있다고 하더라도 그 당시에도 2003년 개정 전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 해당하는 경우 조세특례제한법령의 세액감면 특례를 적용 받을 수 없으므로, 연혁적인 이유에 의하더라도 ⁠‘중소기업’과 관련된 요건에 대하여는 구 조세특례제한법 시행령 제2조를 적용하는 것이 타당하다.』

􎆖 제1심 판결문 별지 ⁠‘관계 법령’에 이 판결의 별지 ⁠‘추가 관계 법령’을 추가하고,제1심 판결문 제12면 제26행의 ⁠“벤처기업육성에 관한 특별조치법”을 ⁠“구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2016. 3. 29. 법률 제14127호로 개정되기 이전의 것)”으로 고쳐 쓴다.

2. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 08. 28. 선고 서울고등법원 2020누32533 판결 | 국세법령정보시스템