요지

원고가 매입자 납부특례제도에 따라 구리 스크랩 등을 매입하면서 지정금융회사에 이 사건 매입세액을 납부하였다가 그 후 매출거래가 발생하여 그 매출세액의 범위 내에 있는 이 사건 매입세액 전액이 이미 환급된 사실을 인정할 수 있으므로, 이에 관하여 부당이득반환을 구하는 주장은 이유 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 410,296,641원 및 이에 대하여 2017. 1. 25.부터 이 판결 선고일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 2016. 10. 4.부터 ⁠‘AA산업’이라는 상호로 비철 도·소매업을 영위하는 개인사업자이다.

나. 원고는 2016년 2기분 부가가치세 과세기간 구리 스크랩 등에 관한 매출거래 및 매입거래와 관련하여 아래와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

다. △△지방국세청장은 원고에 대한 세무조사 결과 원고의 위 신고 내역과 같은 각 매출거래 및 매입거래에 관한 세금계산서가 모두 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다는 이유로 2016년 2기분 매출세액 및 매입세액을 모두 0원으로 처리하고 세금계산서불성실 가산세 171,898,959원을 경정·고지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증, 을1, 2호증(가지번호 있는 것은 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 2016년 2기 부가가치세 과세기간 동안 구리 스크랩 등의 매입거래에 따른 부가가치세로 합계 410,296,641원(이하 ⁠‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 납부하였는데, △△지방국세청장은 원고가 구리 스크랩 등 공급자로부터 실물거래 없이 가공으로 세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입세액을 전부 감액하였다. 이에 따르면 원고는 부가가치세 납부의무가 없음에도 이 사건 매입세액 상당의 부가가치세를 납부한 것이 되므로 피고는 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제106조의9(이하 ⁠‘이 사건 특례규정’이라 한다) 제11항에 따라 원고에게 부당이득금으로 위 410,296,641원 및 이에 대한 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

2) 원고가 2016년 2기분 과세기간 동안 구리 스크랩 등을 공급하는 과정에서 그 매입자들이 원고의 부가가치세 관리계좌에 입금한 부가가치세 중 환급되지 않은 금액이 6,405,260원인데, 원고가 구리 스크랩 등을 공급한 매출거래가 가공거래로 판단된 이상 위 금액은 공급자인 원고에게 환급되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 부담하는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만(부가가치세법 제3조 제1호, 제2조 제3호), 사업자는 재화나 용역을 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수 하여야 하고(부가가치세법 제31조), 이 때 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산함으로써(부가가치세법 제37조, 전단계세액공제법) 결과적으로 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다. 그런데 구리 스크랩 등과 같은 특수한 재화의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 이른바 ⁠‘폭탄사업자’가 광범위하게 나타나자 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩 등 거래에 있어서는 매입자가 직접 부가가치세를 납부하는 내용의 이 사건 특례규정이 신설되었고, 위 규정은 2014. 1. 1.부터 시행되었다. 이 사건 특례규정 제2, 3항 등에 따르면, 구리 스크랩 등 사업자는 부가가치세법 제31조에도 불구하고 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하지 아니하여 거래징수의무가 면제되고, 구리 스크랩 등 사업자가 구리 스크랩 등을 다른 구리 스크랩 등 사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 구리 스크랩 등의 가액은 공급한 사업자에게 입금하고, 부가가치세액은 국세청장이 지정한 자(이하 ⁠‘지정금융회사’라 한다)에게 입금하여야 한다.

한편 조세특례제한법 시행규칙 제48조의6 및 부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사의 지정 등에 관한 고시(국세청고시 제2016-16호) 제4조에 따르면, 구리 스크랩 등 사업자 사이에 구리 스크랩 등을 거래하는 경우 구리 스크랩 등을 공급한 사업자는 해당 구리 스크랩 등에 관하여 매입자가 지정금융회사에 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 위 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 지정금융회사로부터 환급받는다.

2) 위와 같은 부가가치세 매입자 납부특례제도를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 을5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 앞서 본 부가가치세 매입자 납부특례제도의 운영 방식에 따라 구리 스크랩 등을 매입하면서 지정금융회사에 이 사건 매입세액을 납부하였고, 그 후 구리 스크랩 등에 관한 매출거래가 발생하여 그 매출세액의 범위 내에 있는 이 사건 매입세액 전액이 원고에게 환급된 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 매입세액이 환급되지 않았음을 전제로 이 사건 매입세액 상당에 대한 부당이득반환을 구하는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 나아가 매입자들이 납부한 부가가치세 중 환급되지 않은 6,405,260원의 환급을 구하는 원고의 주장에 관하여 보건대, 원고가 주장하는 이 부분 금액은 구리 스크랩 등을 공급한 원고가 이를 공급받은 매입자들로부터 징수한 부가가치세액이 아니라 위 매입자들이 이 사건 특례규정 제3항 제2호에 따라 지정금융회사에 개설된 원고 명의의 부가가치세 관리계좌에 입금한 부가가치세이다(이는 ⁠‘매입자납부특례 기납부세액’으로 분류된다).

그런데 앞서 본 바와 같은 이 사건 특례규정의 입법취지와 내용 등을 토대로 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 특례규정은 조세탈루 방지와 조세징수 편의 등의 목적을 달성하기 위하여 구리 스크랩 등에 관하여는 공급자(매출자)가 공급받은 자(매입자)로부터 거래징수하여 부가가치세를 납부하는 대신 매입자에게 직접 부가가치세를 납부하도록 예외를 규정한 것인 점, ② 이 사건 특례규정에 따라 매입자가 재화의 공급으로 인한 부가가치세액을 직접 납부할 의무를 부담하는 이상 구리 스크랩 등의 공급사실이 부인되어 부가가치세가 감액경정 되었다면 해당 부가가치세를 직접 납부한 매입자의 세법상 의무가 소급적으로 소멸하는 것으로 보아야 하고, 따라서 매입자만이 해당 환급세액에 대하여 환급을 청구할 수 있는 지위에 있다고 봄이 타당한 점, ③ 여러 단계로 이어지는 구리 스크랩 등의 거래에 있어서는 최초 공급자가 폭탄사업자인 경우가 대부분인데, 이 사건 특례규정에 따라 매입자가 실제로 납부한 부가가치세액을 공급자에게 환급하게 되면, 최초 공급자인 폭탄사업자가 실제로 납부하지도 아니한 부가가치세액을 환급받게 됨으로써 폭탄사업자의 세금탈루 방지를 위하여 마련된 이 사건 특례규정은 그 입법취지가 몰각되는 결과에 이르게 되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 특례규정이 적용되어 구리 스크랩 등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액이 과오납금에 해당하여 이를 환급하여야 할 사유가 발생한 경우 이에 대한 환급청구권은 공급자(매출자)가 아니라 공급받은 자(매입자)에게 귀속된다고 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 위와 같은 과오납금에 대한 환급청구권이 공급자인 원고에게 귀속되어야 함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2020. 09. 10. 선고 수원지방법원 2019구합70118 판결 | 국세법령정보시스템