요지

(1심 판결의 인용)해당 감액경정처분의 실질은 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 당초 신고 부분을 일부 취소한 것으로 볼 수 있고, 해당 처분사유로 증액된 법인세는 감액경정에 의하여 감액되고 남은 세액의 한도 이내이므로 항고의 대상이 되어 전액 취소를 구할 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심 판결의 주문 제1항 중 ⁠“2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 및 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 각 부과처분”을 ⁠“2010 사업연도 법인세 부과처분 중 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 부분과 2011 사업연도 법인세 부과처분 중 2,119,415,584원 부분”으로 경정한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

가. 주위적

피고가 2015. 12. 3. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 부과처분 중 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 부분과 2011사업연도 법인세 부과처분 중 2,119,415,584원 부분을 각 취소한다[원고는 제1심에서‘피고가 2015. 12. 3. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 및 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 각 부과처분’의 취소를 구하였는데, 피고가 이 법원에 이르러 원고의 청구취지 상의 처분이 제대로 특정되지 않았다고 주장하자, 이 법원에 취소를 구하는 처분의 내용을 보다 명확하게 기재하여 청구취지변경신청서를 제출하였다(예비적 청구취지도 같다). 원고가 청구취지변경신청서 제출 전․후로 취소를 구하는 법인세 부과처분은 실질적으로 내용이 동일하다].

나. 예비적

피고가 2016. 5. 2. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 부과처분 중 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 부분 및 2011사업연도 법인세 부과처분 중 2,119,415,584원 부분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 피고의 주장에 대한 아래의 판단을 추가하는 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 전심절차와 관련하여

1) 피고 주장의 요지

원고는 이 사건 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구에서 위법사유로 처분사유 4에 대하여 주장하지 아니하였고, 처분사유 4 부분에 대하여는 이 사건 감액경정처분에 대한 취소를 구하는 심판을 제기하여 조세심판원에서 각하 결정을 받았다. 따라서 이 사건 증액경정처분에 대하여 처분사유 4와 관련하여 취소를 구하는 것은 적법한 전심절차를 거친 것이 아니다.

2) 판단

갑 제2호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 조세심판원에 2016. 2. 26. 이 사건 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 하고, 2016. 7. 22. 이 사건 감액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 위 두 사건을 병합심리하여 2018. 11. 8. 결정을 한 사실, 위 조세심판 과정에서 원고가 위법 사유로 처분사유 4를 주장하여 조세심판원은 이와 관련하여서도 사실관계와 법률관계에 대해서 심리한 후 이 사건 감액경정처분의 취소를 구할 수 없다고 결정한 사실을 인정할 수 있다.

위에서 본 사실관계와 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 등 참조), 이 사건 증액경정처분과 감액경정처분의 경위 등에 비추어 보면, 원고가 청구한 이 사건 증액경정처분과 감액경정처분에 대한 조세심판 과정에서 위법 사유로 처분사유 4를 주장하여 조세심판원으로 하여금 이 사건 증액경정처분과 처분사유 4에 대한 사실관계와 법률관계에 대하여 판단할 수 있는 기회를 부여한 이상 적법한 전심절차를 거친 것으로 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

나. 2010 사업연도 법인세 관련하여

1) 경정청구기간 도과 후의 과세전적부심사 결정이 내용상 위법하다는 주장에 대하여

가) 피고 주장의 요지

국세청은 원고가 청구한 과세전적부심사 당시 경정청구기간이 지나 불가쟁력이 발생한 신고 세액 부분을 간과하고 원고의 경정청구에 해당하는 주장을 채택하는 결정하였고, 피고는 위 과세전적부심사 결정에 기속되어 신고 세액을 감액하는 이 사건 감액경정처분을 한 것이다. 위와 같이 경정청구기간이 도과된 것을 간과한 과세전적부심사 결정과 이 사건 감액경정처분은 내용상 위법하므로 시정되어야 하는 점(피고 제출의 2020. 3. 31.자 준비서면), 피고는 총액주의에 따라 정당한 세액의 증액 사유를 주장할 수 있는 점, 원고가 조세불복방법을 전략적으로 선택하더라도 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제22조의 2의 입법취지가 형해화 될 수 없는 점 등의 사정을 고려하면, 원고의 주장이 받아들여져서는 안 된다.

나) 판단

국세기본법상 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 일정기간 내로 제한하는 것은 조세행정의 원활한 운영과 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하기 위한 것으로서, 신고납세방식의 조세이든 부과과세방식의 조세이든 납세의무자의 성실하고 정확한 신고가 적정한 과세권 행사의 기초가 된다는 점을 감안할 때, 경정청구기간을 일정하게 제한하는 것은 납세의무자에 대하여 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정화를 기함과 함께 조세법률관계의 조기안정, 세무행정의 능률적 운용 등 제반 요청을 만족시키기 위하여 권리로서 경정을 청구할 수 있는 기한을 정하는 한편, 당해 기한 내에 청구가 없는 경우에도 관할세무서장은 직권조사에 의하여 신고한 세액이 과다하다고 인정하는 때에는 적극적으로 감액경정을 함으로써 납세자의 정당한 권리는 보호될 수 있다고 본 취지를 반영한 것이다(헌법재판소 2004. 12. 16. 선고 2003헌바78 결정 등 참조).

위 법리에 비추어 보면, 국세청이 과세전적부심사 당시 2010 사업연도 법인세 경정청구기간이 도과하여 확정된 신고 세액과 관련하여 납세자인 원고의 정당한 권리를 보호하기 위해서 세액 결정의 잘못을 바로 잡는 내용의 결정을 하였고, 위 결정에 따라 피고가 이 사건 감액경정처분을 한 것이 내용상 위법하다고 볼 수 없으며, 2010사업연도 법인세의 정당한 세액이 위 감액경정처분 전의 세액이 된다고도 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제의 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

2) 2010 사업연도 법인세 취소 가능 범위

가) 피고 주장의 요지

설사 원고가 처분사유 4와 관련하여 이 사건 처분의 취소를 구할 수 있다고 보더라도, 다음과 같은 이유 즉, 이 사건 세무조사 후 처분사유 1 내지 6 등과 관련하여 과세예고통지가 있었던 점, 이 사건 증액경정처분은 이후의 과세전적부심사결과에 따라 세액 조정이 예정되어 있었던 점, 원고가 불복절차를 달리하는 바람에 이 사건 증액경정처분이 있은 후에 이 사건 감액경정처분이 있었더라도 위 두 경정처분이 별개로 이루어 진 것이 아닌 점 등에 비추어, 이 사건 감액경정처분으로 감액된 세액은 당초 원고가 신고한 세액이 아닌 이 사건 증액경정처분에 따라 증액된 세액의 일부를 취소한 것으로 보아야 하므로, 원고가 2010 사업연도 법인세 부과처분 중 681,191,140원을 초과하여 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나) 판단

갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지 번호 포함) 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 감액경정처분의 실질은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 원고의 당초 신고 부분을 일부 취소한 것에 불과하다. 따라서 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 8,306,327,925원 중 이 사건 직권감액경정처분에 의하여 감액된 446,936,704원과 행정심판에 따른 감액경정에 의하여 감액된 1,988,494,079원을 공제한 나머지 5,870,897,142원의 범위 내에서 원고는 처분사유 4와 관련하여 위법하게 증액된 2010 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 취소를 구할 수 있으므로, 이와 다른 전제의 피고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

① 원고는 2011. 5. 2. 2010 사업연도 법인세를 ⁠‘798,904,283,116원’으로 신고하였는데, 2015년 상반기에 이 사건 세무조사가 이루어졌고, 그 결과 중 처분사유 1 내지 3 등에 대해서 조기결정신청을 하였다. 이에 따라 피고는 2015. 12. 3. 이 사건 증액경정처분을 하였다

② 원고는 2015. 11. 5. 처분사유 4, 5, 6 및 기타 처분사유 중 일부에 관하여 국세청에 과세전적부심사청구를 하면서, 당초 2010 ~ 2011 사업연도 법인세 신고 세액과 관련하여 연구인력개발준비금 익금 약 208억의 과다산입(처분사유 6 관련) 등을 주장하였고, 국세청장은 2016. 4. 21. 처분사유 5에 대해서는 일부채택 및 재조사 결정을, 처분사유 6에 대해서는 채택 결정을, 처분사유 4에 대해서는 불채택 결정을 하였다. 위 과세전적부심사 결과 이후 피고는 국세청이 불채택한 처분사유 4에 관하여는 세액 2,119,415,584원을 증액경정할 수 있었지만, 국세청이 받아들인 원고의 당초 신고 세액과 관련한 연구인력개발준비금에 대한 주장을 종합적으로 반영하여 결국 2016. 5. 2. 원고에게 이 사건 감액경정처분을 하였다(피고의 2020. 3. 31.자 준비서면).

③ 위와 같이 이 사건 감액경정처분이 이루어진 것은 이 사건 증액경정처분의 처분사유 1 내지 3 등과 무관하게 원고가 당초 신고했던 세액에 관한 처분사유 6에 대한 원고의 주장이 과세관청에 의해 받아들여진 결과에 따른 것으로, 실질적으로 원고의 당초 신고 부분을 과세관청인 피고가 직권으로 일부 취소한 것이다(앞서 본 바와 같이 피고도 ⁠‘국세청이 과세전적부심사 당시 경정청구기간이 경과하여 불가쟁력이 발생한 신고 세액 부분을 간과하고 원고의 경정청구에 해당하는 주장을 채택하는 결정을 하였고, 피고는 위 과세전적부심사 결정에 기속되어 신고 세액 부분을 감액하는 이 사건 감액경정처분을 한 것이다’라고 주장하고 있다). 이 사건 세무조사 결과에 따라 처분사유 1 내지 6 등이 제시된 후 이 사건 증액경정처분과 감액경정처분이 이루어졌다는 사정 등 피고가 내세우는 사정들만을 이유로 이 사건 감액경정처분으로 취소되는 세액이 이 사건 증액경정처분으로 증액된 세액 중 일부라고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하고, 제1심 판결의 주문 제1항 중 ⁠“2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 및 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 각 부과처분”은 표현상의 오기이므로 ⁠“2010 사업연도 법인세 부과처분 중 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 부분과 2011 사업연도 법인세 부과처분 중 2,119,415,584원 부분”으로 바로잡기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2020. 04. 24. 선고 부산고등법원 2019누22897 판결 | 국세법령정보시스템