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법인세 부과처분의 시가 증명책임 및 매출채권 회수기준 취소사유

서울고등법원 2019누31831
판결 요약
과세관청이 고가매입 등으로 법인세를 부과할 때 시가 산정에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으며, 세무조사 당시 납세자가 동의한 시가라도 객관성·신뢰성이 부족하면 무효가 될 수 있습니다. 또한 부당행위계산 부인의 비교대상업체 선정 등이 합리적으로 이루어졌는지 따집니다. 총액주의 원칙이 강조되며 정당세액 한도로 부과처분이 취소됩니다.
#고가매입 #법인세 #시가 산정 #시가 증명책임 #과세관청 책임
질의 응답
1. 법인세 부과처분에서 고가매입 인정을 위한 시가 증명책임은 누가 지나요?
답변
고가매입 인정의 기준이 되는 시가에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 납세자가 세무조사 당시 동의했더라도, 시가의 객관성과 신뢰성이 부족하다면 과세관청이 책임을 집니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결은 부당행위계산 부인의 시가 증명책임이 과세관청에 있음을 명확히 하였습니다.
2. 세무조사 당시 납세자가 시가에 동의한 경우에도 그 효력이 있나요?
답변
세무조사 당시 납세자가 동의한 시가라도 후에 객관적인 시가 아님이 밝혀지면 과세관청에 다시 증명책임이 있습니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결에서 납세자 동의 시가라도 신뢰성 부족이 드러나면 원칙에 따라 과세관청에 증명책임이 돌아간다고 판시하였습니다.
3. 고가매입 여부에 대한 과세관청의 시가 산정이 부당하다면 어떤 결과가 발생하나요?
답변
시가 산정의 객관성 부족이 인정되면, 정당세액 범위를 초과하는 법인세 부과처분 부분은 취소됩니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결은 시가 증명이 불충분한 부분은 총액주의 원칙에 따라 부과처분을 초과한 부분만큼 취소한다고 하였습니다.
4. 비교대상업체 선정 기준에 이의가 있을 때, 법원은 어떻게 판단하나요?
답변
비교대상업체 선정이 거래규모, 재고율, 변제자력 등에서 명백한 유사성을 해치지 않는 한 합리적으로 선정된 것으로 인정될 수 있습니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결은 거래의 특수성을 종합적으로 살핀 후 비교대상 업체 선정의 타당성을 인정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

판결 전문

요지

과세관청에 의하여 증여자로 인정된 자 명의의 예금이 인출되어 납세자 명의의 예금계좌 등으로 예치된 사실이 밝혀진 이상 그 예금은 납세자에게 증여된 것으로 추정되며 입증책임은 납세자에게 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2019-누-31831 법인세등부과처분취소

원고,항소인

AAAA 주식회사

피고,피항소인

oo세무서장

원 심 판 결

수원지방법원 2018. 12. 5. 선고 2018구합61919 판결

판 결 선 고

2020. 4. 29.

주 문

1. 이 법원에서 청구를 확장한 원고의 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 689,327,022원의 부과처분 중 637,435,861원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원의 부과처분 중 472,501,067원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 650,164,050원의 부과처분 중 483,877,920원을 초과하는 부분, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분 중 794,908,004원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 689,327,022원, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원, 2013 사업연도 법인세 650,164,050원, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분을 각 취소한다.

이유

1. 제1심판결의 인용 등 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유(별지 포함)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제3쪽 글상자 아래 제6행의 ⁠“2010 사업연도”부터 제8행의 ⁠“부과처분”까지를 다음과 같이 고친다.

『2010 사업연도 법인세 689,327,022원, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원,2013 사업연도 법인세 650,164,050원, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분』

○ 제3쪽 글상자 아래 제9행의 ⁠“을 제1호증”을 ⁠“을 제1, 11호증”으로 고친다.

○ 제4쪽 제17~18행의 ⁠“피고의 시가 산정에 합리성 내지 신뢰성이 없으므로, 고가매입이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라,”를 삭제한다.

○ 제5쪽 제1행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『시가에 대한 주장·증명책임은 과세관청에게 있는데, 을 제7, 8호증의 각 기재만으로는 고가매입의 기준이 되는 시가에 관한 증명이 부족하므로, 원고가 OOO으로부터 16개 품목의 원료의약품을 고가매입하였다고 볼 수 없다.』

○ 제6쪽 제17행의 ⁠“증가한 점,”을 ⁠“증가하였으므로, 비교대상업체 선정도 적절한 점,”으로 고친다.

○ 제6쪽 제17행, 제8쪽 제4~5행의 ⁠“원고의 전무이사 YYY은”을 ⁠“원고의 회계담당자 XXX는”으로 각 고친다.

○ 제7쪽 제19행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『1) 포괄 거래라는 주장에 관하여』

○ 제8쪽 제13행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『2) 시가에 대한 증명이 부족하다는 주장에 관하여 살피건대, 을 제7, 10호증의 각 기재, 이 법원의 BB 주식회사, CC 주식회사, DD 주식회사, 주식회사 EE, 주식회사 FF, GG 주식회사, HH 주식회사, 주식회사 II, 주식회사 JJ에 대한 각 사실조회회신결과(2개 이상의 회신이 있는 경우에는 산술평균한 가액을 이른다, 이하 ⁠‘이 사건 사실 조회회신결과’라 한다)에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 의하면, 별지1 표 순번 2 중 2010, 2011 사업연도 부분과 순번 12 부분은 원고가 매입한 가격이 이 사건 사실조회회신결과보다 낮아 고가매입이 아닌 것으로 보이고,순번 1 중 2012 사업연도 부분과 순번 4, 6, 6-1, 9, 11, 11-1, 14, 15, 16 부분은 시가에 대한 피고의 증명이 부족하여 고가매입이라고 보기 어렵다. 또한, 나머지에 관하여도 이 사건 사실조회회신결과와 다른 시가가 적용된 부분은 ⁠‘시가’가 잘못 적용된 것으로 볼 수 있으므로, 총액주의에 따라 이 사건 사실조회회신결과를 ⁠‘시가’로 보아 도출된 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 정당세액 범위 내에서 이유 있다.

① 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ⁠‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있는바(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두12006 판결 등 참조), 세무조사과정에서 원고가 ⁠‘시가’에 동의하였다고 하더라도, 추후 객관적이고 신뢰할만한 '시가‘가 아님이 밝혀졌다면 원칙으로 돌아가 ’시가‘에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다고 봄이 타당하다.

② 원고의 회계담당자 XXX는 원고가 OOO으로부터 매입한 원료 중 일부는 일반적인 시가보다 단가를 높게 책정하여 매입한 사실을 인정하였으나, 그 시가는 원고가 법인세 통합 세무조사를 받을 당시인 2015년 5월말부터 2015년 6월초까지 원고측이 직접 동우약품 주식회사, 주식회사 상진상사 등으로부터 각 원료의약품 단가나 가격동향을 문의하여 회신받은 내용을 기초로 한 것으로, 객관적인 시가로 보기 어렵다.

③ 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조). 그러나 원고가 세무조사 과정에서 제출한 확인서(을 제8, 10호증)는 확인자가 전무이사 YYY으로 되어 있는 반면, YYY의 서명이 아닌 회계담당자인 XXX의 자필서명이 있는 점, 이 사건 사실조회결과에 의하면 이 사건처분의 기초가 된 처분적용시가가 객관적이고 신뢰할만한 시가가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 세무조사당시 고가매입을 인정하는 내용의 확인서를 제출하였다고 하더라도 그것만으로는 원고가 처분적용시가의 객관성에 대하여 다툴 수 없다고 보기는 어렵다. 나아가 원고가 조세심판원에 이 사건 처분에 관하여 불복할 당시 ⁠‘시가’의 적정성에 관하여 다투지 아니하였다고 하더라도, 그것만으로는 원고가 ⁠‘시가’의 적정성을 인정한 것이라고 보기는 어렵다.

④ 피고는 객관적인 ⁠‘시가’가 얼마인지에 관하여 조사할 의무가 있음에도 불구하고, 단지 원고측이 조사한 원료의약품의 단가를 ⁠‘시가’로 인정하여 원고가 16개 품목의 원료의약품을 고가매입하였음을 인정하였으며, 달리 피고가 원고의 이 사건 처분을 하기 위하여 각 원료의약품의 ⁠‘시가’를 조사하였다고 볼만한 증거가 부족하다.

⑤ 별지1 표 순번 2 중 2010, 2011 사업연도 부분과 순번 12 부분은 원고의 매입단가가 이 사건 사실조회회신결과보다 저가인 것으로 보이므로 고가매입이라고 단정할 수 없다. 이처럼 이 사건 사실조회회신결과에 따라 원고측이 제시한 단가를 시가로 보기 어려운 경우가 인정된 이상, 원고측이 제시한 단가만을 기준으로 하여 고가매입여부를 판단한 부분 역시 ⁠‘시가’에 관한 피고의 증명이 부족하다고 보아야 하므로, 시가에 관한 사실조회회신이 없는 별지1 표 순번 1 중 2012 사업연도 부분과 순번 4, 6, 6-1, 9, 11, 11-1, 14, 15, 16 부분을 고가매입이라고 단정하기 어렵다.

⑥ 과세처분 취소소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부로서, 과세처분 취소소송의 소송물은 쟁점주의가 아닌 총액주의이고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결, 대법원 1992. 7. 28.선고 91누10695 판결 등 참조), 과세관청이 당초의 부과처분 당시 인정한 사실의 일부에 착오나 오류가 있다고 하여도 그 후 인정된 사실이 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성은 유지된다고 할 것이다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누3272 판결 참조).

⑦ 피고는 이 법원에서 각 원료의약품을 취급하는 것으로 판단되는 3개 이상의 회사에 각 사업연도에 각 원료의약품을 거래한 시가에 대한 사실조회를 신청하였고, 각 사실조회회신처는 각 사업연도에 취급한 각 원료의약품의 시가를 회신하였으며, 각 사업연도에 각 원료의약품을 취급하지 않은 경우에는 시가를 회신하지 않았다. 따라서 사실조회회신 결과가 1개뿐인 경우에도 다른 사실조회회신처에서 각 원료의약품을 취급하지 않았다고 회신한 이상, 이 사건 사실조회회신결과를 객관적이고 신뢰할 수 있는 ⁠‘시가’로 볼 수밖에 없다.

⑧ 별지1 표 순번 1, 3 중 각 2010, 2011 사업연도 부분과 순번 5 부분 중 2010 사업연도 부분 및 순번 7, 8 부분은 처분적용시가보다 이 사건 사실조회회신결과가 더 낮아서 이 사건 처분이 원고에게 유리한 반면, 별지1 표 순번 2, 3 중 각 2012 사업연도 부분과 순번 5 중 2010 사업연도를 제외한 나머지 부분 및 순번 10, 13 부분은 처분적용시가보다 이 사건 사실조회회신결과가 더 높아서 이 사건 처분이 원고에게 불리하게 되었다. 총액주의에 따라 이 사건 사실조회회신결과를 ⁠‘시가’로 보아 정당세액을 다시 계산한 금액은 원고의 각 사업연도 법인세액을 초과하지 않는 범위 내에서 적법하므로, 이 사건 사실조회회신결과를 ⁠‘시가’로 보아 고가매입으로 인정되는 경우의 소득을 다시 계산하여야 한다. 그에 따른 각 사업연도 법인세액 중 취소되어야 하는 세액은 이하와 같다.

3) 정당세액

따라서 각 사업연도에서 고가매입 부분 중 원고 주장이 인용되어 취소되어야 하는 부분은 위와 같으므로, 피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 689,327,022원의 부과처분 중 637,435,861원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원의 부과처분 중 472,501,067원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 650,164,050원의 부과처분 중 483,877,920원을 초과하는 부분, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분 중 794,908,004원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

2. 추가판단

가. 원고의 주장

피고가 원고의 매출채권 지연회수의 기준으로 제시한 비교대상업체의 거래와 원고와 PPP의 거래는 ⁠‘거래의 규모, 재고율, 변제자력’에 차이가 있어 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 규정한 해당 거래와 유사한 상황이 아니므로, 비교대상업체의 매출채권 회수기간을 기준으로 하여 원고의 PPP에 대한 매출채권 지연회수를 판단한 부분은 위법하다.

나. 판단

살피건대, 갑 제2, 3, 5, 6, 7, 8호증, 을 제2, 3, 6, 9호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 비교대상업체는 PPP이 설립되기 이전부터 원고와 장기간 계속적으로 거래한 업체들로 PPP과 거래대상 및 거래방법이 동일하고, 비교대상업체에 대한 매출액 합계는 원고의 매출액에서 상당한 비중을 차지하는바 충분한 비교대상이 될 수 있는 점, ② 피고는 원고의 매출액을 기준으로 매출이 많은 상위 70개 업체에 대한 원고의 채권회수기간을 평균하여 원고의 통상적인 매출채권 회수기간을 산정하였던 점, ③ 피고는 비교대상업체에 대한 매출채권 평균 회수기간인 76일을 기준으로 하여, PPP 뿐만 아니라 KK, AA, PP에 대한 매출채권도 지연회수하였다고 판단하고 인정이자를 익금산입하였는데, 원고는 다른 특수관계인들에 대한 매출채권 지연회수는 다투지 않고 있는 점, ④ PPP은 원고의 지주회사인 A 주식회사의 자회사로서, 의약품 도매 유통사업을 수행하기 위하여 설립되었고, PPP 설립 이후 원고의 PPP에 대한 매출액 및 매출비중 증가는 원고가 의도하였던 바인데, PPP에 대한 매출액 및 매출비중이 크다는 이유만으로 나머지 원고의 매출처를 비교대상업체로 삼을 수 없다는 것은 부당행위계산부인 제도의 취지에 반하는 점, ⑤ 원고가 이 사건에 적용되어야 한다고 주장하는 대법원 1989. 11. 15. 선고 89누8095 판결은 거래규모의 차이로 거래의 유사성을 부인한 사안이 아니라 거래대상 품목이 다르고 거래관계에 있어 우월적 지위에 있는 거래 당사자가 상반되는 등 전체적인 거래 내용에 비추어 거래의 유사성을 인정할 수 없다고 판단하면서 거래규모의 차이는 매출채권 지연회수의 경제적 합리성을 인정함에 있어 부가적으로 고려한 사안으로, 원고의 주장처럼 비교대상업체가 군소거래업체라는 이유만으로 거래의 유사성이 부인된 사안이 아니어서 이 사건에 적용하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 매출채권 지연회수를 판단하기 위하여 비교대상업체를 선정하고 매출채권의 평균 회수기간을 산정한 것을 위법하다고 보기 어렵다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 일부 달리한 제1심판결은 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들이고 이 법원에서 이루어진 청구취지 확장 또는 감축을 포함하여 제1심 판결을 주문 제1항의 가, 나항과 같이 변경한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 04. 29. 선고 서울고등법원 2019누31831 판결 | 국세법령정보시스템

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법인세 부과처분의 시가 증명책임 및 매출채권 회수기준 취소사유

서울고등법원 2019누31831
판결 요약
과세관청이 고가매입 등으로 법인세를 부과할 때 시가 산정에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으며, 세무조사 당시 납세자가 동의한 시가라도 객관성·신뢰성이 부족하면 무효가 될 수 있습니다. 또한 부당행위계산 부인의 비교대상업체 선정 등이 합리적으로 이루어졌는지 따집니다. 총액주의 원칙이 강조되며 정당세액 한도로 부과처분이 취소됩니다.
#고가매입 #법인세 #시가 산정 #시가 증명책임 #과세관청 책임
질의 응답
1. 법인세 부과처분에서 고가매입 인정을 위한 시가 증명책임은 누가 지나요?
답변
고가매입 인정의 기준이 되는 시가에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 납세자가 세무조사 당시 동의했더라도, 시가의 객관성과 신뢰성이 부족하다면 과세관청이 책임을 집니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결은 부당행위계산 부인의 시가 증명책임이 과세관청에 있음을 명확히 하였습니다.
2. 세무조사 당시 납세자가 시가에 동의한 경우에도 그 효력이 있나요?
답변
세무조사 당시 납세자가 동의한 시가라도 후에 객관적인 시가 아님이 밝혀지면 과세관청에 다시 증명책임이 있습니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결에서 납세자 동의 시가라도 신뢰성 부족이 드러나면 원칙에 따라 과세관청에 증명책임이 돌아간다고 판시하였습니다.
3. 고가매입 여부에 대한 과세관청의 시가 산정이 부당하다면 어떤 결과가 발생하나요?
답변
시가 산정의 객관성 부족이 인정되면, 정당세액 범위를 초과하는 법인세 부과처분 부분은 취소됩니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결은 시가 증명이 불충분한 부분은 총액주의 원칙에 따라 부과처분을 초과한 부분만큼 취소한다고 하였습니다.
4. 비교대상업체 선정 기준에 이의가 있을 때, 법원은 어떻게 판단하나요?
답변
비교대상업체 선정이 거래규모, 재고율, 변제자력 등에서 명백한 유사성을 해치지 않는 한 합리적으로 선정된 것으로 인정될 수 있습니다.
근거
서울고등법원-2019-누-31831 판결은 거래의 특수성을 종합적으로 살핀 후 비교대상 업체 선정의 타당성을 인정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과합니다.

판결 전문

요지

과세관청에 의하여 증여자로 인정된 자 명의의 예금이 인출되어 납세자 명의의 예금계좌 등으로 예치된 사실이 밝혀진 이상 그 예금은 납세자에게 증여된 것으로 추정되며 입증책임은 납세자에게 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2019-누-31831 법인세등부과처분취소

원고,항소인

AAAA 주식회사

피고,피항소인

oo세무서장

원 심 판 결

수원지방법원 2018. 12. 5. 선고 2018구합61919 판결

판 결 선 고

2020. 4. 29.

주 문

1. 이 법원에서 청구를 확장한 원고의 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 689,327,022원의 부과처분 중 637,435,861원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원의 부과처분 중 472,501,067원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 650,164,050원의 부과처분 중 483,877,920원을 초과하는 부분, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분 중 794,908,004원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 689,327,022원, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원, 2013 사업연도 법인세 650,164,050원, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분을 각 취소한다.

이유

1. 제1심판결의 인용 등 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유(별지 포함)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제3쪽 글상자 아래 제6행의 ⁠“2010 사업연도”부터 제8행의 ⁠“부과처분”까지를 다음과 같이 고친다.

『2010 사업연도 법인세 689,327,022원, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원,2013 사업연도 법인세 650,164,050원, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분』

○ 제3쪽 글상자 아래 제9행의 ⁠“을 제1호증”을 ⁠“을 제1, 11호증”으로 고친다.

○ 제4쪽 제17~18행의 ⁠“피고의 시가 산정에 합리성 내지 신뢰성이 없으므로, 고가매입이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라,”를 삭제한다.

○ 제5쪽 제1행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『시가에 대한 주장·증명책임은 과세관청에게 있는데, 을 제7, 8호증의 각 기재만으로는 고가매입의 기준이 되는 시가에 관한 증명이 부족하므로, 원고가 OOO으로부터 16개 품목의 원료의약품을 고가매입하였다고 볼 수 없다.』

○ 제6쪽 제17행의 ⁠“증가한 점,”을 ⁠“증가하였으므로, 비교대상업체 선정도 적절한 점,”으로 고친다.

○ 제6쪽 제17행, 제8쪽 제4~5행의 ⁠“원고의 전무이사 YYY은”을 ⁠“원고의 회계담당자 XXX는”으로 각 고친다.

○ 제7쪽 제19행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『1) 포괄 거래라는 주장에 관하여』

○ 제8쪽 제13행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『2) 시가에 대한 증명이 부족하다는 주장에 관하여 살피건대, 을 제7, 10호증의 각 기재, 이 법원의 BB 주식회사, CC 주식회사, DD 주식회사, 주식회사 EE, 주식회사 FF, GG 주식회사, HH 주식회사, 주식회사 II, 주식회사 JJ에 대한 각 사실조회회신결과(2개 이상의 회신이 있는 경우에는 산술평균한 가액을 이른다, 이하 ⁠‘이 사건 사실 조회회신결과’라 한다)에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 의하면, 별지1 표 순번 2 중 2010, 2011 사업연도 부분과 순번 12 부분은 원고가 매입한 가격이 이 사건 사실조회회신결과보다 낮아 고가매입이 아닌 것으로 보이고,순번 1 중 2012 사업연도 부분과 순번 4, 6, 6-1, 9, 11, 11-1, 14, 15, 16 부분은 시가에 대한 피고의 증명이 부족하여 고가매입이라고 보기 어렵다. 또한, 나머지에 관하여도 이 사건 사실조회회신결과와 다른 시가가 적용된 부분은 ⁠‘시가’가 잘못 적용된 것으로 볼 수 있으므로, 총액주의에 따라 이 사건 사실조회회신결과를 ⁠‘시가’로 보아 도출된 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 정당세액 범위 내에서 이유 있다.

① 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ⁠‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있는바(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두12006 판결 등 참조), 세무조사과정에서 원고가 ⁠‘시가’에 동의하였다고 하더라도, 추후 객관적이고 신뢰할만한 '시가‘가 아님이 밝혀졌다면 원칙으로 돌아가 ’시가‘에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다고 봄이 타당하다.

② 원고의 회계담당자 XXX는 원고가 OOO으로부터 매입한 원료 중 일부는 일반적인 시가보다 단가를 높게 책정하여 매입한 사실을 인정하였으나, 그 시가는 원고가 법인세 통합 세무조사를 받을 당시인 2015년 5월말부터 2015년 6월초까지 원고측이 직접 동우약품 주식회사, 주식회사 상진상사 등으로부터 각 원료의약품 단가나 가격동향을 문의하여 회신받은 내용을 기초로 한 것으로, 객관적인 시가로 보기 어렵다.

③ 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조). 그러나 원고가 세무조사 과정에서 제출한 확인서(을 제8, 10호증)는 확인자가 전무이사 YYY으로 되어 있는 반면, YYY의 서명이 아닌 회계담당자인 XXX의 자필서명이 있는 점, 이 사건 사실조회결과에 의하면 이 사건처분의 기초가 된 처분적용시가가 객관적이고 신뢰할만한 시가가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 세무조사당시 고가매입을 인정하는 내용의 확인서를 제출하였다고 하더라도 그것만으로는 원고가 처분적용시가의 객관성에 대하여 다툴 수 없다고 보기는 어렵다. 나아가 원고가 조세심판원에 이 사건 처분에 관하여 불복할 당시 ⁠‘시가’의 적정성에 관하여 다투지 아니하였다고 하더라도, 그것만으로는 원고가 ⁠‘시가’의 적정성을 인정한 것이라고 보기는 어렵다.

④ 피고는 객관적인 ⁠‘시가’가 얼마인지에 관하여 조사할 의무가 있음에도 불구하고, 단지 원고측이 조사한 원료의약품의 단가를 ⁠‘시가’로 인정하여 원고가 16개 품목의 원료의약품을 고가매입하였음을 인정하였으며, 달리 피고가 원고의 이 사건 처분을 하기 위하여 각 원료의약품의 ⁠‘시가’를 조사하였다고 볼만한 증거가 부족하다.

⑤ 별지1 표 순번 2 중 2010, 2011 사업연도 부분과 순번 12 부분은 원고의 매입단가가 이 사건 사실조회회신결과보다 저가인 것으로 보이므로 고가매입이라고 단정할 수 없다. 이처럼 이 사건 사실조회회신결과에 따라 원고측이 제시한 단가를 시가로 보기 어려운 경우가 인정된 이상, 원고측이 제시한 단가만을 기준으로 하여 고가매입여부를 판단한 부분 역시 ⁠‘시가’에 관한 피고의 증명이 부족하다고 보아야 하므로, 시가에 관한 사실조회회신이 없는 별지1 표 순번 1 중 2012 사업연도 부분과 순번 4, 6, 6-1, 9, 11, 11-1, 14, 15, 16 부분을 고가매입이라고 단정하기 어렵다.

⑥ 과세처분 취소소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부로서, 과세처분 취소소송의 소송물은 쟁점주의가 아닌 총액주의이고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결, 대법원 1992. 7. 28.선고 91누10695 판결 등 참조), 과세관청이 당초의 부과처분 당시 인정한 사실의 일부에 착오나 오류가 있다고 하여도 그 후 인정된 사실이 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성은 유지된다고 할 것이다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누3272 판결 참조).

⑦ 피고는 이 법원에서 각 원료의약품을 취급하는 것으로 판단되는 3개 이상의 회사에 각 사업연도에 각 원료의약품을 거래한 시가에 대한 사실조회를 신청하였고, 각 사실조회회신처는 각 사업연도에 취급한 각 원료의약품의 시가를 회신하였으며, 각 사업연도에 각 원료의약품을 취급하지 않은 경우에는 시가를 회신하지 않았다. 따라서 사실조회회신 결과가 1개뿐인 경우에도 다른 사실조회회신처에서 각 원료의약품을 취급하지 않았다고 회신한 이상, 이 사건 사실조회회신결과를 객관적이고 신뢰할 수 있는 ⁠‘시가’로 볼 수밖에 없다.

⑧ 별지1 표 순번 1, 3 중 각 2010, 2011 사업연도 부분과 순번 5 부분 중 2010 사업연도 부분 및 순번 7, 8 부분은 처분적용시가보다 이 사건 사실조회회신결과가 더 낮아서 이 사건 처분이 원고에게 유리한 반면, 별지1 표 순번 2, 3 중 각 2012 사업연도 부분과 순번 5 중 2010 사업연도를 제외한 나머지 부분 및 순번 10, 13 부분은 처분적용시가보다 이 사건 사실조회회신결과가 더 높아서 이 사건 처분이 원고에게 불리하게 되었다. 총액주의에 따라 이 사건 사실조회회신결과를 ⁠‘시가’로 보아 정당세액을 다시 계산한 금액은 원고의 각 사업연도 법인세액을 초과하지 않는 범위 내에서 적법하므로, 이 사건 사실조회회신결과를 ⁠‘시가’로 보아 고가매입으로 인정되는 경우의 소득을 다시 계산하여야 한다. 그에 따른 각 사업연도 법인세액 중 취소되어야 하는 세액은 이하와 같다.

3) 정당세액

따라서 각 사업연도에서 고가매입 부분 중 원고 주장이 인용되어 취소되어야 하는 부분은 위와 같으므로, 피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 689,327,022원의 부과처분 중 637,435,861원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 756,458,472원의 부과처분 중 472,501,067원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 650,164,050원의 부과처분 중 483,877,920원을 초과하는 부분, 2014 사업연도 법인세 944,806,755원의 부과처분 중 794,908,004원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

2. 추가판단

가. 원고의 주장

피고가 원고의 매출채권 지연회수의 기준으로 제시한 비교대상업체의 거래와 원고와 PPP의 거래는 ⁠‘거래의 규모, 재고율, 변제자력’에 차이가 있어 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 규정한 해당 거래와 유사한 상황이 아니므로, 비교대상업체의 매출채권 회수기간을 기준으로 하여 원고의 PPP에 대한 매출채권 지연회수를 판단한 부분은 위법하다.

나. 판단

살피건대, 갑 제2, 3, 5, 6, 7, 8호증, 을 제2, 3, 6, 9호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 비교대상업체는 PPP이 설립되기 이전부터 원고와 장기간 계속적으로 거래한 업체들로 PPP과 거래대상 및 거래방법이 동일하고, 비교대상업체에 대한 매출액 합계는 원고의 매출액에서 상당한 비중을 차지하는바 충분한 비교대상이 될 수 있는 점, ② 피고는 원고의 매출액을 기준으로 매출이 많은 상위 70개 업체에 대한 원고의 채권회수기간을 평균하여 원고의 통상적인 매출채권 회수기간을 산정하였던 점, ③ 피고는 비교대상업체에 대한 매출채권 평균 회수기간인 76일을 기준으로 하여, PPP 뿐만 아니라 KK, AA, PP에 대한 매출채권도 지연회수하였다고 판단하고 인정이자를 익금산입하였는데, 원고는 다른 특수관계인들에 대한 매출채권 지연회수는 다투지 않고 있는 점, ④ PPP은 원고의 지주회사인 A 주식회사의 자회사로서, 의약품 도매 유통사업을 수행하기 위하여 설립되었고, PPP 설립 이후 원고의 PPP에 대한 매출액 및 매출비중 증가는 원고가 의도하였던 바인데, PPP에 대한 매출액 및 매출비중이 크다는 이유만으로 나머지 원고의 매출처를 비교대상업체로 삼을 수 없다는 것은 부당행위계산부인 제도의 취지에 반하는 점, ⑤ 원고가 이 사건에 적용되어야 한다고 주장하는 대법원 1989. 11. 15. 선고 89누8095 판결은 거래규모의 차이로 거래의 유사성을 부인한 사안이 아니라 거래대상 품목이 다르고 거래관계에 있어 우월적 지위에 있는 거래 당사자가 상반되는 등 전체적인 거래 내용에 비추어 거래의 유사성을 인정할 수 없다고 판단하면서 거래규모의 차이는 매출채권 지연회수의 경제적 합리성을 인정함에 있어 부가적으로 고려한 사안으로, 원고의 주장처럼 비교대상업체가 군소거래업체라는 이유만으로 거래의 유사성이 부인된 사안이 아니어서 이 사건에 적용하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 매출채권 지연회수를 판단하기 위하여 비교대상업체를 선정하고 매출채권의 평균 회수기간을 산정한 것을 위법하다고 보기 어렵다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 일부 달리한 제1심판결은 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들이고 이 법원에서 이루어진 청구취지 확장 또는 감축을 포함하여 제1심 판결을 주문 제1항의 가, 나항과 같이 변경한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 04. 29. 선고 서울고등법원 2019누31831 판결 | 국세법령정보시스템