요지

본점이 제공받은 용역에 대해 지점명의 매입세금계산서를 발급받아 지점사업장의 부가가치세 신고시 이를 매입세액 공제한 경우 해당 매입세금계산서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우에 해당하여 세금계산서불성실 가산세 및 초과환급신고 가산세 부과대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2018. 7. 11. 원고에게 한 2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 37,186,831원에 대한 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고와 ○○통운 주식회사 사이의 거래 등

    1) 원고(원래 ⁠‘주식회사 ○○○코리아’이었으나 2019. 12. 24. ⁠‘○○○코리아 유한책임회사’로 조직변경 하였다. 이하 조직변경 전ㆍ후의 구분 없이 ⁠‘원고’라고 한다)는 부가통신사업 등에 종사하는 회사로서 2000. 4. 10. 주소지를 본점 사업장으로 하여 사업자등록(사업자등록번호: 000-00-00000. 관할 세무서: ○○세무서)을 하였다.

    2) 원고는 2014. 5. 31. ○○통운 주식회사(이하 ⁠‘○○통운’이라 한다)와, ⁠‘원고가 ○○통운에게 ○○시 ○○구 ○○면 ○○대로000번길 00에 있는 원고의 물류센터(이하 ⁠‘이 사건 물류센터’라고 한다) 등에서의 제품 입고ㆍ출고ㆍ보관 등 제반물류 업무의 처리를 2014. 6. 1.부터 2016. 5. 31.까지 위탁하고, ○○통운은 원고로부터 위 위탁업무 처리에 따른 물류대행 수수료를 지급받기로 하는 내용‘의 물류대행서비스계약을 체결한 뒤, 2014. 6. 1.경부터 ○○통운에게 이 사건 물류센터에서의 물류 처리 업무를 위탁하여 왔다.

    3) 원고는 그 후인 2015. 8. 28.경 ○○통운과 이 사건 물류센터에서의 물류대행수수료율을 인상하여 2015. 6. 1.부터 소급 적용하기로 하는 등의 내용이 포함된 물류대행추가약정을 체결하였다. 원고와 ○○통운은 당시 이 사건 물류센터에서 2015. 6. 1.부터 2015. 11. 30.까지 발생하는 물류대행수수료의 정산차액, 즉 2015. 6. 1.자로 인상된 수수료율을 적용한 위 기간의 물류대행수수료에서 ○○통운이 원고로부터 기 지급받은 물류대행수수료를 뺀 나머지 차액 1,239,561,064원(이하 ⁠‘이 사건 정산수수료’라고 한다)에 대해서는 ○○통운이 원고에게 2015년 12월 청구 마감일까지 청구하기로 정하였다.

  나. 이 사건 물류센터에 관한 사업자등록 등

    1) 한편 원고는 2015. 12. 7. 피고에게 사업장 소재지를 이 사건 물류센터로 하고 개업일을 ⁠‘2015. 12. 1.’로, 종목을 보통창고업으로 한 사업자등록(사업자등록번호:000-85-00000)을 마쳤다(이하 ⁠‘용인사업장’이라 한다).

    2) 그러고 나서 원고는 2015. 12. 14. 본점 관할 ○○세무서장에게 사업자 단위 과세 사업자등록을 신청하여 그 사업자등록을 마쳤다. 이에 따라 용인사업장에 관한 사업자등록은 2015. 12. 31. 폐업을 이유로 말소되었다.

  다. 부가가치세 확정신고 등

    1) 원고는 2015. 12. 21. ○○통운으로부터 이 사건 정산수수료와 관련하여 ⁠‘공급받는 자’를 용인사업장, 품목 물류대행수수료(소급), 공급가액 1,239,561,064원, 세액 123,956,106원으로 된 전자세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 수령하였다.

    2) 원고는 2016. 1. 22. 피고에게 용인사업장에 관한 2015년 제2기(2015. 7. 1. ~ 2015. 12. 31.) 부가가치세 확정신고를 하면서, 이 사건 세금계산서에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하고 매입세액이 매출세액을 초과함을 이유로 환급세액 170,503,931원을 신고하였다. 즉, 원고는 용인사업장의 2015년 제2기 매출세액을 149,366,553원으로, 매입세액을 319,860,484원(= 이 사건 세금계산서 매입세액 123,956,106원 + 다른 세금계산서 매입세액 합계 195,904,378원)으로, 환급세액을 170,493,931원(= 매입세액 319,860,484원 - 매출세액 149,366,553원)으로, 차감·가감 후 환급받을 세액을 170,503,931원(= 위 환급세액 170,493,931원 + 전자신고 세액 공제 10,000원)으로 신고하였다.

  라. 피고의 환급세액 감액·경정결정 등

    그러나 피고는, 이 사건 정산수수료는 이 사건 사업장이 아닌 본점 사업장의 매입에 해당하여 원고 본점이 아닌 용인사업장이 수취한 이 사건 세금계산서는 ⁠‘공급받는 자’가 달라 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하여, 용인사업장이 신고한 매입세액 중 이 사건 세금계산서의 매입세액 123,956,106원의 공제를 부인하고, 매입세액을 195,904,382원¹⁾으로 결정하여 환급세액을 46,537,829원(매입세액 195,904,382원 – 매출세액 149,366,553원)으로 감액 경정하였다(이하 ⁠‘이 사건 환급세액 감액·경정결정’이라 한다). 그리고 이 사건 세금계산서의 매입세액 123,956,102원에 관한 가산세(세금계산서불성실 가산세 및 초과환급신고 가산세) 37,186,831원을 부과 결정하였다(이하 ⁠‘이 사건 제1차 가산세 부과처분‘이라 한다). 그러한 다음 피고는 2016. 3. 29. 원고에게, ⁠“원고가 신고한 환급세액 170,503,931원에서 161,142,933원(이 사건 세금계산서의 매입세액 123,956,102원 + 가산세 37,186,831원)을 차감한 9,360,998원(= 위 70,503,931원 – 위 161,142,933원)을 환급세액으로 결정한다”고 통지하였다[이하 ⁠‘이 사건 환급처분’이라고 한다. 이 사건 환급처분은 위와 같이 원고의 부가가치세 확정신고에 대하여, 매입세액 123,956,102원이 초과 신고되었음을 이유로, 신고한 환급세액에서 위 매입세액을 뺀 뒤 이렇게 빼고 난 뒤의 환급세액에서 다시 가산세액을 빼는 내용의 경정 결의를 한 것으로서, 이 사건 환급세액 감액·경정 결정(이는 실질적으로 부가가치세액 일부 환급거부 처분에 해당한다)과 이 사건 제1차 가산세 부과처분이 혼합된 처분이다].

  마. 이 사건 제1차 가산세 부과처분 취소소송 등

    1) 원고는 이 사건 환급처분에 불복하여 2016. 5. 19. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2016. 8. 26. 기각되었고, 다시 2016. 11. 22. 조세심판원장에게 조세심판을 청구하였으나 2017. 7. 5. 기각되었다.

    2) 원고는 2017. 9. 28.경 피고를 상대로, 수원지방법원 2017구합69220호로, 피고가 2016. 3. 29. 원고에게 한 이 사건 제1차 가산세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다. 위 법원은 2018. 4. 3. 이 사건 제1차 가산세 부과처분은 국세징수법 제9조 제1항에서 정한 적법한 절차 없이 이루어져 위법하다는 이유로 이를 취소한다는 원고 승소의 판결을 선고하였고, 위 판결은 그 이후 확정되었다.

  바. 피고의 제2차 가산세 부과처분 등

    1) 이에 피고는 2018. 6. 21. 과세예고통지 절차를 거치는 등 절차상 하자를 치유한 후, 2018. 7. 11. 원고에게, 원고가 2016. 1. 25.자로 한 용인사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 확정신고와 관련하여, 세금계산서불성실 가산세 24,791,221원(=1,239,561,064원 × 0.02, 원 미만 버림), 초과환급신고 가산세 12,395,610원(= 123,956,106원 × 0.1, 원 미만 버림), 합계 37,186,831원(= 24,791,221원 + 12,395,610원)을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 제2차 가산세 부과처분’이라 한다).

    2) 원고는 2018. 10. 8. 조세심판원에 이 사건 제2차 가산세 부과처분에 불복하여 이의신청을 하였으나, 조세심판원은 2019. 11. 13. 원고의 심판청구를 기각하였다.

  사. 원고 본점에서의 부가가치세 환급

    한편 원고는 2016. 10. 14. ○○세무서장에게 본점 사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 신고와 관련하여 이 사건 세금계산서상 부가가치세를 매입세액으로 하는 과세표준 및 세액경정을 청구하여 2017. 4. 6. ○○세무서장으로부터 이 사건 세금계산서의 매입세액에 해당하는 123,956,106원 전액을 환급받았다.

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증의 각 기재, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부에 대한 판단

  가. 원고의 주장

    1) 세금계산서불성실가산세 부과의 위법성

      피고는, 이 사건 세금계산서가 구 부가가치세법(2016. 1. 19. 법률 제13805호호 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라고 한다) 제60조 제3항 제2호에서 정한 ⁠‘사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우’에 해당함을 전제로 세금계산서불성실 가산세를 부과하였다. 그러나 위 조항은 재화나 용역의 공급이 없는 허위․가공의 세금계산서에 대한 것인데, 원고는 이 사건 물류센터에서 ○○통운으로부터 실제로 해당 용역을 공급 받았고, 이 사건 세금계산서는 그 필요적 기재사항의 하나인 ⁠‘공급받은 자’가 원고의 본점 사업장이 아니라 원고의 용인사업장으로 기재되어 있는 데 불과하므로, 이 사건 세금계산서를 가리켜 재화나 용역의 공급이 없는 허위․가공의 세금계산서라거나 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 세금계산서에 대하여 위 구 부가가치세법 제60조 제3항 제2호의 가산세를 부과한 것은 위법하다(이하 ⁠‘원고의 첫 번째 주장’이라 한다).

    2) 정당한 사유의 존재

      이 사건 세금계산서의 용역은 종전부터 운영되어 오다가 잠시 용인사업장으로 사업자등록이 되었다가 사업자등록이 곧 말소된 이 사건 물류센터에서 실제 제공된 것인 점, 용역을 제공한 ○○통운이 이 사건 물류센터가 용인사업장으로 등록되어 있던 날(2015. 12. 21.)을 공급연월일로, 용인사업장을 공급받는 자로 하여 발행·교부하였고, ○○통운도 해당 부가가치세를 신고·납부한 점, 원고로서는 본점사업장에서 신고하든 용인사업장에서 신고하든 아무런 차이가 없었던 점 등의 여러 사정에 비추어 보면, 원고가 ○○통운으로부터 ○○통운이 원고의 용인사업장을 공급받은 자로 하여 발행한 이 사건 세금계산서를 교부받은 후 피고에게 이를 용인사업장에 관한 것으로 신고한 데 정당한 사유가 있다(이하 ⁠‘원고의 두 번째 주장’이라 한다)고 보아야 한다.

    3) 본세 납세의무의 부존재에 따른 가산세 부과의 위법성

      이 사건 각 가산세는 본세인 부가가치세의 존재를 전제로 하여서만 인정될 수 있는 것인데, 원고의 환급신청에 따라, 원고가 당초 환급을 신고한 부가가치세액이 2017. 4. 6. 원고에게 전액 환급됨으로써 본세의 납부의무가 최종적으로 존재하지 않은 것으로 확정되었다. 따라서 이 사건 초과환급신고가산세의 납부의무는 물론 이 사건 세금계산서불성실가산세는 본세 없는 가산세에 해당하여 그 납부의무가 인정될 수 없다. 따라서 이 사건 제2차 가산세 부과처분은 모두 위법하다(이하 ⁠‘원고의 세 번째 주장’이라 한다).

  나. 관계법령

    별지와 같다.

  다. 구체적 판단

    1) 첫 번째 주장에 대한 판단

      가) 구 부가가치세법 제6조 제1항은 ⁠‘사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다’고 규정하고, 제8조 제1항은 ⁠‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다’고 규정하며, 제32조 제1항은 ⁠‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 공급받는 자의 등록번호(제2호) 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다’고 규정하는 한편, 제39조 제1항 제2호는 ⁠‘발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있다.

        위와 같이 부가가치세는 사업장 과세의 원칙을 취하고 있으므로 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위로서 실질적인 과세단위가 된다.

        그리고 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 구 부가가치세법 32조 제1항 제2호의 ⁠‘용역을 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 사업장을 의미하므로(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 참조), 세금계산서의 수수나 부가가치세의 과세표준 및 세액의 신고·납부는 각 사업장별로 하여야 한다(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두23170 판결 등 참조).

        그러므로 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받으면서 당해 재화 또는 용역을 직접 공급받는 사업장의 등록번호가 기재된 세금계산서가 아닌 다른 별도의 사업장의 등록번호가 기재된 세금계산서를 교부받는 것은 세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2013두11796 판결 참조).

      나) 앞서 본 사실관계를 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고의 사업장 중 2014. 5. 31. ○○통운과 물류대행서비스계약을 체결하고, 2015. 8. 28. 물류대행추가약정을 체결한 뒤, 2015. 6. 1.부터 2015. 11. 30.까지 이 사건 물류센터에서 ○○통운으로부터 그 물류대행용역을 공급받은 자는 원고 본점 사업장이라 할 것이다. 따라서 이 사건 정산수수료와 관련하여, 실제로 해당 용역을 공급받은 자인 원고의 본점을 공급받은 자로 한 것이 아닌 원고의 용인사업장을 공급받은 자로 하여 작성된 이 사건 세금계산서는 그 기재내용이 사실과 다른 경우에 해당한다고 할 것이다(따라서 이 사건 정산수수료에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다). 그리고 동일한 사업자가 둘 이상의 사업장을 경영하는 경우 각 사업장 상호간은 부가가치세법상으로는 타사업자와 마찬가지로 취급되는 것이므로, 이 사건 정산수수료와 관련한 용역을 공급받지 아니한 원고의 용인사업장은 이 사건 정산수수료에 관한 세금계산서를 교부받을 수 없는 것인데, 원고의 용인사업장이 ○○통운으로부터 이 사건 세금계산서를 발급받은 것은 구 부가가치세법 제60조 제3항 제2호에서 정한 ⁠‘사업자가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우’에 해당하여 위 법규정에서 정한 가산세 부과대상이 된다고 할 것이다.

      다) 따라서 이와 다른 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    2) 두 번째 주장에 대한 판단

      가) 세법상 가산세는 과세권 행사 및 조세채권 실현을 용이하게 하기 위하여 납

세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별

세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다. 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니어서 정당시할 수 있는 사정이 있거나 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리 한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 1998. 7. 24. 선고 96누18076 판결, 대법원2010. 5. 13. 선고 2009두23747 판결 등 참조).

      나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 주장하는 사정들만으로는 원고의 위와 같은 부가가치세 신고 과정에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 오히려 원고의 주장에 의하더라도 원고가 ○○통운으로부터 용인사업장을 공급받은 자로 하여 이 사건 세금계산서를 발급받고, 이를 용인사업장의 매입가액으로 하여 부가가치세를 신고한 것은 법률의 부지나 착오로 볼 수밖에 없다고 할 것이다.

      다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

    3) 세 번째 주장에 대한 판단

      가) 앞서 본 바와 같이, 원고는 이 사건 정산수수료에 관한 본점의 매입을 원고의 용인사업장의 매입으로 하여 이 사건 세금계산서를 발급받고 피고에게 부가가치세신고를 하였는데, 이 사건 세금계산서는 원고 용인사업장의 부가가치세 매입세액 공제 대상에서 제외되는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 그리고 피고는 이를 사유로한 이 사건 환급처분 중 이 사건 환급세액 감액·경정 결정을 하였고, 이 사건 환급세액 감액·경정 결정은 그대로 확정된 것으로 보인다. 즉 이 사건 가산세의 전제가 되는 본세는 원고의 용인사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세라 할 것인데, 용인사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 매입세액에서 이 사건 세금계산서를 공제하는 내용의이 사건 환급세액 감액·경정 결정은 확정되었다. 따라서 ⁠‘본세의 납세의무가 최종적으로 존재하지 않은 것으로 확정’된 것이라는 원고의 주장은 이유 없다.

      나) 한편 원고 본점의 이 사건 세금계상서상의 매입세액을 원고 용인사업장의 매입세액으로 신고한 것에 대해서, 이를 원고 본점의 매입으로 경정해 달라는 원고의 신청이나 원고 본점 관할 세무서의 직권 경정 결정에 의하여 원고 본점의 2015년 제2기 부가가치세 매입세액에서 이 사건 세금계산서를 공제하는 내용으로 세액경정을 하는 것은 가능할 것이다. 실제로 원고는, 앞에서 본 바와 같이, 2016. 10. 14. ○○세무서장에게 본점 사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 신고와 관련하여 이 사건 세금계산서상 부가가치세를 매입세액으로 하는 과세표준 및 세액경정을 청구하였고, ○○세무서장은 2017. 4. 6. 원고의 위 경정청구를 받아들여 원고에게 이 사건 세금계산서의 매입세액에 해당하는 123,956,106원 전액을 환급하는 결정을 하였다. 그러나 ○○세무서장의 위 경정과 환급처분은 원고의 용인사업장과는 다른 원고 본점의 2015년 제2기 부가가치세에 관한 것이므로, 이 사건 제2차 가산세 부과처분을 포함한 이 사건 환급처분과는 과세단위를 달리하는 별개의 처분이다. 따라서 ○○세무서장의 위 경정과 환급처분을 앞세워 이 사건 각 가산세에 관한 ⁠‘본세의 납세의무가 최종적으로 존재하지 않은 것으로 확정’된 것이라고 볼 수 없다.

      다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

  그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관련 법령

■ 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)

제47조(가산세 부과)

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가

산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를

감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고 를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서

납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나

환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경

우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산

세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하 며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다 만, ⁠「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항·제4항, 제49조제1항, 제66조 및

제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함

한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율

과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

■ 구 부가가치세법(2016. 1. 19. 법률 제13805호호 개정되기 전의 것)

제6조(납세지)

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정

된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소(거소)를 사업장으

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- 14 - 로 한다.

④ 제1항에도 불구하고 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신

하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다.

제8조(사업자등록)

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장

관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업

개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

② 사업자는 제1항에 따른 사업자등록의 신청을 사업장 관할 세무서장이 아닌 다른 세무서장

에게도 할 수 있다. 이 경우 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청한 것으로 본다.

③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는

주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위

과세 사업자라 한다.

④ 제1항에 따라 사업장 단위로 등록한 사업자가 제3항에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 변

경하려면 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하여야 한다. 사업자 단위 과세 사업자가

사업장 단위로 등록을 하려는 경우에도 또한 같다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항 및 제4항의

경우는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하 고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업

자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다.

제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한

다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을

받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌

경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

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5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면

대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여

야 한다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요

한 사항은 대통령령으로 정한다.

제37조(납부세액 등의 계산)

① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서

제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으 로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산

식에 따라 계산한다.

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에

대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출

세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또 는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적

기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매

입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

납부하거나 환급받을 세액 = A – B + C

A: 제2항에 따른 납부세액 또는 환급세액

B: 제46조, 제47조 및 그 밖에 이 법 또는 다른 법률에서 정하는 공제세액

C: 제60조 및 ⁠「국세기본법」제47조의2부터 제47조의5까지의 규정에 따른 가산세

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제49조(확정신고와 납부)

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난

후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령

령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및

제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신

고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지

아니한다.

② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고"라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신 고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의

경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 ⁠「국세징수법」에

따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다.

1. 제59조제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한 세액

2. 제48조제3항 본문에 따라 징수되는 금액

제57조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지

관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예

정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여

결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

제60조(가산세)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그

세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액 에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출

전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로

재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세

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금계산서등을 발급받은 경우

■ 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것)

제12조(등록번호)

① 법 제8조제5항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조

제3항 및 제4항에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장 에 한 개의 등록번호를 부여한다. 끝.

1) 원고가 신고한 매입세액 319,860,484원에서 이 사건 세금계산서의 매입세액 123,956,106원을 공제하면, 다른 세금계산서의 매입세액 합계 195,904,378원만 남게 되는데, 피고는 이때 결정매입세액을 위 195,904,378원으로 산정하지 않고 195,904,382원으로 산정하였다. 이는 이 사건 세금계산서의 매입세액을 123,956,106원으로 계산하지 않고 123,956,102원으로 잘못 계산한 결과 때문인 것으로 보인다. 이하에서는 이 사건 세금계산서의 매입세액을 123,956,106원이 아닌 123,956,102원으로 본다.

출처 : 수원지방법원 2020. 09. 03. 선고 수원지방법원 2020구합60070 판결 | 국세법령정보시스템