요지

거래처 대표는 조사 과정에서 가공거래임을 인정하였고, 거래처에 입금한 매입대금이 입금액 그대로 현금 인출된 점을 종합할 때, 실물 없는 가공세금계산서에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 1. 12. 원고들에 대하여 한 2014년 2기분 부가가치세 ×××원(가산

세 포함), 2015년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2015년 2기분 부가가치

세 ×××원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2011. 2. 1.부터 ***에서 ⁠‘ccc’이라는 상호로 의료기기 도소매업을 공동 으로 운영하고 있다.

나. 원고들은 2014년 2기부터 2015년 2기까지의 부가가치세 과세기간 중 EEE가

운영하는 ⁠‘ddd’(이하 ⁠‘이 사건 거래처’라 한다)으로부터 15회에 걸쳐 공급가액

합계 ×××원의 세금계산서(이하 ’이 사건 세금계산서‘라 한다)를 수취하여 그 합

계액 상당액을 해당 과세기간의 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 각 신고․납부하

였다.

다. bb지방국세청(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2016. 6. 30.부터 2016. 8. 31.까지 이

사건 거래처에 대한 거래질서조사(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과, 이 사건

거래처가 실물거래 없이 세금계산서를 발급 및 수취한 사실을 확인하여 수사기관에 고

발 조치하면서, 이 사건 세금계산서 또한 실물거래 없이 발급된 것으로 보아 관련 과

세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 피고는 이 사건 세금계산서에 따라 공제한 매입세액을 전액 부인하여

2018. 1. 12. 원고들에게 2014년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함, 이하 같

다), 2015년 1기분 부가가치세 ×××원, 2015년 2기분 부가가치세 ×××원(이

상 합계 ×××원)을 각 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

마. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2018. 4. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나, 조세심판원은 2018. 6. 29. 원고들의 위 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

원고들은 이 사건 거래처로부터 실제 공급가액 합계 ×××원의 치과재료 등 을 공급받고서 이 사건 세금계산서를 발급받았고, 해당 대금을 이 사건 거래처의 대표

EEE에게 모두 지급하였으며, 원고들의 매출처에 위 치과재료 등을 실제 납품하였다.

EEE의 자술서(을 제4호증)와 EEE에 대한 조세범칙혐의자 심문조서(을 제6호

증)는 EEE의 의사에 반하여 작성된 것이고, 이 사건 조사 종결 이후 조사청이 EEE 를 조세범처벌법위반 등의 혐의로 고발하였음에도 이에 대해 수사기관이 증거불충분 으로 불기소처분을 하였는바, 피고가 들고 있는 근거들만으로는 이 사건 세금계산서가

사실과 다른 허위의 것이라는 점이 입증되었다고 볼 수 없다.

또한 원고들이 이 사건 세금계산서 합계액 상당액을 EEE에게 지급한 후 이를

다시 돌려받은 바도 없고, 이 사건 거래처로부터 공급받은 치과재료 등을 실제 매출처 에 납품하고서 매출 세금계산서, 거래명세서 등을 수취한 점 등을 종합하면, 원고들이 이 사건 거래처와 가공의 거래를 하였다고 볼 수도 없는바, 이와 다른 전제에서 이루

어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) EEE는 이 사건 거래처에 대하여 2014년 2기부터 2015년 2기까지의 부가가

치세 신고 시 매출세금계산서 발급금액 약 ×××원, 매입세금계산서 수취금액

약 ×××원을 신고하였는데, 조사청은 이 사건 조사 결과 아래 표 기재와 같이

매출세금계산서 발급금액 중 약 ×××원과 매입세금계산서 수취금액 중 약

×××원이 실물거래 없이 세금계산서가 발급 및 수취된 금액에 해당한다고 보

아 EEE를 조세범처벌법 등 위반으로 고발 조치하였고, 가공 매출 및 매입거래에 대

해서는 관련 과세자료를 이 사건 거래처 관할 세무서에 통보하였다.

2) 조사청이 이 사건 조사 당시 가공거래로 확인한 이 사건 거래처의 매입세금계산

서 수취금액 약 ×××원은 아래 표 기재와 같이 9개 업체로부터 수취한 매입세

금계산서에 대한 것인데, 주식회사 eee(이하 ⁠‘eee’이라 한다)을 제외하고는 모

두 2014년 이후 신규 주소지에 개업한 사업자들로, 각 업체들에 대한 세금계산서 수취

내역에서 운송비 등 제세 경비에 대한 매입세금계산서 수취내역은 전혀 확인되지 아니

하였다. eee은 이 사건 거래처의 대표자 EEE가 운영하는 업체이고, fff는

 eee의 주주인 DDD이 EEE 및 eee의 직원인 CCC와 공동으로 운영

한 회사이며, 그 외 매입처는 단기에 고액의 세금계산서를 발급한 후 체납으로 직권폐

업된 부실거래처들로, 실제 치과물품 관련 도소매업을 영위할 만한 능력이나 경험을

갖추고 있음이 전혀 확인되지 아니한 업체들이다. 특히 fff의 대표자 HHH와

ggg의 대표자 FFF는 이 사건 조사 당시 급전이 필요하여 CCC 등에게 자신

들의 명의를 대여한 사실을 인정하였다. 한편 2014년 2기부터 2015년 2기까지 이 사

건 거래처 및 eee외 7업체가 발급한 각 전자세금계산서는 모두 동일한 컴퓨터를 통해

작성되었다.

3) EEE는 2016. 7. 28.경 조사청에 이 사건 세금계산서가 포함된 가공매출 내

역에 대하여 아래와 같은 내용의 자술서(을 제4호증, 이하 ⁠‘이 사건 자술서’라 한다)를

자신의 신분증 사본과 함께 작성하여 우편으로 제출하였다.

- 자술서 -

본인은 fff으로부터 상기의 가공 매입세금계산서를 발부받고 상기의 가공 매출세금

계산서를 발행하였음을 확인하며, 본인이 운영하는 이 사건 거래처의 세무조사 시 조사청

으로부터 이러한 행위는 가공거래이며 처벌을 받는 행위라는 것을 인지 받았기에 본 자술

서를 작성하는 바입니다.

상기 기재한 거래는 모두 가공거래임을 자술하는 바입니다.

4) EEE는 2016. 8. 17. 조사청으로부터 조세범칙혐의자 심문을 받으면서 아래와

같은 취지로 진술하였다.

○ 이 사건 자술서는 이 사건 조사를 받는 중 가공세금계산서를 주고받은 사실을 스스로

밝히고자 직접 자술서를 적고 지장을 찍어서 조사청에 등기로 보낸 것이다.

○ GGG이 실제 사업자로 추정되는 fff의 부탁으로 매출세금계산서를 발급해주고

거기에 상응하는 매입을 fff에서 세금계산서를 수취해 주었다.

○ 가공매출과 가공매입 전부 fff의 부탁으로 발급 및 수취하였다.

○ 이 사건 자술서에 기재된 대금의 일부는 입금 받은 후 다시 돌려주었다. fff에

서 입금된 돈은 대부분 미리 연락을 받고 현금으로 출금해 놓으면 GGG이 찾아갔고,

일부는 지정계좌로 송금하였다.

5) 조사청은 이 사건 조사 당시 EEE의 전체 계좌에 대해 금융현장 확인을 실시

하였는데, 이 사건 거래처의 매입처 중 EEE가 가공매입을 시인한 업체에 실제 대금 을 지급한 사실은 확인되지 아니하였다.

6) 2014. 9. 22.부터 2016. 1. 27.까지 원고 AAA은 합계 ×××원을, 원고

BBB은 ×××원을 각 EEE 계좌로 입금하였는데, 원고 AAA이 입금한

×××원은 입금 후 며칠 이내에 전액 현금으로 인출되었고, 원고 BBB이 입금

한 ×××원은 EEE 다른 계좌 등으로 이체 되었다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 을 제4 내지 8, 18, 19, 27, 29호증의 각 기재, 변론

전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과

다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 여기서 세

금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내

용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내

용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기

등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판

결 등 참조).

한편 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래

없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지

비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방 이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점 에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요 가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

2) 살피건대, 위 인정사실에 더하여 앞서 든 각 증거들과 을 제16, 20 내지 26호

증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하

면, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었거나 그 기재 내용이 사실과

다르다는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 봄이 타당하다.

① 행정청이 현장조사를 실시하는 과정에서 조사상대방으로부터 구체적인 위반

사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하

여 강제로 작성되었거나 또는 내용의 미비 등으로 구체적인 사실에 대한 증명자료로

삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부정할 수

없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두2864 판결 등 참조).

EEE는 이 사건 조사 과정에서 스스로 이 사건 거래처와 원고들 사이의 이 사건

세금계산서 관련 거래가 모두 가공거래임을 적극적으로 인정하는 취지

의 이 사건 자술서를 작성․제출하였는데, 달리 위 자술서가 작성자인 EEE의 의사 에 반하여 강제로 작성되었거나 내용의 미비 등으로 구체적인 사실에 대한 증명자료로

삼기 어렵다는 등의 특별한 사정은 보이지 않는다.

② 더구나 이 사건 자술서와 같은 취지로 위 자술서의 제출 방법과 가공거래에

대한 구체적인 진술이 담긴 EEE의 2016. 8. 17.자 조세범칙혐의자 심문조서(을 제6

호증)의 기재에 비추어 보면, 이 사건 자술서의 내용은 그 신빙성이 더욱 크다고 할 것

이고, 위 조세범칙혐의자 심문조서 작성 당시 가공거래에 관한 심문이 EEE 본인의

금융 거래내역과 일일이 대조해 가면서 이루어진 점에 비추어 보면, 이 사건 세금계산

서 관련 거래가 모두 가공거래에 해당한다는 위 심문조서의 기재 역시 매우 신빙성이

있다.

③ 원고들은 ⁠‘EEE는 이 사건 자술서를 작성할 당시 조사관의 세금 폭탄을 맞

게 될 것이라는 협박에 따라 조사관이 시키는 대로 진술을 한 것에 불과하다’고 주장

하고 있다.

살피건대, 갑 제11, 12, 13호증의 각 기재에 의하면, EEE는 2016. 12. 7. 및

2016. 12. 12. 서울서초경찰서에서 허위세금계산서교부 등 피의사실로 조사를 받으면서

“회계 쪽 일은 당시 함께 일을 하던 CCC이 담당하여 허위 세금계산서를 발급한 사

실은 알지 못한다. 다만 이 사건 거래처의 대표라서 조사관의 지시에 따라 모두 인정

하는 것처럼 서류에 날인만 한 것이다.”라는 취지로 진술한 사실, CCC도 2016. 12.

17. EEE의 위 피의사건에 대한 참고인으로 조사를 받으면서 ⁠“조사청 조사관이 자술

서를 보내지 않으면 회사 운영을 힘들게 하겠다고 하여 어쩔 수 없이 EEE가 이 사

건 자술서를 보낸 것이다.”라는 취지로 진술한 사실이 각 인정되고, CCC은 이 법정 에 증인으로 출석하여 ⁠“이 사건 거래처는 eee으로부터 치과기자재를 공급받아 매

출처에 공급하였다. GGG은 fff과는 아무런 관련이 없는 사람이다. ccc

으로부터 송금받은 대금을 현금으로 출금한 이유는 연구비 때문에 사채를 써서 현금으 로 빨리 지급을 해야 하는 상황이었기 때문이다. 조사청에서 시키는 대로 말을 하지

아니하면 세금폭탄을 맞게 될 것이라고 하여 그 사람들이 시키는 대로 이 사건 자술서 를 제출한 것이다.”라는 취지로 진술하기도 하였다.

그러나 EEE의 위 수사기관에서의 진술은 본인에 대한 범죄혐의를 부인하면

서 이루어진 진술일 뿐만 아니라, 내용도 알지 못하면서 스스로 자술서를 작성하여 날

인을 한다거나, 회계 관련 일을 하지 아니하였다는 이유로 대표자로서 회사의 가공 매

입매출 사실까지 알지 못하였다는 취지여서 상식에 반하여 납득할 수 없는바, 이를 그

대로 믿을 수 없다. 또한 CCC의 수사기관에서의 진술 및 이 법정에서의 증언도 이

사건 조사 당시에는 전혀 제기된 바 없는 내용으로서 이 사건 자술서가 당사자의 의사 에 반하여 작성된 이유나 원고들이 송금한 대금을 전액 현금으로 인출한 이유 등에 대

하여 전혀 납득할 만한 근거를 제시하지 못하고 있는바, 역시 이를 그대로 믿기 어렵

다. 결국 이 사건 자술서가 EEE의 의사에 반하여 작성되었다는 원고들의 주장은 받

아들일 수 없다.

④ 앞서 본 바와 같이, 조사청이 가공거래로 확인한 매입세금계산서 관련 이 사

건 거래처의 매입처는 그 대표자가 모두 EEE, CCC과 특별한 관계에 있는 자들이 거나 명의대여자들이고, 해당 전자세금계산서가 모두 동일한 컴퓨터에서 발급되었으며, 이 사건 거래처에서 위 매입처로 지급된 매입대금도 전혀 확인되지 아니하고, 이 사건

거래처의 매입매출을 증빙하는 어떠한 자료도 제출된 바가 없는바, 실제 이 사건 거래

처가 위 매입처에서 치과기자재 등을 매입하였다고 볼 수는 없다. 그런데 조사청이 확

인한 이 사건 거래처의 위 가공 매입 비율이 98%인 점을 감안하면, 원고들

또한 실제로는 이 사건 거래처로부터 치과재료 등을 공급받지 아니하였다고 볼 수밖에

없다.

⑤ 원고들이 EEE에게 입금한 매입대금은 모두 입금액 그대로 현금 인출되었

는바, 이는 ⁠‘가공거래로 입금된 대금은 입금자에게 돌려주거나 GGG이 현금으로 찾아

갔다’는 EEE의 2016. 8. 17.자 조세범칙혐의자 심문조서의 기재와 일치한다. 이러한

비정상적인 자금흐름에 비추어 보면 원고들의 주장처럼 단지 원고들의 매입대금이 정

승태에게 입급되었다는 사정만으로 해당 거래의 물품이 실제 공급되었음을 인정할 수 는 없다.

⑥ 원고들은 이 사건 거래처에서 구매한 물품을 III 등에 판매하면서 해당

물품의 대부분을 이 사건 거래처에서 III 등으로 직접 납품하게 하였다고 주장하

면서도, 이 사건 소에 이르기까지 이 사건 거래처로부터 매출처인 III 등에 직접

물품을 공급하게 하였음을 입증할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다. 또

한 CCC은 2016. 6. 30. eee의 부가가치세 세목별조사와 관련하여 조사를 받으

면서 이 사건 거래처의 공급 방법과 관련하여 ⁠‘eee이 택배배송으로 이 사건 거래

처의 매출처(원고들이 이에 해당한다)에 물품을 보냈다’고 진술하였는바, CCC의 위

진술 내용은 원고들이 주장하는 위 거래방식과 제대로 들어맞지 않는다. .

3) 위와 같이 피고에 의하여 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었

다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 상당한 정도로 증명된 이상,

장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 원고들이 이 사건 세금계산서에 기재된 공

급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 입증하여야 할 것이다.

먼저 원고들이 이 사건 거래처에 대금을 실제 입금하였다고 주장하며 제출한 지

급내역 및 계좌내역(갑 제7, 15호증)에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고들의 입

금액과 동일금액이 현금으로 인출되어 정상적인 거래의 대금이라 보기 어려운 사정이

있는바, 위 내역들을 근거로 원고들의 실제 거래를 인정할 수는 없다. 그리고 원고들이

제출한 이 사건 거래처로부터의 매입 거래명세표(갑 제4호증)는 원고들이 2017. 3. 28.

피고에게 부가가치세 과세자료 소명서(을 제9호증)를 제출할 당시에는 제출하지 아니

하였던 것으로, 위 소명서에 첨부된 전표상의 거래일자와 일치하지 아니할 뿐만 아니

라 위 거래명세표에 날인된 이 사건 거래처의 인감도 다른 업체의 소명자료에 날인된

것(을 제12호증 참조)과 달라 실제 거래 당시에 작성된 것으로 보기 어려운바, 위 명세

표를 근거로 원고들의 실제 거래를 인정할 수도 없다. 그 밖에 원고들이 제출한 매출

거래명세서(갑 제8호증)와 명함 사본(갑 제6호증)만으로는 원고들이 주장하는 치과재료

등의 매출 사실을 인정하기에 부족하다.

한편 갑 제5, 14호증의 각 기재에 의하면, 조사청이 eee의 거짓세금계산서

교부와 관련하여 EEE를 조세범처벌법위반 등으로 고발하였으나, 서울중앙지방검찰

청 담당 검사는 2018. 4. 18. ⁠‘피의자가 실질 거래 없이 가공거래를 근거로 거짓세금계

산서를 발급하거나 수취하였다고 볼 증거자료가 부족하다’는 이유로 EEE에 대하여

혐의없음(증거불충분)의 불기소처분(20**형제****호)을 한 사실은 인정된다. 그러나

행정재판은 반드시 검사의 불기소사실에 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자

유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는바(대법원 2000. 6. 9. 선고 99두

2314 판결 등 참조), 위에서 본 사정들에 비추어 볼 때, 위와 같은 불기소처분이 있었

다는 사정만으로 이 사건 세금계산서가 진정한 것으로 인정된다고 보기는 어렵다.

결국 원고들이 제출한 증거들만으로는 원고들이 이 사건 세금계산서에 기재된

공급자인 이 사건 거래처로부터 실제 치과재료 등을 공급받았다는 점을 인정하기 부족

하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4) 따라서 피고가 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아서 매입세액을 공제

하지 아니하고 이 사건 처분에 이른 것은 정당하고, 원고들의 주장은 이유 없다.

3) 원고들은 hhh에 치과재료를 택배 공급하였다며 제출한 택배영수증(갑제10호증)

을 접수일자 등을 지적하는 피고의 답변이 있은 이후 조세심판 당시 담당 세무법인이

제출한 의견서에 대한 우편물 영수증을 착오로 제출한 것이라며 이에 관한 주

장을 변경하였고, 택배사진(갑 제9호증)에 대해서도 원고들이 매출처에 납품하였다는

증거라고 주장하였다가 실제는 이 사건 거래처가 원고들에게 납품한 것에 대한 증거라 며 그 주장을 변경하였는바, 위와 같이 이 사건에 관하여 중요하고도 핵심적인

매출 관련 증빙서류에 관하여 원고들의 주장이 납득할 수 없는 이유로 변경되는 점

역시 원고들의 주장을 쉽게 믿을 수 없게 하는 사정이다.

4) EEE는 이 사건 거래처 등의 거짓세금계산서 교부와 관련하여서도 별도로 조사청에

의해 고발 조치되었으나, 마찬가지로 혐의없음의 불기소처분을 받은 것으로 보인다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 01. 23. 선고 서울행정법원 2018구합79155 판결 | 국세법령정보시스템