요지

법인세법 제13조 1호 후단 소정의 ⁠‘제66조에 따라 결정·경정된 결손금’에는 과세관청이 실제로 결정·경정한 결손금뿐만 아니라 납세자의 적법한 경정청구에 따라 과세관청이 경정하여야 하는 결손금도 포함된다고 보아야 하고, 이미 경정청구기간이 경과하여 불가쟁력이 발생한 경우에 대해서까지 과세관청이 이를 경정하여야 할 의무까지 적용된다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

  피고가 취소한다. 피고가 2016. 11. 2. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 귀속 법인세 916,144,280원의 부과처분 및 2015 사업연도 귀속 법인세 2,001,979,570원의 부과처분 중 3,744,880원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 항소취지

  주문 1, 2항 기재와 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 것을 제외하고는 제1심 판결이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심 판결문 제6면 1행의 ⁠“□□은행 회생채권 신고” 부분을 ⁠“□□은행 대지급”으로 고친다.

○ 제1심 판결문 제1의 사.항을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

  사. 원고의 법인세 신고와 피고의 과세처분

   1) 피고는 2016. 11. 2. 위 바.항의 세무조사 결과를 토대로 원고의 2012 사업연도

부터 2015 사업연도까지의 법인세에 관하여 아래 ⁠[표 3]의 ㉯항 기재와 같이 과세표준 및 세액을 각 경정(이하 ⁠‘이 사건 각 경정’이라 한다)하였다(2012 사업연도 법인세를 916,144,280원으로 하는 내용의 2016. 11. 2.자 법인세 부과처분과 2015 사업연도 법인세를 2,001,979,570원으로 하는 내용의 2016. 11. 2.자 법인세 부과처분을 ⁠‘이 사건 각 법인세 부과처분’이라 한다).

[표 3 생략]

   2) 한편 원고가 2010 사업연도부터 2015 사업연도까지 사이에 법인세 과세표준과 세액을 신고 또는 수정신고한 구체적인 내역은 아래 ⁠[표 4]의 ㉮항 기재와 같고[2010 사업연도 법인세 신고에 따른 결손금 15,021,954,896원은 2011 사업연도로 이월되었는데, 그와 같이 이월된 결손금 중 1,323,776,693원은 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제18조 제6호의 규정에 따라 2011 사업연도에 발생한 같은 금액 상당의 채무면제이익(주식발행초과금)에 충당되었고, 그 나머지 금액인 13,698,178,203원(= 15,021,954,896원 - 1,323,776,693원)1)은 2011 사업연도 법인세 과세표준을 산정하면서 이월결손금으로 전부 공제되었다. 이와 같은 과정을 거쳐 2012 사업연도 법인세 신고 과정에서는 그 이월결손금이 0원으로 산정되었다.], 피고가 한 이 사건 각 경정의 구체적인 내역은 아래 ⁠[표 4]의 ㉯항 기재와 같다

[표 4 생략]

○ 제1심판결문 제8면 17행의 ⁠“24호증”을 ⁠“26호증”으로 고친다.

2. 본안전 항변에 대한 판단

  이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 것을 제외하고는 제1심 판결이유 제2항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심 판결문 제9면 4행부터 7행까지의 ⁠“원고는 … 보기도 어렵다.” 부분을 ⁠“이 사건 각 법인세 부과처분일인 2016. 11. 2. 당시 원고의 2010 사업연도 법인세 신고분은 법정신고기한으로부터 3년을 경과하여 이미 경정청구기간이 도과한 상태였다. 따라서 2010 사업연도 결손금은 경정청구기간의 도과로 인하여 불가쟁력이 발생하여 더 이상 다툴 수 없게 되었다.”로 고친다.

○ 제1심 판결문 제9면 마지막 행의 ⁠“거쳤다고 보아야 한다.” 부분을 ⁠“거쳤다고 보아야 한다. 한편 원고가 이 사건 소를 제기할 당시에는 이 사건 각 경정을 통해 그 세액이 증액된 부분만의 취소를 구하다가 2018. 4. 23. 청구취지 변경을 통해 이 사건 각 법인세 부과처분의 전부 취소를 구하는 것으로 그 청구취지를 확장하였다고 하더라도, 하나의 처분에서의 청구취지 확장은 동일한 처분의 범위 내에서 청구의 기초에 변경이 없이 이루어진 소의 변경에 해당하므로, 위와 같이 청구취지가 확장된 부분의 소 역시 적법하다고 보아야 한다.”로 고친다.

○ 제1심 판결문 제10면 5행부터 9행까지의 ⁠“원고는 … 판단할 대상이다.” 부분을 ⁠“원고는 이 사건 각 법인세 부과처분의 위법을 주장하기 위한 공격방어방법으로서 2010 사업연도에 추가적인 결손금이 발생하였고 그 결손금이 위 사업연도 이후로 이월되었다고 주장하고 있을 뿐이고, 2010 사업연도 법인세의 과세표준과 세액 자체에 대한 경정을 구하고 있는 것이 아니다. 따라서 2010 사업연도 결손금이 경정청구기간의 도과로 인하여 불가쟁력이 발생하였고 이로 인해 이 사건 각 법인세 부과처분의 적법 여부에 어떠한 영향도 미치지 않는 것인지의 문제는 이 사건 각 법인세 부과처분의 위법성과 관련하여 본안에서 판단할 문제에 불과하다.”로 고친다.

3. 본안에 대한 판단

  가. 원고의 주장

   이 사건 각 상환채권과 ○○은행 등의 보증채권에 대응하여 원고가 채권자들에게 부담하는 채무는 모두 보증채무에 해당하는데, 이와 같은 보증채무의 면제로 인하여 생기는 부채의 감소액은 법인세법상 익금산입 등의 대상이 되지 않는다. 원고가 2010 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 익금으로 산입한 주식발행초과금 12,319,933,602원(= 이 사건 각 상환채권 관련 3,635,864,000원 + ○○은행 등의 보증채권 관련 8,684,069,602원, 이하 ⁠‘이 사건 주식발행초과금’이라 한다.)과 2011 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 영업외 수익으로 보아 당기순이익에 포함시킨 현재가치할인액 2,661,443,197원(= 이 사건 각 상환채권 관련 804,212,000원 + ○○은행 등의 보증채권 관련 1,857,231,197원, 이하 ⁠‘이 사건 현재가치할인액’이라 한다.)은 모두 보증채무의 일부 면제 또는 면제와 같은 효과가 있는 것이다. 이와 같이 이 사건 주식발행초과금의 경우 익금산입을 할 것이 아닌데도 원고가 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 잘못 익금산입을 하였고, 이 사건 현재가치할인액은 영업외 수익이 아닌데도 영업외 수익으로 잘못 보아 당기순이익에 포함시켰다.

   따라서 이 사건 주식발행초과금 12,319,933,602원은 2010 사업연도 익금산입에서 차감되어야 하고, 이 사건 현재가치할인액 2,661,443,197원은 2011 사업연도 당기순이익에서 차감되어야 한다. 이와 같이 보증채무의 면제액이 법인세법상 익금산입 등의 대상이 아니라고 보게 되면, 별지 1. 기재와 같이 2010 사업연도 결손금이 순차이월되어 2012 사업연도의 경우 정당한 세액은 0원이 되고, 2015 사업연도의 경우 정당한 세액은 3,744,880원에 불과하게 된다. 따라서 2012 사업연도 법인세 부과처분은 그 전부가 취소되어야 하고, 2015 사업연도 법인세 부과처분은 그 중 3,744,880원을 초과하는 부분이 취소되어야 한다.

  나. 관계법령

   별지 2. 기재와 같다.

 다. 판단

   1) 이 사건 주식발행초과금과 관련된 주장에 대한 판단

     가) 원고의 이 부분 주장은 2010 사업연도의 결손금이 법인세 신고 당시의 결손금 15,021,954,896원에서 정당한 결손금 27,341,888,498원으로 증액됨으로써 결손금 12,319,933,602원이 추가로 인정될 수 있음을 그 전제로 하고 있다. 그런데 앞서 본 인정사실과 관계법령의 규정내용 등에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이와 같은 추가결손금은 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되어 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라 한다) 제13조 제1호 후단3) 소정의 결손금에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 위와 같은 추가결손금이 인정될 수 있음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 판단할 것 없이 이유 없다.

     ① 법인세법 제13조 제1호는 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 아래와 같이 개정되었고, 위와 같이 개정된 조항은 법률 제9898호 부칙 제1조, 제4조의 규정에 따라 2010 사업연도 법인세에 대하여도 적용된다. 한편 법인세법 제13조 제1호는 그 이후에도 여러 차례 개정되었으나 그 후단 부분에 관한 규정내용은 문구수정 등이 있었을 뿐 현행 법인세법에 이르기까지 그대로 유지되었다.

[법인세법 제13조 제1호 개정내역]

   그런데 법인세법 제13조 제1호가 2009. 12. 31. 위와 같이 개정된 이유는, 이미 불가 쟁력이 발생한 과거 사업연도의 결손금을 들어 당해 사업연도의 법인세 부과처분의 적법성을 따지는 것은 법적 안정성을 저해한다는 점을 고려하여 공제 가능한 이월결손금을 신고·경정 등을 통해 확정된 결손금으로 명확하게 하려는 것이었다. 이와 같은 법률의 개정경위에 비추어 보면, 구 법인세법 제13조 제1호 후단의 규정에 해당하는 결손금이 아닌 경우에는 2010 사업연도 과세표준에 포함된 결손금에 해당하는 것이라고 볼 수 없고, 따라서 위 규정에 해당하지 않는 결손금은 그 이후의 사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어서 이월결손금으로 공제될 수도 없다고 보아야 한다.

     ② 구 법인세법 제13조 제1호 후단 소정의 결손금은 원칙적으로 구 법인세법 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·결정되거나 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금을 의미하는 것이다. 그런데 원고는 2010 사업연도 법인세를 신고하면서 그 결손금을 15,021,954,896원이라고 신고한 바 있고, 그 이후 법인세 과세표준과 세액을 수정신고한 바 없으며, 과세관청이 2010 사업연도 법인세와 관련하여 그 과세표준과 세액을 경정한 사실도 없다. 사정이 이와 같다면, 원고가 주장하는 바와 같은 추가결손금은 특별한 사정이 없는 한 구 법인세법 제13조 제1호 후단 소정의 결손금에 해당한다고 볼 수 없다.

     ③ 법인세법 제13조 제1호 후단 소정의 결손금은 원칙적으로 구 법인세법 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·결정되거나 구 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금을 의미하는 것임은 앞서 본 바와 같다. 다만 ㉠ 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제2호가 결손금액에 대한 경정청구를 허용하고 있고 위와 같은 결손금액에 대한 경정청구를 거부하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 점(대법원 2009. 7. 23. 선고 2007두21297 판결 참조), ㉡ 이전 사업연도에 발생한 결손금의 증액이 당해 사업연도의 과세표준에 영향을 미치는 경우에 있어서 결손금 증액경정청구 거부처분 취소소송 등을 통해 이전 사업연도에 발생한 결손금의 증액경정이 확정되어야만 당해 사업연도 법인세 부과처분의 적법성을 판단할 수 있다고 보는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점, ㉢ 법인세 법 제13조 제1호가 2009. 12. 31. 개정된 이유는 이미 불가쟁력이 발생한 과거 사업연도의 결손금을 들어 당해 사업연도의 법인세 부과처분의 적법성을 따지는 것은 법적 안정성을 저해한다는 점을 고려하였기 때문으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 구 법인세법 제13조 제1호 후단 소정의 ⁠‘제66조에 따라 결정·경정된 결손금’에는 과세관청이 실제로 결정·경정한 결손금뿐만 아니라 납세의무자의 적법한 경정청구에 따라 과세관청이 경정하여야 하는 결손금도 포함된다고 봄이 상당하다. 그러나 위와 같은 법리는 과세관청이 납세의무자의 적법한 경정청구에 따라 결손금을 증액경정하여야 하는 경우 에 한정되는 것이므로, 경정청구기간이 이미 경과하여 불가쟁력이 발생한 경우와 같이 납세의무자의 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 경정하여야 할 의무가 없는 경우에까지 적용된다고 볼 수는 없고, 따라서 이와 같은 경우의 결손금은 구 법인세법 제13조 제1호 후단 소정의 ⁠‘제66조에 따라 결정·경정된 결손금’에 해당하지 않는 것이라고 보아야 한다.

   이 사건의 경우, 2010 사업연도 법인세 과세표준에 포함된 결손금의 증액경정청구기간은 구 국세기본법(2010. 10. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제2호의 규정에 따라 법인세 신고기한인 2011. 3. 31.부터 3년 후인 2014. 3. 31.까지이다. 그런데 이 사건 각 법인세 부과처분은 위 경정청구기간이 이미 경과한 2016. 11. 2. 이루어진 것이므로, 원고가 이 사건 각 법인세 부과처분의 위법사유로서 2010 사업연도 결손금의 증액을 주장하더라도 과세관청으로서는 2010 사업연도 결손금을 증액하여야 할 어떠한 의무가 있다고 볼 수 없다. 사정이 이와 같다면, 원고가 주장하는 바와 같은 추가결손금이 인정되어야 하는 특별한 사정이 있다고 볼 수도 없다.

     나) 이에 대하여 원고는 ⁠“구 법인세법 제13조 제1호 후단 소정의 ⁠‘제66조에 따라 결정·경정된 결손금’에는 과세관청이 법인세법 제66조에 따라 결정 또는 경정하면서 인정해 준 결손금뿐만 아니라 결정 또는 경정과정에서 위법하게 결손금을 과소하게 인정한 경우 그에 대한 사법적 불복수단을 통해 인정된 결손금도 당연히 포함되는 것으로 보아야 한다.”는 취지로 주장한다.

   살피건대 2010 사업연도 법인세 과세표준에 포함된 결손금에 대한 경정청구기간이 이미 도과하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 그 이후 사업연도 과세표준을 산정함에 있어서 2010 사업연도 법인세 과세표준에 포함되지 아니한 결손금을 추가로 인정하지 아니하였다고 하더라도 이를 들어 어떠한 위법이 있다고 볼 수는 없다. 한편 공제가능한 이월결손금의 범위를 아무런 제한 없이 확장해석하는 것은 구 법인세법 제13조 제1호 후단의 문언내용에 어긋나는 것일 뿐만 아니라 법인세법이 2009. 12. 31. 개정된 취지에도 반하는 것이다. 이와 다른 전제에 서서 결손금이 추가로 인정되어야 한다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

 2) 이 사건 현재가치할인액과 관련된 주장에 대한 판단

   원고가 2011 사업연도 법인세 과세표준 및 세액과 관련하여, 수정신고를 한 소득금액은 16,383,710,140원이고 이월결손금은 13,698,278,203원이다. 그런데 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 현재가치할인액 2,661,443,197원이 2011 사업연도의 영업외수익이 아니어서 소득금액에서 차감되어야 한다면 2011 사업연도의 정당한 소득금액은 13,722,266,943원(= 16,383,710,140원 - 2,661,443,197원)이 되고, 이 금액에서 이월결손금을 차감하여 정당한 과세표준을 구하면 23,988,740원(= 13,772,266,943원 - 13,698,278,203원)이 된다. 따라서 이 사건 현재가치할인액을 영업외 수익으로 보아 당기순이익에 포함시킨 것이 잘못되었다고 하더라도 2011 사업연도에는 결손금이 발생하지 않으며, 이로 인해 위 사업연도 이후로 이월될 결손금도 존재하지 않게 된다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다(결국 2010 사업연도에 발생한 추가결손금이 2011 사업연도로 이월될 수 있다는 점이 인정되지 않는 이상, 2011 사업연도 법인세 신고과정에서 소득금액 산정이 잘못되었다는 사정만을 들어 이 사건 각 법인세 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수는 없게 된다).

4. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 01. 29. 선고 서울고등법원 2019누43094 판결 | 국세법령정보시스템