요지

자본적 지출액이란 자산의 취득 또는 완성 이후에 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용인데, 원고가 제출한 자료만으로 원고가 주장하는 공사 이후에 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없으므로 소득세법상 자본적 지출로 보아 필요경비로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 24. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 152,619,460원(가산세 포함)의 처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2019. 10. 15.부터 2019. 12. 31.까지 서울 aaa 토지 및 그 지상주택(이하 ’이 사건 제1 주택‘이라 한다), 같은 동 bbb 토지 및 그 지상주택(이하 ’이 사건 제2 주택‘이라 한다), 같은 동 ccc 토지 및 그 지상주택(이하 ’이 사건 제3 주택‘이라 하고, 이 사건 제1, 2, 3 주택을 통칭하여 ’이 사건 각 주택‘이라 한다)을 아래 표1 기재와 같이 각 양도하였다.

(단위: ㎥, 천원)

나. 원고는 이 사건 각 주택에 대한 공사비용으로 주식회사 AAAAAA(이하 ’AAAAAA‘이라 한다)로부터 공급가액 합계 ***원의 매입세금계산서를 아래 표2 기재와 같이 수취하여 이를 자본적 지출(이하 ’이 사건 자본적 지출액‘이라 한다)로 보아 양도소득세 필요경비에 산입하여 위 표1 기재와 같이 2019년 귀속 양도소득세 ***원을 신고․납부하였다.

(단위: 천원)

다. 피고는 2022. 2. 15.부터 2022. 3. 6.까지 원고에 대한 2019년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 이 사건 자본적 지출액을 소득세법상 자본적 지출로 볼 수 없다고 보고 필요경비를 부인하여, 2022. 5. 24. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 ***원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7 내지 9, 15, 16, 26, 29 내지 33, 49 내지 52, 62호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 각 주택은 준공된 후 50년 정도가 경과하여 대대적인 보수 및 시설개량을 통해 전세 보증금을 올려 받아 매수자의 자금 부담을 덜어 주어야 매도가 가능하였으므로 이 사건 각 주택의 양도 이전에 AAAAAA과 도급계약을 체결하여 철거, 수장, 창호, 전기, 도시가스, 상하수도, 난방 공사를 진행하였다. 따라서 매입세금계산서의 공급가액 합계 ***원은 자본적 지출에 해당하여 필요경비로 공제되어야 하므로 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

한편, 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로서 취득가액(제1호), 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제3호)을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제3호에서 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 자본적 지출액 등의 하나로 규정하고 있다.

2) 갑 제18, 21, 22, 34, 41, 42, 53, 55, 56호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 각 주택에 관하여 AAAAAA과 사이에 상하수도, 난방, 창호 등 공사도급계약을 체결하고, AAAAAA로부터 공급가액 합계 ***원의 매입세금계산서를 제공받았으며, AAAAAA에게 위 공급가액에 해당하는 합계 ***원을 입금한 사실은 인정할 수 있다.

3) 앞서 든 증거들, 갑 제11 내지 13, 63호증, 을 제1, 4 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사실과 사정을 종합하면, 위 2)항 기재 인정사실 및 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 실제로 이 사건 각 주택에 관하여 위 공사도급계약서 기재와 같은 공사를 시행하고, 매입세금계산서 기재와 같이 합계 ***원의 지출하였다는 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니 한다.

① 원고와 이 사건 각 주택에 관한 공사도급계약을 체결하고, 매입세금계산서를 발급한 AAAAAA의 당시 대표인 사내이사 DDD은 원고의 배우자이고, 현재 사내이사는 원고(2023. 9. 14. 취임)로서 이러한 원고와의 특수관계를 고려하면, 앞서 본 공사도급계약서, 매입세금계산서 및 입금증을 작성함이 용이하므로 당사자와 무관한 제3자인 수급인보다는 위와 같은 자료의 실제와 부합 여부를 더욱 엄격하게 심사할 필요가 있다.

② 이 사건 제1 주택의 양도 계약서 특약사항 제5항에는 ’본 건물은 1967년도 건축한 주택으로 당초 매도자 제시가격 ***백만원이었으나 오래된 건물이고 거실천정누수가 있음을 감안하여 금액을 절충하여 ****백만원에 계약 체결하였으며 매수인은 건물 노후화로 인한 하자에 대해서는 매도인에게 수리나 보수를 요구하지 않기로 한다‘고, 이 사건 제2 주택의 양도 계약서 특약사항 제5항에는 ’본 건물은 1970년도 건축한 주택으로 오래된 건물임을 감한하여 노후화로 인한 하자에 대하여 잔금일 이전은 매도인이 책임을 지고 잔금일 이후에는 매수인이 책임 지기로 한다‘고, 이 사건 제3 주택의 양도 계약서 특약사항 제4항에는 ’건물의 노후화로 인한 누수 등의 발생 시 잔금일을 기준으로 그 이전은 매도인이 잔금일 이후는 매수인이 책임지기로 한다‘고 각 정하였는데, 원고가 위 각 매매계약을 체결하기 전에 AAAAAA과 체결한 공사도급계약에 따른 공사대금은 양도 당시 연와조 구조의 건물을 신축하는데 소요되는 비용에 육박하는 평당 300만 원을 초과하고 그와 같은 공사를 하였음에도 이 사건 각 주택의 매매계약서에 위와 같은 특약사항을 기재하고 그 공사 내역을 매매대금에 반영하지 않은 것은 너무나 이례적이다(특히, 이 사건 제3 주택의 양도 매매계약서 특약사항 제9호에는 ’매매대금 총 ***만 원 중 건물대금 5,000만 원, 토지대금 ***만 원을 합한 금액이다‘라고 기재하였는데, 이 사건 제3 주택에 대한 공사도급금액은 이를 초과하는 ***만 원이다).

③ 자본적 지출액이란 자산의 취득 또는 완성 이후에 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용인데, 원고가 제출한 자료만으로 원고가 주장하는 공사 이후에 이 사건 각 주택에 신축 비용에 해당할 정도인 합계 ***원의 공사비용을 지출하여 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시켰다고 인정할 만한 공사 사실을 객관적으로 확인할 수 없다.

④ 원고가 이 사건 제2 주택에 관한 2019. 10. 1. 체결한 공사도급계약서에 의하면, 공사기간은 2019. 10. 18.부터 2019. 11. 10.까지로 기재되어 있으나, 공사기간 종기 이전인 2019. 10. 24. ***만 원의 매입세금계산서를 발급받고 공사대금 전부를 지급하였고, 노무비지급대장에는 그 이후인 2019. 10. 26.까지 노무자들이 공사를 진행한 것으로 기재되어 있고(갑 제43호증), 노무자 BBB에 대한 지출품의서에는 작업기간이 2019. 11. 1.부터 2019. 11. 30.로 기재되어 있어 위 공사도급계약서와 일치하지 않는다.

⑤ 원고가 이 사건 제3주택에 관한 2019. 11. 22. 체결한 공사도급계약서에 의하면, 공사기간은 2019. 11. 22.부터 2019. 12. 31.까지로 기재되어 있으나, 노무비지급대장에는 위 공사기간 이전인 2019. 11. 4.부터 발생한 노무비가 기재되어 있다(갑 제57호증).

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없어 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2025. 01. 17. 선고 서울행정법원 2024구단50622 판결 | 국세법령정보시스템