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세금계산서 미발급 추정처분 요건 불인정 사례

부산고등법원 2019누23111
판결 요약
특정 공급처(어린이집 등)에 실제 식자재 공급 및 세금계산서 미발급이 입증되지 않으면, 세금계산서 미발급 가산세를 부과할 수 없다고 판시하였습니다. 과세관청이 실제 거래 및 발급 누락에 대한 증명책임을 다하지 못하면 부과처분 중 미발급 가산세 부분은 취소해야 합니다.
#세금계산서 미발급 #부가가치세 가산세 #실제 공급 입증 #공급계약서 불일치 #세무조사 자료
질의 응답
1. 세무서가 거래처에 식자재를 공급했다며 세금계산서 미발급 가산세를 부과하면 언제 다툴 수 있나요?
답변
세무서가 실제 식자재 공급 및 세금계산서 미발급 사실을 충분히 입증하지 못했다면, 가산세 부과를 다툴 수 있습니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 실제 거래 입증 부족 시 미발급 가산세 부과는 위법하다고 판시하였습니다.
2. 세무조사에서 제출된 매출계약서가 서로 다르고, 실제 공급 증거가 모호하다면 부가세 추징을 어떻게 판단하나요?
답변
공급계약서나 거래 내역이 불일치하거나 거래 사실이 명확히 증명되지 않으면 가산세 부과 등 처분은 취소될 수 있습니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 공사도급계약서 기재 불일치 등 사정만으로 실제거래 또는 누락을 인정할 수 없다고 인정하였습니다.
3. 형사판결에서 대표자가 식자재를 공급한 것으로 인정되어도 원고에 대한 부가세 처분에 영향이 있나요?
답변
실제 공급 주체가 누구인지 명확하지 않으면 단순 형사 인정을 근거로 부과처분은 정당화되지 않습니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 형사판결상 QQQ(여러 회사) 지정만으로 원고의 공급 누락을 단정할 수 없다고 하였습니다.
4. 세무서가 세금계산서 미발급 가산세를 부과하기 위한 증명책임은 어디까지인가요?
답변
해당 공급처에 실제로 재화 또는 용역을 공급하고도 세금계산서를 미발급했다는 점을 세무서가 명확히 증명해야 합니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 납세자가 실제로 거래하고 발급을 누락했다는 사실을 과세관청이 입증해야 한다고 판시하였습니다.
5. 과세자료 통보 등 정황만으로도 세금계산서 미발급 가산세 부과가 가능한가요?
답변
정황이나 참고자료만으로는 과세요건 사실이 입증되는 것은 아니며, 직접적 증거가 요구됩니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 세무서가 참고자료만으로 추가조사, 직접거래 입증 없이 과세한 것은 위법하다고 하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

판결 전문

요지

특정업체에 매출하였다는 입증이 부족하므로 납세자가 매출세금계산서 발급을 누락하였다고 보기 힘들어 세금계산서 미발급 가산세를 적용할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

부산고등법원2019누23111

원고, 항소인

주식회사 아○○

피고, 피항소인

△△세무서장

제1심 판 결

부산지방법원 2019. 7. 26. 선고 2018구합1719 판결

변 론 종 결

2020. 9. 16.

판 결 선 고

2020. 10. 14.

주 문

 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2014년 제2기분 부가가치세 2,655,840원의 부

과처분 중 1,327,920원을 초과하는 부분, 2015년 제1기분 부가가치세 3,913,450원의

부과처분 중 1,956,727원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2014년 제2기분 부가가

치세 2,655,840원, 2015년 제1기분 부가가치세 3,913,450원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 이유 중 제1항 부분의 기

재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그

대로 인용한다.

2. 원고의 주장에 관한 판단

 가. 원고 주장의 요지

  1) 원고는 이 사건 관계 회사로부터 부산 00군 00면 00리 310-3 소재 AA아

놀자 어린이집(이하 ’이 사건 어린이집‘이라 한다) 신축공사 중 인테리어 공사를 하도

급 받아 실제로 공사를 시행하였고, 이에 따라 이 사건 관계 회사에 매출세금계산서를

발행한 것으로서 허위의 세금계산서를 발행한 사실이 없으므로, 이 사건 처분은 위법

하다.

  2) 설령 원고가 이 사건 관계 회사에 허위의 세금계산서를 발행하였다고 하더라도,

원고는 위 세금계산서의 공급가액을 매출에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한바,

오히려 피고는 원고가 신고․납부한 부가가치세 중 허위거래 부분에 해당하는 세액에

서 가산세를 공제하여 환급해야하므로 이 사건 처분은 위법하다.

  3) 피고는, 원고가 이 사건 관계 회사에 발급한 세금계산서의 공급가액(2014년 제2

기분 66,396,000원, 2015년 제1기분 97,836,363원) 만큼 실제로 어린이집 등에 대하여

식자재를 공급하고도 그 공급가액 상당의 매출세금계산서를 발급하지 않았음을 이유로

세금계산서미발급가산세를 별도로 부과하고 있으나 원고는 실제로 어린이집 등에 대하

여 식자재를 공급하고 그 공급가액 상당의 매출세금계산서 발급을 누락한 사실이 없으

므로 이 사건 처분 중 세금계산서미발급가산세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

   이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결 제4면 15째줄의 ’을 제4

호증의 각 기재(각 가지번호 포함)‘ 다음에 ’이 법원의 2020. 1. 13.자 △△세무서장에

대한 과세정보제출명령회신’을 추가하고, 제5면 12째줄의 ’이 법원‘을 ’제1심법원‘으로

고치며, 제6면의 ⁠(4), ⁠(5)항을 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결의 이유 중 ’1) 원

고의 첫 번째 주장에 관한 판단(제4면 11째줄부터 제6면 20째줄까지)‘ 부분의 기재와

같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로

인용한다.

  『(4) 김BB은 2016. 9. 9. 검찰에서 조사를 받으면서 ’공사대금을 절약하는 등 효

율적인 효과를 내기 위하여 개인적으로 자재를 구입하고 인테리어 공사를 진행하였는

데 이때 세금문제를 해결하기 위하여 원고를 이용하여 세금계산서를 발행한 것이다.

비용 측면에서 효과적으로 운용하기 위하여 원고를 끼워넣었다‘고 진술하였다(원고는

검찰조사 당시 작성된 피의자신문조서가 검사의 강압 등에 의하여 작성되어 증거로 사

용할 수 없다고 주장하나 원고가 주장하는 사정들만으로 이를 인정할 수 없다).

    (5) 원고는, 원고가 이 사건 관계 회사로부터 이 사건 어린이집 인테리어 공사를

하도급 받았다고 주장하며 제1심에서 원고와 이 사건 관계 회사 사이에 작성된 2014.

12. 1.자 공사도급계약서(갑 제10호증)를 제출하였다. 그러나 이 사건 관계 회사에 대

한 △△세무서의 세무조사 과정에서도 이 사건 어린이집 인테리어 공사와 관련한 공사

도급계약서가 제출된바 있는데, 제주세무서에 제출된 공사도급계약서와 갑 제10호증

공사도급계약서는 동일한 공사에 대한 하도급계약임에도 공사기간, 공사대금 액수, 공

사대금의 지급방법이 서로 다르게 기재되어 있고, 제주세무서에 제출된 공사도급계약

서의 도급인란에는 김BB의 개인도장이 날인되어 있는 반면 갑 제10호증 공사도급계

약서의 도급인란에는 원고의 법인 도장이 날인되어 있는 등(한편, 갑 제10호증 공사도

급계약서의 도급인란과 수급인란에는 모두 원고의 법인 도장이 날인되어 있다) 위 공

사도급계약서의 작성경위 및 그 기재 내용을 그대로 믿기 어렵다.』

  2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

  이 사건 처분은 원고의 세금계산서 미발급 내지 허위세금계산서 발행에 대한 제재

로써 세금계산서미발급가산세 및 세금계산서불성실가산세를 산정하여 부과한 것이므 로, 설령 원고의 주장과 같이 원고가 해당 과세기간의 매출로 신고․납부한 부가가가

치세를 환급받아야 하는 사정이 있다고 하더라도, 원고가 이에 대하여 부가가치세의

환급을 구하는 취지의 경정청구 등을 하는 것은 별론으로 하고, 그와 같은 사정만으로 이 사건 처분이 곧바로 위법하다고 볼 수는 없다.

  3) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

피고는, 원고가 이 사건 관계 회사에 발급한 세금계산서의 공급가액(2014년 제2기

분 66,396,000원, 2015년 제1기분 97,836,363원) 만큼 실제로는 어린이집 등에 대하여

식자재를 공급하고 해당 어린이집 등에 대하여 그 공급가액에 해당하는 매출세금계산

서를 발급하지 않았음을 전제로 공급가액의 2%에 해당하는 세금계산서미발급가산세를

부과하였다.

그러나, 을 제2, 4, 20호증의 각 기재, 이 법원의 2020. 7. 20.자 △△세무서장에 대

한 과세정보제출명령회신에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은

사정들에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정과 제출한 증거들만으로 위 과세처분의

과세요건사실, 즉 원고가 실제로 어린이집 등에 대하여 2014년 제2기에 공급가액

66,396,000원, 2015년 제1기에 공급가액 97,836,363원 상당의 식자재를 공급하고도 그

공급가액에 해당하는 세금계산서를 발급하지 아니한 사실을 인정하기 부족하고, 달리

이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 세금계산서미발급가산세 부분은 위

법하다.

  가) 피고는, 제주세무서가 이 사건 관계 회사에 대한 세무조사를 실시한 후 피고에

대하여 ’원고가 어린이집에서 매입세금계산서를 요구하지 않는 것을 이용하여 매입세

금계산서 총액에 일정한 금액을 더하여 이 사건 관계 회사에 가공매출세금계산서를 발

급하였다‘는 내용으로 과세자료를 통보함에 따라 원고가 식자재 거래처인 어린이집에

식자재를 공급하고도 세금계산서를 발급하지 아니하는 대신 이 사건 관계 회사에 가공

세금계산서를 발급한 것으로 보아 이 사건 처분을 하였는데, 피고는 이 사건 처분 과

정에 위 과세자료 기재 내용에 대하여 추가적인 조사를 실시하거나 원고의 거래처인

유치원, 어린이집 등에 대한 실제 거래내역, 매입세금계산서 누락 여부 등에 대한 조사

내지 확인을 하지는 않았다.

  나) △△세무서가 이 사건 관계 회사에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 관계

회사에 대하여 법인세, 부가가치세 등을 부과하고 이와 관련하여 피고에게 과세자료를

통보할 당시 원고나 그 대표이사에 대한 직접적인 조사를 실시하지는 않았다.

   다) 김BB은 2012. 12. 18.경부터 어린이집, 유치원 등에 식자재 등을 공급하는

업체인 주식회사 CCCCC를 설립하여 운영해 오다가, 2014. 4. 28.에 동종 업체인

원고를, 2014. 11. 21.에 건설업체인 이 사건 관계 회사를 각 설립하여 운영해 왔는데,

김BB이 원고를 설립한 2014년경 이후에도 주식회사 CCCCC는 유치원, 어린이

집 등에 식자재를 공급하고 매출계산서를 발급해 온 것으로 보여 이 사건 과세기간에

김BB을 통해 식자재를 공급받은 유치원, 어린이집 등이 모두 원고로부터 실제로 식

자재를 공급받은 것이라고 단정하기는 어렵다.

   라) 피고는 원고의 대표이사 김BB에 대한 형사판결[부산지방법원 2000노0000,

0000(병합)]에 의하면 원고가 2014년 제2기에 50,738,660원, 2015년 제1기에

73,220,960원 상당의 식자재를 DD유치원, DD어린이집, EE유치원에게 실제로 공

급하고도 매출세금계산서를 발행하지 않은 사실을 인정할 수 있고, 부가가치세법 제57

조에 의한 추계 등에 의하더라도 원고의 매출누락 사실을 인정할 수 있으므로 이 사건

처분이 적법하다고 주장하나, 김BB에 대한 형사판결에서 인정한 범죄사실은 ’김BB 이 어린이집, 유치원에 식자재 공급을 목적으로 하는 주식회사 CCCCC, 원고 및

건물신축공사 등을 목적으로 하는 주식회사 CCCCC건설을 운영하면서 식자재를

공급하던 중 유치원 원장들에게 ⁠“식자재 대금으로 부풀린 금액을 결제하면 그 중 위

각 회사를 통칭한 QQQ로부터 실제 공급이 이루어진 식자재비와 10%의 수수료를 제외

한 차액을 반환해 주고, 결제된 금액에 맞는 QQQ 명의의 전자계산서 및 명세서 등 회

계처리에 필요한 서류까지 준비해주겠다”는 제안을 하였고, 이에 위 원장들은 QQQ로

부터 실제 공급된 식자재비에다가 돌려받을 차액을 더하여 실비보다 과다 계상한 금액 을 결제하는 방법으로 급식비를 편취하였다‘는 것으로, 위 범죄사실에 의하면 김BB은

다수의 회사를 운영하면서 편의에 따라 각 회사 명의를 이용하여 실제와는 다른 거래

의 외관을 작출하고자 하였던 것으로 보이고, 위 형사사건에서 유치원 및 어린이집에

실질적인 식자재를 공급한 주체와 관련하여 김BB이 운영한 수개의 회사를 통칭한

QQQ로 특정하였을 뿐인바, 위 형사사건에 나타난 사정만으로 유치원, 어린이집에 실

제로 식자재를 공급한 주체가 원고라고 단정할 수 없고, 그 밖에 피고가 주장하는 사

정들만으로 원고가 이 사건 쟁점 매출금액 상당의 식자재 거래를 실제로 하였다거나

식자재를 공급받은 어린이집에 대하여 그에 해당하는 매출세금계산서 발급을 누락한

사실을 인정하기 부족하다.

 4) 소결론

   따라서, 피고가 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2014년 제2기분 부가가치세

2,655,840원의 부과처분 중 세금계산서불성실가산세 부분인 1,327,920원(2014년 제2기

분 공급가액 66,396,000원 × 2%), 2015년 제1기분 부가가치세 3,913,450원의 부과처분

중 세금계산서불성실가산세 부분인 1,956,727원(2015년 제1기분 공급가액 97,836,363

원 × 2%)을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나

머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여

부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위와 같이 위법한 부분에 해당

하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 위법한 부분의 취소를 명하며, 원고

의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2020. 10. 14. 선고 부산고등법원 2019누23111 판결 | 국세법령정보시스템

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세금계산서 미발급 추정처분 요건 불인정 사례

부산고등법원 2019누23111
판결 요약
특정 공급처(어린이집 등)에 실제 식자재 공급 및 세금계산서 미발급이 입증되지 않으면, 세금계산서 미발급 가산세를 부과할 수 없다고 판시하였습니다. 과세관청이 실제 거래 및 발급 누락에 대한 증명책임을 다하지 못하면 부과처분 중 미발급 가산세 부분은 취소해야 합니다.
#세금계산서 미발급 #부가가치세 가산세 #실제 공급 입증 #공급계약서 불일치 #세무조사 자료
질의 응답
1. 세무서가 거래처에 식자재를 공급했다며 세금계산서 미발급 가산세를 부과하면 언제 다툴 수 있나요?
답변
세무서가 실제 식자재 공급 및 세금계산서 미발급 사실을 충분히 입증하지 못했다면, 가산세 부과를 다툴 수 있습니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 실제 거래 입증 부족 시 미발급 가산세 부과는 위법하다고 판시하였습니다.
2. 세무조사에서 제출된 매출계약서가 서로 다르고, 실제 공급 증거가 모호하다면 부가세 추징을 어떻게 판단하나요?
답변
공급계약서나 거래 내역이 불일치하거나 거래 사실이 명확히 증명되지 않으면 가산세 부과 등 처분은 취소될 수 있습니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 공사도급계약서 기재 불일치 등 사정만으로 실제거래 또는 누락을 인정할 수 없다고 인정하였습니다.
3. 형사판결에서 대표자가 식자재를 공급한 것으로 인정되어도 원고에 대한 부가세 처분에 영향이 있나요?
답변
실제 공급 주체가 누구인지 명확하지 않으면 단순 형사 인정을 근거로 부과처분은 정당화되지 않습니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 형사판결상 QQQ(여러 회사) 지정만으로 원고의 공급 누락을 단정할 수 없다고 하였습니다.
4. 세무서가 세금계산서 미발급 가산세를 부과하기 위한 증명책임은 어디까지인가요?
답변
해당 공급처에 실제로 재화 또는 용역을 공급하고도 세금계산서를 미발급했다는 점을 세무서가 명확히 증명해야 합니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 납세자가 실제로 거래하고 발급을 누락했다는 사실을 과세관청이 입증해야 한다고 판시하였습니다.
5. 과세자료 통보 등 정황만으로도 세금계산서 미발급 가산세 부과가 가능한가요?
답변
정황이나 참고자료만으로는 과세요건 사실이 입증되는 것은 아니며, 직접적 증거가 요구됩니다.
근거
부산고등법원 2019누23111 판결은 세무서가 참고자료만으로 추가조사, 직접거래 입증 없이 과세한 것은 위법하다고 하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과합니다.

판결 전문

요지

특정업체에 매출하였다는 입증이 부족하므로 납세자가 매출세금계산서 발급을 누락하였다고 보기 힘들어 세금계산서 미발급 가산세를 적용할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

부산고등법원2019누23111

원고, 항소인

주식회사 아○○

피고, 피항소인

△△세무서장

제1심 판 결

부산지방법원 2019. 7. 26. 선고 2018구합1719 판결

변 론 종 결

2020. 9. 16.

판 결 선 고

2020. 10. 14.

주 문

 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2014년 제2기분 부가가치세 2,655,840원의 부

과처분 중 1,327,920원을 초과하는 부분, 2015년 제1기분 부가가치세 3,913,450원의

부과처분 중 1,956,727원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2014년 제2기분 부가가

치세 2,655,840원, 2015년 제1기분 부가가치세 3,913,450원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 이유 중 제1항 부분의 기

재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그

대로 인용한다.

2. 원고의 주장에 관한 판단

 가. 원고 주장의 요지

  1) 원고는 이 사건 관계 회사로부터 부산 00군 00면 00리 310-3 소재 AA아

놀자 어린이집(이하 ’이 사건 어린이집‘이라 한다) 신축공사 중 인테리어 공사를 하도

급 받아 실제로 공사를 시행하였고, 이에 따라 이 사건 관계 회사에 매출세금계산서를

발행한 것으로서 허위의 세금계산서를 발행한 사실이 없으므로, 이 사건 처분은 위법

하다.

  2) 설령 원고가 이 사건 관계 회사에 허위의 세금계산서를 발행하였다고 하더라도,

원고는 위 세금계산서의 공급가액을 매출에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한바,

오히려 피고는 원고가 신고․납부한 부가가치세 중 허위거래 부분에 해당하는 세액에

서 가산세를 공제하여 환급해야하므로 이 사건 처분은 위법하다.

  3) 피고는, 원고가 이 사건 관계 회사에 발급한 세금계산서의 공급가액(2014년 제2

기분 66,396,000원, 2015년 제1기분 97,836,363원) 만큼 실제로 어린이집 등에 대하여

식자재를 공급하고도 그 공급가액 상당의 매출세금계산서를 발급하지 않았음을 이유로

세금계산서미발급가산세를 별도로 부과하고 있으나 원고는 실제로 어린이집 등에 대하

여 식자재를 공급하고 그 공급가액 상당의 매출세금계산서 발급을 누락한 사실이 없으

므로 이 사건 처분 중 세금계산서미발급가산세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

   이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결 제4면 15째줄의 ’을 제4

호증의 각 기재(각 가지번호 포함)‘ 다음에 ’이 법원의 2020. 1. 13.자 △△세무서장에

대한 과세정보제출명령회신’을 추가하고, 제5면 12째줄의 ’이 법원‘을 ’제1심법원‘으로

고치며, 제6면의 ⁠(4), ⁠(5)항을 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결의 이유 중 ’1) 원

고의 첫 번째 주장에 관한 판단(제4면 11째줄부터 제6면 20째줄까지)‘ 부분의 기재와

같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로

인용한다.

  『(4) 김BB은 2016. 9. 9. 검찰에서 조사를 받으면서 ’공사대금을 절약하는 등 효

율적인 효과를 내기 위하여 개인적으로 자재를 구입하고 인테리어 공사를 진행하였는

데 이때 세금문제를 해결하기 위하여 원고를 이용하여 세금계산서를 발행한 것이다.

비용 측면에서 효과적으로 운용하기 위하여 원고를 끼워넣었다‘고 진술하였다(원고는

검찰조사 당시 작성된 피의자신문조서가 검사의 강압 등에 의하여 작성되어 증거로 사

용할 수 없다고 주장하나 원고가 주장하는 사정들만으로 이를 인정할 수 없다).

    (5) 원고는, 원고가 이 사건 관계 회사로부터 이 사건 어린이집 인테리어 공사를

하도급 받았다고 주장하며 제1심에서 원고와 이 사건 관계 회사 사이에 작성된 2014.

12. 1.자 공사도급계약서(갑 제10호증)를 제출하였다. 그러나 이 사건 관계 회사에 대

한 △△세무서의 세무조사 과정에서도 이 사건 어린이집 인테리어 공사와 관련한 공사

도급계약서가 제출된바 있는데, 제주세무서에 제출된 공사도급계약서와 갑 제10호증

공사도급계약서는 동일한 공사에 대한 하도급계약임에도 공사기간, 공사대금 액수, 공

사대금의 지급방법이 서로 다르게 기재되어 있고, 제주세무서에 제출된 공사도급계약

서의 도급인란에는 김BB의 개인도장이 날인되어 있는 반면 갑 제10호증 공사도급계

약서의 도급인란에는 원고의 법인 도장이 날인되어 있는 등(한편, 갑 제10호증 공사도

급계약서의 도급인란과 수급인란에는 모두 원고의 법인 도장이 날인되어 있다) 위 공

사도급계약서의 작성경위 및 그 기재 내용을 그대로 믿기 어렵다.』

  2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

  이 사건 처분은 원고의 세금계산서 미발급 내지 허위세금계산서 발행에 대한 제재

로써 세금계산서미발급가산세 및 세금계산서불성실가산세를 산정하여 부과한 것이므 로, 설령 원고의 주장과 같이 원고가 해당 과세기간의 매출로 신고․납부한 부가가가

치세를 환급받아야 하는 사정이 있다고 하더라도, 원고가 이에 대하여 부가가치세의

환급을 구하는 취지의 경정청구 등을 하는 것은 별론으로 하고, 그와 같은 사정만으로 이 사건 처분이 곧바로 위법하다고 볼 수는 없다.

  3) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

피고는, 원고가 이 사건 관계 회사에 발급한 세금계산서의 공급가액(2014년 제2기

분 66,396,000원, 2015년 제1기분 97,836,363원) 만큼 실제로는 어린이집 등에 대하여

식자재를 공급하고 해당 어린이집 등에 대하여 그 공급가액에 해당하는 매출세금계산

서를 발급하지 않았음을 전제로 공급가액의 2%에 해당하는 세금계산서미발급가산세를

부과하였다.

그러나, 을 제2, 4, 20호증의 각 기재, 이 법원의 2020. 7. 20.자 △△세무서장에 대

한 과세정보제출명령회신에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은

사정들에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정과 제출한 증거들만으로 위 과세처분의

과세요건사실, 즉 원고가 실제로 어린이집 등에 대하여 2014년 제2기에 공급가액

66,396,000원, 2015년 제1기에 공급가액 97,836,363원 상당의 식자재를 공급하고도 그

공급가액에 해당하는 세금계산서를 발급하지 아니한 사실을 인정하기 부족하고, 달리

이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 세금계산서미발급가산세 부분은 위

법하다.

  가) 피고는, 제주세무서가 이 사건 관계 회사에 대한 세무조사를 실시한 후 피고에

대하여 ’원고가 어린이집에서 매입세금계산서를 요구하지 않는 것을 이용하여 매입세

금계산서 총액에 일정한 금액을 더하여 이 사건 관계 회사에 가공매출세금계산서를 발

급하였다‘는 내용으로 과세자료를 통보함에 따라 원고가 식자재 거래처인 어린이집에

식자재를 공급하고도 세금계산서를 발급하지 아니하는 대신 이 사건 관계 회사에 가공

세금계산서를 발급한 것으로 보아 이 사건 처분을 하였는데, 피고는 이 사건 처분 과

정에 위 과세자료 기재 내용에 대하여 추가적인 조사를 실시하거나 원고의 거래처인

유치원, 어린이집 등에 대한 실제 거래내역, 매입세금계산서 누락 여부 등에 대한 조사

내지 확인을 하지는 않았다.

  나) △△세무서가 이 사건 관계 회사에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 관계

회사에 대하여 법인세, 부가가치세 등을 부과하고 이와 관련하여 피고에게 과세자료를

통보할 당시 원고나 그 대표이사에 대한 직접적인 조사를 실시하지는 않았다.

   다) 김BB은 2012. 12. 18.경부터 어린이집, 유치원 등에 식자재 등을 공급하는

업체인 주식회사 CCCCC를 설립하여 운영해 오다가, 2014. 4. 28.에 동종 업체인

원고를, 2014. 11. 21.에 건설업체인 이 사건 관계 회사를 각 설립하여 운영해 왔는데,

김BB이 원고를 설립한 2014년경 이후에도 주식회사 CCCCC는 유치원, 어린이

집 등에 식자재를 공급하고 매출계산서를 발급해 온 것으로 보여 이 사건 과세기간에

김BB을 통해 식자재를 공급받은 유치원, 어린이집 등이 모두 원고로부터 실제로 식

자재를 공급받은 것이라고 단정하기는 어렵다.

   라) 피고는 원고의 대표이사 김BB에 대한 형사판결[부산지방법원 2000노0000,

0000(병합)]에 의하면 원고가 2014년 제2기에 50,738,660원, 2015년 제1기에

73,220,960원 상당의 식자재를 DD유치원, DD어린이집, EE유치원에게 실제로 공

급하고도 매출세금계산서를 발행하지 않은 사실을 인정할 수 있고, 부가가치세법 제57

조에 의한 추계 등에 의하더라도 원고의 매출누락 사실을 인정할 수 있으므로 이 사건

처분이 적법하다고 주장하나, 김BB에 대한 형사판결에서 인정한 범죄사실은 ’김BB 이 어린이집, 유치원에 식자재 공급을 목적으로 하는 주식회사 CCCCC, 원고 및

건물신축공사 등을 목적으로 하는 주식회사 CCCCC건설을 운영하면서 식자재를

공급하던 중 유치원 원장들에게 ⁠“식자재 대금으로 부풀린 금액을 결제하면 그 중 위

각 회사를 통칭한 QQQ로부터 실제 공급이 이루어진 식자재비와 10%의 수수료를 제외

한 차액을 반환해 주고, 결제된 금액에 맞는 QQQ 명의의 전자계산서 및 명세서 등 회

계처리에 필요한 서류까지 준비해주겠다”는 제안을 하였고, 이에 위 원장들은 QQQ로

부터 실제 공급된 식자재비에다가 돌려받을 차액을 더하여 실비보다 과다 계상한 금액 을 결제하는 방법으로 급식비를 편취하였다‘는 것으로, 위 범죄사실에 의하면 김BB은

다수의 회사를 운영하면서 편의에 따라 각 회사 명의를 이용하여 실제와는 다른 거래

의 외관을 작출하고자 하였던 것으로 보이고, 위 형사사건에서 유치원 및 어린이집에

실질적인 식자재를 공급한 주체와 관련하여 김BB이 운영한 수개의 회사를 통칭한

QQQ로 특정하였을 뿐인바, 위 형사사건에 나타난 사정만으로 유치원, 어린이집에 실

제로 식자재를 공급한 주체가 원고라고 단정할 수 없고, 그 밖에 피고가 주장하는 사

정들만으로 원고가 이 사건 쟁점 매출금액 상당의 식자재 거래를 실제로 하였다거나

식자재를 공급받은 어린이집에 대하여 그에 해당하는 매출세금계산서 발급을 누락한

사실을 인정하기 부족하다.

 4) 소결론

   따라서, 피고가 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2014년 제2기분 부가가치세

2,655,840원의 부과처분 중 세금계산서불성실가산세 부분인 1,327,920원(2014년 제2기

분 공급가액 66,396,000원 × 2%), 2015년 제1기분 부가가치세 3,913,450원의 부과처분

중 세금계산서불성실가산세 부분인 1,956,727원(2015년 제1기분 공급가액 97,836,363

원 × 2%)을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나

머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여

부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위와 같이 위법한 부분에 해당

하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 위법한 부분의 취소를 명하며, 원고

의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2020. 10. 14. 선고 부산고등법원 2019누23111 판결 | 국세법령정보시스템