요지

원고가 고유목적사업에 직접 지출한 금액만을 손금으로 산입하였다고 하더라도 이는 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입한 것으로 볼 것이므로, 원고는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 법인에 해당하며, 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외되는 비영리내국법인임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 원고에 대하여 한, 20××. 2. 28.자 2011 사업연도 법인세 000원에 대한 경정청구 거부처분 및 20△△. 3. 29.자 2012 사업연도 법인세 000원에 대한 경정청구 거부처분을 각 취소한다

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고의 지위

    1) 원고는 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률에 따라 폐광지역 진흥 및 지역경제 활성화를 위한 투자사업 등을 목적으로 설립된 비영리내국법인이다.

    2) 원고는 주권상장법인인 주식회사 ○○○○의 주식 중 ○○%를 소유한 주주로서 2011 사업연도에는 000원을, 2012 사업연도에는 000원을 각각 배당받았다.

  나. 원고의 법인세 신고·납부

원고는 수입배당금액 중 2011 사업연도에는 000원을, 2012 사업연도에는 000원을 각각 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하고, 피고에게 법인세를 신고·납부하였다.

  다. 원고의 경정청구

    1) 원고는 20□□. 12. 30. 피고에게 수입배당금액 중 일부를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입하였어도 수입배당금액을 초과하지 않는 범위 내에서는 수입배당금액의 50%를 익금으로 산입하지 않아야 한다는 점을 이유로 당초 2011 사업연도 법인세 신고 시 익금으로 산입되었던 000원(수입배당금액 000원의 50%)을 익금불산입하여 2011 사업연도 법인세 중 000원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

    2) 원고는 20××. 10. 13. 같은 이유로 당초 2012 사업연도 법인세 신고 시 익금으로 산입되었던 000원(수입배당금액 000원의 50%) 중 수입배당금액 000원에서 고유목적사업준비금으로 설정된 000원을 차감한 000원을 익금불산입하여 2012 사업연도 법인세 중 000원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

  라. 피고의 경정거부처분

    1) 피고는 원고의 2011 사업연도 법인세에 대한 경정청구에 관하여 경정청구일인 20□□. 12. 30.로부터 2개월이 경과한 20××. 2. 28.까지 아무런 통지를 하지 않았다.

    2) 피고는 20△△. 3. 29. ⁠‘비영리내국법인이 수입배당금액 중 일부 금액에 대해 법인세법 제28조에 따라 고유목적사업준비금 설정으로 손금산입하는 경우에는 같은 법 제18조의3에 따른 수입배당금 익금불산입 배제됨’이라는 이유로 원고의 2012 사업연도 법인세에 대한 경정청구를 거부하였다(이하 원고의 2011, 2012 사업연도 법인세에 대한 각 경정청구를 거부한 피고의 경정거부처분을 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

  마. 원고의 이의신청 및 심판청구

    1) 원고는 2011 사업연도 법인세에 대한 경정청구에 관하여 피고가 2개월 내에 아무런 통지를 하지 아니하여 거부처분이 있는 것으로 의제되었다면서 이에 대하여 20××. 5. 26. 이의신청을 하였고, 20△△. 6. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 20○○. 7. 4. 원고의 심판청구를 기각하였고, 20○○. 7. 8. 위 기각결정이 원고에게 송달되었다.

    2) 원고는 2012 사업연도 법인세에 대한 경정청구에 관한 피고의 거부처분에 불복하여 20△△. 6. 26. 이의신청을 하였고, 20○○. 1. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

    조세심판원은 20○○. 9. 17. 원고의 심판청구를 기각하였고, 20○○. 9. 19. 위 기각결정이 원고에게 송달되었다.

[인정 근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제8호증(가지번호 있는 것은 가지

번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 당사자의 주장 요지

    1) 원고

      가) 원고는 수입배당금액 중 당해 사업연도에 실제로 고유목적사업에 지출한 금액만을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입하였고, 장래에 고유목적사업에 지출할 예정인 금액을 손금으로 산입한 것은 아니므로, 원고는 고유목적사업준비금을 적립한 것이 아니다. 따라서 원고는 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당하지 아니하므로, 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외되지 않는다.

      나) 비영리내국법인이 수입배당금액 중 일부를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입하였더라도 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 나머지 수입배당금액에 관하여는 익금불산입 규정이 적용되어야 한다. 그렇다면, ① 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입된 금액과 수입배당금액 익금불산입액의 합계액이 수입배당금액을 초과하지 않는 범위에서 익금불산입 규정을 적용하거나(주위적 주장), ② 수입배당금액과 그 외 소득에서 고유목적사업준비금으로 설정되어 손금산입된 총액과 수입배당금 익금불산입액의 합계액이 수입배당금액을 초과하지 않는 범위에서 익금불산입 규정을 적용하거나(제1예비적 주장), ③ 고유목적사업준비금으로 설정되지 아니하여 손금산입되지 않은 나머지 수입배당금액에 대하여만 익금불산입률 50%를 적용하여 익금불산입 하거나(제2 예비적 주장), ④ 원고는 이 사건 소에서 2011 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입을 철회하여 수입배당금액으로 익금불산입 하는바, 2011 사업연도에 관하여 원고의 선택에 따라 수입배당금액 익금불산입 규정을 적용하여야 한다(제3 예비적 주장).

      다) 따라서 원고에게 수입배당금액 익금불산입 규정을 적용할 수 없음을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

    2) 피고

      가) 원고가 2011 사업연도와 2012 사업연도에 각 고유목적사업에 지출한 금액을 손금산입한 이상 원고는 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당하여 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외된다.

      나) 비영리내국법인은 배당소득 전부를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입할 수 있으므로, 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 비영리내국법인을 명시적으로 제외하였다. 원고는 배당소득 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입 할 수 있으므로, 실제로 배당소득 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입하지 못했더라도 수입배당금액 익금불산입 규정을 적용대상에서 제외된다.

  나. 관계 규정

별지 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 원고가 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당하는지 여부

      가) 관련 법리 및 규정

        구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 위와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).

        한편, 구 법인세법 제29조 제2항은 ⁠‘비영리법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 금액을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 일정금액의 한도에서 손금에 산입한다’라는 취지로 규정하고 있다. 이는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 않고 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적 사업 등에 직접 지출한 경우에 그 금액은 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보고, 이 경우 결산조정을 한 것으로 본다는 간주규정에 해당한다.

      나) 판단

        원고가 수입배당금액 중 2011 사업연도에는 000원을, 2012 사업연도에는 000원을 각각 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입한 사실은 위에서 본 것과 같다. 그렇다면, 원고가 고유목적사업에 직접 지출한 금액만을 손금으로 산입하였다고 하더라도 이는 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입한 것으로 볼 것이므로, 원고는 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 법인에 해당한다고 볼 것이다.

        구 법인세법 제29조 제1항에서는 비영리내국법인 중 국세기본법에 의하여 법인으로 보는 단체의 경우에는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있는 범위를 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제1항 제1호, 제36조 제1항 제1호에서는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있는 법인으로 보는 단체를 규정하면서 지정기부금단체 등을 지정하고 있다. 한편, 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항에서는 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외되는 비영리내국법인을 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인으로 한정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항은 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 구 법인세법 시행령에서 처음 신설되었는데, 입법취지는 법인으로 보는 단체 중 지정기부금단체가 아닌 단체 등 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리법인에 한해 그 수입배당금에 대하여는 익금불산입의 방법으로 법인소득에 대한 법인세와 법인주주의 배당소득에 대한 법인세에 관한 이중과세 문제를 조정한다는 점을 명확하게 한 것이다.

        그런데 원고는 구 법인세법 제1조 제2호 나목에서 정한 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이지, 다목에서 정한 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니한다. 따라서 원고는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리내국법인에 해당하지는 않으므로, 원고는 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항에서 정한 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당한다고 해석함이 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 입법취지에도 부합한다. 따라서 원고는 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외되는 비영리내국법인이라고 볼 것이다.

결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    2) 고유목적사업준비금으로 설정되지 아니하여 손금에 산입되지 않은 수입배당금액에 관하여 익금불산입 규정이 적용되어야 하는지 여부

      살피건대, 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 설정하여 손금으로 산입한 비영리내국법인은 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액이 남아 있다고 하더라도 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외된다고 해석함이 타당하고, 그 이유는 아래와 같다. 따라서 비영리내국법인이 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액에 대하여 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용된다는 점을 전제로 한 원고의 주위적 주장과 제1 내지 3 예비적 주장은 모두 이유 없다.

      가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 법인세법 제18조의3 제1항에서는 수입배당금액의 익금불산입을 규정하면서도 비영리내국법인을 제외한다고 명시적으로 규정하고 있는바, 비영리내국법인의 경우에도 수입배당금액을 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입하지 않은 금액에 관하여는 익금불산입 하여야 한다는 해석은 입법론적으로 타당한지 여부는 별론으로 하더라도 구 법인세법 제18조의3 제1항의 문언해석에 정면으로 반한다. 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항에서 수입배당금액 익금불산입 규정(구 법인세법 제18조의3)의 적용대상에서 제외되는 비영리내국법인의 범위를 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인으로 한정하여 이중과세 조정의 측면을 반영하고 있으나, 원고가 구 법인세법 시행령 제17조의3에서 정한 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당한다는 점은 2. 다. 1). 나)항에서 본 것과 같다. 구 법인세법 제18조의3, 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항에서 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외되는 주체에 관하여만 규정하고 있고, 익금불산입의 금액적인 범위에 관하여는 명시적인 규정이 존재하지 않는 이상 원고의 주장과 같이 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액에 관하여 익금불산입 하여야 한다고 새기는 것은 조세법률주의의 원칙과 조세공평의 원칙에 부합하지 아니한다.

      나) 수입배당금액의 익금불산입 규정에서 비영리내국법인을 제외한 것은 2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정된 구 법인세법에서 정한 것이고, 기획재정부 세제실 조세정책과의 개정이유에는 ⁠“비영리내국법인의 수입배당금액은 전액 고유목적사업준비금으로 설정 가능하므로 수입배당금액 익금불산입 규정과 고유목적사업준비금 손금산입규정이 동시에 적용되지 않도록 명확하게 한 것이다”라고 기재되어 수입배당금액 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하는 것이 가능하다는 점을 고려하고 있을 뿐 실제로 수입배당금액 전액을 고유목적사업준비금으로 설정하였는지 여부는 고려하지 않고 있다. 한편, 2009. 2. 4. 개정된 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 개정이유는 법인으로 보는 단체 중 지정기부금단체가 아닌 단체 등 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리법인의 수입배당금에 대하여 이중과세 조정이 적용됨을 명확하게 한 것이라는 점은 위에서 본 것과 같다. 2009. 2. 4. 개정된 구 법인세법 시행령에서도 수입배당금액의 익금불산입 규정의 주체 측면에서 수입배당금액의 익금불산입 규정의 적용제외 대상을 한정하는 내용의 개정이 이루어졌을 뿐이고, 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정되지 아니한 금액에 관하여 익금불산입 규정이 적용되는지에 대하여는 아무런 개정이 이루어지지 않았다. 그렇다면, 2007. 12. 31. 개정된 구 법인세법 제18조의3에서 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정되지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액에 관하여 익금불산입 규정이 적용되는지에 대한 입법의 공백이 있었다고 볼 것은 아니고, 오히려 고유목적사업준비금을 설정하여 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인의 경우 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외하겠다는 입법자의 결단이 있었다고 봄이 타당하다.

      다) 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전 구 법인세법에서 정한 수입배당금액의 익금불산입 비율이 최대 50%였고, 배당소득의 고유목적사업준비금 손금산입 비율이 50%였다. 그런데 2005. 12. 31. 개정된 구 법인세법에서는 배당소득의 고유목적사업준비금 손금산입 비율이 50%에서 100%로 상향됨에 따라 비영리내국법인은 수입배당금액의 최대 150%까지 익금불산입 또는 손금산입을 할 수 있게 되었다. 그런데 위에서 본 것과 같이 그 이후 2007. 12. 31. 개정된 구 법인세법과 2009. 2. 4. 개정된 구 법인세법 시행령에서는 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정되어 손금으로 산입된 액수와는 상관없이 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 산입하는 비영리내국법인을 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외한다고 명시적으로 규정하였을 뿐, 수입배당금액의 총액을 초과하는 범위에 한정하여 수입배당금액 익금불산입 규정을 적용하지 않겠다는 취지의 내용은 규정하지 않았다.

      라) 구 법인세법 제18조의3에서 수입배당금액을 익금불산입하도록 규정한 것은 배당소득의 경우 일단 이를 지급하는 법인 단계에서 손금에 해당하지 않기 때문에 법인세가 과세되고, 지급받는 주주 단계에서 법인주주에게 법인세가 과세되기 때문에 이중과세의 문제가 제기되어 이를 방지하고자 함에 그 입법취지가 있다. 그런데 비영리내국법인이 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액을 익금으로 산입하여 과세한다면 원고의 주장과 같이 이중과세의 문제가 제기될 여지는 있다. 그러나 조세감면의 혜택을 부여하는 입법에서 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량에 속하고 재량의 범위를 뚜렷하게 벗어난 것으로 볼 수 없는 한 이것을 위헌이라고 단정할 수 없는바, 오늘날 입법자는 조세 부과를 통하여 재정수입 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문에 위와 같은 입법재량에 대한 요청은 더욱 크다고 할 것이다(헌법재판소 2002. 10. 31. 2002헌바43 결정, 헌법재판소 2003. 11. 27. 2003헌바2 결정 등 참조). 살피건대, ① 수입배당금액에 대한 과세는 납세의무자가 다른 점, ② 비영리성과 공익성이 강조되는 비영리내국법인의 경우 다른 법인과 달리 수입배당금액에 관한 이중과세 문제를 익금불산입이 아닌 고유목적사업준비금을 통한 손금산입으로 조정하는 것이 부당하다고 보이지 않는 점, ③ 비영리내국법인의 과세상 특혜가 악용되거나 비영리내국법인의 수익 등을 고유목적사업과 관련 없는 사업에 지출하거나 투기적으로 이용하는 사례를 방지할 필요가 있는 점(헌법재판소 2011. 7. 28. 선고 2009헌바311 전원재판부 결정 등 참조) 등을 고려하면, 비영리내국법인의 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정되지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액에 관하여 익금으로 산입하고 과세하더라도 이를 두고 입법재량을 일탈하였다고 할 수는 없다.

      마) 고유목적사업준비금으로 설정되지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 수입배당금액에 관하여 익금으로 산입하고 과세하는 경우 비영리내국법인이 영리법인보다 과세표준에서 불리한 취급을 받게 될 경우도 있다. 그러나 수입배당금액의 익금불산입률은 30% 또는 50%에 그치는 반면, 고유목적사업준비금의 손금산입률은 100%에 이르므로, 비영리내국법인이 수입배당금액을 고유목적사업준비금으로 많이 설정할수록 비영리내국법인이 영리법인보다 과세표준에서 유리한 취급을 받게 된다. 이는 결국 비영리내국법인이 수입배당금액을 공익적인 고유목적사업에 많이 지출하도록 유도하고 장려하려는 입법정책에 해당한다고 볼 것이고, 이를 두고 영리법인과 비교하여 형평에 반한다거나 입법재량을 일탈하였다고 평가할 수 없다.

  3) 소결

    구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 설정하여 손금으로 산입한 비영리내국법인은 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입되지 않은 금액이 남아 있다고 하더라도 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외된다. 원고는 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 법인에 해당하므로, 수입배당금액 익금불산입 규정이 적용대상에서 제외된다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 춘천지방법원 2020. 08. 11. 선고 춘천지방법원 2019구합52148 판결 | 국세법령정보시스템