요지

개별부서가 제공한 쉐어드서비스 용역에 대해 업무관련성이 인정된 이상 부회장실에서 제공한 용역 또한 원고와의 업무관련성을 인정하는 것이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 7. 2. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘감액 후 세액’란 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 6. 1. 주식회사 aaaaaa그룹(변경 전 상호: 주식회사 bbb, 이하 ⁠‘APG’라고 한다)에서 인적분할 설립되어, 현재 OO OO구 OOO로 100에서 화장품, 비누, 치약, 세정제, 식품, 의약품 등을 제조․ 판매하는 사업을 영위하고 있다.

나. aaaaaa 그룹(이하 ⁠‘AP 그룹’이라 한다)은 APG를 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 지주회사로 두고 있는 기업집단으로, 원고를 비롯한 AP 그룹 계열사들은 2012년부터 매년 APG와 업무용역계약을 체결하여 아래 ⁠[표 1] 기재와 같이 APG의 각 부서 및 인력으로부터 쉐어드 서비스(Shared Service) 용역(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공받고, 이로 인해 APG 내부에서 발생한 인건비 등 비용에 10%의이익을 가산한 금액을 각 계열사별로 안분하여 이 사건 용역의 대가로 지급하였다.

[표 1] 쉐어드서비스 용역을 제공하는 APG 부서 및 용역의 내용

순번 APG 부서 APG 부서가 제공하는 쉐어드서비스 용역

1 경영진단 1, 2팀 재무 및 경영정보 상시·수시 진단 자문 등

2 그룹전략팀 국내자회사/해외법인 중장기 전략 및 과제 관리 등

3 미래성장팀 신성장 동력 발굴 등

4 소매유통 TFT 소매 프로젝트 관리 등

5 그룹 HR팀 HR 제도 개선 및 혁신 아젠다 발굴 등

6 글로벌 HR팀 해외 파견인원 관리 등

7 인재전략팀 그룹 인재 육성 전략 체계 수립 및 전파 등

8 APG 부회장실 위 각 업무용역에 대한 최종 승인 등 총괄 업무

다. 원고는 2015. 9.경 OO시 OOOOO로 37 aaaaaa 뷰티사업장 지상에 건물명이 ⁠‘아카이브’인 2층 건물(1층은 수장고, 2층은 전시실 용도, 이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 완공하였다.

라. 원고는 2013년부터 2016년까지 이 사건 용역과 관련하여 APG에게 지급한 대가를 법인세액 산정시 손금에 산입하고 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하였으며, 2013년 제2기부터 2015년 제2기까지 이 사건 건물의 건축 비용 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

마. OOOO국세청(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2017. 9. 7.부터 2017. 11. 27.까지 원고의 2012 내지 2013 사업연도, 2015 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, ① 원고가 APG로부터 제공받은 이 사건 용역 중 경영진단 1, 2팀, 그룹 HR팀, APG부회장실 부분([표 1]의 1, 5, 8번)은 원고의 업무와 관련 없이 받은 용역에 해당한다는 이유로 법인세액 산정시 이에 대한 대가를 아래 ⁠[표 2] 기재와 같이 손금불산입하고, 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하며, ② 이 사건 건물 1층 수장고 부분1)은 원고의화장품 제조․판매업과 구별되는 별도의 박물관 및 미술관업을 운영하는 것이라는 이유로 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하도록 피고에게 과세자료를 통지하였다.

[표 2] 당초 처분 시 손금 부인된 각 사업연도별 대가 ⁠(단위: 백만원)

1) 조사청은 조사 당시 이 사건 건물 1층, 2층 전부를 미술관 또는 박물관의 용도로 보았으나, 과세전적부심사 과정에서 2층 전시실과 관련된 매입세액에 대해서는 일부 채택 결정이 되어 1층 수장고 부분에 대해서만 과세가 진행되었다.

바. 이에 피고는 2018. 7. 2. 원고에게 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘당초 처분세액’란 기재와 같이2013 사업연도부터 2016 사업연도까지 법인세 합계 X,XXX,XXX,XXX원, 2013년 제1기분부터 2016년 제2기분까지 부가가치세 합계 X,XXX,XXX,XXX원의 각 부과처분을 하였다(이하 ⁠‘당초 처분’이라 한다).

사. 원고는 당초 처분에 불복하여 2018. 9. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 8. 27. ① 경영진단 1,2팀과 그룹 HR팀으로부터 받은 용역 부분 청구는 원고의 업무와 무관한 것으로 단정할 수 없으니 업무관련성을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 재조사 결정을 하고(APG 부회장실로부터 받은 업무총괄용역 부분 청구는 기각), ② 이 사건 건물 1층 관련 청구는 1층 수장고의면적 중 공용부분을 제외한 2,743.48㎡에서 기업홍보자료 보관에 직접 사용된1,512.21㎡(A수장고 부분)의 면적 비율(약 55.12%)을 곱한 금액만큼은 과세사업과 관련된 것으로 인정하여 과세표준과 세액을 경정하라(나머지 1층 부분 청구는 기각)는 일부 인용결정을 하였다.

아. 조사청이 2019. 9. 26.부터 위 조세심판원의 결정에 따라 경영진단 1, 2팀과 그룹HR팀으로부터 받은 용역 부분에 대한 재조사를 하였고, 그 결과 대부분 업무관련성이 인정되었는바, 이러한 재조사 결과와 이 사건 건물 중 A수장고 부분에 대한 조세심판원의 일부 인용결정을 반영하여 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘심판원 결정 및 재조사 결과 취소(감액경정) 세액’란 기재와 같이 당초 처분에 대한 감액 경정이 이루어졌다(이하 당초 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘감액 후 세액’란 기재 부분을 ⁠‘이 사건처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들 주장의 요지

1) 원고 이 사건 처분 중 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가) APG의 개별 부서에서 제공한 이 사건 용역이 원고의 업무와 관련된 것으로 인정되는 이상, 그 개별 부서가 제공한 용역과 일체를 이루는 APG 부회장실의 총괄용역(원고가 APG에 지급한 대가를 기준으로 할 때 이 사건 용역의 약 2.73%2)에 해당한다)에 대한 대가(APG 부회장실의 전체 인건비 중 이 사건 용역 관련 부서의 인원수를 APG 전체 인원수로 나눈 비율에 해당하는 비용만으로 산정하였다. 이하 ⁠‘이 사건대가’라 한다)도 마찬가지로 업무관련성이 인정되어야 한다. 이 사건 처분 중 이 사건대가의 업무관련성을 부인하여 이를 손금불산입하고, 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 부분은 위법하다.

나) 이 사건 건물은 전체가 기업 홍보관 목적으로 건축된 것이고, 사용 초기 일부 빈 공간에 신사옥 완공 후 전시될 미술품을 일시 보관하였다는 점만으로 그 공간에서 박물관 또는 미술관업을 영위하였다고 볼 수 없다. 이 사건 건물은 그 명칭대로 원고와 관련된 기록을 보관하기 위한 보관소에서 시작되었는바, 건물 전체가 기업홍보목적을 가지고 있는 것이고, 피고가 면세사업에 사용되었다고 본 이 사건 건물 1층 수장고 면적의 약 44.88%인 M수장고 부분(이하 ⁠‘M수장고’라 한다)만을 분리하여 면세사2) 원고가 2013년 ~ 2016년 중 APG에게 이 사건 용역의 대가로 지급한 총 대가(53,579백만 원) 중 APG 부회장 관련 손금부인액(1,996백만 원)의 비율업 용도로 사용하였다고 판단하는 것은 합리적이지 않다. 설령 M수장고 부분만을 별도로 분리하여 보더라도 일반 대중이 입장할 수가 없는 M수장고를 박물관 또는 미술관으로 볼 수는 없고, 미술품 보관을 위한 단순 창고로 볼 수 있을 뿐이다. 이 사건 처분중 M수장고가 면세사업을 위한 것임을 전제로 관련 매입세액을 불공제한 부분은 위법하다.

2) 피고

가) 이 사건 용역은 비록 자회사에게 제공하는 ⁠‘쉐어드 서비스’라고 명칭되어 있지만, 그 목적과 수행방법이 배당금과 로열티 등의 수익 극대화를 위한 ⁠‘지주회사 본연의 업무’와 온전히 구분되는 용역이 아니고, APG 부회장 역시 조직의 총괄 책임자로서당연한 업무를 한 것일 뿐, 특별히 원고 등 자회사를 위한 업무를 수행한 것으로 볼 수 없다. 원고와 APG 사이에 체결된 업무용역계약서에 의하더라도 총괄책임자인 부회장의 인건비가 어떤 방식으로 이 사건 용역의 대가로 산정되었는지 알 수 없고, 전체적으로 어떠한 인건비와 설비가 이 사건 용역에 대한 대가로 반영되었는지도 정확히 알 수 없으므로, 이 사건 대가가 부회장의 인건비 중 이 사건 용역과 관련된 부분만을 반영하였다는 원고의 주장도 신뢰할 수 없다.

나) M수장고는 원고가 면세사업으로 영위하고 있는 ⁠‘aaaaaa 미술관’의 미술품을 보관할 목적으로 DD미술관 등을 유사사례로 참조하여 지어진 미술품 수장고로서 면세사업에 관련된 부분이다. 원고가 사후적으로 M수장고에 보관 중인 미술품을 aaaaaa 미술관으로 이전하였다고 하여 당초 면세사업과 관련되어 쓰일 목적으로 건축된 M수장고에 대한 매입세액 불공제가 부당하게 된다고 볼 수 없다.

나. 관계 법령

[별지 2] 기재와 같다.

다. 인정사실

1) APG는 회장 BBB가 51.9% 지분을 소유하고 있고(기타 특수관계자 포함66.9% 지분), 원고는 BBB를 비롯한 사주일가가 11% 지분을, APG가 32% 지분을 각소유하고 있다.

2) 원고와 APG는 이 사건 용역에 관하여 매년 1. 1. 아래와 같은 내용의 업무용역계약(갑 제1호증의 1, 2, 3)을 체결하였는데(다만 위탁 업무의 범위는 매년 담당부서의 명칭 등이 변경됨에 따라 함께 조금씩 변경되었다), 위 계약 내용에 APG 부회장실의구체적인 업무 범위나 상세 용역대금이 포함되어 있지는 아니하다.

제1조(목적)

이 계약은, 원고가 원고의 채권, 계약검토, 경영자문(법무팀 업무)/지식재산권(지식재산팀업무) 관리 및 경영진단(경영진단팀 업무), 그룹사 혁신 추진 방향 수립/실행(경영혁신팀 업무), 그룹사 성과관리 및 핵심역량 강화 전략 수립/실행(그룹전략팀 업무), 그룹 비전 및 전략 방향 제시/관리(미래전략팀 업무), 그룹사 지속가능경영 성과 관리(지속성장팀 업무)에관한 제반 업무(이하 ”위탁업무”)를 APG에게 위탁하고, APG는 이를 수락하여 성실히 그의무를 수행하며, 그 대가로 원고는 APG에게 용역대금을 지급하는것을 목적으로 한다.

제2조(위탁업무의 범위)

원고가 APG에게 위탁할 위탁업무는 ⁠(별지 1호) 위탁업무 범위에 따르되, 계약기간 중에도 원고와 APG가 합의에 의하여 조정할 수 있다.

제3조(주의의무)

APG는 원고의 위탁업무를 선량한 관리자의 주의의무를 가지고 성실하게 수행한다.

제4조 ⁠(용역대금)

원고는 APG에게 위탁업무수행에 대한 용역의 대가로 ⁠(별지 2호) 월 용역대금 상세에 따른 용역대금을 APG에게 지급하여야 한다.

(이하 생략)

(별지 1호)

위탁 업무 범위(채권관리/계약검토/경영자문)

1. 채권확보관련 업무

1) 근저당관련 업무

- 부동산감정평가 업무

- 권리사실관계확인 업무

- 근저당설정 업무

(이하 생략)

(별지 2호)

월 용역대금 상세

구분 금액(원) 비고

채권관리/계약검토/

경영자문

102,162,952

․ 채권관l: 업무처리건수 기준 ․ 계약검토: 업무처리건수 기준 ․ 경영자문: 매출액기준 지식재산권관리 88,691,810 ․ 업무처리건수 기준

경영진단

(진단, 경영혁신)

259,560,564

․ 인건비 및 제반 비용을 고려한 공통비용을산정(공통비용: 인건비 + 기타 실비)하여

게약사간 매출액 기준으로 배부

전략기획

(전략, 미래, 지속)

219,140,407

․ 인건비 및 제반 비용을 고려한 공통비용을산정(공통비용: 인건비 + 기타 실비)하여

게약사간 매출액 기준으로 배부

Margin 66,955,573 10%

합계액 736,511,307 VAT 별도

3) 원고가 APG 부회장실에서 제공한 ⁠‘총괄 업무’의 구체적인 자료로서 이 법원에 제출한 APG 부회장의 최종 결재․승인 내역은 아래 ⁠[표 3] 기재와 같다. APG 부회장은 아래의 각 문서에 대해 ⁠‘3번의 팀간 의사소통은 보고가 아니라 통보이다’, ⁠‘Div 피드백 1월 말까지 완료해 주기 바란다’, ⁠‘수고가 많았다’, ⁠‘좋은 프로젝트이니, 일주일에 한번씩 30분 정도 보고해 주기 바란다’, ⁠‘징계항목 및 양정에 대한 그룹 차원의 일관성 있는 기준을 마련하였다. 작성과정에서 관련 임원들과 사전협의를 거쳤다’는 내용 등으로 결재의견을 남겼다.

[표 3] APG 부회장의 최종 결재․승인 내역

순번

기안 부서 및 기안일

문서명 최종 결재/승인일

1

그룹전략팀

2014. 2. 28.

AP 그룹 안전보건환경(SHE) 이슈 보고 체계 2014. 3. 3.

2

그룹 HR팀

2014. 7. 29.

관계사 보상 정책 기준 재정립(案) 2014. 7. 29.

3

인재전략팀

2014. 8. 27.

‘14년 리더십 역량 진단 실행 결과 보고 2014. 8. 27.

4

지속성장지원팀

2014. 10. 31.

2014년 지속가능성보고서 디자인 건 2014. 11. 2.

5

인재전략팀

2014. 11. 28.

Executive Leadership Coaching 과정 결과 보고 2014. 11. 2.

6

인재전략팀

2014. 12. 11.

해외 법인 리더십 진단 결과 피드백 세션 완료

보고

2014. 11. 28.

7

인재전략팀

2015. 2. 11.

신임 Unit장 및 전 Div.장 리더십 진단 결과 피

드백 세션 완료 보고

2014. 12. 14.

8

그룹 HR팀

2015. 4. 20.

AP 그룹 채용 정책(案) 2015. 4. 27.

9

그룹 HR팀

2015. 5. 19.

생산관계사 임금 정책 협의회 운영(案) 2015. 5. 21.

10

그룹 HR팀

2015. 6. 8.

의원 휴직 기준 재정립(案) 2015. 6. 9.

11

그룹 HR팀

2015. 7. 22.

생산 관계사 임금 정책 수립 및 결과 보고 및

2015년 임금 운영

2015. 7. 25.

12

그룹 HR팀

2015. 10. 29.

AP그룹 징계 양정 수립 및 명문화 件2015. 10. 29.

13

그룹 HR팀

2015. 11. 10.

D-Project(영업) 결과 보고 2015. 11. 11.

4) APG가 2012년 이 사건 용역을 시작할 당시에는 전체수익 중 배당금과 로열티로 인한 수입이 전체의 91.2%를 차지하였으나, 이후 아래 ⁠[표 4] 기재와 같이 이 사건 용역으로 인한 수입이 증가하여 2016년에는 APG의 전체 수익사업에서 이 사건 용역으로 인한 수입이 차지하는 비중이 26.4%에 이르렀다.

[표 4] AGP의 수익사업 내용 ⁠(단위: 백만 원)

구분 2012년 2013년 2014년 2015년 2016년

계 37,521 48,608 81,553 68,570 83,128

배당금 26,035 29,457 50,025 40,267 50,827 이 사건 용역 3,336

(8.8%)

11,048

(22.7%)

23,103

(28.3%)

19,078

(27.8%)

21,988

(26.4%)

로열티 5,190 5,442 6,158 6,847 7,698

임대료 2,960 2,661 2,267 2,378 2,615

5) APG의 조직도에는 경영진단 1, 2팀만이 회장실 소속의 감사실 산하에 있고, 그룹 HR팀, 그룹전략팀, 글로벌 HR팀, 인재전략팀은 부회장실 산하에 있으며, 나머지 미래성장팀과 소매유통TFT는 2015. 1. 1. 조직 개편시 ’그룹전략 Div’ 소속으로 신설되어 APG의 조직도에 기재되어 있지 않다.

6) 이 사건 건물에 대한 원고의 설명자료에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

원고와 관련된 모든 자료의 수집․보존․관리․학습․전시를 목적으로 설립되었다. 1981년 기업의 40년사 발간준비를 계기로 자료수집을 시작하였으며, 2006년부터 ⁠‘아카이브’라는 명칭을 사용하고 있다. aaaaaa 아카이브는 기업과 관련된 자료를 수집․분류․정리하고, 새로운 소장자료를 발굴하며, 체계적으로 관리하는 등 노력을 꾸준히 기울여 왔다. 특히 2015년 OO뷰티사업장 내에 신축․완공되어 기업의 70주년과 함께 새로운 출발을 알리게 되었다. 이 사건건물은 전체에 최신의 항온 항습 시설을 갖추고 있으며, 1층은 수장고 및 분류․촬영실 등의 수장 공간으로, 2층은 6개의 전시실과 사무공간으로 구성되어 있다. 국내 최고의 관리시스템을 갖추고 있는 aaaaaa 아카이브는 기업의 자료를 체계적으로 수집․관리․보존하는 동시에 기업의 역사와 가치를 세계에 널리 알리고 사회발전에 기여하고자 한다.

7) 이 사건 건물의 시공사인 대림산업 주식회사의 건설기록지(을 제2호증)에는 이사건 건물의 유사사례로서 DD미술관 및 CCCC미술관의 설계를 참조하되, ⁠‘설계기본방향’을 아래와 같이 정하는 것으로 기재되어 있다.

․ 실내환경 : 수장고 기능이 요구되는 보존환경 유지

․ 안정성 : 비상시 수장품에 대한 영향 최소화

․ 기능성 : 수장고 건물의 특성에 맞는 최적 공조설비 계획

8) 원고가 2014. 7. 1. 주식회사 ZZZZ 건축사사무소와 체결한 감리용역계약서

(을 제3호증)에는 이 사건 건물의 연면적 약 1,460평이 ⁠‘아카이브 – 850평, 미술관수장고 – 310평, 공용 및 기전실 – 660평, 야외수장고 - 100평’으로 제안되었다. 원고가 위 건축사사무소에 보낸 견적 관련 이메일과 견적서에는 이 사건 건물의 신축과 관련하여 ⁠‘미술관수장고 신축’, ⁠‘aaaaaa 뷰티캠퍼스 내 아카이브 & 미술관수장고 신축 설계용역’ 등 기재가 포함되어 있다.

9) 원고는 이 사건 건물을 박물관 또는 미술관으로 등록한 바가 없고, 2015. 9. 완공 당시 지방세특례제한법 제44조(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것),구 지방세특례제한법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26837호로 개정되기 전의 것)제21조 제2호의 박물관 및 미술관에 대한 취득세 등 감면 혜택을 받은 바도 없다.

10) 원고는 여성․차․공예와 관련한 미술품을 중심으로 국내의 고미술과 국내외현대미술품을 수집․연구․전시하는 등 목적으로 1979. 12. 12. OO시에 ’bbb화학주식회사 부설 bbb박물관‘을 설립하였다가 2004년 ’FFFFFFF‘, 2009년 ’aaaaaa 미술관‘으로 명칭을 변경하였고, 개관 이래 지속적인 미술품 구입 등으로 현재 aaaaaa 미술관에 장신구, 도자기, 목가구, 서화 등 약 10,000점 정도의 고미술품 및 회화, 조각 등 300점 정도의 현대미술품을 소장하고 있다. 원고는 2012. 9. 1.경 주식회사 GGGG와 ’신축 사옥 미술관 수장고 공간 구성 및 설비 컨설팅 계약‘을 체결한 다음, OO OO구 OOOO가에 위치한 신사옥 건물에 대하여 2013. 2. 28. 건축허가를 받아 2017. 11. 3. 그 사용승인을 받아 준공하였는데, 2017. 12.경 위 신사옥 건물 지하 1층 및 지하 2층으로 위 ⁠‘aaaaaa 미술관’을 이전하였다.

11) 2015. 9.경 OO시에 있는 원고의 뷰티사업장 내에 건립된 이 사건 건물은, 1층이 수장고, 분류․촬영실 등 공간으로, 2층이 6개의 전시실과 사무공간으로 구성되어있다. 조사청의 현장확인조사 당시 M수장고에는 원고의 신축 예정인 aaaaaa 미술관에 전시될 약 1만 점의 미술품이 보관 중인 것으로 확인되었으나, 이후 원고의 OO OO구 소재 신사옥이 완공될 무렵인 2017. 11.경 위 미술품은 모두 aaaaaa미술관으로 이전되었다. 현재 이 사건 건물 2층 전시장에는 원고의 과거부터 현재까지의 제품, 홍보물, 원고의 역사와 관련한 물품들이 전시되어 있고, M수장고를 포함한 1층 수장고에는 모두 원고의 기업홍보 자료만이 보관되어 있다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제5 내지 9, 17, 18, 20호증, 을 제1 내지 5호증의

각 기재 내지 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항,제2항은 손금을 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고, 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제1호는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있으며, 같은 항 제7호는 면세사업 등에 관련된 매입세액도 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있다. 이에 의하면 손금 및 매입세액으로 계상되기 위해서는 당해 사업과 업무관련성이 인정되어야 한다.

그리고 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다.

2) 이 사건 대가의 업무관련성 인정 여부

위 인정사실과 앞서 든 각 증거들 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 따라 종합하여 보면, APG 부회장실에서 이 사건 용역의 총괄 등 업무를 수행하여 이를 원고에게 제공한 사실을 인정할 수 있고, 이는 지주회사의 임원으로서의 본연의 업무와는 구분된다고 할 것인바, 원고가 그 대가로 APG에게 지급한 이 사건 대가는 원고의 사업과 관련성이 인정된다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① APG 부회장은 이 사건 용역을 수행하는 각 부서의 총괄 책임자로서 각 부서에서 제공하는 용역에 대한 구체적인 보고를 받고, 부서 간의 업무 범위에 대한 조정, 용역 결과보고서에 대한 최종 검토 및 승인 등 업무를 수행하였다. 이 사건 용역에 관한 업무용역계약이 하나의 계약으로 이 사건 용역 전체에 대해 일괄하여 체결되었는바, 세부적인 위탁 업무의 내용을 아우르는 위 부회장의 총괄 업무 또한 이 사건 용역의 일부에 해당한다고 봄이 타당하다.

② 개별 부서가 제공한 이 사건 용역의 대가에 대해 업무관련성이 인정된 이상, 특별한 사정이 없다면 이 사건 용역의 최고 책임자이자 총괄 책임자인 APG 부회장실에서 제공한 이 사건 용역 또한 원고와의 업무관련성을 인정하는 것이 타당하다.

③ APG 부회장이 실제 수행한 업무의 내용은 상법상 주주권 행사의 범위를 넘는 것으로 지주회사 본연의 업무라고 보기 어려운 것들이고, 그 외에도 지주회사 부회장이라는 지위의 특성에 비추어 APG 부회장이 각 자회사 내지 부서의 다양한 정보와 경험 및 그룹 내 위치 등을 활용하여 이 사건 용역의 원활한 진행을 도울 수 있었을 것으로 보인다.

④ APG 내에 이 사건 용역을 수행하기 위한 별도의 부서들이 새로이 마련되었다면, 이를 총괄․감독하는 부회장실의 업무도 새로이 발생하였다고 봄이 자연스럽다. 또한 APG가 원고에게 새로이 발생한 부회장실의 총괄 업무까지 포함한 이 사건 용역 일체를 제공한 이상, 그 총괄 비용에 대한 대가 역시 지급되어져야 함이 타당하고, 단지 자회사에 대한 결재권한을 가진 부회장실에서 총괄 용역을 제공하였다고 하여 해당부분만을 업무무관비용으로 보는 것은 쉽게 납득하기 어렵다.

⑤ 피고는 이 사건 용역에 관한 업무용역계약서에 부회장의 용역 내용이나, 용역대금이 구체적으로 명시되어 있지 않아 업무관련성을 인정할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 APG에게 이 사건 용역의 대가를 위 업무용역계약서에 따라 지급한 이상, 위 용역의 일부를 이루는 부회장실의 용역에 대한 대가도 위 업무용역계약서의 전체 용역대금에 포함되어 있다고 봄이 타당하고, APG의 전체 총괄 업무를 수행하는 부회장의 이 사건 용역에 대한 참여도를 이 사건 용역 관련 부서의 인원수 대비 APG 전체 인원수의 비율로 산정한 원고의 계산 방식이 부당하다고 보이지도 않는바, 단지 위 업무용역계약서에 이 사건 대가의 내역이 기재되지 아니한 사정만으로 원고의 업무와 무관하게 지급된 것이라 보기는 어렵다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

⑥ 피고는 이 사건 용역의 대가 지급으로 인해 지주회사의 수익은 극대화되고 자회사들도 관련 비용을 손금으로 공제받게 되어 이중으로 유리한 효과가 발생하고, APG의 법인세율이 원고보다 낮아 그룹 전체 차원에서 법인세 절감 효과가 발생하여 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 지주회사인 APG가 이 사건 용역의 대가를 익금에 산입하여 법인세를 납부하는 이상, 이중 공제 등의 효과가 발생할 여지는 없어 보이고, 설령 이 사건 용역으로 인해 AP 그룹 전체의 법인세가 절감되는 효과가 발생하더라도 이는 납세의무자가 경제적 목적을 달성하기 위하여 특정 법률관계를 선택함에 따른 결과로 볼 수 있을 뿐이며, 그룹 차원의 법인세 절세 여부에 따라 이 사건 대가의 업무관련성을 판단함이 타당하다고 볼 수도 없다. 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3) M수장고의 면세사업 관련 여부

박물관 또는 미술관은 일반 공중의 문화향유 증진 등을 위한 시설(박물관 및 미술관 진흥법 제2조 제1호, 제2호)이고, 박물관 운영업 역시 일반대중에게 작품을 관람시키게 하는 시설을 운영하는 산업활동을 말하는바(한국표준산업분류 참조), M수장고와 같이 일반인에게 공개되어 있지 아니한 시설 그 자체로는 박물관 또는 미술관에 해당할 수가 없다.

또한 위 인정사실과 앞서 든 각 증거들 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, OO시에 위치한 M수장고가 OO OO구에 위치한 원고의 aaaaaa 미술관의 수장고로 건축된 것으로 보기도 어려운바, M수장고가 원고의 면세사업을 위한 것으로 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

① 일반적으로 기업홍보관 건물을 지으면서 1층에 수장고, 2층에 전시실을 배치하였다면 건물 전체를 하나의 기업홍보관으로 사용하겠다는 것으로 봄이 자연스럽다. 또한 이 사건 건물의 명칭은 ⁠‘아카이브(Archive)’로 그 의미가 기록보관소이고, 2층에는 원고의 전통이나 역사와 관련된 물건 및 영상 등이 전시되고 있었는바, 이러한 자료의 수집․보존․관리를 목적으로 건립되었다고 표방된 이 사건 건물의 1층 역시 원고의 사업과 관련된 자료 등의 보관을 위해 마련된 공간으로 봄이 타당하다.

② 이미 2012. 9. 1.경 원고의 OO OO구 신사옥 건립 및 별도의 수장고를 갖춘 aaaaaa 미술관의 신축․이전이 예정되어 있었는바, 이 사건 건물의 준공 이전에 이미 M수장고에 보관되었던 aaaaaa 미술관의 미술품은 최초 보관 당시부터 그 보관 기간이 한시적이었다고 봄이 타당하다.

③ 이 사건 건물의 1층 수장고는 원고의 사업과 관련하여 오래된 홍보자료 등을 보관, 전시하기 위한 장소이므로, 그 자료 등을 보관하기 위한 수장고의 설계 및 건축과정에서 다른 미술관을 유사사례로 참조하거나 미술관 수장고에 준하는 기준을 요구하는 것도 충분히 예상되는 일이라 할 것이다. 따라서 ⁠‘미술관수장고’로 표현된 건축사사무소의 감리용역계약서 등 자료만으로 M수장고와 나머지 이 사건 건물의 1층 수장고(A수장고)가 다른 목적으로 건축된 것이라 보기는 어렵다.

④ 앞으로도 원고의 사업과 관련한 자료 등이 계속해서 발생할 수밖에 없는바, 원고가 이 사건 1층의 수장고에 보관할 자료가 계속해서 늘어날 것을 염두에 두고 이사건 건물 신축시 수장고 공간을 여유롭게 두었다가, aaaaaa 미술관의 이전으로 미술품을 이전할 공간이 필요하여 잠시 M수장고를 사용한 것에 불과하다는 원고의 주장은 충분히 합리적인 반면, aaaaaa 미술관의 미술품 보관을 위해 다른 시에 위치한 M수장고를 사용하여야 할 정도로 위 미술관의 수장고가 부족하다는 등의 사정은 알려진 바가 없다.

4) 정당한 세액 이 사건 대가를 2013 사업연도부터 2016 사업연도까지 손금에 산입하고, 2013년 제1기부터 2016년 제2기까지 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하며, M수장고와 관련한 매입세액을 2013년 제2기부터 2015년 제2기까지 부가가치세 매출세액에서 공제한 정당한 세액은 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재와 같다. 따라서 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 09. 24. 선고 서울행정법원 2019구합87382 판결 | 국세법령정보시스템