요지

원고가 제출한 증거들로만으로는 이 사건 토지가 원고의 자경농지에 해당함을 인정하기에 부족하고 원고가 농작업의 1/2이상을 담당하였다고 인정하기 어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 5. 17. 원고에 대하여 한 2015년 양도소득세 200,000,000원의 경정거부

처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 ▲▲▲은 2002. 10. 15. 서울 ☆☆구 ★★동 산54-3 임야 14,185㎡(이하 ⁠‘이

사건 토지’라 한다) 중 각 2분의 1 지분(이하 각 ⁠‘원고 지분’, ⁠‘▲▲▲ 지분’이라 한다)을

취득하였다. 이 사건 토지는 2015. 6. 24. A에 의하여 1,744,066,430원 에 수용되었고, 원고는 원고 지분에 관하여 2015. 7. 31. 양도소득세 257,008,936원을

신고․납부하였다.

나. ▲▲▲은 당시 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전

의 것, 이하 같다) 제69조, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호 로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조(이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 감면규정’이라 한다)

에 따라 ▲▲▲ 지분을 ⁠“8년 이상 직접 경작한 농지(이하 ’자경농지‘라 한다)”로 신고하 고 양도소득세의 감면을 받았다.

다. 피고는 2017. 2. 3.부터 2017. 2. 22.까지 원고의 2014년, 2015년 양도소득세에

관한 조사를 실시한 후, 환산취득가액을 실계약서에 의한 실제취득가액으로 경정하여

원고 지분에 관한 양도소득세 102,012,600원의 과세예고통지를 하였고, 원고는 이 사

건 감면규정에 의한 자경농지 세액감면을 주장하였으나 받아들여지지 않았다. 이에 원

고는 2017. 3. 24. 이 사건 감면규정에 따라 원고가 신고․납부한 양도소득세 중 2억

원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 5. 17. 이를 거부(이하

‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 이에 대하여 원고는 2017. 6. 20. 이의신청을 거쳐 2017. 10. 31. 조세심판청구를

하였으나, 2018. 6. 21. 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고 지분은 이 사건 감면규정에 따른 자경농지에 해당한다.

2) 원고는 ▲▲▲과 함께 이 사건 토지를 직접 경작하였음에도 피고는 ▲▲▲에

대하여만 양도소득세를 감면하였는바, 이 사건 처분은 평등원칙을 위반하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 자경농지 해당 여부

가) 관련 규정 및 법리

구 조세특례제한법 제69조는 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는

거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로

정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에

상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 제66조 제4항은 ⁠‘대통

령령으로 정하는 토지’를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경

작한 사실이 있는 농지로, 제14항은 ⁠‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’을 거주

자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작

업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것으로 규정하고 있

다.

구 조세특례제한법상 감면요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에

게 있으므로, 원고는 8년간 이 사건 토지에서 농작물의 경작 등에 상시 종사하였거나

자기의 노동력에 의하여 농작업의 2분의 1 이상이 이루어졌음을 증명하여야 한다.

나) 구체적인 판단

갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 12호증의 각 기재, 국립농산물품질관리원 서

울사무소에 대한 2019. 5. 10.자 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정

할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사

건 토지가 원고의 자경농지에 해당함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한

충분한 증거가 없다.

(1) 이 사건 토지에 관하여 2007. 11. 2. 농지원부가 작성되어 2011. 2. 21. 당

시 14,185㎡ 중 2,873㎡에서 채소의 자경이 이루어지고 있다는 내용이 기재되었으나,

당시 현지조사 등을 통하여 실제 원고의 경작사실이 확인된 것은 아니다. 원고는

2012. 2. 29.에야 농업경영체등록을 하였는데, 등록 시점으로부터 이 사건 토지의 수용

시점까지는 8년이 되지 않는다. 이 사건 토지 일대의 2003년 항공사진에는 일부 밭이

나타나나, 2013년 사진에는 그 부분에 건축물이 있었다.

(2) 원고는 2002. 4. 1.부터 2006. 12. 31.까지 건설 및 주택신축판매업을 하는

회사에서 근무하였고, 2005. 4. 8. X시에서 ⁠‘■■’(현재 영업 중), 2005. 4.

30. Y시에서 ⁠‘◆◆’(2015. 8. 1. 폐업), 2011. 10. 25. Z시 에서 ⁠‘●●’(2017. 11. 27. 폐업)를 각 사업자 등록하였다. 위 각 음식

점 업체는 주말이나 공휴일, 새벽 시간대에도 매출이 발생한 내역이 있으나, 손익계산

서상 인건비를 지출한 내역이 거의 없고, 원천징수신고는 2014년 12월, 2015년 상반기

●●에 대하여만 이루어졌다. 상당한 자본이 투입되어 영농에 필요한 기계설비나

장비가 갖추어졌다는 등의 특별한 사정도 없이 3개의 식당을 연중무휴 24시간으로, 종

업원도 거의 없이 운영한 원고에게 이 사건 토지를 직접 경작할 시간적 여유가 있었을

것으로 보이지 않는다.

(3) 원고는 경작과 관련하여 ⁠‘♧♧종묘’와 2008. 5. 10.에, ♣♣농업협동조합과

2009. 4. 6.에 최초로 거래를 시작하였고, 그나마 평균 연간 구매액은 합계 348,438원 에 불과하였는바, 이는 원고가 주장하는 경작기간 및 규모와 객관적으로 부합하지 않 고, 달리 이에 부합하는 구매내역이 확인되지 않는다. 원고가 주장하는 경작 면적에 비

하여 소요된 기타 비용도 지나치게 적고, 수익을 얻은 내역도 전혀 없다. 한편 ▲▲▲ 은 2011년 작성된 농지원부와 동일한 면적인 2,873㎡에 대하여 2015년에 자경농지로

양도소득세 감면신청을 하였는바, 원고가 주장하는 농작업이 원고가 아닌 ▲▲▲에 의

하여 이루어졌을 가능성도 배제할 수 없다. 설령 이 사건 토지에 농작물이 재배되고

있었다 하더라도, 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 토지를 원고와 함께 자경하

였다는 ▲▲▲의 확인서(갑 제9호증)만으로는 원고가 농작업의 2분의 1 이상을 담당하

였음이 인정되기 어렵다.

(4) 원고는 이 사건 토지 일부가 2009년경 수용되었는데, 당시 식재되었던 매

실나무 125주와 두릅나무 2,500주가 각 7년생으로 보상을 받았으므로 원고가 2003년

부터 묘목을 심는 등으로 이 사건 토지를 경작에 사용하였다고도 주장한다. 그러나

2009년경 수용된 토지인 서울 ☆☆구 ★★동 산54-6, 54-7 임야는 수용 전인 2007. 10.

12. 이미 이 사건 토지 및 같은 동 산54-5 토지에서 분할되어 있었으므로, 위와 같은

사정이 있었다고 하여 별개의 이 사건 토지가 수용 이후 자경농지가 되는 것은 아닌

바, 앞서 본 바와 같이 수용 이후 이 사건 토지에서 원고에 의한 자경이 이루어졌다고

볼 수 없는 이상 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

2) 평등원칙 위반 여부

  이 사건 감면규정은 ⁠‘직접 경작’을 요건으로 하고 있으므로 개인별로 달리 판단

되어야 할 것인바, 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때 이 사건 토지가 ▲▲▲에 대하여

자경농지로 인정되었음에도 피고가 원고에 대하여는 자경농지가 아니라고 판단한 것이

자의적으로 같은 것을 다르게 취급한 것으로서 평등원칙 위반이라고 보기는 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 서울행정법원 2019. 09. 06. 선고 서울행정법원 2018구합78817 판결 | 국세법령정보시스템