요지

전심절차에서 사실관계와 법적 쟁점에 대하여 과세관청이 판단할 수 있는 기회가 부여되지 않은 전혀 별개의 주장이고 납세의무자로 하여금 굳이 다시 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등의 사정도 없다면, 원칙적으로 전심절차를 거치지 아니한 새로운 주장을 취소소송에 이르러 추가하여 제기하면서 그에 상응하는 세액의 취소를 구하는 것은 허용되지 아니함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한,

  가. 2011 사업연도 법인세 본세 xxx원의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분에서

     xxx원의 취소를 구하는 부분을 각하하고,

  나. 가산세 xxx원의 부과처분 중 xxx원의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한,

  가. 2011 사업연도 법인세 본세 xxx원의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분에서

     xxx원 부분을 취소하고,

  나. 가산세 xxx원의 부과처분 중 xxx원 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 75%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 본세 xxx원의 부과처분

중 xxx원을 초과하는 부분 및 가산세 xxx원 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 초과성과급 지급 관련

1) 원고는 2004. 10. 13. bbbb노동조합 aaaa지부(이하 ⁠‘원고의 노동조합’이라 한다)와

사이에 초과성과급 지급과 관련하여 아래와 같은 내용의 합의를 하였다.

2) 원고는 2011. 4. 28. 원고의 노동조합과 사이에 초과성과급 지급과 관련하여

아래와 같은 내용의 개선합의를 하였다(이하 위 2004. 10. 13.자 합의와 합하여 ⁠‘이 사

건 노사합의’라 한다).

[표 삽입을 위한 여백]

3) 원고는 2011. 4. 29. 원고 직원들(임원 제외, 이하 같음)에게 총 xxx원을

특별격려금으로 지급하면서 이를 이 사건 노사합의에 따른 초과성과급 지급시점에

기지급 금액으로 정산하기로 하였다.

4) 원고는 2011 사업연도 결산시 이 사건 노사합의에 따른 2011년도 초과성과

급을 ⁠[별지1] ⁠‘2011년 EVA초과성과급 산출내역’ F.항 기재와 같이 총 xxx원

(이하 ⁠‘이 사건 초과성과급’이라 한다)으로 확정한 후, 기지급한 초과성과급

xxx원과의 차액 xxx원을 미지급금으로 계상하고, 이 사건 초과

성과급을 2011 사업연도 손금으로 인식하였으며, 2012. 3. 30. 원고 직원들에게 위

xxx원을 지급하였다. 원고 직원들의 직급별 구체적인 초과성과급 기준금액,

지급방식, 등급별 성과지급률은 아래와 같다.

[표 삽입을 위한 여백]

나. 출자전환된 대손상각 채권 관련

1) 원고는 은행업감독규정 제27조에 따라 ⁠‘추정손실’로 분류된 아래 표 기재 회

사들(이하 ⁠‘이 사건 회생채무자들’이라 한다)에 대한 채권에 관하여 dddd으로

부터 대손승인을 받아 2011 사업연도 각 분기별로 재무제표에 반영한 후 대손충당금과

상계하는 방식으로 이를 대손상각하였다. 그 후 위 회사들에 대하여 각 회생계획인

가결정이 있었으며, 그 각 회생계획에서 정한 바에 따라 회생채권 중 일부에 관하여

아래 표 기재와 같이 각 출자전환이 이루어졌다.

2) 원고는 2011 사업연도 법인세 신고를 하면서 출자전환이 이루어진 위 합계

xxx원 상당의 채권(이하 ⁠‘이 사건 출자전환채권’이라 하고, 출자전환으로 원고가

취득한 주식을 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)을 손금으로 산입하였으나, ⁠‘출자전환으로

취득한 주식의 가액은 출자전환일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의

출자전환된 채권의 세무상 장부가액’이라는 기획재정부 입장에 따라 이 사건 출자전환

채권액이 손금부인될 수 있다고 판단하고, 2014. 4. 18. 이 사건 출자전환채권액을 익

금에 산입하되, 유가증권에 대한 세무상 유보금액으로 처리하면서 2011 사업연도 법인

세를 수정신고․납부하였다(이하 이 사건 주식 가액을 이 사건 출자전환 채권액으로

볼 것인지 여부를 ⁠‘이 사건 제1쟁점’이라 한다).

다. 주식회사 eeee(이하 ⁠‘ee’이라 한다)에 대한 채권 대손상각 관련

1) 중국 북경시 동성구 동사십조교 서북각 소재 ffff(이하 ⁠‘ffff’라 한다)의 인수사업을

추진하던 ee은 원고를 자금관리자로 하여 2007. 12. 20. gggg보험 주식회사(이하

‘gggg’이라 한다)로부터 xxx원, 2008. 1. 30. 주식회사 hhhh(이하 ⁠‘hhhh’이라

한다)으로부터 xxx원을 대출받았다(이하 ⁠‘이 사건 대출’이라 한다).

2) 이 사건 대출 약정(제17조 제5항)에 의하면, ee이 대출상환기한 내에 대출

원리금을 상환하지 못할 경우, 자금관리인인 원고가 이 사건 대출금 채권을 대주로부

터 양수받고, 그 양수대금을 대주에게 지급하도록 되어 있었는데, ee이 이 사건 대출

금을 대출상환기한 내에 상환하지 못하자, 원고는 2009. 12. 14. gggg으로부터,

2010. 1. 20. hhhh으로부터 이 사건 대출금 채권을 양수하고, 그 양수대금을 대주

인 gggg, hhhh에게 각 지급하였다.

3) 원고는 이 사건 대출금 중 xxx억 원(이하 ⁠‘이 사건 ee 관련 상각액’이라

한다)에 관하여 구 금융기관채권대손인정업무세칙(2016. 5. 11. 개정되기 전의 것, 이하

‘대손인정세칙’이라 한다)에 따라 2011. 12. 2. dddd으로부터 대손승인을 받아

2011. 12. 23. 대손상각을 하였고, 위 상각액 xxx억 원을 손금에 산입하여 2011 사업

연도 법인세를 신고․납부하였다.

라. 법인세 부과 처분 등

1) 피고는 ① 이 사건 초과성과급, ② 이 사건 ee 관련 상각액 중 xxx원은 각 손금에

산입될 수 없다고 보아 2015. 12. 1. 원고의 2011 사업연도 법인세액을 원고가

수정신고․납부한 금액보다 많은 xxx원(가산세 xxx원 별도)으로 증액경정하고, 원고가

기납부한 세액을 공제한 나머지 xxx원(가산세 포함)을 추가고지하였다(이하 ⁠‘이 사건

처분’이라 하고, 위 각 금액의 손금산입 여부를 순서대로 ⁠‘이 사건 제2, 3쟁점’이라

한다).

2) 원고는 이에 불복하여 2016. 2. 1. 조세심판원에 심판청구를 하면서 이 사건

제2쟁점과 관련하여 이 사건 초과성과급이 손금에 산입되어야 한다는 주장을 하였고

[청구취지: 피고가 2015. 12. 4. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세(가산세 포함)

xxx원의 부과처분은 이 사건 초과성과급 xxx원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및

세액을 경정한다], 그 후 2016. 6. 7. 이 사건 제1쟁점과 관련하여 이 사건

출자전환채권액이 손금에 산입되어야 한다는 주장을 추가하였다[청구취지: 피고가

2015. 12. 4. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) xxx원의

부과처분은 원고의 2011 사업연도 초과성과급 xxx원과 동일 사업연도 대손금 xxx원을

손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다]. 조세심판원은 2017. 3. 20. 원고의

심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(가지번호 포함), 제17호증, 제20호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

전심절차에서 주장하지 않았던 이 사건 제3쟁점 관련 취소 청구 부분은 원고가 전

심절차를 거치지 아니하였고, 이 사건 제1, 2쟁점과 청구의 기초를 달리하여 이를 이

사건 소송에 이르러 청구취지에 추가할 수도 없으므로, 이 사건 제3쟁점 관련 취소 청

구 부분은 부적법하므로 각하되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서

이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인

과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의

하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여, 또는 그 납세의

무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여

금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐

더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는

등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분

의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 2001. 3. 27. 선고 99두8039

판결).

위 법리에 의하면, 전심절차에서 사실관계와 법적 쟁점에 대하여 과세관청이

판단할 수 있는 기회가 부여되지 않은 전혀 별개의 주장이고 납세의무자로 하여금 굳 이 다시 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등의 사정도 없다면, 원칙적 으로 전심절차를 거치지 아니한 새로운 주장을 취소소송에 이르러 추가하여 제기하면

서 그에 상응하는 세액의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 확장하는 것은 허용되지

않는다.

대법원 1999. 11. 26. 선고 99두9407 판결은 택지초과소유부담금 부과처분 중

일부의 액수에 대하여만 불복하여 전심절차를 거치고 그 후 다시 본안소송에서 위 액

수에 관하여만 부과처분의 취소를 구하였다가 헌법재판소에서 1999. 4. 29. 택지소유상

한에관한법률 전체가 헌법에 위반된다고 선고한 이후 청구취지를 부과처분 전부의 취

소를 구하는 것으로 확장한 사안에서 ⁠“당사자는 전심절차에서 미처 주장하지 아니한

사유를 공격방어방법으로 제출할 수 있고, 행정소송법 제21조와 제22조가 정하는 소의

변경은 그 법조에 의하여 특별히 인정되는 것으로서 민사소송법상의 소의 변경을 배척

하는 것이 아니므로, 행정소송의 원고는 행정소송법 제8조 제2항에 의하여 준용되는

민사소송법 제235조에 따라 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서 청구의 취지 또는 원

인을 변경할 수 있다”고 판시하면서도, 전심절차에서의 주장과 행정소송에서의 주장이

전혀 별개의 것이라면 전심절차에서 주장하지 아니한 사유를 공격방어방법으로 제출할

수 없다는 한계를 분명히 하였다.

행정심판전치주의는 행정행위의 특수성, 전문성 등에 비추어 행정청으로 하여

금 그 스스로의 재고, 시정의 기회를 부여함에 그 뜻이 있는 만큼 법률에 특별한 규정 이 없는 이상 그 필요를 넘어서 국민에게 지나친 엄격한 절차를 요구할 것이 아니나

(대법원 1986. 9. 9. 선고 86누254 판결), 위 법리도 과세관청의 압류처분의 해제를 구

하는 전심절차에서 압류처분해제신청에 대한 거부처분 관련 주장이 판단되었음을 근거 로 거부처분에 대하여 별도의 전심절차를 요구할 수 없다는 취지에서 판시된 것으로서

주장 간 법적 쟁점이 동일하거나 실질적으로 전심의 판단을 거친 경우를 전제로 한다.

“과세처분취소소송은 과세처분의 실체적, 절차적 위법사유를 그 취소원인으로

하는 것으로서 그 심리대상은 과세관청이 결정한 소득금액의 존부라고 할 것이고, 그

소득금액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고

주장하는 공격, 방어방법에 불과한 것이므로 그 개개의 위법사유에 대하여 반드시 전

심절차를 거쳐야 하는 것은 아니고, 따라서 전심절차에서 주장하지 아니하였던 사항도

행정소송에서 새로이 주장할 수 있고 전심절차에서 한번 철회하였던 주장도 다시 주장

할 수 있다”고 판시한 대법원 1990. 11. 13. 선고 90누943 판결의 사안도 관세 환급금

의 익금 산입에 관련된 부분과 부당행위계산부인에 관련된 부분을 포함한 과세처분 전

부가 심사청구 및 국세심판소 심판청구의 대상이 된 경우이다. 또한, ⁠“당초의 조세부과

처분에 대하여 적법한 취소소송이 계속 중에 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과

처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재

하고 있다고 주장되는 취소사유(실체상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마

찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되면 경정결정 또는 재경정

결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우 원고는 경정결정 또는 재경정결정에 대하

여 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정결정 또는 재경정결정의

취소를 구할 수 있고, 이러한 경우 당초의 소송이 적법한 제소기간 내에 제기된 것이

라면 경정결정 또는 재경정결정에 대한 청구취지 변경의 제소기간 준수 여부는 따로

따질 필요가 없다”는 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두7796 판결의 판시는 위법사유 가 공통되는 경우 그에 대하여 별도의 전심절차를 거칠 필요가 없다는 위 99두8039

판결의 법리와 다르다고 보이지 않고, 실제로 2010두7796 판결의 사안에서 원고는 당

초 처분 및 증액경정처분에 대하여 모두 전심절차를 거치기도 하였다.

2) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 이 사건 제3쟁점이 제1, 2쟁점과

전혀 별개의 것임은 분명하고, 그에 대한 전심절차를 거치도록 요구하는 것이 원고에

게 가혹할 정도로 부당해 보이지도 않는다. 따라서 원고가 전심절차를 거치지 아니한 이 사건 제3쟁점을 주장하며 그에 상응한 부과처분의 취소청구를 새로이 구하는 것은

허용되지 않는다. 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 이 사건 처분 중 제3쟁점 관련 부분을 제외한 나머지 부분의 적법 여부

가. 관계 법령

[별지2] 기재와 같다.

나. 이 사건 제1쟁점에 관하여

1) 당사자들의 주장

가) 원고의 주장

회생계획인가결정에 따른 출자전환으로 취득한 주식은 구 법인세법 시행

령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이

라 한다) 제72조 제2항 제4호의2 단서 규정에 따라 장부가액을 그 취득가액으로 보아

야 하는데, 원고가 이 사건 출자전환채권에 대하여 이미 대손상각을 하여 그 장부가액 을 0원으로 감액한 이후 출자전환이 이루어진 이상 이 사건 주식의 취득가액은 0원으 로 보아야 하므로, 2011 사업연도 법인세 과세표준금액에서 이 사건 출자전환채권은

제외(익금불산입 또는 손금산입)되어야 한다.

나) 피고의 주장

dddd의 승인을 받은 대손금은 결산조정 항목으로 대손금으로 계상한 날이 속하는

사업연도의 결산이 종료된 시점에 비로소 장부가액에서의 차감이 확정되므로 그

이전에 원고가 임의로 장부가액을 감액하였다 하더라도 이는 가결산에 불과한데, 2011

사업연도의 결산이 종료되기 이전에 이 사건 출자전환채권에 대하여 출자전환이

이루어졌을 뿐만 아니라, 출자전환의 본질이 상계인 이상 이 사건 주식의 가액은

출자전환된 채권의 가액으로 보아야 한다. 따라서 원고가 이 사건 출자전환채권액을

2011 사업연도 법인세 과세표준에 포함한 것은 적법하다.

2) 판단

가) 관련 규정

구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구

법인세법’이라 한다) 제19조의2 제1항은 ⁠‘내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의

파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(대손금)은 해당 사

업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다’고 규정하고, 법인세법 시행령 제19조

의2 제1항 제12호 가목은 위 ⁠‘대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권’으로

‘금융회사 등의 채권 중 dddd이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기

준에 따라 금융회사 등이 dddd으로부터 대손금으로 승인받은 것’을 들고 있으 며, 같은 조 제3항 제2호는 ⁠‘위 대손금은 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날이

속하는 사업연도의 손금으로 한다’고 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제41조 및 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2는

‘채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등의 경우 그 취득가액을 취득 당시의 시가로

하고, 다만 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은

출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)

의 장부가액으로 한다’고 규정하고 있다.

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을

종합하면, 이 사건 출자전환채권과 같이 dddd으로부터 대손인정을 받아 대손상각이

이루어진 채권이라 하더라도 이후 회생계획에 따라 위 채권에 대한 출자전환이

이루어졌다면 위 채권 금액을 손금으로 산입할 수 없고, 위 출자전환으로 취득한

주식의 취득가액 또한 대손상각처리를 하여 감액된 금액이 아닌, 대손상각 이전의

채권액이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 출자전환채권액은 원고의 2011 사업연도

과세표준금액에서 제외될 수는 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유

없다.

(1) dddd으로부터 승인받은 대손금은 결산조정사항으로 법인세가 1개 사업연도 단위로

납세의무가 성립․확정되는 기간과세라는 점을 고려하면 감독기관의 대손승인이 있는

시점에 손금이 확정되는 것이 아니라 대손승인이 있는 시점이 속한 사업연도의 말에

손금 여부가 확정되는 것인바, 세법상 인정되는 재무제표는 1개 사업연도의 전체

기간을 대상으로 확정된 결산재무제표를 의미한다고 할 것이고, 따라서 대손금 인정

여부는 사업연도말 확정된 장부를 기준으로 판단하여야 하므로, 이 사건

출자전환채권에 대하여 dddd의 대손승인이 있어 그에 따른 기중 회계처리가

이루어졌다 하더라도 그와 같은 대손의 회계처리가 과세기간이 종료된 시점까지 유

지되고 있는지 등을 가려 손금산입 여부를 판단하여야 하는 것이지, 단순히 기중에

이루어진 회계처리만으로는 손금으로 확정된다고 할 수 없다. 따라서 사업연도 중

대손상각의 회계처리는 회계상 상각처리가 되었으나 결산이 확정되지 않아

세무상으로는 대손금으로 인정되지 않으므로 이 사건 출자전환채권의 세무상

장부가액에는 영향이 없고, 그러한 상태에서 출자전환이 이루어짐으로써 ⁠‘상각 전

채권의 세무상 장부가액’이 소멸되므로, 출자전환이 이루어진 채권액에 대하여는

결산확정 시점에 상각 대상 채권 자체가 없게 된다.

(2) 출자전환은 채무의 일부 또는 전부를 변제하기 위하여 채무자가 채권자에게

지분증권(주식)을 발행하는 채권·채무조정의 한 유형으로 결과적으로 타인자본을

자기자본으로 전환하는 자본구조의 변경을 통하여 부채를 조정하는 것이고,

회생계획이 인가되면 회생계획에서 정하고 있는 바에 따라 회생채무자의 채무가

소멸하게 되므로, 출자전환 채권가액이 유지됨을 전제로 하여야 소멸되는 채권에 대한

대가로 회생채무자가 발행한 주식을 취득할 수 있게 된다. 그런데 대손상각의

회계처리는 채권이 회수불가능하다고 보아 더 이상 존재하지 않는다는 회계적 인식을

한 것으로 볼 수 있는 반면, 출자전환의 회계처리는 출자전환의 대상이 되는 채권이

존재함을 전제로 채권자가 그 채권에 대한 대가로 회생채무자가 발행한 주식을

취득하거나 채권을 주식으로 회수한다는 회계적 인식인바, 대손상각의 회계처리를

통하여 채권이 더 이상 존재하지 않는다는 회계적 인식을 하였더라도, 출자전환의

회계처리를 통하여 출자전환과 양립할 수 없는 기존의 대손상각 회계처리의 효과는

그대로 유지된다고 보기는 어렵고, ⁠‘대손상각 하기 전의 채권의 가액으로 출자전환’이

이루어진 이상 대손상각으로 인하여 감소된 채권이 회수된 것이므로 대손상각이

취소된 것으로 볼 수 있다.

(3) 원고는, ⁠“원고가 2011 사업연도 법인세 신고 당시 ⁠‘대손금의 회계처리’는 그대로 둔

채 별도로 ⁠‘유가증권평가손실 항목’의 세무조정을 통하여 이 사건 주식의 장부가액을

‘평가증’하였을 뿐이므로, 이 사건 출자전환채권액에 대한 회계처리를 취소한 것으로

볼 수는 없다”는 취지로 주장한다. 그러나, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2

단서 규정에 의하면 이 사건 주식의 취득가액은 출자전환된 채권의 장부가액과

동일하고, 출자전환된 채권의 장부가액은 채권의 취득가액에서 대손금으로 인정된

금액을 공제한 금액을 의미하므로, 원고가 유가증권평가손실을 감소시킴으로써

주식의 가액을 증가시킨 것은 결국 채권의 취득가액에서 공제되는 대손금을 감소시킨

것과 마찬가지의 결과가 된다. 따라서 원고가 주식의 가액을 증가시키는 신고조정을

한 것은 실질적으로 이 사건 대손금의 회계처리를 취소한 것으로 볼 수 있다. 원고의

위 주장은 받아들이지 않는다.

(4) 또한, 원고는 ⁠“동일하게 출자전환 전에 대손사유가 발생하였음에도 직전

사업연도에 대손사유가 발생한 채권에 대하여만 대손금을 손금으로 인정하고, 당해

사업연도에 대손사유가 발생한 채권에 대하여서는 대손금을 손금으로 인정하지 않는

것은 합리적인 이유가 없다”는 취지로 주장하나, 이는 세무조정이 법인세 신고를

위하여 사업연도 말에 1년에 1회씩 이루어짐으로써, 직전 사업연도에 대손사유가 발생

한 채권은 직전 사업연도의 말에 대손금이 손금으로 확정되는 반면, 당해 사업연도에

대손사유가 발생한 채권은 당해 사업연도의 결산이 확정될 때까지 손금으로 확정되지

않기 때문이므로, 합리적인 이유가 없다고 보기는 어렵다. 원고의 위 주장도 옳지

않다.

(5) 원고는 은행회계해설 및 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 은행이 기존

대출채권의 출자전환으로 주식을 취득하는 경우 ⁠‘대출채권의 장부금액(대손충당금

차감 후 금액)’을 재무상태표에서 제거하고, 출자전환으로 취득한 주식을 ⁠‘공정가액’으 로 인식하도록 하고 있음을 이유로, 이 사건 주식의 취득가액을 이 사건 출자전환채권

의 액면금액으로 볼 수 없다고 주장하나, 위 은행회계해설 및 한국채택국제회계기준에

대하여 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2 단서는 회생계획인가결정 등에 따

른 채무의 출자전환을 달리 취급할 것을 규정한 것이므로(위 ⁠‘공정가액’은 대손상각한

채권의 장부가액을 의미하는 것이 아니고, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2

본문의 ⁠‘시가’에 가까운 개념이다), 원고의 이 부분 주장 또한 받아들이기 어렵다.

다. 이 사건 제2쟁점에 관하여

1) 당사자들의 주장

가) 원고의 주장 이 사건 초과성과급은 구 법인세법 시행령 제19조 제3호의 ⁠‘인건비’에 해당

하거나, 구 법인세법 제20조 제1호 단서, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호에서

규정하는 성과배분상여금에 해당하므로, 손금으로 인정되어야 하고, 달리 손금에 산입

하지 아니할 법적 근거가 존재하지 않는다.

나) 피고의 주장

(1) 이 사건 초과성과급은 이 사건 노사합의에 따라 경상이익이 발생하 고, MOU에 따른 필수이행사항 중 순고정이하 여신비율 목표(1.5%, 이하 ⁠‘이 사건 목

표’라 한다)가 달성되어야 지급될 수 있는 것인데, 2011 사업연도 결산일 기준 원고의

iiii(주), jjjj(주), kkkk(주) 등 3개 조선사(이하 ⁠‘이 사건 조선사’라

한다)에 대한 채권은 실제로 자산건전성이 ⁠‘고정’ 이하에 해당하고, 국제회계기준에 의

할 때 손상여신에 해당되므로, 그에 상응하는 대손충당금이 적립되거나 이 사건 조선

사에 대한 채권을 ⁠‘고정’ 이하 채권으로 분류할 경우 이 사건 초과상여금에 대한 지급

재원이 존재하지 않고, 이 사건 목표도 달성되지 못하게 된다. 그러므로 이 사건 노사

합의에 따른 지급조건이 실질적으로 충족되지 않은 것임에도, 원고는 이 사건 조선사

채권 관련 대손충당금을 적립하지 않고, 이 사건 목표를 달성한 것으로 회계처리가 이

루어진 것을 기화로 이 사건 초과성과급을 지급하였다.

(2) 위와 같이 경영성과가 왜곡되어 지급된 이 사건 초과성과급은 ① 실질적

이익처분에 해당하거나, 과다․부당한 것이거나(구 법인세법 제19조 제1항, 제26조

제1호, 제20조 제1호, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호, 제43조 제1항) ②

통상성이 인정되지 않거나, 그 지급이 사회질서에 위반되므로 손금으로 인정되어서는

아니 된다. 또한, ③ 원고가 특수관계인에 해당하는 직원들에 대하여 이 사건 초과성과

급 반환 등 채권을 임의로 포기하였고, ④ 이 사건 초과성과급은 부당행위계산부인의

대상에 해당하기도 하므로 이를 손금으로 인정하여서는 안 된다.

2) 인정사실

가) 금융감독원은 2011. 10. 17.부터 같은 해 11. 16.까지 원고에 대하여 종합검사(이하

‘이 사건 종합검사’라 한다)를 진행하였다. 당시 경영상의 어려움으로 인하여 원고를

비롯한 다수의 금융기관과 사이에 재무적 지원을 위한 자율협약을 체결하고 채권은행

공동관리를 통한 경영정상화를 도모하던 이 사건 조선사에 대한 여신검사가 함께

이루어졌는데, 이 사건 종합검사 중에 원고의 직원은 ⁠“이 사건 조선사의 현금흐름이

부채상환에 불충분하고 재무구조가 취약하여 금융기관의 원리금 회수에 상당한

위험이 존재하는 등 자산건전성 분류기준상 금융기관 원리금 채권을 ⁠‘고정’으로 분류할

사유가 있기는 하지만, 고정으로 분류할 경우 ① 선주로부터의 RG Call(선수금 환급청

구)로 인하여 기지급받은 선수금을 반환하여야 하거나 그로 인하여 선박 가격이 하락

하는 등 국부 유출의 위험이 있고, ② 조선업은 고용우수기업으로 부실이 가속화될 경

우 국가경제에 악영향이 크며, ③ 충당금 부담증가로 인하여 자율협약이 계속하여 추

진되기 어렵게 되고, ④ 이 사건 조선사의 신규 수주가 불가능해지거나, 협력 업체가

도산할 우려 등이 있음을 고려할 때, 자산건전성을 ⁠‘요주의’로 유지함이 타당하다”는

의견을 표명하였다. 이에 금융감독원 일반은행검사국 감사실 수석검사역 lll은 이

사건 종합검사를 받는 원고 직원에게 ⁠“이 사건 조선사에 대한 여신은 그 자산건전성을

‘고정’으로 분류하고 그에 상응하는 대손충당금을 적립하는 것이 원칙이나, 경제에

미치는 파장 등을 고려하여 자산건전성을 ’요주의‘로 유지하되, 고정시 추가 적립해야

할 대손충당금액을 대손준비금으로 적립하여야 한다. 대손충당금이 아닌

대손준비금으로 적립할 경우 경영성과가 왜곡되는 것은 큰 문제이기 때문에

성과평가시에는 이러한 내용이 충분히 고려되어야 한다”는 취지로 말하였다.

나) 금융감독원은 2011. 12. 2. 원고를 포함한 시중은행들에게 아래와 같은 내용의

'한국채택국제회계기준(K-IFRS) 대손충당금 설정 관련 유의사항'을 통보하였다

(이하 ⁠‘이 사건 유의사항 통보’라 한다).

다) 원고는 이 사건 유의사항 통보에 따라 2012. 1. 10. 원고의 ⁠「국제회계

기준 대손충당금 적립기준」 중 ⁠‘유의적인 재무적 어려움’ 부분을 ⁠“① 신용등급(BRR)

B+ 이하 등급 차주 중 ⁠‘완전자본잠식’이면서 당행 연체 1개월 이상 차주, ② 신용등급

(BRR) B+ 이하 등급 차주 중 ⁠‘감사의견 거절 및 부적정’ 차주”로 별도 정의하고, 이를

2011 사업연도 결산시부터 적용하기로 하였다.

라) 원고는 2011 사업연도 결산시 이 사건 조선사에 대한 채권의 자산건전성이

‘고정’이 아닌 ⁠‘요주의’ 등급으로 유지됨으로 인하여 대손충당금으로 적립되지 않은

xxx억 원 상당을 대손준비금으로 적립하였다.

마) 금융감독원은 2012. 7. 6. 아래와 같은 내용의 이 사건 종합검사 결과를

통보하였다.

바) 감사원은 2013. 5. 경 ⁠‘이 사건 조선사들에 대한 채권은 국제회계기준에

따라 손상여신으로 보아야 하는바, 이 사건 종합검사 당시 금융감독원이 이 사건 조선

사에 대한 채권의 자산건전성을 ’고정‘ 이하가 아닌 ’요주의‘로 분류하는 것을 허용하 고, 그에 상응하는 대손준비금 적립을 허용하였다고 하더라도, 금융감독원은 경영성과

평가에 있어서는 xxx억 원을 대손충당금으로 적립하는 것과 같이 평가하도록 하였 고, 이 사건 유의사항 통보 및 2012. 1. 30. 및 같은 해 4. 20. 점검과정에서 이 사건

조선사에 대한 채권과 관련하여 2011 사업연도 결산시 대손충당금을 적립할 것을 지

적하였다. 그러므로, 원고는 초과성과급 지급과 관련하여 위 xxx억 원을 대손충당금 으로 반영하여 경상이익을 차감 산정하였어야 하고, 그럴 경우 초과성과급 지급재원이

존재하지 않는다. 그럼에도 원고는 이 사건 조선사에 대한 채권과 관련하여 대손충당

금이 적립되지 않도록 원고의 대손충당금 적립기준을 설정하고, 위 xxx억 원을 경상

이익에서 차감하지 않은 채 직원들에게 이 사건 초과성과급을 지급하였다. 원고는 앞 으로 실제 경영성과와 무관하게 EVA 기준 초과성과급을 지급하는 일이 없도록 관련

업무를 철저히 하기 바란다.’는 내용의 주의요구를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제25, 29, 32, 34호증, 을 제3 내지 7호증, 제17호증, 제

24 내지 26호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 판단

가) 이 사건 노사합의 지급조건 위배 여부

앞서 인정된 사실, 앞서 거시한 증거들, 갑 제16, 35, 36호증의 각 기재 및 변론 전체의

취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 주장하는 사정들을

감안하더라도, 이 사건 초과성과급 지급은 이 사건 노사합의에 정해진 기준에 따라

근로자인 원고 직원들에게 지급되었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 노사합의로

정해진 기준을 위배하여 이 사건 초과성과급을 지급하였다는 피고 주장은 이유 없다.

(1) 원고는 이 사건 초과성과급 재원을 원고의 2011 회계연도 재무제표 상에 기재된

경상이익을 토대로 이 사건 노사합의서에 기재된 산식을 적용하여 산출하였고, 이

사건 노사합의서 내용에 의할 때 그와 다른 방법을 상정하기는 어렵다.

(2) 외부감사인은 대손충당금 부분을 포함하여 원고의 2011 회계연도 재무제표에

대하여 회계감사를 실시하고, 그에 대하여 적정 의견을 표시하였다.

(3) 원고는 국가정책적 필요 및 경영상 판단을 이유로 이 사건 조선사에

대한 채권의 자산건전성을 ⁠‘요주의’로 분류하였고, 이에 대해 자산건전성에 대한 감독

권한이 있는 금융감독원 또한 이를 허용하였으며, 이 사건 조선사와 자율협약을 체결

한 다른 금융기관도 원고와 같이 위 채권에 대한 자산건전성을 ⁠‘요주의’로 분류한 것으 로 보인다.

(4) 2011 사업연도 원고의 대손충당금 적립기준에 의하면, 피고가 주장하는 대손충당금

xxx억을 적립할 수 있는 근거가 존재하지 않는다. 이 사건 종합검사를 실시한

금융감독원도 구두 또는 2012. 7. 6.자 종합검사결과 통보를 통하여 자본준비금 적립을

당부하였을 뿐, 이 사건 조선사에 대한 채권과 관련하여 대손충당금 적립을

 요구하지는 않았다. 피고는, 서울지방국세청 소속 mmm가 작성한 확인서(을 제27

호증)를 제출하며, 2012. 1. 30. 및 2012. 4. 20. 이 사건 조선사에 대한 채권과 관련하

여 대손충당금을 적립할 것을 재차 요구하였다고 하나, 대손준비금을 적립하라는 내용

의 2012. 7. 6.자 금융감독원의 통보 내용 및 앞서 본 lll의 진술 내용에 비추어 이 를 그대로 믿기는 어렵다.

(5) 한편, 앞서 본 바와 같이 금융감독원이 이 사건 조선사에 대한 채권의

자산건전성을 ⁠‘요주의’로 유지하는 것을 허용하고 대손준비금을 적립하도록 할 무렵

당시 금융감독원 직원 lll이 원고의 담당 직원에게 대손충당금 xxx억 원을 적립

하는 것과 같이 경영성과를 평가하도록 첨언하기는 하였으나, 대손준비금으로 적립된

금원을 대손충당금과 동일하게 보아 회계처리할 수 있는 방안을 상정하기 어렵고, 이

사건 초과성과급 재원의 산정 방식이 이 사건 노사합의에 의하여 일의적으로 해석되는

이상, 원고가 재무제표상 경상이익에서 대손준비금을 공제한 금원을 기준으로 이 사건

초과성과급 지급 여부를 결정할 것을 기대하기도 어렵다. 2012. 7. 6.자 이 사건 종합

검사 결과 통보에서 대손준비금의 적립을 공식적으로 허용하면서 원고의 경영성과평가 에 대한 언급은 없는 점이나 2013. 5.경 감사원의 주의요구에서도 관련직원의 문책이 나 성과급의 회수를 요구하지 아니한 점 등은 금융감독원이나 감사원도 위와 같은 사

정을 수긍하는 입장에 있었음을 추인하게 한다. 그럼에도 피고의 주장과 같이 이 사건

조선사에 대한 채권의 자산건전성이 실질적으로 ⁠‘고정’에 해당함을 내세워 사후에 원고 가 이 사건 목표를 달성하지 못한 것으로 처리하였어야 한다고 요구하는 것은 앞서 본

바와 같이 주로 국가정책적인 이유로 이 사건 조선사에 대한 채권의 자산건전성이 ⁠‘요

주의’로 분류된 사정을 국가 스스로 무시하는 셈이 되어 부당하다.

(6) 피고는, 금융감독원의 이 사건 유의사항 통보에 따라 원고가 2012. 1. 10. 마련한

‘유의적인 재무적 어려움’ 정의 규정이 이 사건 조선사에 대한 채권을 손상채권으로

분류하지 않기 위하여 협소하게 규정되어 부당하다는 취지로 주장하나, 앞서 본

원고의 구체적인 정의 규정이 qqqq 등 다른 금융기관이 마련한 기준에 비해

부당하게 편협한 내용으로 ⁠‘유의적인 재무적 어려움’을 규정하였다고 보이지도 않는다.

나) 이 사건 초과성과급 지급이 잉여금 처분에 해당하여 손금에 불산입되어야 하는지

여부

(1) 구 법인세법 제20조 제1항은 ⁠‘잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액’은 손금에

산입하지 않되, 대통령령으로 정하는 성과급은 손금에 산입할 수 있도록 규정하고, 구

법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호에서 ⁠‘내국법인이 근로자와 성과산정지표 및 그

목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라

근로자에게 지급하는 성과배분상여금’은 손금에 산입할 수 있는 성과급에 해당하는

것으로 규정하고 있다.

(2) 따라서, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호에서 인정하는 ⁠‘성과배분상여금’에

해당할 경우 ⁠‘잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액’에 해당하지 않아 손금으로 산입될

수 있다고 할 것인데, 이 사건 초과성과급과 관련하여 성과산정지표 및 그 목표,

성과의 측정 및 배분 방법 등에 관하여 이 사건 노사합의를 통한 사전 서면 약정이

존재하였고, 그에 따라 원고 직원들에게 이 사건 초과성과급이 지급되었으며, 이 사건

초과성과급 지급에 있어 이 사건 노사합의에서 정하는 지급조건을 위배하지 않았음은

앞서 본 바와 같은바, 이 사건 초과성과급은 구 법인세법 시행령 제20조 제1항

제4호에서 인정하는 ⁠‘성과배분상여금’에 해당한다고 할 것이므로, 피고 주장과 같이

‘잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액’에 해당하여 손금불산입의 대상이 된다고 볼 수 는 없다.

다) 과다경비 등에 해당하여 손금불산입 대상인지 여부

(1) 구 법인세법 제26조 제1호는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나

부당하다고 인정되는 인건비는 손금에 산입하지 않는다고 규정하고, 구 법인세법

시행령 43조 제1항은 ⁠‘임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금’은 손

금에 산입하지 않는 것으로, 같은 법 제43조 제2항은 ⁠‘임원에게 지급하는 상여금 중

급여지급 기준을 초과하여 지급한 금액’은 손금에 산입하지 않는다고 규정한다.

(2) 먼저, 이 사건 초과성과급이 구 법인세법 제43조 제2항에 의하여 손금불산입

대상에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 이 사건 초과성과급이 임원을 제외한 원고

직원들에게 지급되었음은 앞서 본 바와 같은바, 임원에게 지급하는 상여금에 대한

손금불산입과 관련한 구 법인세법 제43조 제2항은 적용될 여지가 없다.

(3) 다음으로, 이 사건 초과성과급이 구 법인세법 시행령 제43조 제1항에서 정한 ⁠‘임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금’에 해당하는지 여부에 관하여

보건대, 여기서 말하는 ⁠‘이익처분’이란 이익잉여금처분계산서에 처분항목으로 기재되어

주주총회의 승인을 얻어 지급되는 것을 의미하는바(대법원 2015. 11.17. 선고

2012두3491 판결 참조), 이 사건 초과성과급이 주주총회의 이익잉여금처분계산서

승인결의를 거쳐 지급된 것이 아님은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 나아가, 피고는 이 사건 초과성과급이 실질적 이익처분에 해당하여 손금에

산입되어서는 안 된다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 ⁠‘이익처분’은

원칙적으로 주주총회결의에 의한 이익잉여금처분계산서의 승인에 따른 ⁠‘이익잉여금의

처분’만을 의미하는 것으로 해석함이 상당하고, 그와 같은 요건이 갖추어지지 않았음에 도 실질상 ⁠‘이익처분에 의하여 지급하는 상여금’으로 보아 손금에 불산입하기 위해서는

적어도 이 사건 초과성과급을 지급받은 원고의 직원들이 원고의 지배주주 등 법인의

실질적인 경영자에 해당하고, 통상적인 상여금액이라고 볼 수 없는 과도한 금액이 지

급된 경우여야 할 것인데, 이 사건 초과성과급은 이 사건 노사합의에서 정한 기준에

따라 임원이 아닌 직원들에게만 지급된 점, 개인별 지급되는 금액 산정에 있어서도 업

적평가 결과에 따라 구체적인 지급금액이 산정된 점, 앞서 보았듯이 이 사건 초과성과

급이 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호에서 인정하는 ⁠‘성과배분상여금’에 해당

하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 초과성과급이 피고 주장과 같이 실질적 이익처분 에 해당한다고 보기는 어렵다. 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라) 통상성이 없거나 사회질서에 반하는 비용에 해당하는지 여부

(1) 관련 법리

구 법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 ⁠‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여

발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나

수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 여기에서 말하는 ⁠‘일반적으로

용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른

법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한

비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로

고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에

위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다고 할 것이다(대법원 2009. 11. 12. 선고

2007두12422 판결 참조).

(2) 구체적 판단

위 3)의 가) ⁠(5)항과 같은 사정과 앞서 인정된 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알

수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 다른 금융기관들의 경우 원고와 동일한

상황 아래에서 이 사건 초과성과급을 지급하지 않았을 것으로 보기 어렵고, 이 사건

초과성과급 지급이 사회질서에 반하는 경우에 해당한다고 보기도 어렵다. 따라서 이를

전제로 한 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 초과성과급은 이 사건 노사합의로 사전에 정한

기준에 따라 지급되었다.

(나) 피고는 이 사건 조선사에 대한 자산건전성이 ⁠‘고정’ 이하로 분류되거나

국제회계기준에 따라 손상채권으로 분류되어 대손충당금이 적립되었어야 한다고

주장하나, 이 사건 조선사에 대한 자산건전성은 국가정책적 판단에 따라 ⁠‘요주의’로

분류되었고, 이 사건 조선사와 자율협약을 체결한 다른 금융기관도 동일한 조치를 취

한 것으로 보인다. 또한 금융감독원의 이 사건 유의사항 통보 이후 원고가 설정한 대

손충당금 적립기준에 의할 때 이 사건 조선사에 대한 채권과 관련하여 대손충당금을

추가로 설정할 필요가 없었으며, 원고의 위 대손충당금 적립기준이 다른 금융기관의

것과 달리 이례적인 것으로 보이지 않는다.

(다) 이 사건 초과성과급이 지급될 무렵 원고의 노동조합은 3년 간에 걸친 임금동결

등을 이유로 천막농성을 하는 등 지속적으로 불만을 제기해 오고 있었고, 원고는

직원들의 사기 진작 등을 위해 이 사건 초과성과급을 지급할 경영상 필요가 있었던

것으로 보이며, 원고가 이 사건 노사합의에서 예정한 것과 다른 경상이익 개념을

주장하며 초과성과급을 지급하지 않을 경우 예상되는 노사관계의 악화나 법적 분쟁의

위험성 등을 고려할 때 피고의 바람대로 이 사건 초과성과급을 지급하지 않는 결정을

하기는 어려웠을 것으로 보인다.

마) 특수관계인에 대한 채권의 임의포기 해당 여부

피고는, 원고가 이 사건 초과성과급과 관련하여 그 반환채권을 임의로 포기하였다는

취지로 주장하나, 원고는 이 사건 초과성과급이 적법하게 지급되었다고 주장하고 있을

뿐이고, 이 사건 초과성과급이 위법․부당하게 지급되었음이 인정되지 않는 한 그

반환채권의 포기를 상정할 수는 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

바) 부당행위계산부인 해당 여부

(1) 관련 법리

부당행위계산이라고 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지

아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의

합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을

말하고, 구 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관

계 있는 자와의 거래가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태 를 빙자하여 남용됨으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에

서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었

던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자

하는 것이다. 따라서 법인의 행위가 행위 당시를 기준으로 할 때 건전한 사회통념이나

상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면 부당행위

계산에 해당하지 아니 한다(대법원 2014. 4. 10. 선고 2013두20127 판결 취지 참조).

(2) 구체적 판단

원고의 이 사건 초과성과급 지급행위를 부당행위계산으로 보아 부인하기 위해서는, 이

사건 초과성과급 지급이 ⁠‘경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위’로 볼 수 있어야 할

것인데, 앞서 살펴본 이 사건 초과성과급의 지급 경위, 지급 당시의 국가정책적 판단, 이 사건 노사합의를 존중해야 할 경영상 필요성, 다른 금융기관의 조치 등에 비추어

보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 초과성과급 지급을 ⁠‘경제적 합리성을

결여한 비정상적인 행위’로 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서

피고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

사) 소결론

따라서 이 사건 초과성과급은 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호에서 손금으로

인정하는 ⁠‘성과배분상여금’에 해당한다고 봄이 상당하고, 달리 이를 손금에 산입하지

않을 사유가 존재하지 않는바, 이 사건 처분 중 이 사건 초과성과급이 손금에

산입되지 않음을 전제로 내려진 부분은 위법하다.

라. 이 사건 처분 중 정당세액 부분 및 취소의 범위 이 사건 초과성과급을 손금산입 할 경우의 정당한 법인세 본세는 ⁠[별지3] 기재와

같이 xxx원이므로, 그 차액 xxx원은 취소되어야 하고, 그에 따라 취소되어야 할

가산세는 ⁠[별지3] 기재와 같이 xxx원이다.

4. 이 사건 제3쟁점에 관한 가정적 판단 이 사건 제3쟁점은 이 사건 소송에서 판단의 대상이 아니나 원고가 이에 대한 전심

절차를 거쳤다면 아래와 같은 판단이 있었을 것임을 밝혀두고자 한다.

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

구 법인세법 제19조의2 제1항, 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제12호

가목에 의하면, 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 dddd으로부터 대손금으로

승인받은 것은 회수할 수 없는 채권에 해당하므로, 과세관청이 추가로 회수불가능 요

건을 요구할 법률적 근거가 없고, 이 사건 대출채권과 관련하여 이루어진 대손상각은

대손처리기준, 은행업감독기준에 따라 제정된 원고의 여신업무지침에 근거하여 회수가

능예상액을 산정하여 적법하게 이루어진 것이므로, 피고가 dddd의 대손승인행위에

중대․명백한 하자가 있음을 증명하지 않는 이상, dddd의 대손승인을 무시하고 이

사건 ee 관련 상각액 중 xxx원을 회수가능한 채권으로 볼 수 없음에도 임의로 이를

손금에 불산입하여 이루어진 이 부분 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

dddd의 대손승인을 받았다고 하더라도, 대손승인된 채권에 대한 회수불능이 확실하지

않다면 대손금으로 인정될 수 없는데, 이 사건 대출채권에 대한 대손상각이 이루어진

2011. 12. 23. 당시 이 사건 대출채권의 채무자인 ee 및 ee의 100% 자회사인 nnnn

Co., Limited(이하 ⁠“nnnn'라 한다), nnnn의 자회사인 oooo SRL(이하

‘oooo'라 한다), oooo의 100% 자회사인 pppp 유한책임공사(이하 ’pppp‘이라 한다)이

폐업을 하지 않은 상태였고, 중국법원은 ff빌딩의 소유권이 pppp에게 있음을

인정하기도 하였다. 그러므로 이들에 대한 담보확보를 통하여 회수가능하다고

판단되는 xxx원 상당은 대손금에 해당하지 않는다.

나. 판단

1) 관련 규정 및 판단 기준

가) 구 법인세법 제19조의2 제1항, 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제12호

가목에서, ⁠‘대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권’에 해당하여 대손금으로

인정되는 채권 중 하나로 ⁠‘금융회사 등의 채권 중 dddd이 기획재정부장관과 협의하여

정한 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 dddd으로부터 대손금으로 승인받은 것’을

들고 있음은 앞서 본 바와 같고, 대손인정세칙 제3조 제1항은 ⁠“금융감독원장은

금융기관 채권이 은행업감독규정 제27조 제1항에 따라 ⁠‘추정손실’로 분류된 경우

대손인정을 할 수 있다”라고, 제4조 제1항은 ⁠“금융기관은 금융기관 채권이

은행업감독규정 등의 규정에 따라 ⁠‘추정손실’로 분류된 때에는 조속한 시일 내에

상각처리함으로써 금융기관의 건전성을 제고하여야 한다”라고 각 규정한다. 구

은행업감독규정(2012. 6. 26. 금융위원회고시 제2012-12호로 개정되기 전의 것, 이하

‘은행업감독규정’이라 한다) 제27조는, 은행은 차주의 채무상환능력과 금융거래내용

등을 감안하여 보유자산 등의 건전성을 ⁠‘정상’, ⁠‘요주의’, ⁠‘고정’, ⁠‘회수의문’, ⁠‘추정손실’의

5단계로 분류하되, ’자산건전성 분류기준‘을 반영하여 ’자산건전성

분류기준‘을 설정하고, 그 분류 결과를 dddd에게 보고하며, 위 기준이 부적정할 경우

dddd이 그 시정을 요구할 수 있도록 규정한다. 위 ’자산건전성 분류기준‘은

제1의 마.항에서 '추정손실’ 자산을 ⁠“경영내용, 재무상태 및 미래현금흐름 등을 감안할

때 채무상환능력의 심각한 악화로 회수불능이 확실하여 손실처리가 불가피한 것으로

판단되는 거래처(추정손실거래처)에 대한 자산 중 회수예상가액 초과부분”으로

정의하고, 제6의 나.항에서 회수예상가액은 담보물 처분시 실제 회수가능한 공정가치를

기준으로 산정하고, 담보물 처분에 부대되는 비용을 차감하되, 개별 은행이 담보물의

적정한 회수예상가액을 산정하기 위한 기준을 설정․운영하도록 규정하고 있다.

나) ① 구 법인세법 제19조의2 제1항 및 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제12호

가목에 의하면, 대손인정세칙에 따라 dddd으로부터 대손승인을 받은 채권은 바로

손금의 대상이 되는 ⁠‘대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권’임이 문언상

분명한바, 대손인정세칙에 따라 dddd으로부터 대손승인을 받았음에도 그 채권이

손금으로 산입되려면 다시 회수가능성을 확인하여야만 ⁠‘회수할 수없는 채권’에

해당한다고 해석하기는 어려운 점, ② dddd의 대손승인 여부의 기준이 되는

대손인정세칙은, 개별 금융기관으로 하여금 은행업감독규정  ⁠‘자산건전성

분류기준’을 반영한 ⁠‘추정손실’ 자산 및 그 자산 중 회수예상가액 산정 기준에 따라

추정손실로 분류된 채권을 조속한 시일 내에 상각처리함으로써 금융기관의 건정성을

제고하도록 하고(제4조 제1항), 은행업감독규정은 그 기준의 적정성을 담보하기

위하여 개별 금융기관에게 이를 금융감독원에 보고할 의무를 부과하는 한편, 금융감독

원장이 개별 금융기관의 자산건정성 분류 및 회수예상가액 산정의 적정성 등을 검사하 고 시정을 요구할 수 있도록 규정하고 있는바, 위 규정들에 비추어 보면, 금융기관이

대손인정세칙, 은행업감독규정에 따른 기준에 의하여 상각처리 채권 및 채권액을 산정

하고 dddd으로부터 대손승인을 받았다면, 그 적정성 여부가 금융감독원의

사전적․사후적 감독을 통하여 확보된 것으로 보아, 이를 일응 유효한 대손금으로

봄이 합당한 점, ③ 은행업감독규정은 금융기관에게 추정손실로 분류된 채권의 조속한

상각을 통해 재정건전성을 확보할 의무를 부과하고 있는바, dddd의 대손승인이

있음에도 과세관청의 판단에 따라 위 대손승인을 부정할 수 있게 할 경우, 재정건전성

확보라는 위 관련규정의 입법취지를 충실히 살리기 어려울 것으로 보이는 점, ④ 기획

재정부 또한 ⁠‘dddd으로부터 대손금으로 승인받은 채권에 대하여는 법인세법상

대손금으로서의 요건을 갖추었는지 여부에 관한 과세관청의 별도 판단에도 불구하고

법인세법 제19조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 제12호 가목에 따라

해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 것이다’는 입장을 보이고 있 는 점(기획재정부 법인세제과-912, 2016. 9. 7.), ⑤ dddd의 대손승인을 받아

사업연도 말 확정된 결산 재무제표에 반영된 손금 중 일부가 그 후 회수되었다면 이를

회수된 사업연도의 익금에 산입할 수 있으므로 대손승인 당시 회수가능성이 명백히

예견되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 개별 금융기관의 조세부담이 부당하게

달라진다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 개별 금융기관이 기존에 설정해 둔

‘추정손실’ 자산 및 그 자산 중 회수예상가액 산정 기준에 따라 dddd으로부터

대손승인을 받았다면, 개별 금융기관의 위 기준이 현저히 부당하다는 등의 특별한

사정이 없는 이상, 대손금으로서 손금산입의 대상이 된다고 봄이 합당하다.

2) 구체적 판단

가) 이 사건 ee 관련 상각액이 원고의 여신업무지침에 부합하는지 여부

(1) 인정사실

갑 제37 내지 39호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이

인정된다.

(가) 원고가 대손인정세칙, 은행업감독규정에 따라 제정한 여신업무지침 제902조

제1항은 ⁠“고정이하 분류 담보물에 대한 회수예상가액 산정은 담보물 처분 시 실제

회수가능한 공정가치를 기준으로 산정하고, 담보물 처분에 부대되는 비용은 빼야 하며,

담보종류별 회수예상가액 산정기준은 과 같다‘고 규정하고, 에서는

주식의 경우 ⁠‘대용가격의 90%(단, 대용가격이 공시되지 않는 종목의 경우 시가의

50%)’를 회수예상가액으로 정하면서, ⁠‘대용가격이 공시되지 않는 종목의 시가’는

‘당해회사 B/S(대차대조표)상 ⁠(자산 - 부채) / 발생주식 수’로 산정하도록 규정하고

있다.

(나) 원고는 이 사건 대출채권과 관련하여 아래 그림과 같은 지배구조 하에서 이 사건

대출채권의 채무자인 ee의 주식(비상장), nnnn의 주식(비상장), oooo의 주식(비상장)은

각 담보로 확보하였으나, pppp의 주식과 pppp이 투자한 ff빌딩에 대하여는 담보권을

확보하지 못하였고 pppp의 주식은 rrrr에 담보로 제공되어 있었다.

(다) ee, nnnn, oooo는 모두 특수목적법인으로서 영업활동이 없었고 그 주식의

대용가격이 공시되지 않았으며, ff빌딩만이 유일하게 담보가치가 있는 재산이었다.

2010. 12. 31. 기준으로 ee, nnnn, oooo는 순자산(자산 - 부채)이 0보다 작은

완전자본잠식 상태에 있었다.

(라) 원고가 2011. 3.경 이 사건 대출채권 중 xxx억 원 가량을 상환받을 수 있을

것으로 예상한 데에는 원고가 ee 대표이사이자 1인 주주인 sss의 협조 하에 이

사건 건물을 순조롭게 적정 가격에 매각하고 pppp의 채무가 과도하지 않으리라는

기대가 전제되어 있었는데, 2011. 7. 이후 ee이 이자조차 변제하지 않고, 2011. 9.경

중국 동성구 정부의 거부로 원고의 pppp 임원 변경등기가 무산되었으며, pppp의

채무가 당초 예상보다 2배 가까이 더 많은 것으로 파악되는 등 예상회수액의 전제가

되는 조건들이 성취되지 못하게 되었다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 대출채권의 담보물인 ee, nnnn, oooo의 각

비상장주식의 담보가치는 위 각 회사가 완전자본잠식 상태에 있는 이상 존재하지

않는다. 따라서 원고가 이 사건 대출채권 중 이 사건 ee 관련 상각액 전부를

대손상각한 것은 대손인정세칙, 은행업감독규정 및 원고의 여신업무지침 기준에 ]

부합하고, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고의 여신업무지침에 규정된 방식이

현저히 부당하다고 보기 어렵다.

나) 피고가 산정한 손금불산입 액수에 대한 판단

(1) 피고는 아래와 같은 ff빌딩 감정가액 및 회수예상가액 계산을 근거로 이 사건 ee

관련 상각액 중 xxx원은 회수불가능한 채권으로 볼 수 없다고 주장한다.

※ pppp의 자산은 ff빌당 감정가액 평균을 반영한 금액이며, oooo의 자산은 pppp의

순자산을 반영한 금액임.

(2) 손금불산입 여부 및 액수에 대하여 원칙적으로 그 입증책임이 과세관청인

피고에게 있다고 할 것인데, ① 앞서 본 바와 같이 원고는 pppp에 대한 주식과,

pppp이 투자한 ff빌딩에 대하여는 담보물을 확보하지 못한 점, ② 피고는 pppp의

순자산이 oooo의 순자산과 동일하다고 보아 oooo의 순자산을 계산한 후 이를 토대로

회수예상가액이 xxx원으로 산정된다는 취지로 주장하나, pppp의 순자산을 oooo의

자산으로 보는 것은 원고의 여신업무지침에 위배되고, pppp의 자산 또한 ff빌딩의

2007. 11. 및 2009. 9.을 기준으로 한 감정가여서 2011. 12.을 기준으로도 ff빌딩이 동일한 감정가를 유지하고 있는지 알 수도 없는 점, ③ ff빌딩을 매각하더라도

중국현지에서 부과되는 조세액이나 pppp의 채무액 등 원고에게 변제되기 전

매각대금에서 우선 상환될 것으로 예상되는 금액이 상당해 보이는 점 등에 비추어

보면, 이 사건 ee 관련 상각액이 상각처리된 2011. 12. 23.을 기준으로 이 사건 ee 관련

상각액 중 xxx원은 회수가 가능한 채권이었다는 점이 증명되었다고 보기도 어렵다.

3) 소결론

따라서 이 사건 ee 관련 상각액 중 xxx원 부분은 대손금에 해당하여 손금에

산입되어야 한다(그 경우의 정당세액의 계산 근거는 ⁠[별지4]와 같다).

5. 결 론 이 사건 소 중 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한, 2011 사업연도 법인세 본세

xxx원의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분에서 xxx원의 취소를 구하는 부분,

가산세 xxx원의 부과처분 중 xxx원의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를

각하하고, 원고의 나머지 청구 중 쟁점2 관련 부분은 이유 있어 인용하며, 쟁점1 관련

부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 08. 02. 선고 서울행정법원 2017구합62297 판결 | 국세법령정보시스템