요지

이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호가 규정하는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호의 비사업용 토지에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 3. 13. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 1,736,737,460원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 토지 취득 경위 등

1) ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 임야 27,028㎡와 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 임야 16,132㎡는 종래 국유재산으로서 지역 주민의 공동묘지로 사용되어 왔는데, 김○○가 1999년경 위 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 마치었고, 2001년경까지 위 각 토지에 소재하는 약 700기의 분묘 중 약 150기의 분묘에 대하여 분묘개장 및 이장을 완료하였다.

2) 원고는 2001. 8. 15. 김○○ 사이에 아래와 같은 내용의 합의서를 작성하였다

3) 원고는 2001. 9. 7. 김○○로부터 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 임야 27,028㎡와 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 임야 16,132㎡, 면적 합계 43,160㎡(이하 ⁠‘이 사건 취득 토지’라 한다)를 매매대금 합계 1,300,000,000원에 매수하였고, 위각 토지에 관하여 2001. 9. 10. 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

나. 분묘 개장 및 이장 공사 진행 등

1) 원고는 2002. 4. 27. ○○광역시 ○○군수로부터 이 사건 취득 토지에 소재하는 분묘 중 47기에 관하여 분묘개장허가를 받았다.

2) 원고는 2002년경부터 2006년경까지 이 사건 취득 토지에 소재하는 525기의 분묘(= 유연고 분묘 412기 + 무연고 분묘 113기)에 관하여 분묘 개장 및 이장 공사를 진행하여 2006년 말경에는 분묘 개장 및 이장 공사를 완료하였다.

다. 원고의 야적장 설치를 위한 개발행위 허가

1) 원고는 ○○광역시 ○○군수로부터 2005. 12. 7. 이 사건 취득 토지 중 9,775㎡에 관하여 2005. 12. 15.부터 2006. 12. 14.까지를 공사기간으로, 야적장 설치(건축자재)를 위한 토지형질변경을 목적으로 하는 내용의 개발행위 허가를 받았고, 2005. 12. 15. ○○광역시 ○○군수에게 야적장 설치(건축자재)를 위한 토지형질변경공사에 관하여 공사 착공신고를 하였다.

2) 원고는 2007. 2. 6. ○○광역시 ○○군수로부터 위 공사기간을 2007. 6. 14.로 연장하는 내용의 개발행위 변경허가를 받았다.

라. 원고의 ○○에 대한 토지의 양도 경위 등

1) 원고는 2002. 5. 31.부터 2014. 8. 27.까지 이 사건 취득 토지를 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 임야 1,788㎡ 등 여러 개의 필지로 분할·합병하였고, 2014년 8월 경 그 토지의 지목을 임야에서 대지로 변경하였으며, 분할된 일부 토지 2,237㎡는 도로로 수용되었다.

2) 원고는 2014. 4. 18. 주식회사 ○○(이하 ⁠‘○○’이라 한다)에게 도로로 수용되고 남은 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 대 1,788㎡, 같은 리 ○○ 대 2,246㎡, 같은 리 ○○ 대11,926㎡ 각 토지, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 대 14,590㎡, 같은 리 ○○ 대754㎡, 같은 리○○ 대138㎡, 같은 리 ○○ 대 110㎡, 같은 리 ○○ 대 8,080㎡, 같은 리 ○○ 대 1,291㎡ 각 토지 등 총 9필지, 면적 합계 40,923㎡(이하 ⁠‘이 사건 양도 토지’라 한다)의 토지를 매매대금 합계 22,280,000,000원에 매도하였고, 부동산 매매계약서의 특약사항 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.

3) 이 사건 양도 토지에 관하여 ○○ 명의로 2014. 8. 29. 소유권이전 등기가 마쳐졌다.

마. 이 사건 토지에 관한 건축허가 및 건축 경위 등

1) A동 건물

가) 원고는 2005. 12. 28. ○○광역시 ○○군수로부터 허가번호○○ 신축허가 제○○호로 이 사건 취득 토지에 대지 면적 9,762㎡, 건축면적(연면적) 392㎡, 1종 근린생활시설(소매점) 용도, 경량철골조 구조의 지상 1층 1동 건물(A동)에 관한 신축허가를 받았고, 2005. 12. 29. ○○광역시 ○○군수에게 착공신고서를 제출하였으며, 2007. 2. 5. 05 신축허가 제○○호로 건축물 위치, 석축 등 형질변경, 진입도로 선형, 부설주차장 등 건축허가의 내용이 일부 변경되었으며, 위 A동 건물의 착공신고서가 2009. 2. 20. ○○광역시 ○○군수에게 다시 제출되었다.

나) 원고는 2014. 7. 25. ○○광역시 ○○군수에게 위 A동 건물의 대지 위치를 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 1필지(○○면 ○○리 ○○ 토지)로, 대지면적을 9,928㎡로, 건축면적(연면적)을 66㎡로 각 변경하는 내용의 건축변경사항을 신고하였다.

다) 이에 따라 원고는 2014년경 위 A동 건물의 신축 공사를 진행하여, 2014. 8. 21. 위 A동 건물의 사용승인을 받아, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 1필지 지상 경량철골구조 기타지붕 단층 1종근린생활시설 66㎡(에이1)에 관하여 2014. 8. 25. 원고 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌다.

2) B동 건물

가) 원고는 2005. 12. 28. ○○광역시 ○○군수로부터 허가번호 ○○ 신축허가 제○○호로 이 사건 취득 토지에 대지면적 9,334㎡, 건축면적(연면적) 392㎡, 1종 근린생활시설(소매점) 용도, 경량철골조 구조의 지상 1층 1동 건물(B동)에 관한 신축허가를 받았고, 2005. 12. 29. ○○광역시 ○○군수에게 착공신고서를 제출하였으며, 2007. 2. 1. ○○광역시 ○○군수로부터 대지 형상변경으로 인한 개발행위 변경허가를 받아 대지 면적이 9,279㎡로 변경되었으며, 2007. 7. 2. 건축주가 원고에서 주식회사 ○○으로 변경되었고, 위 B동 건물의 착공신고서가 2009. 2. 20. ○○광역시 ○○군수에게 다시 제출되었으며, 2014. 7. 16. 건축주가 주식회사 ○○에서 원고로 다시 변경되었다.

나) 원고는 2014. 7. 25. ○○광역시 ○○군수에게 위 B동 건물의 대지위치를 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 3필지(○○읍 ○○리 ○○ 토지, ○○면 ○○리 ○○ 토지, ○○면 ○○리 ○○ 토지), 대지 면적을 8,904㎡, 건축면적을 66㎡로 각 변경하는 내용의 건축변경사항을 신고하였다.

다) 이에 따라 원고는 2014년경 위 B동 건물의 신축 공사를 진행하여, 2014. 8. 21. 위 B동 건물에 관하여 사용승인을 받아, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 3필지 지상 경량철골구조 기타지붕 단층 1종근린생활시설 66㎡(비1)에 관하여 2014. 8. 25. 원고 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌다.

3) C동 건물

가) 원고는 2005. 12. 28. ○○광역시 ○○군수로부터 허가번호 ○○ 신축허가 제○○호로 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 토지에 대지면적 8,671㎡, 건축면적(연면적) 392㎡, 1종 근린생활시설 용도, 경량철골조 구조의 지상 1층 1동 건물(C동)에 관한 신축허가를 받았고, 2005. 12. 29. ○○광역시 ○○군수에게 착공신고서를 제출하였으며, 2007. 5. 18. ○○광역시 ○○군수로부터 대지 형상변경으로 인한 개발행위 변경허가를 받았고, 2007. 5. 28. 건축주가 원고에서 주식회사 ○○으로 변경되었으며,위 C동 건물의 착공신고서가 2009. 2. 20. ○○광역시 ○○군수에게 다시 제출되었고, 위 C동 건물의 건축주가 2014. 7. 16. 주식회사 ○○에서 원고로 다시 변경되었다.

나) 원고는 2014. 7. 25. ○○광역시 ○○군수에게 위 C동 건물의 대지 위치를 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지로, 건축면적(연면적)을 66㎡로 각 변경하는 건축변경사항을 신고하였다.

다) 이에 따라 원고는 2014년경 위 C동 건물의 신축 공사를 진행하여, 2014. 8. 21. 위 C동 건물의 사용승인을 받아, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 지상 경량철골구조 기타지붕 단층 1종근린생활시설 66㎡(시1)에 관하여 2014. 8. 25. 원고명의의 소유권보존등기가 마쳐졌다.

4) D동 건물

가) 원고는 2007. 6. 7. ○○광역시 ○○군수로부터 허가번호 ○○ 신축허가 제○○호로 이 사건 취득 토지에 대지면적 8,694㎡, 건축면적(연면적) 396㎡, 1종 근린생활시설(소매점) 용도, 일반철골조 구조의 지상 1층 1동 건물(D동)에 관한 신축허가를 받았고, 2009. 2. 20. 위 D동 건물의 착공신고서가 ○○광역시 ○○군수에게 제출되었다.

나) 원고는 2014. 7. 25. ○○광역시 ○○군수에게 위 D동 건물의 대지위치를 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 3필지(○○읍 ○○리 ○○, ○○면 ○○리 ○○)로, 대지 면적을 9,296㎡로, 건축면적(연면적)을 18㎡으로, 용도를 단독주택으로, 구조를 경량철골구조로 각 변경하는 건축변경사항을 신고하였다.

다) 이에 따라 원고는 2014년경 위 D동 건물의 신축 공사를 진행하여, 2014. 8. 21. 위 D동 건물의 사용승인을 받아, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 2필지 지상 경량철골구조 기타지붕 단층 단독주택 18㎡(디1)에 관하여 2014. 8. 25. 원고 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌다(이하 위 A동 내지 D동 건물을 '이 사건 각 건물‘이라 한다).

5) E동 건물

가) 원고는 2014. 7. 28. ○○광역시 ○○군수로부터 ○○ 신축허가 제○○호로 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 2필지(○○읍 ○○리 ○○, ○○면 ○○리 ○○)에 대지면적 3,110㎡, 건축면적(연면적) 18㎡, 단독주택 경량철골조 건물(E동)에 관한 신축허가를 받았다.

나) 이에 따라 원고는 2014년경 위 E동 건물의 신축 공사를 진행하여, 2014. 8. 21. 위 E동 건물의 사용승인을 받아, ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 2필지 지상 경량철골구조 기타지붕 단층 단독주택 18㎡(이)에 관하여 2014. 8. 25. 원고명의의 소유권보존등기가 마쳐졌다.

6) 이 사건 각 건물 및 E동 건물에 관한 공사도급계약의 내용 등

가) 원고는 2014. 4. 5. 주식회사 ○○과 사이에 공사대금을 392,700,000원을 정하여 수급인인 주식회사 ○○이 이 사건 각 건물 및 E동 건물을 신축하는 내용의 공사도급계약을 체결하였고, 위 계약서에 착공일은 2014. 6. 1.로, 준공예정일은 2014. 8. 11.로 되어 있다.

나) 위 공사도급계약서에 첨부된 원가계산서에는 재료비, 노무비, 경비 등의 공사비의 산정 내역이 기재되어 있고, 내역서에는 5개 부지의 토목공사에 관하여 부지정지, 배수로, 오수관 비용 등 구체적인 비용 산정 내역이 기재되어 있다.

7) 이 사건 각 건물 및 E동 건물의 멸실 이 사건 각 건물 및 E동 건물은 2014. 9. 18. 각 철거되어 멸실되었고, 2014. 9. 25. 위 멸실을 이유로 이 사건 각 건물 및 E동 건물의 등기부가 폐쇄되었다.

바. 원고의 양도소득세 신고 및 납부, 필요경비 인정 경위 등

1) 원고는 2014. 10. 31. ○○세무서장에게 이 사건 양도 토지의 양도와 관련하여 양도가액 22,280,000,000원, 취득가액 1,311,148,800원, 필요경비 9,613,668,135원, 장기보유특별공제 3,411,442,474원으로 하여 2014년 귀속 양도소득세 2,998,271,420원을 신고하고, 이를 납부하였다.

2) ○○세무서장은 2015. 5. 27.부터 2015. 6. 15.까지 이 사건 양도 토지의 양도와 관련하여 원고가 신고 납부한 양도소득세에 대하여 실지조사를 실시하였는데, 원고가 당초 신고한 필요경비 9,613,668,135원 중 유연고분묘지 이장 및 개장 보상비 1,093,700,000원과 유류대 및 잡비 96,224,000원 등 합계 1,189,924,000원 부분을 필요경비로 인정하지 않기로 하여 2015. 8. 21. 원고에게 양도소득세 357,903,630원을 추가 경정· 고지하였다.

3) 원고는 이에 불복하여 2015. 11. 16. 조세심판원에 행정심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2016. 5. 12. 원고의 청구를 받아들여 위 양도소득세 357,903,630원

의 부과처분은 원고가 유연고분묘지 이장 및 개장 보상비로 지급한 1,093,700,000원을 필요경비에 산입하는 것으로 그 과세표준 및 세액을 경정하였고, 이에 따라 필요경비 9,317,444,135원, 장기보유특별공제 3,495,422,116원, 총 결정세액 3,078,924,280원으로 경정되었다.

사. 이 사건 처분의 경위

1) ○○지방국세청장은 대상기간을 2015. 8. 1.부터 2017. 5. 31.까지로 정하여 2017년 정기감사를 실시하여, 2017. 10.경 ○○세무서장에게 ① 2009년경 촬영된 항공사진에 일부 토지에서 골재채취가 확인되나 대부분 나대지로 확인되고, 이후에도 대부분의 토지가 나대지 상태임이 확인되며, ② 이 사건 양도 토지에 관하여 2001년부터 2014년까지 종합합산과세가 되었고, ③ 이 사건 양도 토지 지상에 5동의 소규모 건물이 있으나 양도 토지 전체 면적 40,923㎡ 중 건물 정착 면적의 배율초과분이 39,357㎡에 달한다는 이유로, 이 사건 양도 토지 중 도로를 제외한 나머지 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 내용의 감사 지적 사항을 통보하였다.

2) ○○세무서장은 2017. 10.경 원고에게 이 사건 양도 토지 중 일부 토지가 비사업용 토지로 확인되어 장기보유특별공제를 부인하고 양도소득세를 경정하여 고지할 예정이라는 내용의 감사결과 과세예고 통지를 하였다.

3) 피고는 위와 같은 감사 지적사항을 바탕으로 이 사건 양도 토지 중 아래 표 순번 1, 3, 4, 8, 9번 기재 각 토지(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)가 사업에 사용한 기간 요건을 충족하지 못하여 비사업용 토지에 해당하는 것으로 판단하고, 이 사건 토지에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2018. 3. 13. 2014년 귀속 양도소득세를 3,078,924,280원에서 4,815,661,744원으로 증액 경정하고, 차감고지세액 1,736,737,460원(= 본세 1,193,594,631원 + 일반과소신고 가산세 118,819,943원 + 납부불성실 가산세 424,322,890원, 10원 미만 버림)을 원고에게 추가로 고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 행정심판 청구 등

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 2. 26. 과세전적부심사청구를 거쳐 2018. 6. 5. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2018. 12. 14. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제5호증, 갑 제20호증, 갑 제40호증 내지 갑 제43호증, 갑 제61호증, 갑 제62호증, 갑 제64호증, 갑 제66호증, 을 제1호증 내지 을 제4호증, 을 제6호증 내지 을 제14호증, 을 제17호증의 각 기재(가지 번호 있는 것은 가지 번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장에 대한 판단

가. 원고의 주장

1) 장기보유특별공제 적용을 배제한 이 사건 처분의 위법성

가) 이 사건 토지는 공부상 지목과 현황이 ⁠‘임야’이고, 소유자인 원고가 이 사건 토지 소재지에 거주하였으므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 나.목에 따라 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

나) 원고는 2001년경 이 사건 토지를 김○○로부터 매수하여 이 사건 토지에서 분묘 개장 및 이장 공사를 진행하였고, 2005년경 ○○광역시 ○○군수에게 착공신고서를 제출하여 ○○ ○○ ○○ 등에 사용하기 위하여 야적장 설치(건축자재), 토사석 반출을 하였으며, 2009년경부터 평탄화 작업, 기반시설 공사, 개발 행위 등을 진행하는 등 이 사건 토지를 사업용 토지로 사용하기 위하여 건설에 착공하여 공사를 계속하여 진행하여 왔다. 따라서 이 사건 토지는 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호 ⁠‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에 해당하므로, 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

다) 그럼에도 피고는 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아서 이 사건 토지에 대하여 장기보유특별공제 적용을 배제하여 양도소득세를 추가로 부과한 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 처분 중 가산세 부과 처분의 위법성

가) 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당된다고 하더라도, ○○세무서장은 당초 이 사건 토지를 사업용 토지로 인정하여 장기보유특별공제를 적용하였는데, 피고는 ○○세무서장의 당초 부과처분과는 달리 이 사건 토지를 다시 비사업용 토지라고보아 이 사건 처분을 하였다.

나) 따라서 이 사건 처분은 세무행정의 신뢰보호에 어긋나고, 비사업용 토지 여부에 관하여 세무공무원의 해석도 엇갈리고 있으므로, 법률전문가가 아닌 원고로서는 양도소득세 신고나 의무해태에 대한 비난가능성이 없다고 할 것이므로, 원고가 양도소득세를 신고·납부하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중

적어도 가산세 부과 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관한 판단

가) 이 사건 토지의 임야 해당 여부

(1) 관련 조문

(가) 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제104조의3 제1항 제2호는 대통령령으로 정하는 기간 동안 임야에 해당하는 토지를 비사업용 토지로 보되, 다만 그 단서 나.목에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야를 비사업용 토지에서 제외하고 있다. 반면 같은 조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 기간 동안 농지, 임야 및 목장용지

외의 토지를 비사업용 토지로 보되, 토지 소재지에 거주하는 자가 소유한 토지를 비사업용 토지에서 제외하는 규정을 따로 두고 있지 않다.

(나) 구 소득세법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의7은 ⁠‘법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지· 임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.’라고 규정하고 있다.

(다) 한편, 구 측량·수로조사 및 지적에 관한 법률(2009. 6. 9. 법률 제 9774호로 제정되어, 2014. 6. 3. 법률 제12738호로 그 제명이 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률로 개정된 것) 제67조, 구 지적법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 폐지되기 전의 것) 제5조에 의하면, 지목의 구분 및 설정방법에 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령에 위임하고, 구 측량·수로조사 및 지적에 관한 법률 시행령(2009. 12. 14. 대통령령 제21881호로 제정되어, 2015. 6. 1. 대통령령 제26302호로 그 제명이 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령으로 개정된 것) 제58조 제5호, 구 지적법 시행령(2009. 12. 14. 대통령령 제21881호로 폐지되기 전의 것) 제5조 제5호에 의하면, ⁠‘임야’란 산림 및 원야(原野)를 이루고 있는 수림지(樹林地)ㆍ죽림지ㆍ암석지ㆍ자갈땅ㆍ모래땅ㆍ습지ㆍ황무지 등의 토지를 말한다.

(2) 구체적 판단

(가) 원고는 이 사건 토지가 임야에 해당하여 구 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서 나.목에 따라 이 사건 토지를 비사업용 토지의 범위에서 제외되어야한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 이 사건 토지가 임야에 해당하지 아니하여 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호에 따라 이 사건 토지를 비사업용 토지의 범위에 포함하여야 한다고 주장하므로, 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항의 규정의적용에 있어서 ⁠‘임야’인지 여부에 관하여 먼저 살펴본다.

(나) 앞서 본 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 앞에서 본 사실, 을 제5호증 내지 을 제8호증, 을 제15호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정, 즉 ① 이 사건 토지의 전 소유자인 김○○는 이 사건 토지에 있는 분묘의 개장 및 이장 등을 위한 공사를 진행하여 왔던 점, ② 원고는 2001년경 이 사건 토지를 취득한 이후 이 사건 토지에 소재하는 약 700기의 분묘 중 김○○가 이장을 완료한 150기를 제외한 나머지 525기의 분묘에 대하여 개장 및 이장 등 공사를 진행하여 2006년 말경 이를 완료하였던 점, ③ 2000. 12. 28.자, 2001. 11. 12.자, 2002. 11. 28.자 각 항공사진에 의하면, 이 사건 토지에 소재한 분묘가 2000년 경부터 2002년경까지 그대로 존재하고 있는 점, ④ 2003. 5. 26.자, 2004. 4. 26.자, 2005. 5. 26.자, 2005. 12. 7.자, 2006. 5. 26.자, 2006. 12. 3.자 각 항공사진에 의하면, 2003년경부터 이 사건 토지에 소재한 분묘가 이전되기 시작하여 2006년 말경에는 대부분의 분묘에 대한 이장이 완료되었던 점, ⑤ 2007경부터 2014년까지의 항공사진에 의하면, 2007년경 이래 계속하여 이 사건 토지가 나대지 상태임이 확인되는 점, ⑥ 2010년경부터 2014년경까지 촬영된 도로 사진에서도 이 사건 토지가 나대지 상태임이 확인되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지의 사실상의 현황은 원고가 이 사건 토지를 취득한 2001. 9. 10.부터 분묘이장이 완료된 2006년 말경까지는 묘지로, 그 이후부터 2014년경까지는 나대지로 봄이 상당하다.

(다) 따라서 이 사건 토지는 그 사실상의 현황이 임야에 해당하지 않으므로 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호의 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 해당하여 비사업용 토지의 범위에 포함되고, 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후 인근 소재지에 거주하고 있었는지 여부와 상관없이 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의 3 제1항 제2호 단서 나.목에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

나) 이 사건 토지에서 사업용으로 건설에 착공하였는지 여부

(1) 관련 법리

(가) 구 소득세법 제95조는 양도소득금액을 양도가액에서 필요경비와 장기보유특별공제액을 공제하여 계산하되(제1항), 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 경우에는 장기보유특별공제액을 공제하지 않도록 규정하고 있다(제2항). 한편 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 가.목 및 나.목, 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의6제1호 가.목, 나.목, 다.목은, ⁠‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’의 경우 그 소유기간이 5년 이상인 때에는 ⁠‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’, ⁠‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’ 및 ⁠‘토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 동안 ⁠‘지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지’, ⁠‘지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리 과세대상이 되는 토지’를 제외한 토지는 비사업용 토지에 해당하고, 그 토지의 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 위와 같은 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호는 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용 상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령이 정하는 기간 동안 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 하였고, 다시 그 위임을 받은 구 소득세법 시행규칙(2014. 11. 19. 기획재정부령 제444호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 동안을 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 규정하고 있다.

(다) 사회통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ⁠“착공”하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ⁠“착공”하였다고 볼 수 있다 할 것이므로(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두2723 판결, 대법원 1997. 9. 9. 선고 96누15558 판결 등 참조), 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호에서 말하는 건설에 ⁠“착공”은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함한 건설공사가 시작된 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다.

(라) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히조세감면요건에 대하여는 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하고(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조), 일반적으로 세금부과처분취소소송에있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

(가) 이 사건 각 건물의 착공 여부 및 착공일자

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 앞에서 본 사실,갑 제6호증, 갑 제20호증, 을 제4호증, 을 제5호증, 을 제15호증, 을 제19호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 토지 위에 이 사건 각 건물을 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다고 볼 수 없고, 설령 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다고 하더라도 원고는 2014. 6. 1.에 이르러 비로소 이 사건 각 건물의 건축에 착공한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 원고가 2005년경 사업용으로 사용하기 위하여 이 사건 토지에서 건설에 착공하였다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

① 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는데 그 입법 목적이 있다. 그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는것은 불합리하므로, 불가피한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두28950판결 참조). 즉 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 입법취지는 토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 이용하는 것을 방지하기 위함에 있으므로, 어느 토지를 취득하여 이를 재산증식의 수단이 아닌 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우라면 ’생산적인 용도로 사용되고 있는 경우‘에 해당하는 것으로 보아 비사업용의 예외로 인정하는 것이다.

② 위와 같은 입법 취지와 조문의 내용 등을 고려하면, 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 착공의 의미는 단순한 재산증식의 수단을 넘어서 사업상의 목적 등 생산적인 용도로 사용하기 위한 정도의 공사에 이르렀을 때 비로소 착공에 이른 것으로 보아야 하고, 적어도 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착공한 것으로 볼 것이다. 이와 달리 토지의 가치 증대를 위한 건설의 착공이나 건축물과 관련이 없는 공사 등의 착공은 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 착공에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다.

③ 원고가 2014. 4. 18. 이 사건 토지를 ○○에게 매도하면서 작성한 매매계약서의 특약사항(제12조)에 매도인인 원고의 의무로서 ⁠‘건축허가의 취득, 건축허가의 취득에 따른 건물 또는 구조물의 준공 및 사용승인, ○○이 필요하지 아니하다고 지적하는 본 토지 위에 소재하는 모든 건물 또는 구조물의 제거 또는 철거‘가 포함되어 있다. 실제로 위 매매계약 체결 이후 이 사건 각 건물 중 A, B,C동은 2014. 7. 25. 건축면적이 각 392㎡에서 각 66㎡로, D동은 396㎡에서 18㎡로 대폭 감소되었고, 이 사건 각 건물에 관하여 2014. 8. 21. 사용승인을 받았는데, 곧바로 이 사건 각 건물은 2014. 9. 18. 철거로 멸실되었다. 위와 같은 매매계약서의 특약사항의 내용과 이 사건 각 건물의 건축, 철거 경위 등을 종합하면, 원고는 이 사건 토지 위에 이 사건 각 건물을 신축한 후에 이를 곧 철거할 것을 전제로 ○○에게 이 사건 토지를 매도하였고, 원고가 이 사건 각 건물을 그 사업상의 용도인 근린생활시설(소매점)로 사용할 목적으로 건축한 것이 아니다. 따라서 이 사건 각 건물은 그 사업상의 본래의 용도로 건축된 건물이 아니어서 원고가 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 건설에 착공한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

④ 설령 원고가 이 사건 각 건물을 사업용으로 건축하였다고 가정하더라도, 2009년경부터 2014년경까지 항공사진에 의하면, 이 사건 토지는 나대지상태로서 2014년경 이전에 이 사건 토지에서 이 사건 각 건물을 신축하기 위하여 굴착공사나 터파기 공사 등이 진행된 것으로 볼 만한 모습은 확인할 수 없다.

⑤ 또한 이 사건 각 건물 중 A, B, C동 건물은 약 66.11㎡(20평),위 D동 건물은 약 17.8㎡(5.4평)의 소규모의 경량철골구조물 건물에 해당하는바, 위 각 건물에 관하여 원고는 2005년경 건축허가를 받아 2014. 8. 21. 사용승인을 받았다. 통상 경량철골구조 건물의 신축기간이 비교적 단기인 점에 비추어, 원고가 이 사건 각 건물에 관하여 건축허가를 받은 이래 약 9년 동안 이 사건 각 건물의 공사를 진행하였다는 것은 경험칙에 어긋나므로 쉽사리 수긍하기 어렵다.

⑥ 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나.목은 지방세법상 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세 대상이 되는 토지의 경우 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있는데, 이 사건 토지는 사업용 토지에 해당하지 않음을 전제로 2001년부터 2014년까지 종합합산과세 대상으로 재산세가 부과되기도 하였다.

⑦ 이에 반하여 원고는 2005년경부터 이 사건 토지에서 공사에 착공하였다고 주장하면서도 이 사건 토지에서 건물을 신축하기 위하여 공사업자와 체결한 도급공사계약서나 공사대금을 실제로 지급하였다는 금융거래내역 등 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다(원고가 제출한 계약서, 투자의향서, 건축도면, 현황 및 계획평면도, 전체·최종부지레벨선, 토공량산출서 등은 토지의 가치 증대를 위한 건설 또는 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위와 관련된 자료에 불과하고, 원고가

건물 신축을 위한 실질적인 공사를 진행하였다는 근거 자료로는 볼 수 없다).

⑧ 원고는 이 사건 토지에서 야적장 설치(건축자재)를 위한 형질변경, 토지 평탄화 작업과 개발행위 등을 한 것으로 보이기는 하나, 이러한 공사는 이 사건 토지 자체의 가치를 증대하기 위한 공사이거나 건축물의 건축과 직접 관련이 없는 공사에 불과하고, 원고가 이 사건 토지에 사업용으로 사용하기 위한 건축물을 건설하기 위한 공사를 진행한 것으로 보기는 어렵다.

⑨ 원고는 2005년경 이 사건 각 건물에 관한 착공신고서를 제출하여 ○○광역시 ○○군수가 이를 수리하였으므로 2005년경 이 사건 각 건물을 착공한 것이라고 주장하나, 착공신고서 제출 등 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위만으로 건물의 신축에 착공한 것으로 볼 수 없고, 적어도 건물 신축을 위한 실질적인공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착공한 것으로 보아야 하므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑩ 오히려, 2014년경까지의 항공사진에 이 사건 토지에 이 사건 각 건물을 신축하기 위하여 굴착공사나 터파기 공사 등이 진행된 것으로 볼 만한 모습은 확인할 수 없는 점, 원고가 제출한 이 사건 각 건물에 관한 도급계약서에 의하면, 원고는 2014. 4. 5. 주식회사 ○○과 사이에 이 사건 각 건물에 관한 도급계약을 체결하면서 토목공사와 관련한 구체적인 원가계산서와 내역서를 작성하였던 점, 위 공사도급계약서에 착공일이 2014. 6. 1.로 준공예정일이 2014. 8. 11.로 기재되어 있는 점 등에 비추어, 이 사건 각 건물의 착공일은 2014. 6. 1.로 봄이 타당하다.

⑪ 결국, 원고가 2005년경 이 사건 토지 위에 건물의 건축에 착공하였다고 가정하더라도, 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호에 의하면, 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 포함)만을 비사업용 토지의 산정기간에서 제외하는 것인데, 원고가 2005년경 이후에 이 사건 토지에서 사업용으로 사용하기 위하여 실제로 건설을 진행하였다거나 천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단하였음을 인정할 자료도 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이러한 점에서도 역시 받아들이기 어렵다.

(나) 비사업용 토지의 기간기준 충족 여부

① 원고의 이 사건 토지의 소유기간이 5년을 초과하는 사실, 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호의 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로서 비사업용 토지의 범위에 포함되는 사실, 원고가 사업상의 용도로 이 사건 각 건물의 건축에 착공한 것이 아니고, 설령 사업상의 용도로 착공하였더라도 그 착공일은 2014. 6. 1.인 사실, 원고가 2014. 8. 29. 이 사건 토지를 ○○에게 양도한 사실은 앞서 살핀 바와 같다.

② 따라서 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호가 규정하는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간(이하 ⁠‘기준기간’이라 한다) 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호의 비사업용 토지에 해당하므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제 대상에서 제외함이 타당하다.

2) 두 번째 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

(1) 납세의무자가 자산양도차익예정신고시에 정당한 양도소득세액의 전부 또는 일부를 신고·납부하지 아니하고, 과세표준확정신고기한까지 그 정당한 세액에 대한 과세표준확정신고를 하지 아니한 경우, 과세표준확정신고기한 이후에 양도소득세 부과처분을 함에 있어서는 적어도 그 자진신고·납부한 세액을 초과하는 정당한 세액에 대하여는 소득세법상의 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 부과할 수 있다고 할 것이다(대법원 1995. 6. 30. 선고 94누14551 판결, 1997. 8. 29. 선고 96누18465 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나(대법원 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결, 대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조), 법령의 부지나 오해는 가산세 부과를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1991. 11. 26. 선고91누5341 판결, 대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두9370 판결 등 참조).

(3) 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결, 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 앞에서 본 사실에 변론전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정, 즉 ① 원고는 ○○세무서장이 당초 양도소득세를 경정하면서 이 사건 토지가 사업용 토지임을 인정하였는데 피고가 종전의 판단을 번복하여 비사업용 토지라고 주장하면서 다시 이 사건 처분을 하였으므로 피고가 신의성실의 원칙과 신뢰보호의 원칙 등을 위반한 것이라고 주장하나, ○○세무서장은 종전 경정처분에서는 원고의 행정심판청구에 따라 유연고분묘지 이장 및 개장 보상비로 지급한 1,093,700,000원을 필요경비에 산입한 것에 불과하고, 경정처분 과정에서 이 사건 토지가 비사업용 토지인지 여부는 쟁점이 되지 않았던 점, ② 과세관청은 구 소득세법 제80조 제4항에 따라 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우 신고·납부 세액을 초과하는 정당한 세액에 대하여 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 부과할 수 있는 것인바, 피고는 ○○지방국세청이 이 사건 토지가 비사업용 토지라는 감사 결과를 통보함에 따라 이 사건 토지에 관하여 장기보유특별공제 적용을 배제한 것인 점, ③ 설령, 원고가 관계 법령을 부지 또는 오인하여 이 사건 토지를 사업용 토지로 잘못 신고하고, 조사공무원이 원고의 신고 내용을 인정하였던 사정이 있더라도 그러한 사정만으로는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같 이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2019. 12. 20. 선고 부산지방법원 2019구합20892 판결 | 국세법령정보시스템