요지

귀속 명의와달리 실질적으로 지배 관리하는 자가 있는 경우 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배·관리하는 자가 납세의무자이나, 처분시 조세포탈의 적극적 목적이 확인될 경우 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결 중 피고 XXX세무서장에 대한 부분을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고 XXX세무서장이 2014. 3. 13. 원고에 대하여 한 별지 2.의 ㉮항 기재 각 부당초과환급신고가산세 부과처분 중 별지 2.의 ㉯항 기재 각 정당세액을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 피고 XXX세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

2. 원고의 피고 YY세무서장에 대한 항소를 기각한다.

3. 원고와 피고 XXX세무서장 사이에 생긴 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지 15%는 위 피고가 각 부담하고, 원고와 피고 YY세무서장 사이에 생긴 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고에 대하여, 피고 XXX세무서장이 2014. 3. 13. 한 별지 1.목록 기재 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 합계 2,986,495,270원의 각 부과처분(각 가산세 포함) 및 피고 YY세무서장이 2014. 3. 13. 한 2012년 귀속 종합소득세 444,742,450원의 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 등의 관계

1) 원고는 산부인과 의사로서 1991년부터 AAA산부인과 의원을, 1994년부터 산본산부인과를 각 개원하여 이를 운영하였다. 원고는 1999. 11.경 사업장 소재지를 ⁠‘00시’, 상호를 ⁠‘QQ병원’, 사업의 종류를 ⁠‘서비스(일반병원)’로 하는 내용의 사업자등록을 마친 후, 그 무렵부터 QQ병원의 원장으로서 위 병원을 운영하여 왔다.

2) 원고의 고등학교 및 대학교 선배인 CCC은 1984년경부터 한양대학교 의과대학 산부인과 교수로 재직하다가 2004년경 퇴직한 후, 2004년부터 2009년까지 개업의로서 **의원 등을 운영하였고, 2009년부터 원고의 소개를 통해 알게 된 QQ내과의원(원장 BBB)에서 봉직의로 근무하였다. CCC의 지인인 DDD은 1991년부터 한림대학교 의과대학 산부인과 교수로 근무하다가 2003년부터는 단국대학교 의과대학 산부인과 교수로 근무하였다(이하 위 2인을 'CCC 등'이라 한다).

나. 건물 신축 경위

1) **시 **동 갑(이하 ⁠‘이 사건 제1토지’라 한다) 및 **시 **동 을(이하 ⁠‘이 사건 제3토지’라 한다)에 관하여 2008. 7. 31. 원고 앞으로 ⁠‘2005. 5. 30. 매매’를 원인으로 한 소유권이전등기가 각 경료되었고, **시 **동 병(이하 ⁠‘이 사건 제2토지’라 한다)에 관하여 2009. 4. 30. 원고의 처인 EEE 앞으로 ⁠‘2009. 4. 25. 교환’을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다.

2) 원고는 2007. 11. 7. 이 사건 제1, 2토지 지상에 지하4층, 지상8층 규모의 건물(이하 ⁠‘이 사건 제1건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 건축허가신청과 함께 이 사건 제3토지 지상에 지하4층, 지상8층 규모의 또 다른 건물(이하 ⁠‘이 사건 제2건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 건축허가신청을 하여 그 무렵 관할행정청으로부터 건축허가를 받았다. 이 사건 제1, 2건물(이하 ⁠‘이 사건 각 건물’이라 한다)에 대한 신축공사는 2008. 3.경 시작되었고 2011. 4. 29. 사용승인이 이루어졌다. 이 사건 각 건물에 관하여 2011. 9. 20. 원고 앞으로 소유권보존등기가 각 경료되었다.

3) 한편 원고는 위 신축공사가 시작되기 이전인 2008. 2. 13. 사업장 소재지를 ⁠‘**시 **동 갑을병)로 하고, 사업의 종류를 ⁠‘부동산 임대업’으로 하는 내용의 사업자등록을 한 다음, 이 사건 각 건물의 신축공사에 소요된 공사비용 상당액을 과세사업(임대사업) 관련 매입액으로 신고하였다. 원고는 위와 같은 신고에 터 잡아 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지 부가가치세 환급액으로 아래 ⁠[도표 1]의 ㉮항 기재 금액을 환급받았다(2011년 제1기분 부가가치세와 관련하여, 원고는 2011. 4. 25. 부가가치세 예정신고를 하여 579,338,646원을 환급받았고, 2011. 7. 25. 부가가치세 확정신고를 하여 275,657,344원을 환급받았다).

다. 임대차계약서의 작성 등

1) CCC 등은 이 사건 각 건물의 완공일 무렵 각각 종전 직장에서 퇴직한 후, 2011. 5. 12. 00시장으로부터 의료기관의 명칭을 ⁠‘GGG병원’, 소재지를 ⁠‘**시 **동 ’, 진료과목을 ⁠‘산부인과, 소아청소년과, 외과, 내과, 영상의학과, 마취통증의학과’로 하는 내용의 의료기관 개설허가를 받고, 2011. 5. 17. 사업장소재지를 ⁠‘**시 **동 , 상호를 ⁠‘GGG병원’, 사업의 종류를 ⁠‘서비스(일반병원)’로 하는 내용의 사업자등록을 하였다(이하 ⁠‘GGG병원’을 ⁠‘이 사건 병원’이라 한다).

2) CCC 등은 ⁠(i) 2011. 5. 14. 원고와 사이에 원고를 임대인, CCC 등을 공동임차인, 임대목적물을 ⁠‘이 사건 제1건물 및 이 사건 제2건물의 지상2, 6층’, 보증금을 10억 원, 차임을 월 7천만 원, 기간을 2011. 5. 15.부터 6개월, 임대목적을 의료시설로 하는 내용의 임대차계약서를 작성하였고(이하 위 계약서에 따른 임대차계약을 ⁠‘이 사건 종전 임대차계약’이라 한다), ⁠(ii) 2011. 9. 30. 이 사건 종전 임대차계약의 임대목적물을 ⁠‘이 사건 제1건물 및 이 사건 제2건물의 지하1~4층, 지상2~4층, 6~8층, 옥탑1층’으로 변경하고, 보증금 및 월 차임을 아래 ⁠[도표 2] 기재와 같이 변경하되, 그 임대차기간의 종기(終期)는 정함이 없는 것으로 하는 내용의 임대차계약서를 작성하였다(이하 위 계약서에 따른 임대차계약을 ⁠‘이 사건 변경 임대차계약’이라 하고, 이 사건 종전 및 변경 임대차계약을 통틀어 ⁠‘이 사건 임대차계약’이라 한다).

라. 피고들의 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 경위

1) **지방국세청장은 2013. 9. 24.부터 2014. 1. 22.까지 사이에 CCC 등에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 각 건물 신축단계에서부터 이 사건 병원을 운영할 목적이었으며 이 사건 각 건물 신축 이후에도 이 사건 병원을 실제로 운영한 것이라고 보아 공통매입세액 중 일부를 불공제하여 피고 XXX세무서장에게 부가가치세 과세자료를 통보하는 한편, 이 사건 병원의 실제 사업자는 원고이고 CCC 등이 원고에게 명의를 대여한 것으로 보아 이 사건 병원의 2012년 귀속 사업소득금액을 원고의 소득에 합산하여 피고 YY세무서장에게 종합소득세 과세자료를 통보하였다.

2) 피고 XXX세무서장은 2014. 3. 13. 원고가 이 사건 제1건물과 이 사건 제2건물 중 2층 부분(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 쟁점건물’이라 한다)에 대한 매입세액을 공제하는 방식으로 위 ⁠[도표 1]의 ㉯항 기재 금액을 초과환급받은 것으로 보고 원고에 대하여 청구취지 기재 각 부가가치세 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하였다. 피고 YY세무서장은 2014. 3. 13. 원고가 이 사건 병원의 실제 사업자라고 보아 이 사건 병원의 2012년 귀속 사업소득금액 1,457,487,027원을 원고의 소득에 합산하여 청구취지 기재 종합소득세 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다)을 하였다.

3) 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)에 불복하여 2014. 6. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 10. 28. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 7, 10, 11호증, 갑 12, 59호증의 각 1, 2, 3, 을 1호증의 1 내지 8, 을 2, 40, 41호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 CCC 등에게 이 사건 쟁점건물을 실제로 임대하여 임대사업을 영위하였다. 그리고 CCC 등은 이 사건 병원의 사업자로서 위 병원을 실제로 운영하였다.

이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

2) 부당과소신고가산세 부과대상에 해당하는 것은 단순한 허위신고나 무신고를 넘어 적극적인 허위의 사실을 작출하는 경우이어야 한다. 그런데 원고는 이중장부나 허위의 장부를 작성하는 등의 허위사실을 작출하는 행위를 한 바 없으므로, 원고에 대하여 부당초과환급신고가산세(부가가치세의 경우) 또는 부당과소신고가산세(종합소득세의 경우)를 부과한 것은 위법하다.

3) 일반초과환급신고가산세의 적용대상은 ⁠‘환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우’이다. 그런데 이 사건 임대차계약이 허위라고 하더라도, 원고는 이 사건 종전 임대차계약 체결일인 2011. 5. 14. 이전까지는 이 사건 쟁점건물을 임대하려는 의사가 있었다. 따라서 2011. 5. 13.까지 지급된 공사비용에 대한 부가가치세와 관련하여서는 일반초과환급신고가산세를 부과할 수 없다.

4) 환급불성실가산세의 경우 환급받아야 할 세액보다 많이 환급받은 경우에 대하여 일종의 이자와 같은 개념으로 과세가 이루어지는 것인데, 원고가 2011. 5. 14. 이전까지 부가가치세 환급을 받은 부분에 대하여는 이 사건 쟁점건물을 다른 용도로 사용한 것으로 볼 여지가 없다. 따라서 원고에 대하여 환급불성실가산세를 부과하는 경우에도, 원고에 대하여 초과환급이 발생한 것으로 보아야 하는 임대차계약 체결일인 2011. 5. 14.을 기점으로 하여 경정결의일까지의 기간 동안에 대하여 환급불성실가산세를 부과하여야 한다. 따라서 해당 기간을 초과하여 환급불성실가산세를 부과한 부분은 위법하다.

5) 원고는 이 사건 제1, 2건물과 그 각 부지의 소유자이고, 원고의 처 EEE은 이 사건 제1건물 부지의 소유자이다. 원고가 EEE 소유의 부지를 포함하여 이 사건 제1,2건물의 부지 전체에 대하여 사업자등록을 하고, 이 사건 제1, 2건물을 그 부지와 일체로 임대하였다는 점 등에 비추어 보면, 원고와 EEE은 실질적으로 공동 임대사업자에 해당한다고 보아야 한다. 그런데 공동사업자 구성원 중 1인인 원고가 공동사업장에서 별도의 사업을 영위하는 경우 해당 사업이 과세사업인지 면세사업인지 여부에 관계없이 다른 공동사업자인 EEE이 실제로 과세사업을 영위하고 있다면, 공동사업을 위하여 신축하는 건물에 대한 부가가치세는 전액 환급대상에 해당하는 것이라고 보아야 한다.

6) 원고가 이 사건 제1, 2건물 전부를 사업장으로 삼아 하나의 사업자등록을 하여 그 중 이 사건 제1건물은 병원건물로 직접 운영하고 이 사건 제2건물은 임대건물로 사용한 것이라고 보게 되면, 원고는 과·면세 겸영사업자에 해당하게 된다. 그런데 과·면세 겸영사업자는 부가가치세법 제41조 및 부가가치세법 시행령 제83조의 규정에 따라 부가가치세를 10년간 정산하는 방법으로 해결하는 것이므로, 그 정산 이전에 피고 XXX세무서장이 면세사업 부분에 대하여만 따로 떼어내어 별도로 부가가치세 부과처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 3. 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 병원의 개원경위 등

가) 원고가 2007. 11. 7. 이 사건 각 건물에 대한 건축허가신청을 하면서 제출한 건축허가신청서에 의하면, 이 사건 제1건물의 명칭은 ⁠‘GGG병원’으로 기재되어 있다. 한편 원고가 위 건축허가신청을 하면서 제출한 이 사건 각 건물의 설계도면에 의하면, 이 사건 제1건물의 8층에는 원고의 사무실을 의미하는 ⁠‘이사장실’을 두는 것으로 되어 있고, 이 사건 제2건물의 2층은 그 용도가 ⁠‘소아과’로 기재되어 있다.

나) 원고는 이 사건 병원이 개원하기 이전인 2010. 12.경부터 2011. 2.경까지 사이에 의사들과 사이에 아래 ⁠[도표 3] 기재와 같은 내용의 연봉제 근로계약을 각 체결하였다. 한편 아래 각 연봉제 근로계약의 계약서에는 그 사용자가 ⁠‘GGG병원 AAA’로 기재되어 있고, 계약서 말미의 사용자란에는 ⁠‘대표원장 AAA’라고 기재되어 있다.

다) 원고는 이 사건 병원이 개원하기 직전인 2011. 3.경부터 2011. 5.경까지 사이에 아래 ⁠[도표 4] 기재와 같은 내용의 의료장비 구매계약을 각 체결하였다. 한편 아래 각 구매계약의 매수인란에는 ⁠‘GGG병원 AAA’라고 기재되어 있다.

라) 원고가 00시에서 운영하던 QQ병원은 산부인과로서 상당한 지명도(분만건수 전국 2~3위)를 얻고 있었다. 그런데 2010. 4.경 네이버 지도에 나타난 사진에 의하면, 이 사건 각 건물 신축현장에 설치된 병원 조감도에는 ⁠‘산부인과·소아과전문병원’이라는 문구와 함께 ⁠‘QQ병원’이라는 상호와 마크가 표시되어 있었다. 한편 이 사건 병원이 개원하기 직전인 2011. 3.경 QQ병원의 네이버 블로그를 통해 이 사건 병원에 대한 광고가 이루어졌는데, 그 내용은 아래 ⁠[도표 5]의 상단 부분 기재와 같다. 그리고 이 사건 병원이 개원한 이후, **시에서 운행하는 마을버스의 버스광고를 통해 아래 ⁠[도표 5]의 하단 부분 기재와 같은 광고가 이루어졌다.

2) 이 사건 병원의 운영형태 등

가) 이 사건 병원은 2011. 5.경 개원하고 2011. 7.경 그 개원식2)이 거행되었는데, 원고는 2011. 7.경 QQ병원을 FFF에게 임대하여 주고 QQ병원의 원장직에서 물러났다. 한편 이 사건 병원 2층 산부인과 13호실에는 원고의 진료실이 마련되어 있었는데, 원고는 위 진료실에서 환자들에 대한 진료행위를 하였으나 위 진료행위에 대한 대가를 전혀 지급받지 아니하였다(이 사건 병원 산부인과 의사들의 진료내역 등을 기록한 ⁠‘일일현황’에 의하면, 2층 산부인과 13호실을 제외한 진료실의 경우에는 그 담당의사의 성명이 모두 기재되어 있다. 그런데 2층 산부인과 13호실의 경우에만 담당의사의 성명 대신에 ⁠‘기타’라고 기재되어 있다).

나) 원고가 운영하던 QQ병원에서 직원으로 근무하던 HHH는 이 사건 병원이 개원하자 이 사건 병원의 행정부원장으로 부임한 다음 이 사건 병원의 입·출금관리를 비롯한 행정업무를 담당하였다. 그리고 2012. 1.경부터는 원고의 처남인 LLL이 행정원장으로서 위와 같은 행정업무를 담당하였다.

다) CCC 등은 이 사건 종전 임대차계약에 따른 보증금 10억 원을 지급하지 아니하였고, 월 차임 7,000만 원 역시 한 번도 지급하지 아니하였다. 한편 CCC은 2011. 9. 30. 이 사건 변경 임대차계약에 따른 보증금 90억 원을 마련하기 위하여 주식회사 하나은행(이하 ⁠‘하나은행’이라 한다)과 사이에 여신한도액을 90억 원으로 하는 내용의 대출약정을 체결하였다. 원고와 원고의 처 EEE은 CCC이 **은행에 대하여 부담하는 위 대출금채무에 대한 담보로 그들 소유의 부동산에 관하여 채권최고액 117억 원, 근저당권자 하나은행으로 하는 내용의 근저당권설정등기를 경료하여 주었다. 한편 이 사건 병원의 수입금 입금과 비용 지출은 모두 CCC 명의로 개설된 예금계좌를 통해 이루어졌는데, 위 대출금채무에 대한 이자도 이 사건 병원의 수입금이 입금되는 CCC 명의의 하나은행 계좌에서 지급되었다.

라) 이 사건 병원이 개원한 이후 CCC은 이 사건 병원의 수입금이 입금되는 계좌에서 매월 1,500만 원을 지급받았고, DDD은 위 계좌에서 매월 2,000만 원을 지급받았다. 그런데 이 사건 병원의 회계업무를 담당한 이소영은 CCC 등에게 지급된 계약일 임차인 임대목적물/용도 보증금 월 차임 위 금액을 ⁠‘급여’로 회계처리하였다.

3) 의료법인의 설립경위 등

가) 이 사건 병원의 설치운영을 목적으로 하여 의료법인 ZZ의료재단(이하 ⁠‘ZZ의료재단’이라 한다)이 2012. 8. 29. 설립되었는데, 원고는 법인설립과 동시에 그 대표자(이사)로 취임하였다. ZZ의료재단이 설립된 이후인 2012. 9. 12.에 이르러 이 사건 제1건물과 이 사건 제1, 2토지에 관하여 ZZ의료재단 앞으로 ⁠‘2012. 8. 29. 출연’을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다. 한편 CCC 등은 2012. 6. 30. 평가액 2,017,387,600원의 의료기기 427점과 평가액 1,074,900,000원의 사무집기 1,896점을 ZZ의료재단에 출연하는 내용의 출연증서를 작성하였고, 그에 따라 ZZ의료재단이 설립된 이후 위 의료기기 등은 위 재단에 귀속되었다.

나) ZZ의료재단이 설립된 이후 CCC 등은 이 사건 병원의 봉직의로 근무하였는데, CCC은 매월 1,500만 원의 급여를 지급받았고, DDD은 건강상의 이유로 인해 매월 500만 원 내지 1,400만 원의 급여를 지급받았다.

다) 원고가 2013. 1. 31. ZZ의료재단의 대표자(이사)를 사임하면서, 원고의 처인 EEE이 같은 날 위 의료재단의 대표자(이사)로 취임하였다. 원고는 그 이후인 2013. 3.경 QQ병원의 원장으로 복귀하였다.

4) 그 밖의 사정들

가) 원고는 이 사건 제2건물이 완공된 이후, 이 사건 제2건물의 일부를 아래 ⁠[도표 6] 기재와 같이 임대하는 등 이 사건 제2건물과 관련하여 임대사업을 영위하였다.

나) CCC은 2014. 5. 14. ⁠“이 사건 병원운영과정에서 발생한 원고에 대한 채무정산액 626,340,081원을 2014. 12. 31.까지 변제하겠다.”는 내용의 변제각서(이하 ⁠‘이 사건 변제각서’라 한다)를 작성하여 원고에게 교부하였다.

다) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 부당초과환급과소신고가산세의 부과내역은 아래 ⁠[도표 7] 기재와 같다. 한편 2011년 제1기 부가가치세의 경우에, 예정신고분에 대한 부당초과환급신고가산세는 164,743,724원이고, 확정신고분에 대한 부당초과환급신고가산세는 72,752,812원이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 9호증, 갑 12호증의 1, 2, 3, 갑 17호증, 갑 18호증의 1, 2, 3, 갑 27, 28, 29, 32, 33, 51호증, 갑 52호증의 1 내지 11, 갑 53호증의 1, 2, 갑 54호증의 1, 갑 55호증의 1, 2, 갑 56호증의 1, 2, 3, 을 1호증의 1 내지 8, 을 2 내지 7호증, 을 12 내지 20호증, 을 24, 29, 30, 31호증, 을 32호증의 1 내지 12, 을 33, 34, 38, 39호증의 각 기재(다만, 갑 17호증, 갑 18호증의 1, 2, 3, 갑 27, 28, 29호증, 을 3, 4호증의 각 기재 중 믿지 않는 부분 각 제외), 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

앞서 본 인정사실과 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 모두 종합하여 보면, 원고와 CCC 등 사이에 체결된 이 사건 임대차계약은 가장행위에 불과한 것으로 판단되고, 원고는 CCC 등에게 이 사건 쟁점 건물을 임대한 것이 아니라 자신이 직접 이 사건 병원을 운영하였던 것으로 판단된다. 원고의 첫 번째 주장은 받아들일 수 없다.

①원고는 이 사건 병원이 개원하기 직전까지 이 사건 병원에서 근무할 의사들을 고용하는 내용의 연봉제 근로계약을 체결하는 한편, 이 사건 병원에서 사용될 의료장비를 구매하는 계약을 체결하였다. 위 연봉제 근로계약 및 의료장비 구매계약의 체결시기, 횟수, 내용 등에 비추어 보면, 원고의 위와 같은 행위가 단순히 병원 운영형태가 결정되지 않은 상태에서 잠정적으로 이루어진 것이라고 보기는 어렵고, 오히려 허위내용의 임대차계약을 통해 가장 임차인을 구하기 직전까지 자신이 이 사건 병원의 경영자가 될 것을 염두에 두고 다수의 계약을 체결한 것으로 보일 뿐이다.

②CCC 등은 원고에게 이 사건 임대차계약에 따른 차임을 전혀 지급하지 아니하였다. 원고는 임차인들의 채무불이행 상태가 계속됨에도 불구하고 이 사건 종전 임대차계약에서 정한 임대차기간(6개월)이 만료되기 이전에 이 사건 변경 임대차계약을 체결하였고, 위 변경 임대차계약에 관하여는 그 임대차계약의 종기(終期)조차 정하지 아니하였다. 한편 원고는 이 사건 변경 임대차계약을 체결하면서 임차인들의 임대보증금 마련을 위하여 자신과 배우자의 부동산을 담보로 제공하기까지 하였다. 이와 같은 거래행태는 통상적인 임대차의 거래형태를 현저하게 벗어난 것으로 보인다.

이에 대하여 원고는 ⁠“원고가 위와 같이 부동산을 담보로 제공한 것은 CCC 등으로부터 차임을 전혀 받지 못하는 것보다는 원고 부부 소유의 부동산을 담보로 제공하고서라도 CCC 등으로부터 임차보증금을 수령하고 그 보증금을 통해 얻는 이익이라도 수취하는 것이 원고에게는 더 이득이 된다는 판단 때문이었다.”는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 각 건물의 신축비용과 토지매입비용으로 약 400억 원이 소요되었다는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 CCC 등으로부터 90억 원의 임대보증금을 받아 그 보증금에 대한 이자 상당의 이익을 얻는 것이 더 이익이 된다는 원고의 주장은 납득하기 어렵다(게다가 위 90억 원의 대출금은 굳이 CCC 등과 사이에 임대차계약을 체결하지 않더라도 원고 부부 소유의 부동산을 금융기관에 담보로 제공하면 충분히 조달가능한 것이었다).

③이 사건 병원이 개원한 이후, 이 사건 병원의 행정업무 특히 수입·지출관계는 행정부원장인 HHH와 행정원장인 LLL이 전담하였던 것으로 보인다. 그런데 HHH는 원고가 운영하던 QQ병원의 직원이었고, LLL은 원고의 처남으로서 모두 원고의 영향력 아래에 있는 사람들이었다.

④CCC 등은 이 사건 병원의 수입금계좌에서 매월 급여 명목으로 1,500만 원 내지 2,000만 원을 지급받았다. ZZ의료재단이 설립된 이후에도 CCC 등은 여전히 이 사건 병원의 봉직의로 계속 근무하면서 종전과 같은 수준의 급여를 지급받았다(다만 DDD은 자신의 건강 문제로 인해 급여가 일부 삭감되었다). 이러한 사정에 비추어 보더라도, CCC 등은 ZZ의료재단의 설립을 전후하여 실질적인 지위에 변화가 있었던 것이라고 보이지 않는다.

⑤CCC 등은 2011. 6. 30. 평가액 30억 상당의 자산을 ZZ의료재단에 출연하기로 하였고, 그에 따라 위 자산은 ZZ의료재단에 귀속되었다. 그런데 CCC 등이 진정한 임차인이라면 자신들이 이 사건 병원을 운영하는 과정에서 취득한 위 자산을 아무런 대가도 받지 않은 채 ZZ의료재단에 출연하였다는 셈이 되는데, 이는 원고와 CCC 등의 관계를 고려하여 보더라도 쉽게 납득하기 어렵다(원고의 주장대로라면3) ZZ의료재단의 설립 이전에 이 사건 병원의 임차인으로서 위 병원을 운영하던 CCC 등이 30억 상당의 자산을 무상으로 출연하고도 이 사건 병원의 봉직의로서 종전과 같은 수준의 급여를 지급받게 되었다는 셈이 된다. 이와 같은 원고의 주장이 경험칙에 현저하게 반하는 것임은 다언을 요하지 않는다).

⑥원고는 ⁠“의료인이 복수의 의료기관 개설·운영을 할 수 없도록 하고 있는 의료법의 규정에 따라 QQ병원을 운영하던 원고로서는 이 사건 병원을 타인에게 임대하거나 의료법인을 설립하는 방법을 강구할 수밖에 없었는데, 의료법인 설립이 어려워짐에 따라 이 사건 병원을 CCC 등에게 임대하였다.”는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 이 사건 병원의 개원 직후인 2011. 7.경 QQ병원을 FFF에게 임대하여 주고 위 병원의 원장직에서 물러났다는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 의료법의 규정 때문에 이 사건 병원을 CCC 등에게 임대할 수밖에 없었던 것이라고 보이지는 않는다.

특히 이 사건 변경 임대차계약은 원고가 QQ병원의 원장직에서 물러난 이후인 2011. 9.경 체결되었다는 점에 비추어 보면 더욱 그러하다.

3) 원고는 2014. 1. 27. 조세범처벌법위반 혐의로 **지방국세청에서 조사를 받으면서 ⁠“출연대가는 환자진료를 계속할 수 있도록 고용해주는 것이었다.”는 취지로 진술하였다(을 3호증 중 22면).

⑦ CCC이 2014. 5. 14. 원고에게 이 사건 변제각서를 작성하여 주었음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이 사건 변제각서는 피고들이 2014. 3. 13. 이 사건 각 처분을 한 이후에 작성된 것인 점, 이 사건 변제각서에 기재된 채무정산액의 산정근거에 관한 원고의 주장은 일관성이 전혀 없는 점(원고가 소송과정에서 내세운 산정근거4)와 조세심판과정에서 내세운 산정근거5)는 그 내역이 전혀 다르다), 원고의 주장대로라면 CCC은 ZZ의료재단에 30억 상당의 자산을 무상으로 기증하고도 원고에 대하여 6억 원이 넘는 채무를 부담하게 되었다는 셈이 되는 점 등에 비추어 보면, 위 변제각서의 기재내용은 이를 그대로 믿기 어렵다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 부당과소신고가산세의 요건인 ⁠‘부당한 방법으로 한 과세표준의 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 보아야 하고(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결 참조), 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다고 보아야 한다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 참조).

나) 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 2011년 제1기 확정신고분 부가가치세와 2011년 제2기 부가가치세 및 2012년 귀속 종합소득세 신고를 한 것은 조세포탈의 목적에서 비롯된 부정한 적극적인 행위에 의한 것이라고 보아야 하지만, 원고가 2008년 제1기부터 2011년 제1기 예정신고분 부가가치세 신고를 한 것은 조세포탈의 목적에서 비롯된 부정한 적극적인 행위에 의한 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2008년 제1기부터 2011년 제1기 예정신고분의 부당초과환급신고가산세 부과처분은 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 있는 요건이 갖추어지지 아니하였음에도 불구하고 부당초과환급신고가산세를 부과한 것으로서 위법하다. 원고의 두 번째 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

①원고가 이 사건 쟁점건물을 과세사업(임대사업)이 아닌 면세사업(의료보건용역을 공급하는 사업)에 사용할 의사를 가지고 이 사건 각 건물을 신축하였음은 아래에서 보는 바와 같다. 따라서 이 사건 각 건물의 신축비용 관련 매입세액 중 이 사건 쟁점 건물과 관련된 부분은 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호의 규정에 따라 매출세액에서 공제할 수 없는 것이다. 사정이 이와 같다면, 원고가 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지 이 사건 쟁점건물 관련 매입세액을 공제할 세액으로 신고한 것은 허위 내용의 신고라고 보아야 한다. 그러나 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위신고를 한 것만으로는 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 없다.

②원고는 2011. 5. 14. CCC 등과 사이에 허위 내용의 임대차계약서를 작성하였다. 뿐만 아니라 이 사건 병원의 개원 이후 이 사건 병원의 수입금은 CCC 명의로 개설된 예금계좌로 입금되었고, 그에 따라 원고의 소득은 은닉되었다. 사정이 이와 같다면, 원고가 2011년 제1기 확정신고분 부가가치세와 2011년 제2기 부가가치세 및 2012년 귀속 종합소득세 신고를 한 것은 모두 2011. 5. 14. 이후에 이루어진 것으로서 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의한 것이라고 볼 수 있다. 그러나 원고가 CCC 등과 사이에 허위 내용의 계약서를 작성하거나 그 소득을 은닉하는 등의 적극적인 행위를 한 것은 2011. 5. 14. 이후이므로, 2011년 제1기 부가가치세 예정신고를 할 당시(2011. 4. 25.)까지는 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위가 있었다고 보기 어렵다.

다) 이에 대하여 피고 XXX세무서장은 ⁠“원고가 2011. 5. 14. 허위 내용의 임대차계약서를 작성한 이상, 2011년 제1기분 부가가치세에 대하여는 그 예정신고분에 대하여도 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 있다.”는 취지로 주장한다.

살피건대 아래와 같은 관계법령의 규정내용 등에 비추어 보면, 부가가치세 예정신고와 확정신고가 모두 이루어진 경우에는 그 신고의무 위반 여부 및 태양에 따라 각각 부당초과환급신고가산세 혹은 일반초과환급신고가산세를 부과하여야 하는 것이지 단일한 과세기간에 속한다는 사정만을 들어 예정신고와 확정신고를 통틀어 부당초과환급신고가산세를 부과할 수는 없다고 보아야 한다. 피고 XXX세무서장의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

①구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11123호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의4 제3항에 의해 준용되는 구 국세기본법 제47조의2 제6항은 ⁠“부가가치세법 제18조에 따른 예정신고와 관련하여 가산세가 부과되는 경우, 예정신고와 관련하여 가산세가 부과되는 부분에 한정하여 확정신고와 관련한 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 이러한 규정내용에 의하면, 예정신고에 대하여서도 별도로 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 있음이 분명하다.

②초과환급신고가산세를 비롯한 신고불성실가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서의 성격을 가진 것이다. 이와 같은 신고불성실가산세의 성격에 비추어 보면, 예정신고와 확정신고가 모두 이루어진 경우에 각 신고행위가 부당한 것인지는 신고행위별로 별도로 판단하여야 한다. 이는 부가가치세 과세표준과 세액의 예정신고를 한 때에 그 세액에 대한 납세의무가 확정된다는 점(대법원 2011. 12. 8. 선고 2010두3428 판결 참조)에 비추어 보면 더욱 그러하다.

③일정한 신고의무 위반행위에 대하여 가산세를 부과할 것인지 여부와 그 부과의 정도(가산세율) 등은 당해 신고의무 위반행위에 대한 비난가능성의 유무와 정도에 따라 달라질 수밖에 없다. 그런데 예정신고 이후에 조세포탈을 목적으로 한 적극적인 부정행위가 이루어진 경우에는, 비록 그와 같은 부정행위가 확정신고 이전에 발생한 것이라고 하더라도 그러한 사정만을 들어 예정신고에 대하여까지 부당초과환급신고가산세를 부과할 정도의 비난가능성이 있다고 볼 수는 없다.

라) 한편 원고는 ⁠“2011. 5. 14. 이전에는 조세포탈의 목적에서 비롯된 부정한 적극적인 행위가 없었으므로, 2011. 5. 13.까지 발생한 매입세액에 대하여는 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 없다.”는 취지로 주장한다. 그러나 부당초과환급신고가산세는 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 초과환급신고를 한 경우에 부과하는 것이므로, 그와 같은 부정한 적극적인 행위가 있었는지 여부는 신고행위 당시를 기준으로 판단하여야 한다. 이와 다른 전제에 서서 2011. 5. 13. 이전에 발생한 매입세액에 대하여는 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 없다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

가) 부당과소신고가산세 부과처분은 일반과소신고가산세 부과처분과는 독립한별개의 과세처분이 아니라 동일한 세목의 가산세 부과처분으로서 그 세율만을 가중한 것에 불과하므로, 법원이 심리한 결과 부당과소신고가산세의 부과요건이 충족되지 아니하더라도 일반과소신고가산세의 부과요건이 충족된 경우라면 법원으로서는 일반과소신고가산세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2016두 35335 판결 참조).

나) 앞서 본 인정사실과 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 모두 종합하여 보면, 원고는 이 사건 각 건물을 신축할 당시부터 이 사건 쟁점건물을 과세사업(임대사업)이 아닌 면세사업(의료보건용역의 공급에 관한 사업)에 사용하려 하였던 것으로 판단된다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2008년 제1기부터 2011년 제1기 예정신고분의 부당초과환급신고가산세 부과처분이 부당초과환급신고가산세를 부과할 수 있는 요건이 갖추어지지 아니한 채 이루어진 것으로서 위법하다고 하더라도, 일반초과환급신고가산세의 요건은 충족된 것이라고 보아야 한다. 원고의 세 번째 주장은 받아들일 수 없다.

①이 사건 제1건물이 신축될 당시부터 이 사건 제1건물은 그 명칭이 ⁠‘GGG병원’으로 정해져 있었고(이는 원고가 운영하던 ⁠‘QQ병원’의 명칭을 따온 것으로 보인다), 그 8층에는 원고의 사무실로 사용될 ⁠‘이사장실’이 들어서는 것으로 예정되어 있었다. 한편 이 사건 제2건물의 2층은 그 용도가 ⁠‘소아과’로 정해져 있었는데, 이 사건 병원에 대한 의료기관 개설허가의 내용에다가 건물 신축현장에 비치된 조감도의 내용 등에 비추어 보면, 위 2층 부분은 이 사건 제1건물과 함께 이 사건 병원 운영에 필수적인 부분이었던 것으로 보인다.

②원고는 이 사건 각 건물의 신축공사가 시작된 이후 완공될 무렵까지 이 사건 쟁점건물을 임대하기 위하여 중개업소에 임대를 의뢰하거나 임대광고를 하는 등의 어떠한 행위도 하지 않았던 것으로 보인다. 오히려 원고는 이 사건 병원의 개원 직전에 여러 의사들과 연봉제 근로계약을 체결하거나 의료장비 구매계약을 체결하는 등 자신이 직접 이 사건 병원을 운영하기 위한 일련의 행위들을 하였다. 한편 이 사건 병원의 개원을 전후하여 이 사건 병원이 원고가 운영하던 ⁠‘QQ병원의 분원’이라는 내용의 광고가 이루어졌는데, 그 광고의 구체적 내용 역시 원고가 1991년부터 산부인과를 운영하여 온 것과 일치한다.

③원고가 CCC 등과 체결한 이 사건 임대차계약이 가장행위에 불과한 것임은 앞서 본 바와 같다. 원고는 위와 같이 CCC 등과 허위 내용의 임대차계약을 체결하는 한편, 이 사건 병원에서 이루어진 자신의 진료행위를 은폐하기 위하여 ⁠‘일일현황’에 자신의 성명을 기재하지 않았던 것으로 보인다. 이와 같은 원고의 일련의 행위는 이 사건 병원을 자신이 운영할 경우에, 이미 환급받은 부가가치세 상당액을 반환하여야 하는 문제가 발생한다는 점 등을 고려한 조치로 보인다.

④의료법인을 설립하여 이 사건 병원을 운영하는 것 역시 의료보건용역의 공급에 해당하는 것으로서 면세사업에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 쟁점건물의 완공 이후에 의료법인을 설립할 계획을 가지고 있었다고 하더라도, 그와 같은 사정만을 들어 이 사건 쟁점건물 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수는 없다. 사정이 이와 같다면, 원고가 의료법인을 설립할 계획을 가지고 있었는지 여부는 일반초과환급신고가산세 부과처분의 적법 여부에 아무런 영향을 미치지 않는다.

다) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2008년 제1기부터 2011년 제1기까지의 부당초과환급신고가산세 부과처분의 정당세액을 산정하면 별지 2.의 ㉯항 중 해당 부분기재와 같은 금액이 된다(2011년 제1기의 경우에는, 예정신고분에 대한 일반초과환급신고가산세 41,185,931원과 확정신고분에 대한 부당초과환급신고가산세 72,752,812원을 합한 113,938,743원이 그 정당세액이 된다).

4) 네 번째 주장에 대한 판단

구 국세기본법 제47조의5 제2항7)은 ⁠“납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.”라고 규정하면서 그 계산식을 ⁠“초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율”로 정하고 있다. 한편 을 1호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고 XXX세무서장은 원고가 초과환급받은 세액에 대하여 ⁠‘부가가치세를 환급받은 다음날부터 납세고지일까지의 기간’을 부과기간으로 보아 환급불성실가산세를 산정한 사실을 인정할 수 있다.

7) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의5 제2항도 표현방식만 일부 다를 뿐 그 실질적인 내용은 다르지 않다.

그런데 환급불성실가산세는 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에 부과하는 가산세로서 초과환급 받은 세액에 대한 이자로서의 성격을 가지고 있는 점, 원고가 이 사건 쟁점건물을 과세사업(임대사업)에 전혀 사용하지 아니한 이상 이 사건 쟁점건물의 신축과정에 소요된 매입세액은 환급받을 수 없는 것임이 분명한 점 등에 비추어 보면, 환급불성실가산세 산정의 기산점은 구 국세기본법 제47조의5 제2항의 규정에 따라 원고가 부가가치세를 환급받은 다음날이 되는 것이라고 보아야 하고, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 종전 임대차계약의 체결일인2011. 5. 14.이 된다고 볼 수는 없다. 원고의 네 번째 주장은 아무런 법령상의 근거도 없는 것으로서 받아들일 수 없다.

5) 다섯 번째 주장에 대한 판단 이 사건 임대차계약의 목적물은 이 사건 제1건물과 이 사건 제2건물의 일부로서 이는 모두 원고의 소유인 점, 이 사건 각 건물이 신축된 이후 체결된 임대차계약은 모두 원고가 그 계약당사자로서 체결한 것이었을 뿐 EEE이 그 계약당사자로 체결한 것이 아니었던 점, 토지소유자가 아닌 자도 토지소유자로부터 토지사용권한을 부여받아 건물을 신축한 다음 그 건물을 임대하는 사업을 영위하는 것이 충분히 가능한 점 등을 모두 종합하여 보면, 이 사건 제1건물의 부지 중 일부인 이 사건 제2토지가 EEE의 소유라는 사정만을 들어 원고와 EEE이 공동사업자에 해당한다고 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

6) 여섯 번째 주장에 대한 판단

부가가치세법 제41조, 부가가치세법 시행령 제83조는 과·면세겸영사업자가 감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나는 경우에 사후적으로 납부세액 또는 환급세액을 조정하기 위한 규정일 뿐이고 처음부터 과세사업에 사용할 의사가 없음에도 불구하고 과세사업에 사용하는 것처럼 부가가치세 신고를 하여 환급을 받은 경우에 적용되는 규정이 아니다. 게다가 원고는 과·면세겸영사업자로서 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액을 공제한 것이 아니라 과세사업자로서 이 사건 각 건물의 신축과정에서 소요된 매입세액을 전부 공제하였음은 앞서 본 바와 같다. 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고 XXX세무서장에 대한 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 피고 XXX세무서장에 대한 나머지 청구와 피고 YY세무서장에 대한 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결 중 피고 XXX세무서장에 대한 부분은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들이되, 제1심판결 중 피고 XXX세무서장에 대한 부분을 주문 제1항 기재와 같이 변경하기로 한다. 제1심판결 중 피고 YY세무서장에 대한 부분은 정당하므로, 원고의 피고 YY세무서장에 대한 항소는 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2019. 05. 29. 선고 서울고등법원 2018누34604 판결 | 국세법령정보시스템