요지

원고가 이 사건 신주를 취득함으로써 이 사건 법인의 자본을 증가시키고, 이러한 거래를 통하여 특수관계인이자 이 사건 법인의 주주로부터 이익을 분여받았다고 볼 수 있으므로 이 사건 처분은 적법하고 중복조사에 의한 처분으로도 볼 수 없음

판결내용

주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지
피고가 2022. 10. 7. 원고에게 경정 고지한 2020년 귀속 법인세 364,273,280원에 대한 부과처분 중 별지 목록의 불균등 유상증자 분여이익 증여재산가액에 대한 법인세286,314,399원 및 이에 대한 가산세 64,008,445원 등 350,322,844원의 법인세 부과처분을 취소한다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 2. 10. 설립되어 주방세제 및 세정, 세척제 제조업 등을 영위하고 있는 법인이고, 주식회사 리***(이하 ⁠‘리***’라고 한다)는 2016. 5. 23. 설립되어 화장품 제조업 등을 영위하고 있는 법인이다. 이**은 원고의 대표이사이다.

나. 이**은 2019. 2. 1.경 리***의 발행주식 전부를 소유하고 있었던 강미혜로부터 위 주식 전부(20,000주, 1주당 액면가 5,000원)를 양수하고, 회사의 경영권도 인수하는 내용의 주식 및 경영권 양수양도 계약을 체결하였다.

다. 원고와 리***는 2019. 6. 30. 원고의 리***에 대한 대여금 채권을 그 상환에 갈음하여 리***가 원고에게 신주를 발행하는 내용의 대여금 채권의 출자 전환합의서를 작성하였다. 그 주요 내용은 다음과 같다.

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제1조(목적)

본 계약은 원고의 대여금 채권에 대하여 대여금 상환에 갈음하여 리***가 원고에게 신주를 발행하는 것을 목적으로 한다.

제2조(채권·채무)

2019. 6. 30. 현재 원고가 리***에 대하여 가지고 있는 채권은 다음과 같다.

채권명: 운전자금 대여금 480,400,000원

제3조(상계)

1. 본 계약 체결 당시 원고의 채권은 변제기가 도래하였으나 리ooo가 변제를 하지 않고리***가 신주를 발행·교부하여 리***가 지급하여야 할 채무와 상계하는 것으로 한다.

2. 제1항의 신주 발행 가액은 2018년 말 현재 시가를 기준으로 하되, 액면가(5,000원)를 초과하지 않기로 한다.

(이하 생략)

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라. 강**는 2020. 1. 10.경 이**에게 위 주식 전부를 양도하였다.

마. 리***는 2020. 5. 19. 다음과 같은 주주 전원의 서면결의를 하였다.

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주주 전원의 서면결의서

1. 신주식을 발행하여 본 회사의 자본을 다음과 같은 방법으로 증가한다.

1) 신주식의 종류와 수

① 보통주식 60,000주

2) 신주식의 발행가액: 1주 5,000원

3) 납입기일: 2020. 5. 19.

6) 신주식의 인수방법:

각 주주가 가진 주식수의 비율에 따라 신주식을 배정함을 원칙으로 하되 주주는 인수권의 일부 또는 전부를 포기할 수 있으며, 이 경우 인수포기한 주식은 일반으로부터 공모하거나 다른 주주가 이를 인수할 수 있다.

** 기존 주주 이**이 배정주 60,000주 전부 인수하다.

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바. 리***는 2020. 5. 21. 다음과 같은 주주 전원의 서면결의를 하였다(리***가 2020. 5. 19. 및 2020. 5. 21. 각 발행한 신주 합계 106,000주를 ⁠‘이 사건 신주’라고 한다).

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주주 전원의 서면결의서

2. 신주식을 발행하여 본 회사의 자본을 다음과 같은 방법으로 증가한다.

1) 신주식의 종류와 수

① 보통주식 46,000주

2) 신주식의 발행가액: 1주 5,000원

3) 납입기일: 2020. 5. 21.

6) 신주식의 인수방법:

각 주주가 가진 주식수의 비율에 따라 신주식을 배정함을 원칙으로 하되 주주는 인수권

의 일부 또는 전부를 포기할 수 있으며, 이 경우 인수포기한 주식은 일반으로부터 공모

하거나 다른 주주가 이를 인수할 수 있다.

** 기존 주주 이**이 배정주 46,000주 전부 인수하다.

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사. 이**은 2020. 7. 1. 원고에게 이 사건 신주를 1주당 5,000원, 매매금액을 530,000,000원으로 정하여 매도하는 내용의 주식 양수도 계약을 체결하고, 그 무렵 원고에게 위 주식을 양도하였으며, 그에 관한 양도소득세를 납부하였다.

아. 안양세무서장은 2021. 7.경 이**에 대하여 다음과 같이 해명자료를 제출하라는 취지로 안내하였다.

자. 이**은 2021. 7. 21. 안양세무서장의 권고에 따라, 원고가 처음부터 리***의 주식 106,000주를 유상증자로 취득하였음을 전제로, 리***의 주식등변동상황명세서에 이**이 리***의 주식 106,000주를 취득한 다음 원고에게 양도한 것에서 원고가 직접 유상증자로 리***의 주식 106,000원을 취득한 것으로 변경하고, 리***의 법인세 5,300,000원을 가산하는 취지로 과세표준수정신고를 마쳤으며, 이**은 납부한 양도소득세를 환급받았다.

차. 피고는 2022. 5. 23. 원고에게 조사대상 과세기간 2020. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지, 조사사유를 ⁠“국세기본법 제81조의6 제2항 제1호의 규정에 따라 국세청장이 납세자의 신고내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우에 해당하여 세무조사 실시”로 정하여 세무조사 사전통지를 하였다.

카. 피고는 2022. 7. 15. 원고에 대한 세무조사를 수행한 후, ① 원고가 시가보다 낮은 가액으로 이 사건 신주를 인수함으로써 특수관계인인 이**로부터 이익을 분여받았다고 보고, 이를 불균등 유상증자 증여재산가액 1,431,572,063원, ② 자본화 이자비용 손금불산입 15,824,702원(손금 633,174원), ③ 업무무관 사적비용 손금불산입 상여처분 42,853,737원, ④ 업무무관 매입세액 불공제 세액 2,948,998원을 인정하고, 2022. 10. 7. 원고에게 2020 사업연도 법인세 364,273,280원을 경정·고지하였다(위 경정·고지 중 불균등 유상증자 증여재산가액에 관한 법인세 286,314,399원 및 이에 대한 가산세 64,008,445원 합계 350,322,844원 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 7, 9, 11 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 처분은 중복된 세무조사에 기한 것으로 위법하다.

2) 리***는 상법 제418조 제2항의 규정에 따라 예외적으로 주주의 신주인수권을 제한하고 직접 제3자인 원고에게 신주를 발행하였다. 즉 리***의 기존 주주이었던 원고 대표이사는 처음부터 신주를 인수할 권리가 없었고, 원고는 실권주를 인수한 것이 아니다. 이 사건 유상증자는 불균등 유상증자 분여가 아니므로, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목의 자본거래 유형에 해당하지 아니한바, 이를 전제로한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 설령 불균등 유상증자로 보더라도, 경제적 합리성을 갖추어 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이 아니며, 2019. 6. 말경을 이 사건 신주의 가치평가 기준일로 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 원고의 주식 취득 경위에 대한 피고의 세무조사가 중복 세무조사인지 여부

1) 관련 법리

구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항은 ⁠“세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”고 규정하고, 제2항은 ⁠“세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하고 있다.세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해하고 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로, 앞서 본 바와 같이, 구 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무조사를 필요한 최소한의 범위 내에서 실시하고 세무조사권을 남용하지 못하도록 규정하고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복 세무조사를 원칙적으로 금지하고 있는 것이다. 다만 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 중복 세무조사는 같은 세목 및 과세기간에 대하여 재조사를 금하는 것이어서 당초 조사와 재조사의 과세기간이나 세목이 다르다면 중복 세무조사에 해당하지 않는다(대법원 2006. 5.25. 선고 2004두11718 판결 참조).

2) 구체적 판단

살피건대, 안양세무서가 2021. 7.경 이**에게 해명자료를 제출하라는 안내를 한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 이는 ⁠‘착오 등으로 양도소득세를 과소신고한 경우에는 2021. 7. 15.까지 수정신고·납부하여 달라’는 취지의 안내로서 ⁠“제출기한까지 회신이 없거나 제출한 자료의 내용이 불분명한 경우에는 확인된 내용대로 세금이 부과될 수 있음을 알려드립니다.”라고 기재되어 있는바, 원고가 제출한 증거만으로는 안양세무서가 이**이나 리*** 또는 원고에 대하여 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 있는 세무조사를 실시하였다거나 혹은 실시할 예정임을 밝혔다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 설령 안양세무서가 이**에 대한 세무조사를 실시하였다고 하더라도, 피고는 이**이 아니라 원고를 상대로 세무조사를 실시한 점, 안양세무서는 주식을 특수관계인에게 저가로 양도하여 양도소득세를 과소신고하였다는 점에 관하여 조사하였고 피고는 원고의 법인세 등에 관하여 조사하였으므로 그 조사 대상 세목이 다른 점 등에 비추어 보면, 이를 중복 세무조사라고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

라. 이 사건 처분의 적법 여부

1) 이 사건 처분의 근거규정

구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항은 익금을 ⁠‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액’으로 규정하고, 같은조 제3항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제8호는 그러한 수익의 하나로 ⁠‘구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 들고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2(이하 ⁠‘8호의2’라고만 한다)는 부당행위계산의 유형으로 ⁠‘제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병ㆍ분할, ｢상속세 및 증여세법｣ 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다.

위와 같은 규정은 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 법인세 과세대상으로 포착하여 과세하려는 규정으로서, 8호의2의 ⁠‘제8호 외의 경우로서 증자’에는 상법 제418조 제2항 이하에 규정된 제3자 배정방식에 따른 증자도 포함된다고 해석하여야 한다. 이는 ㉠ 8호의2의 문언상 제3자 배정방식에 따른 증자가배제되는 것이 아닌 점, ㉡ 상속세 및 증여세법 제39조 제1항 제1호 다목에서 ⁠“해당법인의 주주등이 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익”을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다고 규정하고 있어 제3자 배정방식의 유상증자에 관하여도 명시적으로 규정하고 있는 점, ㉢ 주주 배정방식의 경우와 달리 제3자 배정방식의 신주발행의 경우 구주주의 의사결정과 관계없이 신주 인수가 이루어지기는 하나, 신주를 제3자 배정방식을 통해 시가보다 낮은 가액으로 발행하는 경우 구주주가 기존에 보유하고 있던 주식의 가치가 낮아지게 되고, 이는 법인세법상 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 구주주가 신주주에게 이익을 분여하였다고 보는 실권주 인수의 경우와 다르지 아니한 점 등에 비추어 보면 더욱 명확하다.

그리고 구 법인세법 시행령 제11조 제8호에서 말하는 ⁠‘특수관계인’은 법인인 주주 뿐만 아니라 개인 주주도 포함한다고 해석하여야 한다(대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두 39809 판결 참조).

2) 처분사유의 존재 여부

살피건대, 원고는 이 사건 증자가 상법 제418조 제2항에 의한 유상증자라고 주장하나1), 앞서 본 바와 같이 상법 제418조 제2항 이하의 제3자 배정방식의 유상증자도 8호의2에서 말하는 ⁠‘증자’에 해당하므로, 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 처분의 처분사유는 인정된다.

한편 앞서 든 증거, 갑 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ㉠ 리***의 주주는 원고의 대표이사인 이** 1인이었는데, 리***가 제3자 배정 방식으로 이 사건 증자를 하여 원고로부터 그 액면가액 상당의 주금을 납입받고 이 사건 신주를 귀속시킨 점, ㉡ 그로 인하여 원고가 리***의 주식 106,000주를, 이**이 리***의 주식 20,000주를 각 보유하게 된 점, ㉢ 이 사건 신주의 실질가치는 그 액면가액을 현저히 초과하는 것으로 보이는 점, ㉣ 원고의 대체전표에는 이 사건 신주의 가치가 액면가를 기준으로 기재된 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 신주를 취득함으로써 리***의 자본을 증가시키고, 이러한 거래를 통하여 특수관계인이자 리***의 주주인 이**로부터 이익을 분여받았다고 볼 수 있다.

3) 경제적 합리성이 인정되는지 여부

구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 법인세법 제52조 제1항에 따라 ⁠‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에 적용되는 규정이고, 위 ⁠‘특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 경제인의 입장에서 볼 때 경제적 합리성을 무시한 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 조세 부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우를 의미한다. 여기에서 경제적 합리성의 유무는 단순히 비특수관계자와의 거래형태와 비교하여 비특수관계자라면 통상 할 수 없는 행위 또는 계산인데 특수관계자이기 때문에 행할 수 있다는 기준에 의하여 결정할 수는 없고, 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하되 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등참조).

살피건대, 원고와 리***가 2019. 6. 30. 원고의 리***에 대한 운전자금 대여금480,400,000원의 상환에 갈음하여, 리***가 원고에게 신주를 발행하기로 한 사실은 앞서 본 바와 같다(이하 ⁠‘출자전환 합의’라 한다). 그러나 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ㉠ 위 출자전환 합의에도 신주발행가액을 2018년 말 시가를 기준으로 하되 액면가를 초과하지 않기로 한다고 정하여 저가발행을 의도하고 있었던 점, ㉡ 원고와 리***는 위 출자전환 합의의 이행을 하지 아니하였던 점, ㉢ 원고는 2020. 5.경 뒤늦게 출자전환 합의에 따라 이행하려 하였으나 준비 서류가 복잡하고 시간이 소요되며 과태료 부과 가능성이 있다는 이유로 유상증자를 하기로 결정하고 그에 따라 이 사건 증자를 하였다고 주장하고 있는 점, ㉣ 이 사건 증자 당시에도 리***의 당시 주식의 실제 가치를 평가하였다는 사정은 보이지 아니하고, 단순히 액면가로 신주를 발행한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 신주의 취득에 관한 거래가 경제적 합리성을 갖추었다고 인정할 수 없으며, 이에 대한 과세가 실질과세의 원칙을 위반하였다고 볼 수도 없다.

마. 증여재산가액의 평가기준일을 2019. 6.말경으로 보아야 하는지 여부

앞서 본 바와 같이 원고와 리***가 2019. 6. 30. 출자전환 합의를 한 사실은 인정되나 이는 이행되지 아니하였고, 원고와 리***는 그에 갈음하여 유상증자를 실시하기로 결정하였는바, ㉠ 증자에 따른 주식 취득의 효과는 신주인수인이 그 주금을 납입함으로써 생기므로(상법 제423조 제1항) 주금납입의 시점을 기준으로 신주인수인이 인수한 주식의 취득 시기와 그 가액을 산정하여야 함이 타당한 점, ㉡ 상속세 및 증여세법 제39조 제1항은 ⁠“법인이 자본금을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분을 발행함으로써 이익을 얻은 경우에는 주식대금 납입일 등 대통령령으로 정하는 날을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.”고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 상속세 및 증여세법 시행령 제29조 제1항 제3호는 증여일을 ⁠“주식대금 납입일”로 규정하고 있는 점 등에 비추어 불균등 유상증자로 인한 증여재산가액의 평가기준일을 위 출자전환 합의일로 볼 수 없다. 주금이 납입된 2021. 5.경을 기준으로 그 증여재산가액을 평가한 이 사건 처분은 적법하고, 이와다른 전제의 원고 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 청주지방법원 2024. 08. 29. 선고 청주지방법원 2024구합50181 판결 | 국세법령정보시스템