요지

이 사건 위탁관리비 전액이 이 사건 용역의 대가이므로 부가가치세 과세표준은 이 사건 위탁관리비 전액에 해당하는 금액이지 이 사건 위탁관리비 중 일부분인 이윤에 해당하는 금액은 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 20OO.OO.OO. 원고에 대하여 한 제1심판결 별지 1. 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 등 이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하고, 다음

3항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유(‘3. 결론’ 부분을 제외하고 별지를 포함한다) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정 부분

4쪽 아래에서 2행의 ⁠“부가가치세법상”을 ⁠“부가가치세법 제10조 제7항 등에 따라”

로 수정

6쪽 아래에서 4행 위에 다음을 추가

『부가가치세법상 사업자는 재화 또는 용역(이하 ⁠‘재화 등’이라 한다)을 공급하는

때에 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하고(구 부가가치세법 제15조) 거래징수한 부가가치세를 매출세액으로 납부하되, 그 거래징수한 세액(매출세액)에서 자신이 재화 등을 공급받을 때에 징수당한 부가가치세(매입세액)를 공제한 차액을 납부함으로써 거래 단계에서 창출한 부가가치에 해당하는 부분에 대해서만 부가가치세를 부담하게 된다(이른바 ⁠‘전단계 세액공제방식’). 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라의 부가가치세는 소득세․법인세와 달리 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로 비용 공제의 개념이 없고, 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과된다(헌법재판소 2011. 2. 24. 선고 2009헌바11 결정 참조). 따라서 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부는 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조).』

7쪽 8행부터 7쪽 10행까지를 다음과 같이 수정

『(1) 원고와 AA시 사이에 체결된 이 사건 환경시설에 관한 위․수탁 계약 제7조 제1항은 ⁠‘위․수탁 업무 수행에 소요되는 모든 비용은 원고가 부담하되, 지방공기업법 제26조 및 법인세법 시행령 제31조의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 비용은 AA시가 부담하며, 시행은 원고로 하여금 하게 할 수 있다’고 규정하고, 제12조 제4항은 ⁠‘AA시가 무상 제공하기로 정한 재산 이외의 운영관리에 필요한 비품, 자재, 기구 등은 원고의 부담으로 확보한다’고 규정하고 있다. 그리고 제17조는 ⁠‘원고는 위탁시설을 운영․관리하면서 원고의 귀책사유로 발생되는 사고에 대하여 민․형사상의 모든 책임을 진다’고 규정하며, 제19조 제4항은 ⁠‘위탁업무 처리와 관련하여 제3자에게 손해를 입힌 때에는 원고의 부담으로 배상한다’고 규정하고 있다. 또한 이 사건 문화시설에 관한 위․수탁계약 제5조 제2항은 ⁠‘원고는 수탁시설 관리자로서 유지․관리에 대한 책임을 진다’고 규정하고, 제10조 제1항은 ⁠‘문화스포츠센터의 이용료 및 사용료는 시장의 승인을 얻어 수탁운영자가 별도로 정하며, 사용료를 변경하고자 할 때에도 AA시의 사전 승인을 얻어야 한다’고 규정하며, 제12조 제1항은 ⁠‘원고는 수탁재산 및 이용자들의 안전사고 예방을 위하여 필요한 조치를 취하여야 하며, 발생하는 사건․사고에 대하여 민․형사상의 모든 책임을 진다. 다만, 원고의 귀책사유가 없는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고, 제12조 제3항은 ⁠‘원고 또는 제3자가 위탁재산을 고의 또는 과실로 훼손하거나 망실한 때에는 원고가 이를 AA시에 배상하여야 한다’고 규정하고 있다.

위와 같은 이 사건 각 위․수탁 계약의 관련 규정 및 취지에 비추어 보면, 원고의 이 사건 각 위․수탁계약상 의무는 이 사건 위탁시설에 대한 시설운영, 시설유지․보수, 사용료 징수 등 이 사건 위탁시설의 포괄적인 관리․운영 일체이다. 따라서 이 사건 전체 사업비는 그 명목 여하에 불구하고 원고가 제공하는 이 사건 위탁시설의 관리․운영 용역과 금전적 대가관계에 있는 것으로 볼 수 있다.』

8쪽 1행의 ⁠“위탁사업비와 위탁수수료로 나눈 것에 불과하여”를 다음과 같이 수정

『원고가 투입한 실제 비용만큼 대내적으로 보전하는 이 사건 위탁사업비와 순수한 이윤인 이 사건 위탁수수료로 그 계약상 명목을 나눈 것에 불과하다. 따라서 이는』

8쪽 4행 아래에 다음을 추가

『(3) 원고는 종전 확정판결 당시 AA시와 체결한 위․수탁계약은 ⁠‘총액계약’의 형식을 취하여 사용하고 남은 위탁사업비를 반납하는 규정을 두고 있지 아니하였으므로 총액으로 지급받은 위탁사업비를 지출하고 남은 금액이 원고의 손익으로 귀속되었으나, 이 사건 각 위․수탁계약은 분기별로 위탁사업비를 사용하고 남은 금액을 반납하는 조항을 두고 있어 이 사건 용역의 손익이 원고에게 전혀 귀속되지 아니한다고 주장한다. 그러나 이 사건 각 위․수탁계약이 위탁사업비의 잔액을 반납할 것을 규정하고 있는 이유는, 종전 확정판결 사안에서 이 사건 위탁사업비를 포함한 연간 총비용을 월별로 배분하고 초과 이윤을 원고에게 귀속시켰던 것과 달리, 원고에게 위탁사업비 외에 일정 비율의 위탁수수료를 지급하도록 하여 적정한 이윤을 적극적으로 보장함에도 그에 더하여 위탁사업비의 잔금까지 초과 귀속시키는 것은 불합리하기 때문이고(AA시가 원고의 이 사건 각 위ㆍ수탁계약의 수행을 통한 이윤을 적정선에서 통제하기 위한 것으로도 보인다), 이는 단순히 위탁사업비의 지급시기나 방식 등을 수정․변경한 것에 불과하여 이에 따라 원고가 지급받는 위탁사업비의 성격이 달라진다고 보기 어려운 점, 사업활동 이후에 미사용액을 반환하는 약정이 있었다고 하더라도 사업활동 당시에 확정되는 부가가치세 과세표준을 달리 산정할 수 있다고 보기 어려운 점, 이 사건 각 위․수탁계약에 의하여 원고가 AA시에 제공하는 용역의 성질이 종전 확정판결 사안과 실질적으로 동일한 점 등을 고려하면, 위와 같은 사정만으로 원고에게 이 사건 용역의 손익이 귀속되지 아니한다고 단정하기도 어렵다(그리고 설령 원고에게 이 사건 용역의 손익이 귀속되지는 아니한 것으로 볼 여지가 있다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부는 원칙적으로 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하므로 그러한 점만으로 이 사건 결론에 무슨 영향이 있다고 볼 수도 없다).』

8쪽 5행의 ⁠“(3)”을 ⁠“(4)”로, 8쪽 8행의 ⁠“(4)”를 ⁠“(5)“로, 8쪽 아래에서 7행의 ”(5)“를 ” ⁠(6)“으로 수정

8쪽 5행의 ⁠“이 사건 각 위탁계약에”를 다음과 같이 수정

『이 사건 각 위․수탁계약에 따라 인력을 직접 채용․배치하였는데, 이 사건 위탁 사업비 중 인건비의 지급대상이 되는 직원은 모두 원고 소속이고, 사용자의 지위에서

근로자들과 근로계약을 체결하고 원천징수의무자의 지위에서 근로소득세를 원천 징수하여 매년 피고에게 근로소득지급명세서를 제출하는 주체도 AA시가 아닌 원고이다. 그리고 원고는 이 사건 각 위․수탁계약에 따라』

8쪽 아래에서 10행의 ⁠“매입만 존재하고 매출이 누락되는”을 ⁠“외주업체로부터 용역을 공급받아 발생한 매입만 존재하고 이에 대응하여 원고의 회계장부상 수입으로서 AA시에 관리․운영 용역을 제공함으로써 발생한 매출이 누락되는”으로 수정

8쪽 아래에서 4행의 ⁠“취득하였다는”을 ⁠“취득하였다고 하더라도 이는 AA시가 출자하여 설립된 지방공기업인 원고가 이 사건 위탁사업비의 지출에 관하여 지방자치단체인 AA시로부터 통제를 받는 것에 불과하다[원고는 구 지방공기업법(2015. 12. 15. 법률 제13568호로 개정되기 전의 것) 제1조, 제3조, 제49조에 따라 주민복리를 증진하고 민간경제를 위축시키지 아니하는 방향으로 운영되도록 AA시장으로부터 지방공기업법 제73조 제1항에 의한 업무의 관리․감독을 받고, 제74조에 따라 업무, 회계 및 재산에 관한 사항의 검사를 받는다]. 따라서 그와 같은”으로 수정

9쪽 아래에서 10행의 ⁠“사정만으로” 오른쪽에 ⁠“하청업체들이 원고가 아닌 AA시가 ⁠‘공급받는 자’임을 쉽게 알 수 있었다거나”를 추가

9쪽 아래에서 9행의 ⁠“볼 수 없다” 오른쪽에 다음을 추가

『[그리고 원고와 같이 지방공기업법에 따라 설립된 BB도시공사는 BB시와 사이에 공영주차장, 체육센터 등의 관리․운영 위탁계약을 체결한 후 위탁수수료에 관하여만 매출세액 신고를 하고 이 사건 위탁사업비와 실질적으로 동일한 성격을 갖는 대행 사업비에 관하여는 매출세액 신고를 하지 아니하였다가 그 대행사업비 상당액이 부가가치세 과세표준으로 산입되자 부가가치세 부과처분 취소를 청구(OO지방법원 20OO구합OOOO호)하였는데, 그 청구가 기각되었고, 이에 대하여 항소(OO고등법원 20OO누OOOO호)하였으나 항소도 기각되었으며, 이에 대하여 상고하였으나 심리불속행으로 기각(대법원 20OO.OO.OO.자 20OO두OOO 판결)되어 BB도시공사 패소 판결이 확정되었다. BB도시공사는 위 소송과정에서 BB시에 대한 준위탁매매인임을 주장하였으나 그 주장이 받아들여지지 아니하였다]』

9쪽 아래에서 2행부터 10쪽 6행까지를 다음과 같이 수정

『(1) 지방공기업법 제53조 제1항, 제2항 및 제76조 제2항에 의하면, 지방공단의 자본금은 그 전액을 지방자치단체가 현금 또는 현물로 출자하는 반면에, 지방공사는 운영을 위하여 필요한 경우 자본금의 1/2 범위 내에서 지방자치단체 외의 자가 출자할 수 있다. 그리고 지방공단의 경우 지방공기업법 제76조 제2항이 공단의 설립․운영과 관련하여 지방공사의 손익금 처리에 관한 지방공기업법 제67조를 준용하고 있지 아니하여 법에 따른 손익금 처리가 불가능하므로 실질적으로 수익성 위주의 사업을 추진하는 것이 사실상 곤란하다. 그러한 이유로 지방공단 대부분은 지방자치단체의 공공업무 대행기관으로서 주로 공공시설 관리 분야에서 설립․운영되고 있는 것과 달리, 지방공사는 일반적으로 지방자치단체가 지역주민의 공공복리를 증진하고 그 행정운영에 협력하게 하기 위하여 스스로 출자하여 지방자치단체구역 내에 설립하여 재정적․행정적 원조를 제공하고 있어 그 경영에 관여하는 법인의 성격을 갖는다. 따라서 지방공단과 지방공사는 그 설립 목적 및 성격에 분명한 차이가 있다.

(2) 부가가치세법 제26조 제1항 제19호는 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는데, 다만 부가가치세법 시행령 제46조는 민간부문과 경쟁관계에 있는 사업부문에 관한 재화 또는 용역과 특정 재화 또는 용역의 경우에 위와 같은 면세 대상에서 제외하고 있다. 이에 따라 지방공단이 제공하는 재화 등의 경우에는 구 조세특례제한법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전부 개정된 것)에서부터 부가가치세 면제대상에 포함되었는바(제106조 제7항 제22호), 이는 위와 같은 지방공단의 공공성으로부터 비롯된 것이다(지방공사의 경우에는 같은 시행령 제106조 제7항 제21호에 따라 ⁠‘농수산물도매시장사업’을 수행하기 위하여 설립된 경우로만 한정하여 부가가치세 면제대상이 된다). 한편 지방공사가 제공하는 재화 등의 경우 이 사건 시행령 규정이 제정되면서 비로소 부가가치세 면제대상에 포함되었는바(위 제106조 제7항 제22호의2) 지방공단과 일반적인 지방공사는 과세에 있어서도 입법적 차이가 있다.』

10쪽 7행의 ⁠“(2)”를 ⁠“(3)”으로, 10쪽 아래에서 8행의 ⁠“(3)”을 ⁠“(4)”로 수정

10쪽 아래에서 4행의 ⁠“보이는바” 오른쪽에 다음을 추가

『(지방자치단체의 업무를 대행하는 경우 지방공사에 대한 부가가치세를 면제하게 되면 지방공단과 달리 법령상 수익성을 추구하는 것이 가능하고 법인의 성격을 갖는 지방공사의 특성상 자칫 과도한 혜택을 부여하는 결과가 되어 민간기업과의 경쟁을 왜곡시킬 수 있기 때문으로 보인다)』

11쪽 11행의 ⁠“없고,”부터 11쪽 15행의 ⁠“어렵다.”까지를 다음과 같이 수정

『없다고 하더라도 과세관청이 유사한 납세의무자에 대하여 일괄적으로 세무조사를 실시하여 일률적으로 과세하기는 현실적으로 어려운 점, 다른 지방공사들 역시 동일한 세무조사를 받을 경우 부과제척기간 내에서 과세될 가능성이 여전히 있는 점, 피고는 과거 감사원의 감사를 거쳐 부가가치세 과세처분을 하였고 종전 확정판결이 확정된 이후 원고가 위 판결의 취지에 따라 부가가치세 과세표준을 산정하였는지 여부를 확인하는 과정에서 이 사건 처분을 하기에 이르렀던 점 등을 고려하면, 이는 과세관청별로 과세권을 현실적으로 행사하였는지 여부에 관한 문제일 뿐, 이를 두고 부가가치세법의 해석․적용 문제로 보거나 과세관청이 다른 지방공사들에 대하여 과세권의 행사를 사실상 포기한 것으로 평가하기 어렵다.』

12쪽 4행의 ⁠“원고가” 왼쪽에 ⁠“이 사건의 경우 이 사건 전체사업비의 내용이나 AA시에 대한 용역의 공급이라는 거래행위의 실질이 종전 확정판결 사안과 근본적인 차이가 없는 점까지 고려하면”을 추가

3. 판단의 보충 및 추가

원고는 설령 이 사건 전체사업비가 이 사건 용역의 대가로 지급된 것이라고 하더라도 이 사건 환경시설에 대한 위․수탁계약 제7조 제1항 단서에 따라 AA시가 직접 부담하기로 약정한 자본적 지출에 해당하는 비용에 관하여는 원고가 그 부담 비용을 제3자에게 전달한 것에 불과하여 이 사건 용역의 대가에 해당하지 아니하므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 설령 원고의 주장과 같은 자본적 지출이 있었다고 하더라도 이 사건 환경시설에 대한 위․수탁계약 제7조 제1항 단서가 자본적 지출에 해당하는 비용을 AA시가 부담하도록 한 취지는 원고가 자신의 계산과 책임으로 이 사건 환경시설 관리․운영 용역을 제공하는 대신 이 사건 위탁사업비를 초과하는 비용이 자본적 지출로 소요된다고 하더라도 그에 관한 비용도 다른 위탁사업비와 마찬가지로 관련 법령에 따라 AA시가 지급하는 것을 확인하는 것에 불과하다고 보이므로(종전 확정판결 사안에도 적용되었던 AA지방공사 설치 운영 조례 제20조1) 제3항에 의하면, ⁠‘대행사업의 비용 부담에 관하여는 지방공기업법 시행령 제63조의 규정에 의하고 그 이외의 필요한 사항은 위탁자와 수탁자가 상호 협의하여 정하되 시장의 승인을 얻어야 한다’고 규정하고 있는바, 지방공기업법 시행령 제63조 제2항2)은 공사가 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위를 구체적으로 명시하고 있다) 위 비용 역시 원고의 용역 공급이라는 거래행위를 기준으로 금전적 대가관계에 있다고 볼 수 있다. 게다가 피고가 이 사건 처분의 전제가 되는 부가가치세 과세표준을 산정하는 과정에서 AA시를 공급받는 자로 하여 직접 외주업체로부터 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 이미 제외한 이상, 원고가 공급받는 자로서 매입세금계산서를 수취한 부분은 실질적인 비용 지출의 주체와는 별개로 원고가 자신의 경제적 비용과 법적 책임으로 이 사건 위탁시설의 관리․운영 용역을 수행하는 과정에서 지출한 비용으로서 부가가치세 과세표준에 포함된다고 보는 것이 타당하다. 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것이다. 이와 결론을 같이한 제1심판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2019. 01. 16. 선고 서울고등법원 2018누37993 판결 | 국세법령정보시스템