요지

법률 제9270호 부칙 제14조에 따라 해당기간에 취득한 자산은 일반세율은 적용하나 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택은 장기보유특별공제는 배제됨

판결내용

아래와 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2022. x. 13. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다

청구취지 

피고가 2022. x. 13. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. x. 19. 서울 000구 소재(이하 ⁠‘이 사건 주택’ 이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2020. x. 17. 이 사건 주택을 x,xxx,xxx,xxx원에 양도하였는데, 원고의 세대는 이 사건 주택 양도 당시 이 사건 주택을 포함하여 3개의 주택을 보유하고 있었고, 이 사건 주택이 소재한 서울 000구는 조정대상지역으로 지정된 곳이었다.

나. 원고는 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것, 이하 ⁠‘이 사건 부칙’이라 한다) 제14조 제1항(이하 ⁠‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에서 정한 ⁠‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지’ 이내라는 이유로 이 사건 부칙조항에 따른 특례에 따라 양도가액 9억 원 초과분에 대한 양도차익을 계산하고 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 2020. x. 5. 2020년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 이 사건 부칙조항이 적용되지 않고 원고의 세대가 이 사건 주택 양도 당시 이 사건 주택을 포함하여 3개의 주택을 보유하고 있는 다주택자이며 이 사건 주택이 소재한 서울 영등포구가 조정대상지역으로 지정된 곳이라는 이유로 2022. x. 13. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 기각되었다.

2. 관계법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법여부

 가. 원고 주장의 요지

  이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

  1) 이 사건 부칙조항은 주택취득시를 기준으로 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 주택에 대하여 그 양도 시기와 관계없이 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용한다는 취지인데, 이 사건 부칙조항이 그 시행 이후 현재까지 폐지되지 않은 채 존속하고 있으므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율을 적용하여야 한다.

  2) 이 사건 부칙 제14조 제2항은 ⁠‘제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유 기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.’라고 규정하고 있었는데, 이후 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 위 제14조 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 또한 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 본문 괄호의 ⁠‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 ⁠‘제104조 제7항이 적용되어 그에 따른 중과세율을 적용받는 자산’으로 해석함이 타당한데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율이 적용되어 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 중과세율이 적용되지 아니하므로 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

 나. 이 사건 부칙조항에 따른 일반세율 적용 여부

  1) 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니고(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조), 이는 경과규정뿐 아니라 다른 부칙조항에서도 마찬가지라 할 것이다.

  2) 이 사건 부칙조항의 체계와 문언, 연혁 등에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 부칙조항은 여전히 유효하다고 봄이 타당하므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율을 적용하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

   ① 이 사건 부칙조항은 그 자체에서 효력이 유지되는 기간 내지 적용기한을 정하고 있지 않고, 위 부칙조항이 신설된 후 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도위 부칙조항을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었던바, 위 부칙조항은 현재까지 그대로 존속하고 있다고 보아야 한다.

   ② 이 사건 부칙조항은 그 문언이 ⁠‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득’에 대하여는 ⁠‘제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정’에도 불구하고 ⁠‘같은 항 제1호에 따른 세율’을 적용한다고 되어 있다. 당시 소득세법 제104조 제1항 제1호는 양도소득세에 관한 일반세율을, 같은 항 제4호는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율을 정하는 규정이므로, 결국 위 부칙조항의 의미는 ⁠‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 하더라도, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용한다.’는 것이다.

      즉, 당시 소득세법 제104조 제4항이나 제6항이 ⁠‘2012년 12월 31일까지 양도’한 자산에 대한 세율의 특례를 정한 반면, 이 사건 부칙조항은 그 취득 시기를 기준으로 특정 기간에 취득한 자산(주택)에 대한 세율의 특례를 정한 것으로서 위 기간에 취득한 자산은 그 양도 시기에 관계없이 특례규정의 적용을 받는다고 볼 것이다.

   ③ 이 사건 부칙조항이 ⁠‘제104조 제1항 제4호’를 인용하여 규정하고 있다고 하여, 그 효력까지 위 규정의 존속을 전제로 한다고 볼 수 없다. 즉, ⁠‘소득세법 제104조 제1항 제4호’가 이후 소득세법 개정으로 삭제되었다고 하여 이 사건 부칙조항도 그와 운명을 같이하여 당연히 실효된다고 볼 수 없다.

 다. 장기보유특별공제 적용 여부

  1) 구 소득세법 제95조 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.’라고 규정하고, 같은 조 제2항은 양도차익에서 공제할 ⁠‘장기보유 특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ⁠‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’라고 규정한다.

    위 규정의 문언과 형식에 의하면, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

    이와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정은 ⁠‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있는데, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 규정하고 있다.

    이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에 따라 이 사건 주택의 양도에 관하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

  2) 원고는 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다.

    그러나 ① 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아닌 점(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조), ② 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었을 뿐이고, 위 제14조 제2항이 삭제된 것은 위 개정 당시 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정을 ⁠‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다’에서 ⁠‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’로 개정하여 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하도록 하면서 그 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보이므로, 위 제14조 제2항이 삭제된 것을 두고 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제의 특례를 특별히 정한 것이라고 볼 수는 없는 점, ③ 이후 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 소득세법이 개정되면서 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정이 ⁠‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다’에서 ⁠‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다’로 개정되면서 다시 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 하였고, 그 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ⁠‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다.’라고 규정한 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로 이 사건 주택의 양도에 관하여 장기보유특별공제가 적용된다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

    원고는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호의 ⁠‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 ⁠‘제104조 제7항이 적용되어 그에 따른 중과세율을 적용받는 자산’으로 해석하여야 한다고도 주장한다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없는바(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 원고의 위 주장은 ⁠‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언에 명백히 반하는 것으로서 받아들일 수 없다.

 라. 소결론

  이상과 같이 이 사건 주택의 양도에 관하여는 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율이 적용되어야 하나, 장기보유특별공제가 적용될 수는 없다고 봄이 타당하다. 이에 따라 계산한 정당세액은 xx,xxx,xxx원이므로, 이 사건 처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 07. 17. 선고 서울행정법원 2023구단78036 판결 | 국세법령정보시스템