요지

이 사건 위탁관리비 전액이 이 사건 용역의 대가이므로 전액이 부가가치세 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20OO.OO.OO. 원고에 대하여 한 별지 1. 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다는 판결 이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19OO.OO.OO. 지방공기업법에 따라 AAA시 환경기초시설의 운영 등을 목적으로 하여 AAA시가 자본금 100%를 출자하여 설립한 법인이다.

나. 원고는 AAA시와 사이에, 2000. 1. 1.부터는 12개의 하수처리장, 분뇨처리장, 축산폐수처리장, 마을하수도 시설(이하 ⁠‘이 사건 환경시설’이라고 한다)의 운영 및 관리업무를, 2011. 7. 1.부터는 AAA시 소유의 문화스포츠센터 시설(이하 ⁠‘이 사건 문화시설’이라고 하고, 이 사건 환경시설과 통틀어 ⁠‘이 사건 위탁시설’이라고 한다)의 운영 및 관리 업무를 각 수행하기로 하는 위·수탁 계약(이하 ⁠‘이 사건 각 위․수탁계약’이라고 하고, 원고가 AAA시에 제공한 위 각 위탁사업 관련 용역을 통틀어 이하 ⁠‘이 사건 용역’이라고 한다)을 체결하였다.

다. 원고는 이 사건 위․수탁계약에 따라 AAA시로부터 이 사건 위탁시설의 운영을 위한 인건비, 전기, 수도요금 등의 위탁사업비와 위탁수수료(이하 ⁠‘이 사건 전체 사업비’라고 한다)를 수령하였다.

라. 원고는 2004년 제1기 ~ 2008년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 환경시설의 운영 및 관리업무와 관련하여 AAA시로부터 지급받은 이 사건 전체 사업비 중 위탁수수료를 제외한 위탁사업비를 부가가치세 면세대상으로 신고하였는데, 이에 대해 BBB세무서장이 위 위탁사업비를 부가가치세 과세표준에 산입하여 부가가치세를 경정․고지하자 OO지방법원 20OO구합OOOO호로 위 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 그러나 위 법원은 2010. 10. 6. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 원고의 항소(OO고등법원 20OO누OOOO) 및 상고(대법원 20OO두OOOO)가 모두 기각되어 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 ⁠‘종전 확정판결’이라고 한다).

마. 피고는 20OO.OO.OO.부터 20OO.OO.OO.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 2011년 제1기 ~ 2015년 제1기의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 전체 사업비 중 주차장 관리수입․종량제 쓰레기봉투 판매수입 및 위탁수수료(이하 ⁠‘이 사건 위탁수수료’라고 한다)를 제외한 나머지 금 OOO원(이하 ⁠‘이 사건 위탁사업비’라고 한다)을 부가가치세 과세표준 신고에서 누락하고, 법인세 신고시 이 사건 위탁사업비 지출로 발생한 매입세액을 공제받지 않고 손금으로 산입한 것이 부당하다고 판단하였다.

바. 이에 피고는 20OO.OO.OO. 이 사건 위탁사업비 전부를 부가가치세 과세표준에 포함하는 한편, 이 사건 위탁사업비 지출에 관한 불공제 매입세액을 전부 공제하고, 이를 손금불산입하여 법인세 과세표준에 포함하는 내용의 경정결의를 하여, 원고에게 별지 1. 기재 각 법인세 및 부가가치세를 부과하는 고지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

사. 원고는 20OO.OO.OO. 이 사건 처분의 취소를 구하며 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20OO.OO.OO. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5호증, 을 제 1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 처분의 위법성 주장

가) 원고는 종전 확정판결이 확정된 이후 이 사건 위탁사업비 수령방식을 종래의 ⁠‘총액계약방식’에서 ⁠‘분기별 정산방식’으로 변경하였는바, 이에 따라 원고는 AAA시로부터 확정된 위탁사업비가 아니라 1년 단위의 기초예산액만을 지급받게 되었고, 만일 실제 지출된 위탁사업비가 기초예산액보다 적을 경우에는 AAA시에 남은 금액을 반납하고, 기초예산보다 더 많은 금액이 필요할 경우 AAA시에 추가예산을 요청하게 되었다. 종래의 총액계약방식에 의하면, 원고는 AAA시로부터 확정적인 사업비 총액을 받고 지출되는 위탁사업비를 절감함으로써 남는 이익을 원고에게 귀속시킬 수 있었으나, 분기별 정산방식으로 변경된 이상 원고는 이 사건 위탁사업비의 수령․지출에 관한 손익의 부담 주체가 아니므로, 이 사건 용역의 대가는 원고의 계산으로 수취한 위탁수수료에 한정되어야 한다.

나) 이 사건 각 위․수탁계약은, AAA시가 이 사건 위탁사업비의 모든 항목과 항목별 금액을 결정하는 점, 원고가 승인된 목적과 다른 용도로 사업비를 사용하기 위해서는 AAA시의 승인을 받아야 하는 점, 이 사건 위탁시설의 운영에서 발생하는 수익은 모두 AAA시에 귀속되고 원고는 이 사건 위탁사업비의 5%에 해당하는 위탁수수료만을 지급받는 점에 비추어 위탁매매 또는 상법 제113조에 의한 준위탁매매에 해당하는 것으로 보아야 하고 이는 부가가치세법상 부가가치세 부과대상이 아니다.

다) 2017. 2. 7. 신설된 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호의2(이하 ⁠‘이 사건 시행령 규정’이라고 한다)는 지방공사가 지방자치단체를 대행하여 공급하는 용역에 대해 부가가치세가 면제되도록 규정하고 있고, 같은 법 부칙(대통령령 제27848호, 2017. 2. 7., 이하 ⁠‘이 사건 부칙 규정’이라고 한다) 제23조 제1항에서 이 사건 시행령 규정의 시행 전에 설립한 지방공사가 지방공기업법에 따라 공사․공단과 합병하거나 자발적으로 공사․공단과 합병한 경우에도 적용한다고 규정하고 있다. 그런데 원고는 지방자치단체의 고유사업을 대행한다는 점에서 통합지방공사들과 동일하고, 원고가 통합지방공사와 달리 취급받아야 할 아무런 이유가 없는바, 이 사건 부칙 규정은 원고를 합리적 이유 없이 차별하여 부가가치세 면제 대상에서 제외하였으므로 평등의 원칙에 반하고 과잉금지 원칙을 위반하여 원고의 평등권과 재산권을 제한하는 위헌적인 규정에 해당한다.

라) 전국에는 원고와 같이 지방자치단체의 사업을 위탁받아 대행하는 지방공사가 많이 존재하는데 이 사건 처분과 같이 위탁사업비 총액을 부가가치세 과세표준에 산입하여 부가가치세를 부과하는 과세처분은 OO도 내 일부 지방공사들에 대해서만 이루어졌다가 원고와 CCC공사만을 제외한 나머지 공사들에 대해서는 과세처분이 이루어지지 않거나 과세처분이 취소되었다. 원고와 다른 지방공사들이 수행하는 위탁사업에 특별한 차이가 존재하지 않는 이상 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제1항에 반하여 위법하다.

마) 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 이 사건 처분 중 가산세 부과처분 부분의 위법성 주장

설령 이 사건 위탁사업비가 부가가치세 과세표준에 포함된다고 하더라도, 정부업무를 대행하는 단체가 대행사업비를 지급받아 지출하는 경우 이는 세금계산서 교부대상이 아니라는 과세적부심 심사례가 존재하여 원고가 이와 같은 공적견해표명을 신뢰한 점, 원고와 피고 사이에 이 사건 위탁사업비의 법적 성격에 관하여 견해 차이가 존재하여 원고에게 자발적인 납세의무 이행을 기대하기 어려웠던 점, 이 사건 시행령 규정이 과거 지방공사에 대하여 불필요한 과세를 한 것에 대한 반성적 고려에서 제정되어 납세의무 불이행에 대한 가벌성이 소급적으로 사라진 점 등을 고려할 때 원고에게는 납세의무가 없었다고 믿을만한 합리적인 사유가 존재한다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 2. 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 용역의 대가가 이 사건 위탁수수료에 한정되는지 여부

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제48조 제1항 및 부가가치세법 제29조 제1항, 제3항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다.

나) 이 사건 용역의 대가가 이 사건 전체 사업비 중 이 사건 위탁수수료 부분에 한정되고, 나머지 금액인 이 사건 위탁사업비는 원고가 AAA시를 대신하여 지출한 것에 불과하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 않고, 지출 금액에 상응하는 매입세액이 불공제 대상으로서 손금산입되어야 하는지에 관하여 살피건대, 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하면, 이 사건 위탁사업비는 원고가 AAA시에 공급한 이 사건 용역의 수행과정에서 원고의 계산으로 지출한 것에 해당하여 이 사건 위탁사업비와 이 사건 위탁수수료를 합한 이 사건 전체 사업비가 이 사건 용역의 대가로서 구 부가가치세법 제13조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항 및 부가가치세법 제29조 제1항, 제3항이 정하는 ⁠‘재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것’에 해당한다고 봄이 상당하다.

(1) 원고는 AAA시로부터 이 사건 위탁시설에 대한 시설운영, 시설유지․보수, 사용료 징수 등 관리․운영 업무 일체를 위탁받았고, 이 사건 위탁시설의 관리․운영 과정에서 발생하는 민·형사상 책임을 원고가 부담하기로 약정하였다.

(2) 원고와 AAA시는 2012. 2.경 이 사건 환경시설에 대한 위․수탁계약을 체결하면서 위탁사업비의 지급방식과 관련하여 위탁사업비의 연간 총 예산액을 먼저 정하고 이를 분기별로 배분하여 원고의 청구에 따라 지급하되 분기별로 정산을 하여 미사용액이 있을 경우 이를 AAA시에 반납하는 것으로 정하였다(위․수탁계약서 제15조). 그리고 원고와 AAA시는 2011. 6. 16. 이 사건 문화시설에 대한 위․수탁계약을 체결하면서 위탁사업비의 지급과 관련하여 AAA시가 원고에게 이 사건 문화시설의 운영․관리 경비를 매년 원고에게 선지급하되 효율적인 예산운영을 위하여 분기 또는 반기별로 지급할 수 있고, 위탁기간이 만료되거나 계약이 해지된 때 정산을 하여 잔액을 반납하도록 정하였다(위․수탁 계약서 제8조). 이와 같이 원고는 분기마다 AAA시로부터 인건비, 전기, 수도요금, 소모품 등의 경비 등으로 구성된 위탁사업비를 일정 금액으로 지급받고, 이와 별도로 위탁사업비의 5%에 해당하는 위탁수수료를 지급받기로 하였는데, 이는 사업비 내역을 위탁사업비와 위탁수수료로 나눈 것에 불과하여 원고가 위탁사업비와 위탁수수료를 별도로 나누지 않고 인건비, 경비, 일반관리비, 이윤 등으로 구성된 사업비 전체를 총액으로 지급받은 종전 확정판결 사안과 근본적으로 다른 것으로 보이지 않는다.

(3) 원고는 이 사건 각 위탁계약에 따라 AAA시로부터 수령하는 이 사건 전체 사업비를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하였고, 피고에게 법인세 신고를 함에 있어서도 이 사건 전체 사업비를 수입금액으로 신고하였다.

(4) 원고는 이 사건 위탁시설의 관리․운영과 관련하여 외주업체로부터 용역을 공급받을 경우 해당 업체로부터 원고를 공급받는 자로 하여 매입세금계산서를 수취하였고, 이에 상응하는 사업비에 대해서 매출세금계산서를 AAA시에 발급하지는 않았는바, 위 외주비용에 해당하는 사업비를 부가가치세 과세표준에서 제외하면 이 부분과 관련하여 매입만 존재하고 매출이 누락되는 결과가 되어 부당하다(피고는 원고의 부가가치세 과세표준을 산정하면서 AAA시가 공급받는 자로서 직접 외주업체로부터 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 제외하였다)

(5) AAA시는 이 사건 위탁시설의 관리․운영과 관련한 일체의 업무를 도급하고 수급인의 업무를 감독하는 도급인의 지위와 유사하므로, 원고가 AAA시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 AAA시에 반환함으로써 당초 약정한 위탁수수료만 취득하였다는 사정만으로 원고가 이 사건 위탁사업비의 지출에 관하여는 단순히 AAA시를 대행하는 지위에 있었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 용역의 대가가 이 사건 용역수수료에 한정된다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 원고가 위탁매매인 또는 준위탁매매인에 해당하는지 여부

상법 제101조, 113조에 의하면 ⁠‘자기명의로써 타인의 계산으로 물건 또는 유가증권의 매매를 영업으로 하는 자’를 위탁매매인이라고 하고, 자기명의로써 타인의 계산으로 매매아닌 행위를 영업으로 하는 자를 ⁠‘준위탁매매인’이라고 한다. 원고가 물건 또는 유가증권의 매매를 영업으로 하는 위탁매매인이 아님은 명백하므로, 원고가 준위탁매매인에 해당하는지에 관하여 살피건대, 위 2. 다. 1)항에서 살펴본 바와 같은 이 사건 각 위․수탁계약의 내용, 원고와 외주업체들의 계약 및 외주업체들의 원고에 대한 세금계산서 발급, 원고의 법인세 신고경위 등에 비추어 볼 때, 이 사건 위탁시설이 AAA시가 지방자치단체 고유의 사업으로 운영하고 있음이 명확한 시설들이라는 사정, 이 사건 문화시설에 대한 전자상거래 서비스 관련 업무를 담당하는 외주업체, 전자발권 업무를 대행하는 외주업체가 AAA시를 계약당사자로 하여 계약을 체결한 사례가 일부 존재한다는 사정만으로 이 사건 위탁사업비가 AAA시의 계산으로 지출된 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고가 자기 명의로써 타인의 계산으로 사업을 영위하는 준위탁매매인에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 부칙 규정이 무효인지 여부

살피건대, 아래의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 부칙 규정이 원고와 같은 지방공사의 평등권과 재산권을 침해한다거나 과잉금지 원칙 등에 위배되어 헌법에 위반한다고 는 볼 수 없다.

(1) 지방공단의 자본금은 그 전액을 지방자치단체가 현금 또는 현물로 출자하는 반면, 지방공사는 운영을 위하여 필요한 경우 자본금의 1/2 범위 내에서 지방자치단체 외의 자가 출자할 수 있고(지방공기업법 제53조 제1항, 제2항, 제76조 제2항), 지방공단이 제공하는 재화 등의 경우 구 조세특례제한법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전부 개정된 것)부터 부가가치세 면제대상에 포함되었는데(제106조 제6항 제22호), 지방공사가 제공하는 재화 등의 경우 이 사건 시행령 규정이 제정되면서 비로소 부가가치세 면제대상에 포함되는 등(위 제106조 제7항 제22호의2) 지방공단과 지방공사는 설립 및 과세 등에 있어 분명한 차이가 있다.

(2) 이 사건 부칙 규정에서 부가가치세 면제대상으로 정한 ⁠‘행정안전부장관 또는 지방자치단체의 장의 경영평가에 따른 경영개선명령(지방공기업법 제78조, 제78조의2)에 따라 공사․공단과 합병한 지방공사’나 ⁠‘설립 타당성 평가(지방공기업법 제49조)에 따라 자발적으로 공사․공단과 합병한 지방공사’는 기존의 형태로는 설립 목적을 달성하기 어려워 합병이라는 특별한 조치가 이루어진 지방공사 또는 지방공기업 통합이라는 정책적 목적에서 합병을 한 지방공사를 의미하는 것으로 보이므로 이에 해당하지 않는 원고가 위와 같이 합병된 지방공사와 본질적으로 같다고 볼 수는 없다.

(3) 이 사건 부칙 규정은 경영개선명령 또는 설립 타당성 평가에 따라 합병된 일부

지방공사 등이 종래에 납부한 부가가치세 등을 소급하여 감면․환급하여 줌으로써 지방공사의 재정운영에 도움을 주기 위한 목적에서 규정되었고, 이는 원고와 같은 일반적인 지방공사의 경우에는 그와 같은 정책적 배려를 하지 않는다는 입법적 결단이 반영된 것으로 보이는바, 앞서 본 바와 같이 원고와 통합지방공사가 그 본질에 있어 동일하다고 볼 수 없는 이상 이와 같은 입법적 결단이 평등의 원칙에 반하고 과잉금지원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 부칙 규정이 무효라는 원고의 주장은 이유 없다.

4) 이 사건 처분이 국세기본법 제18조 제1항에 위배되는지 여부

국세기본법 제18조 제1항은 ⁠“세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당

조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”라고 규정하여 세법 해석의 기준을 정하여 두고 있다. 이와 관련하여 원고는 전국의 수많은 지방공사들이 지방자치단체로부터 위탁받은 위탁사업에 대해 부가가치세를 납부하지 않았고, 과세관청도 대부분의 지방공사들에 이 사건 처분과 같은 부가가치세 부과처분을 하지 않았으므로 이는 국세기본법 제18조 제1항에 위배된다고 주장한다. 그러나 원고가 제출하는 증거만으로는 원고와 유사한 위탁사업을 영위하는 전국의 지방공사들 대부분이 해당 위탁사업과 관련하여 지방자치단체로부터 지급받은 위탁사업비에 대하여 부가가치세를 납부한 사실이 없고, 과세관청도 위 지방공사들에 대하여 부가가치세를 부과한 사실이 없다거나 부가가치세를 부과하지 않기로 결정하였다는 사정을 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 설령 그와 같은 사정이 존재한다고 하더라도 이는 각 과세관청별로 과세권을 현실적으로 행사하였는지 여부에 관한 문제일 뿐, 부가가치세법의 해석·적용의 문제라고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

5) 가산세 부과처분과 관련하여 납세의무 불이행에 정당한 사유가 있는지 여부

살피건대, 갑 제16호증의 기재만으로는 피고를 비롯한 과세당국이 원고와 같은 지방공사가 지방자치단체로부터 위탁사업비를 받아 위탁사업을 수행하는 경우 위탁사업비에 대하여 부가가치세를 부과하지 않겠다는 공적견해표명을 하였다고 보기 어렵다. 그리고 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두12986 판결 등 참조), 원고가 이 사건 위탁사업비의 법적 성격에 대하여 피고와 다른 견해를 가지고 있었다는 사정만으로 원고에게 납세의무가 없었다고 믿을 만한 합리적인 사유가 있다고 볼 수 없다. 또한 위 2. 다. 3)항에서 본 바와 같은 이 사건 부칙 규정의 내용 및 제정 취지에 비추어 이 사건 시행령 규정이 종래 지방자치단체로부터 위탁받은 사업을 시행한 지방공사에게 부과되었던 부가가치세가 불필요한 과세였다는 반성적 고려에서 제정된 것으로 보기도 어렵다. 따라서 원고에게 납세의무가 없었다고 믿을 만한 합리적인 사유가 존재하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2018. 02. 06. 선고 수원지방법원 2017구합65365 판결 | 국세법령정보시스템