요지

재정경제부 장관은 원고의 구체적인 질의사항에 대하여 회신하였고 이에 근거하여 투자하였으므로 피고의 처분은 신뢰보호원칙에 위배됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2015. 10. 8. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 982,420,580원(가산세

포함)의 부과처분 및 2014 사업연도 법인세 4,678,255,410원(가산세 포함)의 부과처분 을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

  이 유

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래 제2항과 같이 제1심 판결문의 일부를 고쳐 쓰거나 추가하는 것 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다(이하에서 사용하는 약어의 의미는 제1심 판결에서와 같다).

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제5쪽 제10행 아래에 다음의 내용을 추가한다.

『3) 설령, 피고의 주장대로 2013 사업연도와 2014 사업연도의 대상소득에 대한 법인세가 50%만 감면되어야 한다고 하더라도, 재정경제부장관으로부터 7년간 법인세 전액이 감면된다는 유권해석을 수령한 원고로서는 이 사건 2차 투자에 대한 법인세 전액감면이 2012년에 종료되는 것으로 인식할 여지가 없었으므로 피고가 주장하는 금액의 법인세를 납부할 기대가능성이 없었던 점, 이 사건은 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한견해 대립이 있는 사안인 점 등을 고려하면 원고에게는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.』

○ 제5쪽 제13행 아래에 ⁠“1) 대상소득에 대한 법인세 감면의 근거 법률에 관한 판단”을 추가하고, 제14행의 ⁠“1)”을 ⁠“가)”로 고쳐 쓴다.

○ 제6쪽 제7행의 ⁠“2008. 12. 26. 법률 제9272호”를 ⁠“2008. 2. 29. 법률 제8852호”로 고쳐 쓴다.

○ 제6쪽 제18행부터 제8쪽 제4행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『나) 위와 같은 외국인투자에 대한 법인세의 감면에 관한 조세특례제한법의 규정 내용을 비롯하여 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 2차 투자는 제3구법 제121조의4 제4항에 의하여 그 증자등기가 이루어진 2008. 1. 15. 그 증자분에 대하여 같은 법 제121조의2 제8항에 의한 조세감면결정을 받은 것으로 봄이 상당하다.

① 이 사건 조세감면신청 당시 시행되던 제1구법에는 조세감면결정을 받은 이후 그 조세감면결정에 따라 조세감면을 받기 위하여 실제로 투자가 이루어져야 하는 시기나 투자 횟수에 관한 규정은 별도로 없지만, 다음과 같은 점을 고려하면 조세감면결정을 받은 후 결정 당시의 외국인투자신고금액을 수회에 나누어 투자하는 경우에 최초 투자이후의 증자에 대하여 조세감면을 받기 위해서는 제1구법 제121조의4 제1항(제2구법, 제3구법에서도 동일하게 유지되었다)에 의하여 별도의 조세감면신청을 하여 조세감면 결정을 받아야 한다고 해석하는 것이 타당하다.

㉠ 제1구법 제121조의4 제1항 본문에서는 ⁠‘외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2의 규정을 준용한다’고 규정하고 있는데, 이때의 ⁠‘증자’를 ⁠‘당초 조세감면결정을 받을 당시의 외국인투자신고금액을 초과하여 증자하는 경우’만으로 제한하여 해석할 근거가 없다.

㉡ 제1구법 제121조의4 제1항 단서에서는 ⁠‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체장과의 협의를 생략할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조의6 제2항에서는 위 대통령령이 정하는 기준을 ⁠‘법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여증액투자하는 것을 말한다’고 규정하고 있는바, 당초 조세감면결정을 받을 당시의 외국인투자신고금액 범위 내에서 감면대상사업으로 이미 확인받은 사업을 위하여 증자하는 경우에는 별도의 조세감면신청을 하더라도 원래 조세감면결정시 거쳐야 하는 주무부장관 또는 지방자치단체장과의 협의를 생략할 수 있으므로, 위와 같이 해석한다고 하여 당초에 최초 투자금액을 넘는 외국인투자신고금액을 전제로 조세감면신청을 하고 조세감면결정을 받은 것이 실질적인 의미가 없게 되는 것은 아니다.

㉢ 제3구법에서 신설된 제121조의4 제4항은 ⁠“제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의 2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의 2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.”라고 규정하고 있는데, ⁠“제1항의 규정에 불구하고”라는 문언에 비추어 위 조항은 증자하는 경우에는 원칙적으로 제121조의2의 규정을 준용하여 새로 조세감면신청을 해야 하나, 예외적으로 증자하는 경우중 ⁠‘외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인 투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우’에는 새로 조세감면신청을 하지 않는 경우에도 그 증자분에 대하여 조세감면결정을 받은 것으로 본다는 의미로 해석하는 것이 합리적이다. 갑 제10호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 조항이 신설될 당시 주무부서인 재정경제부 에서도 위 조항의 취지를 ⁠‘증자에 대한 조세감면 신청절차 간소화’라는 제목 아래 ⁠‘외국인투자신고 후 조세감면결정을 받은 외국인투자기업이 증자를 하는 경우 증자시마다 증자분에 대한 조세감면결정을 받도록 되어 있는 현행 제도를 개선하여 외국인투자 활성화 지원’으로 설명하였던 사실이 인정된다.

② 제2구법은 외국인투자에 대한 법인세의 감면기간과 감면비율을 제1구법보다 축소하는 것으로 개정하면서 부칙에서 그 개정규정(제121조의2 제2항 본문)은 2005. 1. 1.부터 시행하고, 그 시행 후에 조세감면을 신청하는 분부터 적용하는 것으로 규정하였으나, 위 ①에서 살펴본 것과 같이 조세감면결정 당시의 외국인투자신고금액을 수회에 나누어 투자하는 경우에도 최초 투자 이후의 증자에 대하여 조세감면을 받기 위해서는 별도로 조세감면신청을 하여 조세감면결정을 받아야 하는 것인 이상, 제2구법 제121조의2 제2항 본문이 시행되기 전인 2004. 12. 30.자 이 사건 조세감면신청에 따라 이루어진 이 사건 조세감면결정에 의하여 제1구법 제121조의2 제2항 본문에서 정한 감면기간과 감면비율에 따라 법인세를 감면받을 수 있는 것은 이 사건 조세감면결정을 받은 직후인 2005. 1. 27. 이루어진 이 사건 1차 투자로 인한 사업소득에 대한 법인세에 한정된다고 할 것이다.

③ 원고가 이 사건 2차 투자에 대하여 별도로 조세감면신청을 하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 원고는 이 사건 조세감면결정 통지일인 2005. 1. 21.부터 3년이 되는 날 이전인 2008. 1. 15. 이 사건 2차 투자에 따른 증자등기를 마친 사실은 앞서 본 것과 같은바, 원고는 제3구법 제121조의4 제4항(부칙 제31조에 의하여 2006. 1. 1. 제3구법이 시행된 후 최초로 증자하는 분부터 적용된다)에 따라 위 증자등기를 마친 2008. 1. 15.에 이 사건 제2차 투자에 대하여 조세감면결정을 받은 것으로 보게 된다.

다) 따라서 대상소득에 대한 법인세의 감면기간과 감면비율에 관해서는 이 사건 2차 투자에 대한 조세감면결정이 의제되는 2008. 1. 15. 당시 시행되던 제3구법 제121조의2 제2항 본문(5년간 전액을 감면하고 그 후 2년간 50%를 감면하도록 한 제2구법과 동일하다)이 적용되어야 할 것이므로, 이와 달리 이 사건 1차 투자로 인한 사업소득에 대한 법인세와 마찬가지로 제1구법에 따른 감면기간과 감면비율이 적용되어야 한다는 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

2) 신뢰보호 원칙의 위반 여부에 관한 판단

가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 등 참조).

나) 다음의 각 사실은 앞서 본 바와 같거나, 갑 제11, 12호증, 갑 제14호증의 1, 갑 제19, 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

① 원고는 이 사건 2차 투자를 받기 전인 2007. 6. 재정경제부장관에게 이 사건 조세감면결정을 받은 투자금액 600억 원 중 2005. 1. 27. 이 사건 1차 투자를 받았으나 이를 제외한 추가적인 유상증자는 아직 이루어지지 않았음을 명시하면서, ㉠ 원고가 이 사건 투자신고를 한 600억 원의 증자에 따른 조세감면과 관련하여 제1구법과 제2구법 중 어느 법률에 따른 감면기간 및 감면비율이 적용되는 것인지 여부, ㉡ 총 600억 원의 증자와 관련하여 이 사건 조세감면결정 통지일인 2005. 1. 21.부터 3년 이내에 원고가 외국인투자에 의하여 증자하는 경우, 동 금액이 이 사건 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안에 있다면, 비록 이 사건 투자신고 및 이 사건 조세감면결정이 제3구법 제121조의4 제4항이 신설된 2005. 12. 31. 이전에 이루어졌다고 하더라도 위 조항에 의거하여 그 증자분에 대하여 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을받은 것으로 볼 수 있는지 여부에 관하여 질의하였다.

② 이에 대하여 재정경제부장관은 2007. 7. 16. 원고에게, 원고가 이 사건 조세감면결정을 받은 건의 조세감면 기간은 7년간 100%, 그 후 3년간 50%가 적용되고, 이 사건 조세감면결정 통지일인 2005. 1. 21.부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안에서 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다는 내용의 회신을 하였다.

③ 원고는 재정경제부장관으로부터 위 회신을 받은 후인 2007. 9. 28. M**에게 2008. 1. 21. 이전에 증자가 이루어질 경우 향후 7년간 100%, 그 후 3년간 50%의 세금 감면을 받을 수 있다는 내용을 밝히면서 추가 투자를 요청하였고, 그 후 2008. 1.12.경 M**로부터 이 사건 2차 투자를 받아 2008. 1. 15. 증자등기를 마쳤다.

④ 원고는 그 후 제1구법 제121조의2 제2항 본문에 따라 대상소득에 대한 법인세가 7년간 전액 감면됨을 전제로, 2013 사업연도와 2014 사업연도의 법인세를 신고․납부하였다.

다) 위에서 살펴본 관련 법리와 앞서 인정한 사실 및 갑 제19, 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 사실에서 나타나는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙을 위반하였다고 봄이 상당하다.

① 재정경제부장관은 피고의 상급기관으로서 위 2007년 회신 당시 외국인투자기업에 대한 법인세 감면․감면내용변경․감면대상 해당여부를 결정하는 권한을 가지고 있었으므로(제3구법 제121조의2 제8항), 재정경제부장관의 위 회신은 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명에 해당한다.

② 이 사건 조세감면결정 이후 원고가 위 질의를 할 무렵까지 외국인투자기업에 대한 법인세 감면에 관한 조세특례제한법의 규정이 수차례 개정된 상황이었으므로, 원고의 입장에서 이 사건 2차 투자를 받기 이전에 대상소득에 대한 법인세의 감면기간과 감면비율을 명확하게 확인하기 위해서 재정경제부장관에게 질의를 하고 이에 대한 재정경제부장관의 회신을 신뢰한 데에 어떤 귀책사유가 있다고 보기는 어렵다(원고가 2007. 6. 위 질의를 하기 전인 2006. 7.에는 당시 머* 주식회사의 재경부 직원으로 원고의 재무 관련 업무도 같이 담당하던 강**이 인터넷민원으로 ⁠‘독일에 본사를 두고 있는 외국인 100% 투자의 외투법인으로 2002년 평택에 공장을 설립하고 LCD 액정사업을 시작하였으며, 1차적으로 고도기술수반사업으로 조세감면결정을 받아 7년간 100%, 3년간 50% 감면을 받고 있는데, 2004년에 신고한 600억 원의 자본 증액 투자중 미실행된 투자의 실행을 고려하고 있다고 밝히면서 추가적인 증자에 적용되는 감면율과 감면기간에 대한 유권해석을 요청’한 데 대하여, 재정경제부 종합민원실 담당자가 ⁠‘2005. 1. 1.자로 개정된 법률시행일 이전인 2004년도에 이미 조세감면신청 및 결정통보를 받은 600억 원에 대하여는 신고일 기준으로 조세감면율 7년간 100%, 3년간 50%가 인정된다’고 답변하였던 적도 있다).

③ 원고가 재정경제부장관의 위 2007년 회신의 내용을 M**에게 전달한 이후에 이사건 2차 투자가 이루어졌고, 원고는 위 회신 내용대로 대상소득에 대한 법인세가 7년간 전액 감면되는 것을 전제로 2013 사업연도와 2014 사업연도의 법인세를 신고․납부하였으나, 위 회신 내용과 달리 제1구법 이후 축소된 감면기간과 감면비율을 적용한 이 사건 처분으로 인하여 2013 사업연도와 2014 사업연도의 대상소득에 대한 법인세 중 50%를 추가로 부담하게 되었다.

라) 이에 대하여 피고는, ① 재정경제부장관의 위 회신은 이미 현실적으로 이루어진 이 사건 1차 투자에 대한 견해표명으로 보아야 할 뿐만 아니라 원고의 잘못된 전제에 기초한 질의에 대한 회신이어서 납세자에게 정당한 기대를 가지게 할 만한 공적인 견해표명이라고 볼 수 없고, ② 원고의 주장에 의하더라도 M**는 이 사건 조세감면결정 당시부터 600억 원을 원고에게 투자할 계획을 가지고 있었고 이 사건 2차 투자는 그로 인하여 원고가 얻을 수 있는 당기순이익 등 투자의 타당성을 고려하여 이루어진 것이므로 이 사건 2차 투자가 재정경제부장관의 위 회신을 신뢰하였기 때문에 실행된 것으로 볼 수도 없다고 주장한다.

먼저 ① 주장에 관하여 살펴보면, 원고와 재정경제부장관 사이의 위 질의, 회신이 이루어진 시점이 2007년 6월과 7월로 이 사건 조세감면결정 직후에 있었던 이 사건 1차투자 후 이미 2년 반 가까이 경과한 시점이었던 점, 앞서 본 바와 같이 원고가 질의를 하면서 600억 원 중 이 사건 1차 투자만이 실제로 이루어진 상황인 것을 밝힌 점에 비추어 볼 때, 재정경제부장관의 위 회신이 이 사건 1차 투자에 대한 견해표명이라거나, 위 질의 당시 원고가 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니하여 위 회신이 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이 아니라고 볼 수는 없다[갑 제11호증의 기재에 의하면, 원고는 위 질의 당시 자신의 의견을 밝히는 과정에서 ⁠‘실제 증자가 2005. 1. 1. 이후 순차적으로 이루어진다 하더라도’, ⁠‘(당초 외국인투자신고한 600억 원 중 이미 유상증자가 이루어진 100억 원을 차감한 500억 원 범위 내의 증자)’ 등을 언급한 사실도 인정되는바, 좀 더 명확하게 쟁점을 드러내는 질의가 가능했다고 하더라도, 원고가 보낸 질의서 전체를 놓고 볼 때 재정경제부장관이 정확한 회신을 하기 위해 파악해야 할 기본적인 사실관계나 쟁점을 드러내지 않았다고 보기는 어렵다].

다음으로 ② 주장에 관하여 보면, M**는 2004. 12. 27. 600억 원을 원고에게 투자하겠다는 내용의 외국인투자신고를 하였고, 원고는 이에 기초하여 이 사건 조세감면결정을 받은 사실은 앞서 본 바와 같으나, 일반적으로 기업이 투자를 받아 사업을 진행할 때 조세 문제는 매우 중요하게 검토되는 요소 중 하나라고 볼 수 있으므로, 이 사건 2차 투자가 이 사건 조세감면결정 당시의 외국인투자신고금액의 범위 내라고 하여 법인세 감면에 관한 재정경제부장관의 위 회신에 대한 원고의 신뢰와는 무관하게 이루어진 것이라고 볼 수 없다. 결국 피고의 위 주장은 모두 받아들일 수 없다.

마) 따라서 이 사건 처분은 가산세 부분에 관한 원고의 주장에 더 나아가 판단할 필요 없이 전부 위법하다.』

○ 제12쪽 제27행의 ⁠“2008. 12. 26. 법률 제9272호”를 ⁠“2008. 2. 29. 법률 제8852호”로 고쳐 쓴다.

○ 제13쪽 제10행을 삭제하고, 다음 내용을 추가한다.

『구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제116조의6(증자의 조세감면)

② 법 제121조의4 제1항 단서에서 ⁠“대통령령이 정하는 기준”이라 함은 법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 것을 말한다.』

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를

인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 피고의 항소는 이유 없

으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2018. 12. 19. 선고 서울고등법원 2018누39432 판결 | 국세법령정보시스템