요지

이 사건 부동산을 양도담보 목적이 아니라 매매를 원인으로 한 것이므로 소유권이전등기일을 부동산 취득일로 보아야 하므로 장기보유특별공제 등을 하지 않은 이 사건 처분은 부당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 11. 4. 원고에게 한 2010년 귀속 양도소득세 803,910,570원(가산세 포함), 2011년 귀속 양도소득세 688,919,090원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 1986. 11. 22. 김○○ 소유이던 ○○시 ○○동 ○○ 공장용지 8,020㎡(이하 ⁠‘이 사건 공장용지’라 한다) 및 같은 동 ○○ 답 115㎡(이하 ⁠‘이 사건 논’이라 한다)에 관하여 각각 ⁠‘1986. 11. 22. 매매’를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

  나. 김○○은 2003. 6. 24. 원고를 상대로 이 사건 공장용지에 관한 소유권이전등기말소등기절차의 이행을 구하는 소를 제기하였고(○○법원 ○○지원 20○○가합○○○○),위 소송의 항소심[○○법원 20○○나○○○○(본소)ᆞ20○○나○○○○(반소)]에서 원고가 김○○에게 22억 5,000만 원을 지급함과 동시에 김○○이 원고에게 이 사건 공장용지 및 이 사건 논을 인도하기로 하는 등의 내용으로 조정(이하 ⁠‘이 사건 조정’이라 한다)이 성립하였다. 원고는 2007. 11. 9. 김○○에게 위 조정에 따른 22억 5,000만 원(이하 ⁠‘이 사건 조정금’이라 한다)을 지급하였다.

  다. 원고는 2010년부터 2011년까지 3회에 걸쳐 이 사건 공장용지에서 분필된 ○○시 ○○동 ○○ 533㎡, ○○ 1,181㎡, ○○ 840㎡, ○○ 53㎡, ○○ 1,949㎡, ○○ 704㎡, ○○ 999㎡, ○○ 849㎡ 및 이 사건 논(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다)을 각각 한국토지주택공사에 ⁠‘공공용지의 협의 취득’을 원인으로 양도하였다.

  라. 원고는 이 사건 각 토지의 취득시기를 1986. 11. 22.로 하여 10년 이상 장기보유특별공제율 30% 및 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 ⁠‘토지보상법’이라 한다)이 적용되는 공익사업에 필요한 토지를 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세액 감면을 적용하여 2010년 귀속 양도소득세 1,445,356,692원, 2011년 귀속 양도소득세 1,463,030,556원을 각각 신고ᆞ납부하였다.

  마. 피고는 원고의 이 사건 각 토지 취득일을 이 사건 조정금 지급일인 2007. 11. 9.로 보아 3년 이상 4년 미만 장기보유 특별공제율 10%를 적용하고 및 ⁠‘공공용지의 협의 취득’에 따른 양도소득세액 감면을 부인하여, 2015. 11. 4. 원고에게 2010년 귀속 양도소득세 803,910,570원(신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세 포함) 및 2011년 귀속 양도소득세 688,919,090원(신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세 포함)을 각각 경정ᆞ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1, 4호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 이 사건 각 토지의 취득시기에 관한 판단

    1) 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문, 제4항, 제94조 제1항 제1호에 따르면, 양도소득금액을 산정할 때 양도차익에서 공제하는 ⁠‘장기보유 특별공제액’이란 토지 또는 건물로서 보유기간(해당 자산의 취득일부터 양도일까지이다)이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말하는데, 보유기간이 3년 이상 4년 미만인 경우의 공제율은 10%, 보유기간이 10년 이상인 경우의 공제율은 30%이다. 또한 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제77조 제1항 제3호에 따르면, 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 일정 비율에 상당하는 세액을 감면한다. 이러한 장기보유 특별공제율과 공공용지 협의 취득에 따른 세액 감면 여부는 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 시기에 따라 달라지므로, 아래에서 이에 관하여 살펴본다.

    2) 부동산에 관한 등기부상 소유권이전등기가 경료되어 있는 이상 일응 그 절차 및 원인이 정당한 것이라는 추정을 받게 되고 그 절차 및 원인의 부당을 주장하는 당사자에게 이를 증명할 책임이 있다(대법원 2003. 2. 28. 선고 2002다46256 판결, 대법원 2008. 3. 27. 선고 2007다91756 판결 등 참조). 따라서 이 사건 각 토지에 관하여 ⁠‘1986. 11. 22. 매매’를 원인으로 각 소유권이전등기가 마쳐진 이상 원고가 1986. 11. 22. 김○○으로부터 이 사건 각 토지를 매수한 사실이 추정되고, 이러한 추정을 깨뜨리기 위해서는 피고가 ⁠‘위 소유권이전등기가 채권담보의 목적으로 마쳐진 것이어서 원고는 이 사건 각 토지의 전 소유자이던 김○○에게 청산금을 지급한 때에 이 사건 각 토지를 취득하였다’는 점을 증명하여야 한다. 과세관청이 원칙적으로 과세요건의 존재에 관한 증명책임을 부담한다는 측면에서도 그러하다.

    3) 그런데 앞서 인정한 사실, 갑 제9 내지 13호증, 을 제2호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 갑 제6, 7호증, 을 제3호증의 각 기재와 피고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 각 토지에 관하여 1986. 11. 22. 원고의 김○○에 대한 채권담보를 위하여 원고 명의로 각 소유권이전등기가 마쳐진 것이라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 그렇다면 원고가 김○○으로부터 이 사건 각 토지를 취득한 시기는 1986. 11. 22.로 보아야 한다.

     ① 원고와 이 사건 각 토지의 전 소유자이던 김○○이 이 사건 각 토지에 관하여 양도담보설정계약서를 작성하였다고 볼 증거가 없다.

     ② 원고는 이미 1986. 10. 22. 이 사건 각 토지에 관하여 소유권이전청구권가등기를 마침으로써 김○○에 대한 대여금채권의 담보를 확보하였다. 그럼에도 원고가 굳이 취득세, 등록세 및 법무사 수수료 등 상당한 비용을 들여 채권담보 목적으로 이 사건 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 마칠 이유를 찾기 어렵다.

     ③ 비록 김○○이 1997년, 1999년, 2002년도 종합토지세와 1995년도 재산세를 납부하였으나, 그 외에는 모두 원고가 이 사건 각 토지에 관한 세금을 납부한 것으로 보인다.

     ④ 원고가 대표이사로 근무하면서 운영하고 있는 주식회사 ○○은 이 사건 각 토지에 관하여 1992. 8. 22. 채권최고액 6억 원, 1993. 4. 1. 채권최고액 2억 원, 1994. 9. 9. 채권최고액 6억 원, 1997. 5. 7. 채권최고액 18억 원의 근저당권을 각 설정하고, 주식회사 ○○ 명의로 대출을 받았다. 원고가 당시 이 사건 토지의 양도담보권자에 불과하였다면 이처럼 이 사건 각 토지를 상당한 규모의 채무의 담보로 제공할 수 없었을 것으로 보이고, 김○○과의 관계에 비추어 김○○이 원고를 위하여 자기의 재산을 담보로 제공하였다고 보기도 어렵다.

     ⑤ 구 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전부개정되기 전의 것) 제45조 제1항에 따르면, 양도담보권 설정자가 ⁠‘㉠ 당사자간에 채무의 변제를 담보하기 위하여 양도한다는 의사표시가 있을 것, ㉡ 당해 자산을 채무자가 원래대로 사용 수익한다는 의사표시가 있을 것, ㉢ 원금·이율·변제기한·변제방법등에 관한 약정이 있을 것’이라는 요건을 갖춘 계약서의 사본을 과세표준확정신고서에 첨부하여 관할 세무서장에게 신고하면 이를 양도로 보지 않는다. 그런데 김○○은 1986. 11. 22. 이 사건 각 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었으면서도 이러한 조치를 취하지 않았다.

     ⑥ 가등기담보 등에 관한 법률 제4조 제1항에 따르면, 양도담보 부동산의 청산금은 청산 통지 당시의 부동산 가액에서 채권액을 공제한 금액이다. 그런데 이 사건 공장용지의 이 사건 조정 당시 기준시가에서 원고의 대여금 채권액을 공제한 금액은 40억 원이 넘고 시가를 기준으로 할 경우 훨씬 넘을 것이다. 이 사건 조정금은 22억 5,000만 원으로 그에 한참 미치지 못하므로, 이 사건 조정금을 청산금이라고 보기 어렵다.

    4) 나아가 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제98조 및 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제2호[2010년 귀속 양도소득세에 관하여 적용된다. 2011년 귀속 양도소득세에 관하여는 구 소득세법 제98조 전단 및 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호가 적용되는데, 2010년 귀속 양도소득세에 관하여 적용되는 규정들과 내용이 동일하다]에 따르면, 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기는, ⁠‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일’이다. 그런데 갑 제5, 7, 10호증, 갑 제13호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기가 마쳐진 1986. 11. 22. 이전에 김○○에게 155,163,646원(○○지방법원 20○○구합○○○○ 사건의 심리 중에 김○○이 원고로부터의 차용금 총액으로 인정한 259,227,086원에서 김○○이 위 소유권이전등기일 이후의 차용금으로 인정한 104,063,440원을 뺀 금액이다. 갑 제10호증 참조)을 대여한 사실, ② 위 소유권이전등기일에 가까운 1986. 9. 23.을 기준으로 한 이 사건 공장용지 및 이 사건 논의 감정가액은 203,559,900원인 사실, ③ 원고는 김○○과 사이에 추가로 김○○의 대출금채무 100,500,000원을 인수하고 기존의 대여금채권과 위 채무인수금 등을 합한 금액을 매매대금으로 갈음하기로 합의하고 1986. 11. 22. 이 사건 공장용지와 이 사건 논에 관하여 각 소유권이전등기를 마친 사실, ④ 원고는 위 1986. 11. 22. 이후인 1987. 1. 20. ○○상호신용금고에 김○○의 대출금 28,500,000원을 대위변제하고, 1987. 3. 16. ○○은행에 김○○의 대출금 72,000,000원 및 그 이자 3,563,440원을 대위변제한 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 이 사건 공장용지 및 이 사건 논의 매매대금으로 갈음한 원고의 김○○에 대한 대여금이 최종적으로 지급된 날로서 대금청산일인 1987. 3. 16. 이전에 이 사건 공장용지 및 이 사건 논에 관한 각 소유권이전등기가 마쳐졌으므로, 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 시기를 등기부에 기재된 위 각 소유권이전등기의 등기접수일인 1986. 11. 22.로 봄이 상당하다.

    5) 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 이 사건 토지의 취득가액에 관한 판단

    1) 피고의 주장

       설령 1986. 11. 22.을 이 사건 각 토지의 취득시기로 보더라도 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없으므로, 환산가액으로 이 사건 각 토지의 취득가액을 결정하여야 한다. 이에 따라 정당세액을 계산하면, 2010년 귀속 양도소득세의 경우 467,191,493원, 2011년 귀속 양도소득세의 경우 68,091,409원(= 20,310,917원 + 47,780,492원)이므로, 이 사건 각 처분 중 위 각 정당세액 범위 내에 있는 부분은 적법하다.

    2) 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결, 대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등 참조). 앞서 인정하였듯이 원고와 김○○이 이 사건 공장용지와 이 사건 논의 매매대금으로 갈음한 금액은 원고의 김○○에 대한 1987. 3. 16.까지의 대여금 총액인 259,227,086원이므로, 이 사건 각 토지의 실지거래가액은 위 259,227,086원을 이 사건 각 토지의 면적별로 안분한 금액이 된다.

    3) 원고는 2010년 및 2011년 귀속 각 양도소득세를 신고ᆞ납부하면서 이 사건 조정 당시 김○○이 차용금으로 인정한 161,410,876원을 이 사건 각 토지의 면적별로 안분하여 이 사건 각 토지의 실지거래가액을 산정하였다. 그런데 위 259,227,086원을 이 사건 각 토지의 면적별로 안분한 금액을 이 사건 각 토지의 실지거래가액으로 하여 계산한 양도차익은 원고가 신고한 양도차익보다 작으므로, 결국 원고가 추가로 납부하여야 할 2010년 및 2011년 귀속 각 양도소득세는 존재하지 않는다. 피고의 주장은 이유 없다.

  다. 소결

    따라서 이 사건 각 처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

3. 결 론

   원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하고 소송비용은 패소자인 피고가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2017. 01. 11. 선고 서울행정법원 2016구합61969 판결 | 국세법령정보시스템