요지

사업지배를 위해 주식을 취득하는 것과 관련된 매입세액은 비록 주식매수와 관련된 것이라고 하더라도 과세사업 관련 매입세액에 해당하여 공제대상으로 보아야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.

피고가 2013. 5. 3. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 가산세 00원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 이를 10분하여 그 9는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 2013. 5. 3.에 한 2012년 제2기 부가가

치세 가산세 00원의 부과처분과 2013. 10. 4.에 한 2013년 제1기 부가가치세 00원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 설립·유상증자와 AA테크놀러지 주식회사(이하 ⁠‘AA’이라고 한다) 주식 취득

1) 원고는 ⁠‘타 회사 주식의 취득, 투자, 보유 및 처분’ 등을 사업목적으로 하여 발행주식수 6,831주(주당 액면가액 500원, 발행가액 14,639원)로 2012. 6. 7. 설립되었다. 설립당시 주주는 사모투자전문회사인 BB캐피탈 주식회사(이하 ⁠‘BB캐피탈’이라고 한다) 1인이었다. 원고는 그 후 같은 해 6. 25.과 8. 28. 두 차례 유상증자를 통해 8,681,689주와 3,059,480주를 각각 발행하였고(주당 액면가액과 발행가액은 설립 당시와 동일하였다), 그 각 유상증자분은 BB캐피탈의 모회사인 CC 주식회사(이하‘CC’이라고 한다)가 모두 취득하였다.

2) 원고는 2012. 7. 27. 위 6. 25.자 유상증자를 통해 납입받은 자금(8,681,689주×14,639원=127,091,245,271원)으로 공개매수를 통해 AA 주식 7,262,431주(취득가액

119,830,111,500원, 지분비율 41.51%)를 취득하고, 같은 해 8. 31. 위 8. 28.자 유상증자를 통해 납입받은 자금(3,059,480주×14,639원=44,787,727,720원)으로 장내매수를 통해 AA 주식 270,908주(취득가액 4,429,474,550원, 지분비율 1.55%)를 추가 취득하였다.

3) 원고의 주주이던 BB캐피탈과 CC은 2012. 9. 13. 보유 중인 원고 주식 합계 11,748,000주{6,831주+11,741,169주(8,681,689주+3,059,480주)}를 6개 BB해외펀드에 모두 양도하였다. 위 BB해외펀드는 BB캐피탈의 운용사인 BB캐피탈 매니지먼트가 운용하는 펀드였다.

4) 원고는 2012. 9. 21. AA 회장이던 김EE 등 6인(김EE 외에 그의 배우자인 김FF, AA의 창업자로서 대표이사인 김GG, AA의 고문인 김HH, AA의 창업자로서 부사장인 이JJ, 이KK, 이하 ⁠‘AA 기존 주주 6인’이라고 한다)으로부터 AA 주식 6,106,620주를 현물출자받고 같은 해 9. 24. 유상증자 주식 6,882,864주를 교부하였다. 그와 아울러 원고는 장내매수 등으로 AA의 주식 2,512,600주를 추가로 취득하였다. 그에 따라 원고는 2012. 12. 28. 현재 AA 주식의 92.33%를 보유하게 되었다.

5) 그 후 원고는 2013. 4. 30. 우선주 3,073,952주를 유상증자하였고 그 유상증자 주식은 LL 사모투자전문회사가 취득하였다. 그리하여 원고 발행 주식은 AA의 기존주주가 31.72%를 보유하고, BB캐피탈 계열회사와 펀드가 그 나머지 68.28%를 보유하게 되었다.

나. 원고의 부가가치세 신고와 이 사건 처분

1) 원고는 2012년 제2기분 부가가치세를 신고하면서, ㈎ MM증권회사 서울지점(이하 ⁠‘MM증권’이라고 한다)이 원고를 공급받는 자로 표시하고 품목을 ⁠‘재무용역(financial service)’으로 표시하여 2012. 11. 2.자로 발행한 전자세금계산서(을 제

7호증, 이하 ⁠‘이 사건 ①세금계산서’라고 한다) 상의 공급가액 000원에 대한 부가가치세액 00원과 ㈏ NN증권 주식회사(이하 ⁠‘NN증권’이라고 한다)가 역시 원고를 공급받는 자로 표시하고 품목을 ⁠‘공개매수대리인 수수료’로 표시하여 2012. 8. 2.자로 발행한 전자세금계산서(을 제10호증, 이하 ⁠‘이 사건 ②세금계산서’라고 한다) 상의 공급가액 000원에 대한 부가가치세액 00원을 각각 매입세액으로 공제하여 신고하였다. 또한 원고는 2013년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 ㈐PP법률사무소가 원고를 공급받는 자로 하여 2013. 2. 25.자로 발행한 전자세금계산서(을 제12호증, 이하 ⁠‘이 사건 ③세금계산서’라고 하고, 위 각 세금계산서를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다) 상의 법률자문용역 공급가액 000원에 대한 부가가치세액 00원을 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

2) 이에 대하여 피고는 원고가 부가가치세 과세대상이 아닌 주식매수와 관련된 부가가치세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였다는 이유로 2013. 5. 3. 원고에게 2012년 제2기분 부가가치세 초과환급신고가산세 3,225,880원을 경정·고지하고, 2013. 10. 4. 원고에게 2013년 제1기분 부가가치세 31,066,180원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 위 각 부가가치세 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제11호증의 1, 갑 제14호증의 1 내지4, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 6, 10, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 AA 주식 매수와 관련한 매입세액이 부가가치세 비과세 또는 면제대상 사업 관련 매입세액인지 여부

1) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제6호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 들고 있고, 피고의 이 사건 처분은 위 조항을 근거로 이 사건 각 세금계산서가 부가가치세가 과세되지 아니하는 주식매수와 관련된 매입세액이라고

하여 그 공제를 부인한 것이다.

2) 이에 대하여 원고는, 원고가 AA을 지주회사로서 경영하기 위하여 AA의 주식을 매수 취득하였으므로 원고의 AA 주식 매수는 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업과 관련된 매입세액이라고 볼 수 없어 공제대상이 된다고 주장하고 있고, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제11호, 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제1항 제4호 다.목, 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제3호, 같은 법 시행령(2013. 7. 5. 대통령령 제24655호로 개정되기 전의 것) 제6조 제4항 제6호에 의하면, 지분증권의 소유를 통하여 다른 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 국내회사가 그 사업을 하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 금융용역인 집합투자업에서 제외되어 과세대상이 되므로, 원고가 그 주장과 같이 AA주식의 소유를 통하여 AA의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 지주회사일 경우 그 사업목적 수행을 위해 AA의 주식을 취득하면서 지출한 매입세액은 과세대상 사업과 관련된 매입세액으로서 공제대상이 된다.

3) 그런데 앞서 인정한 원고의 설립과 유상증자, 그리고 그를 통한 AA 주식의 취득 과정과 앞서 든 각 증거 및 갑 제4, 5, 6, 12호증, 갑 제13호증의 1 내지 3, 갑 제17, 18, 19호증, 을 제14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실관계를 종합하여 보면, 원고는 투자회사가 아니라 AA의 지주회사로 볼 수 있다.

① 원고는 2012. 6. 7. 설립된 후 같은 해 9. 21. AA의 기존주주로부터 AA의 주식 6,106,620주를 현물출자받았고, 그리하여 공정거래위원회로부터 원고가 보유하고 있는 AA의 주식가액이 위 날짜로 원고 자산총액의 50% 이상이 되어 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조의2, 같은 법 시행령 제2조에 따른 지주회사 기준을 충족하였다는 통지를 2012. 11. 6.자로 받았다.

② 원고는 2012. 7. 27. 공개매수에 의해 AA의 주식 7,262,431주(취득가액119,830,111,500원, 지분비율 41.51%)를 취득할 당시, 공개매수의 목적을 ⁠“대상회사를 현 경영진과 공동으로 경영하고자” 한다고 전자공시하였고, 그 후 실제로 AA의 경

영에 관여하면서 2013년 초경부터는 상근직원을 채용하여 근무하게 하였으며, 2013. 9.경에는 AA이 외환은행으로부터 차입한 184억 원에 대하여 지급보증을 하기도 하였다.

③ 원고는 2012. 12. 31. AA의 주식 92.33%를 취득한 이래 이를 계속 보유하여 오고 있다.

4) 따라서 원고가 AA에 대한 사업지배를 위해 AA의 주식을 취득하는 것과 관련된 매입세액은 비록 주식매수와 관련된 것이라고 하더라도 과세사업 관련 매입세액에 해당하여 공제대상이 된다고 할 것인데, 을 제9 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ㈎ NN증권이 2012. 8. 2.자로 발행한 이 사건 ②세금계산서는 원고가 2012. 7. 27. AA의 주식 7,262,431주(취득가액 119,830,111,500원, 지분비율 41.51%)를 공개매수를 통해 취득하면서 NN증권을 공개매수 대리인으로 지정하여 그 업무수행에 따른 수수료로 NN증권에 지급한 100,000,000원을 공급가액으로 한 세금계산서인 사실, ㈏ MM증권이 발행한 이 사건 ①세금계산서와 PP법률사무소가 발행한 이 사건 ③세금계산서도 각 원고의 AA 주식 취득 등과 관련하여 원고가 제공받은 자문용역 등이 그 공급가액에 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 각 세금계산서는 과세사업 관련 매입세액의 면에서는 일단 공제대상이 될 수 있다.

나. 이 사건 ①, ③세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1) 이에 대하여 피고는 MM증권이 발행한 이 사건 ①세금계산서는 원고가 아니라 BB캐피탈에게 제공한 용역에 대하여 원고를 공급받는 자로 하여 발행한 세금계산서이고, PP법률사무소가 발행한 이 사건 ③세금계산서는 PP법률사무소가 BB캐피탈에게 제공한 용역에 대하여 원고를 공급받는 자로 하여 발행한 세금계산서여서 그 부가가치세액을 매입세액으로 공제할 수 없다고 주장한다.

2) 살피건대, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호, 제16조 제1항 제2, 3호에 의하면, 세금계산서의 필수적 기재사항인 공급받는 자, 공급가액과 부가가치세액 등의 기재가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 아니하는 것으로 되어 있고, 을 제7 내지 9, 12 내지 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 ①, ③세금계산서상의 공급가액에는 원고의 설립과 AA 주식의 취득 등에 관하여 원고가 제공받은 것으로 볼 수 있는 용역 부분이 포함되어 있기는 하나, 이 사건 ①세금계산서의 경우 당초 MM증권과 BB캐피탈 매니지먼트 사이에 원고가 설립되기 이전인 2012. 5. 21. 체결된 컨설팅계약에 따라 MM가 BB캐피탈 매니지먼트에게 제공한 재무자문용역 부분도 포함되어 있고, 이 사건 ③세금계산서의 경우에도 원고가 설립되기 이전인 2012. 3. 1.부터 BB캐피탈측에 제공된 용역 부분도 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있는 한편, 위와 같이 BB캐피탈 매니지먼트나 BB캐피탈측에 제공된 용역에 대하여 원고가 그 대금지급의무를 법률상 당연히 승계한다거나 계약상 이를 승계하였다고 볼 자료가 없다. 을 제9호증의 기재에 의하면 BB캐피탈과 MM증권 사이에 원고가 위 컨설팅계약에 따른 비용 전부를 지급하기로 2013. 2. 26.자로 약정한 것으로 되어 있으나, 이는 BB캐피탈측 외에도 AA의 기존주주가 현물출자로 원고의 주주가 된 이후에 원고가 포함되지 아니한 채 기존 컨설팅계약 당사자 사이에 체결된 약정일 뿐이어서 원고에게 당연히 효력이 미친다고 볼 근거가 없다.

3) 그렇다면 이 사건 ①, ③세금계산서의 경우 원고를 공급받는 자로 하면서도 원고가 제공받지 아니한 용역에 대한 부분까지 공급가액과 부가가치세액에 포함시켜 결과적으로 공급가액과 부가가치세액을 과다하게 기재한 점에서 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 따라서 그 부가가치세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정상 공제대상이 될 수 없는 매입세액에 해당한다.

다. 소결론

1) 결국 이 사건 각 세금계산서 중 NN증권이 2012. 8. 2. 발행한 이 사건 ②세금계산서상의 부가가치세액 10,000,000원은 공제대상이 되는 매입세액이어서 2012년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분은 이 부분에서 위법한 반면, MM증권이 발행한 이 사건 ①세금계산서상와 PP법률사무소가 발행한 이 사건 ③세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 그 부가가치세액이 공제대상이 되지 아니하는 매입세액이어서 이 사건 처분 중 그 해당 부분은 적법하다고 할 것이다.

2) 따라서 이 사건 처분 중, 이 사건 ①, ②세금계산서에 관한 2013. 5. 3.자 2012년 2기분 부가가치세 가산세 부과처분은 이 사건 ①세금계산서 부분에 관한 한 적법하지만, 이 사건 ②세금계산서 부분에 관하여는 위법하여 그 부가가치세액 10,000,000원 부분을 매입세액으로 공제하면 별지 기재와 같이 2012년 제2기분 부가가치세 가산세

00원의 부과처분 전부가 위법하여 취소 대상이 되는 반면, 이 사건 ③세금계산서에 관한 2013. 10. 4.자 2013년 제1기분 부가가치세 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구 중 2013. 5. 3.자 2012년 제2기 부가가치세 가산세 00원의 부과처분에 대한 취소 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 2013. 10. 4.자 2013년 제1기 부가가치세 31,066,180원(가산세) 부과처분에 대한 취소 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인데, 제1심 판결 중 위 2012년 제2기 부가가치세 가산세 부분은 이와 결론을 달리하고 있으므로 이 부분을 취소하여 해당 원고 청구를 인용하고, 나머지 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 그에 대한 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2017. 06. 21. 선고 서울고등법원 2016누54574 판결 | 국세법령정보시스템