요지

이 사건 쟁점금액이 선급금으로 지급받은 돈이라는 사실을 인정하기 부족하고, 오히려 이 사건 쟁점금액은 AA메탈의 영업을 양수한 BBBB펌으로부터 이 사건 공사계약에 따른 잔금채무를 변제받기 위하여 지급받은 돈이라고 봄이 상당하다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 11. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 귀속 법인세 173,544,420원, 2012년 2기분 부가가치세 102,020,000원(각 가산세 포함)의 각 부과처분 및 2013사업연도 귀속 소득자를 대표자 윤DD, 소득금액을 415,230,700원으로 하는 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 9. 1.경부터 알루미늄 기계 제작업, 알루미늄 주조제품 생산업 등 을 영위하여 온 법인이다.

나. 원고는 2011. 9. 21. ⁠‘주식회사 AA메탈(이하 ’AA메탈‘이라고 한다)’로부터 아래와 같은 내용의 용해설비 제작․설치공사를 도급받는 계약(이하 ⁠‘이 사건 공사계약’이라고 한다)을 체결하였다.

다. 이후 원고는 AA메탈로부터 이 사건 공사계약에 따라 계약금액 및 중도금액 합계 750,000,000원을 지급받고 2012. 6. 30. AA메탈에 대하여 해당 금액에 상당하는 매출세금계산서를 발급․교부하였고, 2012년 7월 말경 이 사건 공사계약에 따른 공사를 완료하였다.

라. 중부지방국세청장은 원고에 대한 세무조사 결과 ⁠“원고가 AA메탈의 영업을 양수한 ⁠‘BBBB펌 주식회사(이하 ’BBBB펌‘이라고 한다)’로부터 2013. 5. 7. 200,000,000원을, 2013. 10. 1. 300,000,000원을 각각 지급받아 합계 500,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 쟁점금액’이라고 한다)을 지급받고도 BBBB펌에 대하여 이 사건 쟁점금액에 상당하는 매출세금계산서를 발급하지 아니하고 같은 금액을 2012 사업연도분 과세표준 등 확정신고에서 누락시켰다”고 인정하고서, 이를 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 위 라.항 기재와 같이 통보받은 사항을 처분사유로 하여 2016. 11. 1. 원고에 대하여 ① 2012 사업연도 귀속 법인세 173,544,420원, 2012년 2기분 부가가치세 102,020,000원(각 가산세 포함)을 각 경정․고지하는 한편, ② 2013 사업연도 귀속 소득자 대표자 윤DD, 소득금액 415,230,700원1)으로 소득처분(대표자 상여)하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 각 처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 1. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 5. 24. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6, 13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 ⁠‘관련 법령’과 같다.

3. 원고의 주장

원고가 2013. 5. 7. 및 2013. 10. 1.에 BBBB펌으로부터 이 사건 쟁점금액(500,000,000원)을 지급받은 것은 사실이나, 원고는 그 지급 전인 2012. 11. 30. AA메탈과 사이에 이 사건 공사계약의 공사완료일은 2012. 12. 30.으로 변경하고, 계약금액은 기존 1,250,000,000원에서 750,000,000원으로 감액하는 내용의 변경계약을 한 차례 더 체결한 사실이 있고, 이로써 이 사건 공사계약의 공사대금은 기존 변제금 750,000,000원으로 완제처리되었으므로, 이 사건 쟁점금액은 이 사건 공사계약에 따른 잔금 500,000,000원이라고 할 수 없다. 이 사건 쟁점금액은 원고가 BBBB펌과 사이에 새롭게 별도의 용해설비 제작․설치공사계약을 체결하기로 하면서 그 선수금 명목으로 받은 것에 불과하며, 이후 원고는 실제로 BBBB펌과 사이에 신규 용해설비 제작․설치공사계약을 체결한 바도 있다.

그렇다면 원고가 이 사건 쟁점금액을 2012 사업연도분 과세표준 등 확정신고에서 누락하였다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 판단

가. 관련 법리

일반적으로 조세부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결, 대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조). 또한 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하였다면 매출누락금액뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 매출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다(대법원 1999. 5. 25. 선고 97누19151 판결, 대법원 2006. 1. 12. 선고 2003두11797 판결 등 참조).

나. 판단

(1) 원고는 ⁠‘2012. 11. 30. AA메탈과 사이에 이 사건 공사계약의 공사완료일을 2012. 12. 30.으로 변경하고 계약금액을 기존 1,250,000,000원에서 750,000,000원으로 감액하는 내용의 변경계약을 체결하였으므로 이 사건 쟁점금액이 이 사건 공사계약의 잔금이 아니다’라는 취지로 주장하면서 이에 부합하는 증거로 갑 제5호증(변경계약서)을 제출하고 있고, 갑 제5호증의 기재에 의하면 그 제12조(기타)에 ⁠“기계 설비의 문제(AA메탈의 만족도)로 인해 원고와 합의 하에 변경계약서에 합의한다. 1) 주조기: 바렛트 표면상이 매끄럽지 못해 판매 단가에 지장 초래, 2) 균질로: 균질 과정에 바렛트의 휨 현상으로 판매단가에 지장 초래”라는 내용으로 공사대금의 감액 사유가 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있기는 하다.

(2) 그러나 앞서 본 각 증거들 및 갑 제8호증, 을 제7 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 갑 제5 내지 7호증을 비롯한 원고가 제출하는 증거들만으로는 원고 주장과 같이 AA메탈과 사이에 2012. 11. 30.자로 변경계약이 체결되었다는 사실이나 이 사건 쟁점금액이 BBBB펌으로부터 선급금으로 지급받은 돈이라는 사실을 인정하기 부족하고, 오히려 이 사건 쟁점금액은 AA메탈의 영업을 양수한 BBBB펌으로부터 이 사건 공사계약에 따른 잔금채무를 변제받기 위하여 지급받은 돈이라고 봄이 상당하다.

① 앞서 본 바와 같이 원고는 2011. 9. 21. AA메탈과 사이에 공사대금을1,250,000,000원으로, 공사기한은 2012. 1. 31.까지로 정하여 이 사건 공사계약을 체결하였고, 이 사건 공사계약의 내용은 2012. 5. 2.경 한 차례 변경되었으나 공사기한만이 2012. 7. 31.까지로 연장되었을 뿐 그 공사대금은 최초 공사대금 1,250,000,000원과 동일하였고(을 제5호증 ⁠‘계약기간 연장 갱신계약서’ 참조), 더구나 원고는 2012년 7월 말경 이 사건 공사계약에 따른 설치공사를 완공하였는데, 그렇다면 가사 이 사건 공사계약으로 설치된 기계에 갑 제5호증(변경계약서) 제12조에 나타난 바와 같은 하자가 있었다고 하더라도, 그 설치공사 완공 후인 2012. 11. 30.에 이르러 공사완료일을 2012. 12. 30.으로 변경하면서 공사대금을 500,000,000원이나 감액하는 변경계약을 체결한다는 것은 쉽게 납득하기 어려울 뿐만 아니라 그러한 하자의 정도가 당초 약정 공사대금(1,250,000,000원)의 40%에 이르는 500,000,000원을 감액할 정도에 이르렀다고 볼 만한 객관적 자료도 전혀 없고, 또한 원고가 변경계약의 일자라고 주장하는 2012. 11. 30.은 AA메탈이 BBBB펌에 영업을 양도한 날인 2012. 11. 1. 이후이기도 하므로, 원고가 주장하는 위 2012. 11. 30.자 변경계약은 진정한 계약으로 신빙하기 어렵다.

② 또한 앞서 본 바와 같이 원고는 BBBB펌으로부터 2013. 5. 7. 200,000,000원을, 2013. 10. 1. 300,000,000원을 각각 지급받아 합계 500,000,000원의 이 사건 쟁점금액 전액을 지급받은 것인데, 그에 앞서 원고는 AA메탈의 영업을 양수한 BBBB펌에 대하여 2013. 4. 22. 및 2013. 4. 29. 두 차례에 걸쳐 ⁠“2012년 12월말 외상대금 잔액 519,886,050원(부가가치세를 포함한 금액)을 결제하여 주실 것을 협조요청한다”는 취지의 내용증명을 보낸 바 있고, 2013. 5. 7. BBBB펌으로부터 200,000,000원을 받은 후인 2013. 7. 3.에는 ⁠“200,000,000원을 뺀 외상대금 잔액 319,886,050원을 결제하여 주실 것을 거듭 협조요청한다”는 취지의 내용증명을 보낸바 있다(위 각 내용증명의 일자 및 기재사항에 비추어 보더라도 원고가 주장하는 위 2012. 11. 30.자 변경계약은 진정한 계약으로 신빙하기 어렵다).

③ 원고는 BBBB펌으로부터 지급받은 이 사건 쟁점금액과 관련하여 ⁠‘2014.1. 29. BBBB펌과 사이에 새롭게 별도의 용해설비 제작․설치공사계약을 체결하였으며 BBBB펌은 이 사건 쟁점금액 전액을 위와 같이 새롭게 체결된 공사계약대금으로 회계처리하였으므로, 이 사건 쟁점금액은 이 사건 공사계약에 따른 잔금이 아니라 위 2014. 1. 29.자 신규 공사계약의 선급금이다’라고 주장하나, 이는 원고가 작성한 위 각 내용증명의 기재사항에 반하는 주장으로서 믿기 어려울 뿐만 아니라, 2014. 1. 29.에 체결될 공사계약의 선급금을 2013. 5. 7. 및 2013. 10. 1. 미리 지급한다는 것은 매우 이례적이라 할 것이어서 쉽게 납득되지도 아니한다.

④ 중부지방국세청장이 원고에 대한 세무조사를 한 결과, 원고의 장부상 이 사건 쟁점금액 500,000,000원이 ⁠‘계산서 미 발행분’이라고 기재되어 관리되고 있는 것이 확인되었으며, 원고 회계장부의 ⁠‘계정별 원장’상으로도 이 사건 쟁점금액 중 2013. 5. 7. 받은 200,000,000원은 ⁠‘대표이사 가지급금 회수’로 회계처리되었고, 2013. 10. 1. 받은 300,000,000원 중 84,769,300원은 ⁠‘외상매출금 회수’로, 나머지 금액은 ⁠‘대표자 일시 가수금 입금’으로 회계처리되었을 뿐 ⁠‘선급금’으로 처리되지는 아니한 것이 확인되었다

(이와 관련하여 원고는 ⁠‘위와 같이 회계처리한 것은 사실이지만 이는 원고가 BBBB펌의 입장을 미처 듣기 전에 이 사건 쟁점금액이 이 사건 공사계약에 따른 잔금인 것으로 생각하고 막연히 회계처리를 한 것에 불과하고, 나중에 BBBB펌으로부터 이 사건 쟁점금액은 잔금이 아니라 원고와 사이에 새롭게 체결될 별도의 용해설비 제작․설치공사계약을 위한 선급금으로 처리하여 달라는 말을 듣고 그렇게 하기로 합의하였음에도 그러한 사정을 미처 회계처리에 반영하지 못한 것이다’라는 주장도 하고 있으나, 이는 원고가 AA메탈과 사이에서의 진정한 변경계약이라고 주장하는 2012. 11. 30.자 변경계약의 내용과도 모순되는 주장으로서 믿기 어렵다. 즉 원고 주장과 같이 위 2012. 11. 30.자로 AA메탈과 사이에 공사대금을 500,000,000원 감액하는 변경계약이 체결된 것이 사실이라면 원고가 그 이후인 2013. 5. 7.경부터 이 사건 쟁점금액을 수수하면서 이 사건 쟁점금액이 이 사건 공사계약에 따른 잔금이라고 생각하고 막연히 회계처리하였다는 것은 원고 주장에 비추어 보더라도 앞뒤가 맞지 않는다).

⑤ 중부지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 하면서 2016. 7. 26. 원고 대표자 윤DD를 소환하여 심문을 하였는데, 당시 윤DD가 ⁠“이 사건 공사계약의 총 공사계약금액은 1,250,000,000원이다. BBBB펌이 AA메탈을 인수하였기에 AA메탈로부터 받지 못한 공사대금 500,000,000원을 BBBB펌이 대신 지급하여 줄 것을 요구하고 BBBB펌 명의로 이 사건 쟁점금액을 지급받았으나, 매출세금계산서는 발행한 사실이 없고, 수입금액으로 인식하여 회계처리하지도 아니하였다”라고 진술하기도 하였다.

(3) 결국 원고가 이 사건 공사계약 잔금인 이 사건 쟁점금액을 회계처리에서 누락시키고 2012 사업연도분 과세표준 등 확정신고에서도 누락시켰다고 보아야 할 것이고, 사정이 이러하다면 원고가 이 사건 쟁점금액 중 ⁠‘외상매출금 회수’로 회계처리된 84,769,300원을 제외한 나머지 금액에 상당하는 이익은 사외로 유출하였다고 볼 수밖 에 없다. 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분은 모두 과세요건이 인정되는 것으로서 적법하다고 할 것이다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 관련 법령

[구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)]

제1조(과세대상)

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다.

제7조(용역의 공급)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제19조(확정신고와 납부)

① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(제3조제3항에 따라 폐업하는 경우에는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고"라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액 을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부하여야 한다.

제21조(결정 및 경정)

① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서 장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우

제22조(가산세)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

[구 법인세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것]

제14조(각 사업연도의 소득)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제60조(과세표준 등의 신고)

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

[구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)]

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(이하 각호 및 각목 생략)

출처 : 인천지방법원 2018. 02. 22. 선고 인천지방법원 2017구합53242 판결 | 국세법령정보시스템