요지

조세특례제한법에서 정한 농지대토에 관한 양도소득세 감면요건에 관한 공익사업법상 협의매수에 해당하려면 공익사업법에서 정한 요건을 구비한 경우라야 할 것이다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 11. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 100,273,674원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

⑴ 원고는 2004. 11. 22. 00시 00읍 00리 5 전 8,815㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라

한다)를 취득하였다가 2012. 5. 24. BB시에 양도한 후, 2012. 7. 19. 피고에게 아래

표와 같이 2012년 귀속 양도소득세 자신신고를 하면서 대토농지 감면신청을 하였다

⑵ 원고는 2014. 3. 13. pp시 pp면 pp리 601 답 4,866㎡(이하 ⁠‘대체농지’라 한

다)를 취득하였다.

⑶ 피고는 2015. 11. 1. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 토지를 양도하고 대체농지를

취득한 것은 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 및 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조에 정한 농지대토에 의한 양도소득세 감면 요건을 구비하지 못한 경우에 해당한다는 이유로, 아래 표와 같이 2012년 귀속 양도소득세

100,273,674원(= 산출세액 65,128,900원 + 신고불성실 가산세 11,932,835원 + 납부불성실 가산세 23,211,939원)을 경정ㆍ부과하는 ⁠‘이 사건 처분’을 하였다.

⑷ 원고는 2016. 2. 25. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였

으나, 국세청장은 2016. 5. 17. 위 심사청구를 기각하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

⑴ 구 조세특례제한법 제70조 제1항 본문은 ⁠‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로

정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에

의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써 발생하는 소득에

대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있다.

여기서 말하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 경우’에 관하여, 구 조세특례제한법 시행령 제67

조 제3항에서는 ⁠‘경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나 에 해당하는 경우를 말한다’고 규정하면서, 그 제1호에서 ⁠‘3년 이상 종전의 농지소재지 에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의

취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우

에는 2년) 내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주

하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’라고 규정하고 있다.

위와 같은 법 규정에 의하면, 양도소득세를 감면받을 수 있는 농지대토에 해당하

려면, 종전의 농지의 양도일부터 원칙적으로 1년 이내에 다른 농지를 취득하여야만 하 고, 다만 종전의 농지가 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 그 밖의 법률에 따라 수용된 경우’에는 예외적으로 그 양도일부터 2년 내에 다른 농지를 취득하더라도 가능하다.

⑵ 이 사건의 제1 쟁점은, 원고가 이 사건 토지의 양도일부터 1년 이내에 대체농지 를 취득하지 못하였지만, 원고가 BB시에 이 사건 토지를 양도한 것이 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용’에 해당하니 그 양도일부터 2년 이내에 대체농지를 취득함으로써 양도소득세 감면 요건을 구비하였는지 여부에 있는바, 아래에서 보는 바와 같이, 이 사건 토지의 양도는 ⁠‘공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용’에 해당한다고 볼 수 없어, 이 사건 처분은 적법하다.

구 폐기물관리법(1995. 8. 4. 법률 제4970호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의

하면, ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 일반폐기물처리시설을 설치하여 이를 유지ㆍ관리하여

야 하고(제4조 제1항), ② 시ㆍ도지사는 환경처장관이 정하는 지침에 따라 관할구역안

의 일반폐기물처리에 관한 기본계획을 수립하여 환경처장관의 승인을 얻어야 하며(제8

조 제1항), ③ 환경처장관은 시ㆍ도의 일반폐기물처리에 관한 기본계획과 특정폐기물

의 발생량ㆍ발생지역 및 처리시설 설치의 타당성 검토자료 등을 기초로 하여 국가의

폐기물처리에 관한 종합계획을 수립하여야 하고(제8조 제3항), ④ 환경처장관 또는 시

ㆍ도지사는 제8조 제3항의 규정에 의한 폐기물처리에 관한 종합계획에 의하여 폐기물

처리시설의 위치ㆍ규모ㆍ면적ㆍ설치시기ㆍ사업시행자 등을 명시한 폐기물처리시설 설

치계획을 결정하여 총리령이 정하는 바에 따라 이를 관보 또는 시ㆍ도공보에 고시하여

야 하며(제9조), ⑤ 환경처장관 또는 시ㆍ도지사는 제9조의 규정에 의한 폐기물처리시

설 설치계획에 따라 폐기물처리시설의 설치에 필요한 토지ㆍ건물 또는 그 토지에 정착

된 물건이나 토지ㆍ건물 또는 물건에 관한 소유권 외의 권리를 수용 또는 사용할 수

있는데, 그 수용 또는 사용에 관하여는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 토지수

용법을 적용하되, 토지수용법을 적용함에 있어서 폐기물처리시설 설치계획의 결정 또 는 변경은 동법 제14조의 규정에 의한 사업인정으로 보며 재결신청은 동법 제17조 및

동법 제25조 제2항의 규정에 불구하고 폐기물처리시설 설치계획의 결정 또는 변경을

한 날부터 2년 이내 하여야 하고(제10조), ⑥ 일반폐기물처리시설을 설치하고자 하는

자(제17조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받고자 하는

자 및 허가를 받은 자가 설치하는 경우를 제외한다)는 총리령이 정하는 바에 따라 환

경처장관의 승인을 얻어야 하고, 다만 대통령령이 정하는 규모 미만의 일반폐기물처리

시설1)을 설치하고자 하는 자는 총리령이 정하는 바에 따라 환경처장관에게 신고하여

야 하며(제20조 제2항), ⑦ 제20조 제1항 및 제28조 제2항의 규정에 의한 설치승인을

얻은 폐기물처리시설을 설치한 자(제17조 및 제26조의 규정에 의하여 일반폐기물처리

업 및 특정폐기물처리업의 허가를 받은 자를 포함한다)는 그가 설치한 폐기물처리시설

의 사용을 종료하거나 폐소하고자 할 때에는 총리령이 정하는 바에 따라 환경처장관에

게 신고하여야 하고(제47조 제1항), 환경처장관은 위와 같이 신고를 한 자 중 대통령령이 정하는 폐기물을 매립하는 시설을 사용종료 또는 폐소한 자에 대하여 당해 시설의 사용종료 또는 폐소 후 주민의 건강 또는 재산이나 주변환경의 피해방지를 위하여 총리령이 정하는 바에 따라 침출수처리시설의 가동 등 사후관리에 필요한 조치를 명할

수 있다(제47조 제2항).

구 농지의 보전 및 이용에 관한 법률 시행령(1995. 12. 12. 대통령령 제14835호로

폐지되기 전의 것)에 의하면, ⁠‘토석이나 광물채굴 및 물건의 지하매설 등의 목적으로

일시적으로 농지의 형질을 변경하는 경우’에는 그 목적사업에 3년 이내의 기간 동안

사용한 후 농지로 복구하는 조건으로 농지의 일시전용허가 또는 협의를 할 수 있다(제

3조의2 제3호).

한편 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하면, 사업인정고시가 된 후 ⁠‘토지를 사용하는 기간이 3년 이상인 경우, 토지의 사용으로 인하여 토지의

형질이 변경되는 경우, 사용하려는 토지에 그 토지소유자의 건축물이 있는 경우’의 어

느 하나에 해당할 때에는 해당 토지소유자는 사업시행자에게 해당 토지의 매수를 청구

하거나 관할 토지수용위원회에 그 토지의 수용을 청구할 수 있다(제72조)고 규정함으

로써, ⁠‘합법적인 공익사업의 시행으로 인한 토지사용’을 전제로 하여 손실보상의 차원 에서 매수ㆍ수용청구권을 인정하고 있으나 ⁠‘공권력에 의한 불법적인 토지 사용’ 등에

대한 매수ㆍ수용청구권을 인정하고 있지는 않다.

갑 제5, 6호증, 을 제4호증의2, 3, 을 제5호증의 7의 각 기재 및 이 법원의 BB시

장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① BB군수는 1994.경 ⁠‘uu면 uu리에 추진중인 신설매립장 설치가 현지 민원으로 지연됨에 따라 간이매립장을 확보하기 위하여’ 농지인 이 사건 토지의 소유자이던 dd의 사용승낙을 받아 농지일시전용허가 하에 이 사건 토지를 비롯한 그 일대 토지에 간이쓰레기 매립공사를 시행하였을 뿐 위 각 토지들의 소유권을 취득하지는 아니한 사실, ② BB군수는 1995.12. 14.경 기 원주지방환경관리청장에게 위 폐기물 매립장에 관한 일반폐기물 처리시설사용종료 신고서를 제출하였는데, 그 신고서의 ⁠‘설치승인일’란에는 ⁠‘미승인’이라고 기재되어 있는 사실, ③ 원주지방환경관리청장은 1996. 1. 31. 위 사용종료 신고를 수리하면서 ⁠‘매립지 주변지역에 환경피해가 발생하지 않도록 사후관리를 철저히 하여 달라’고요청한 사실, ④ BB시의 2006. 7. 24자 기안문서(문서번호 자원관리과-9050)에는 ⁠‘00리 매립장 목토 및 배수로 정비공사 계약의뢰’라는 제목 하에 ⁠‘본 공사는 BB시 00읍 00리 2번지 외 3필지 00리 매립장의 침출수 저장조 부지가 매립지보다 낮아 배수곤란 등으로 인하여 경작에 어려움을 초래하고 있어 00리 매립지 복토를 실시하고 불량 배수관로를 정비하여 주민민원 불편사항을 해소하고자 함’이라고 기재되어 있는 사실, ⑤ 원고는 위와 같이 쓰레기가 매립된 이 사건 토지를 2004.경 매수한 후, BB시를 상대로 수원지방법원 여주지원 2011가단7583호 부당이득반환청구의 소(청구원인 : 피고가 아무런 대가 없이 원고 소유 토지에 쓰레기를 매립하여 쓰레기 매립장으로 사용하고 있으니 5년간의 사용료 상당 부당이득금을 반환할 의무가 있다)를 제기하였는데, 위 소송에서 ⁠‘원고는 피고에게 이 사건 토지를 2011. 12. 13.자로 560,000,000원에 매도한다’는 취지의 2011. 12. 27.자 화해권고결정이 내려졌고, 이에 따라 BB시장이 원고로부터 이 사건 토지를 매수하게 된 사실을 인정할 수 있다.

앞서 본 관계법령의 내용과 위 인정사실을 종합하면, BB군수는 당초 간이매립장

확보의 일환으로 농지인 이 사건 토지에 쓰레기를 매립함으로써 그 소유자의 승낙 하 에 이 사건 토지를 사용하였을 뿐 이 사건 토지의 소유권을 협의매수ㆍ수용하였던 것 은 아니고, 위와 같이 쓰레기 매립공사를 시행한 이후에 원고가 부당이득금반환청구의

소를 제기하자 이를 매수하게 되었는데, BB시장이 원고로부터 이 사건 토지를 매수

한 것이 조세특례제한법에서 정한 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건에 관한 ⁠‘공익

사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의

법률에 따라 수용되는 경우’에 해당하려면 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제72조에서 정한 요건을 구비한 경우’라야 할 것이다2). 그런데 BB군수가 이 사건 토지에 그 소유자의 동의를 얻어 쓰레기 매립공사를 시행한 후 원주지방환경관리청장에게 일반폐기물 처리시설 사용종료 신고를 하여 그 신고수리를 받았지만, 위 신고서의 ⁠‘설치승인일’란에 ⁠‘미승인’이라고 기재되어 있는 점, 위 쓰레기 매립공사도 당초 ⁠‘uu면 uu리에 추진중인 신설매립장 설치가 현지 민원으로 지연됨에 따라 간이매립장을 확보’하기 위한 일환으로 된 것으로서 위 쓰레기 매립장설치에 관하여 구 폐기물관리법에서 정한 폐기물처리시설 설치계획 결정ㆍ고시 등의 적법한 절차를 거쳤음을 인정할 증거자료가 전혀 없는 점 등에 비추어 보면, BB군수가 위와 같이 쓰레기매립공사를 시행한 것이 구 폐기물관리법 등에 기한 사업시행인가를 받은 사업시행자로서 한 적법한 공익사업의 시행이라고 인정하기는 어렵다(구 폐기물관리법에서는, 시ㆍ도지사의 일반폐기물처리에 관한 기본계획 수립 및 환경처장관의 승인, 환경처장관 또는 시ㆍ도지사의 폐기물처리시설 설치계획 결정ㆍ고시, 위 폐기물처리시설 설치계획에 따른 환경처장관 또는 시ㆍ도지사의 폐기물처리시설의 설치에 필요한 토지 등의 수용ㆍ사용 등에 관하여 규정하고 있다).

위와 같은 이유로, 원고가 BB시에 이 사건 토지를 양도한 것은 공익사업을 위한

토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제72조에서 규정한 ⁠‘사업인정고시가 된 후 해당

토지소유자가 사업시행자에게 해당 토지의 매수를 청구’한 경우에 해당한다고 볼 수

없고, 달리 ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ

수용 그 밖의 법률에 따라 수용된 경우’에 해당한다고 볼 근거도 없으므로, 이 사건 토지의 양도일부터 1년이 경과한 이후에 대체농지를 취득한 원고로서는 양도소득세 감면요건을 구비하지 못하였다.

⑵ 이 사건 제2쟁점은, BB시가 이 사건 토지를 매수하면서 원고에게 ⁠‘공익사업 위

한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 기한 협의매수’라고 언급하였음에도 불구하 고, 피고가 위 법률에 기한 협의매수가 아니라고 하면서 이 사건 처분을 한 것이 신뢰

보호의 원칙에 반하여 위법한지 여부에 있다.

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙 이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해

표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개

인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 어떠한

행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해

표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 요건을 충족

할 때에는 행정청의 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하게 된다고 할

것이고, 또한 위 요건의 하나인 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하 는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의

조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신

뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1997. 9. 12. 선고 96누

18380 판결 참조).

그런데 원고가 국세부과권의 행사와 전혀 무관한 BB시장의 위와 같은 견해표명 을 신뢰하여 양도일부터 1년 이내에 대체농지를 취득하지 못하였다고 하더라도, 과세

관청인 피고가 그 견해표명에 구속된다거나 그 견해표명이 과세관청의 그것에 다름없

다고 볼 아무런 근거가 없어, 원고가 ⁠‘과세관청의 공적인 견해표명’을 신뢰하였다고 평

가할 수는 없으므로, 피고가 BB시장의 위와 같은 견해표명과 다른 견해를 취하여 원

고에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 것이 신뢰보호의 원칙에 반한다고 볼 수는 없

으니, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 수원지방법원 2017. 06. 16. 선고 수원지방법원 2016구단8290 판결 | 국세법령정보시스템