요지

합병시 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 영업권을 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 하고, 사업상 가치의 평가여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵의 사업현황, 합병 이후 세무신고 내용 등을 종합하여 객관적으로 판단하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 3. 24. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 ○○○원(일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 의약품의 제조와 판매 등을 목적으로 하는 코스닥 주권상장법인으로 2009. 5. 21. 코스닥 주권상장법인인BBB를 흡수합병(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라 한다)하고, 2009. 8. 7. 합병등기를 마쳤다.

  나. 이 사건 합병 당시 원고와 BBB의 합병비율은 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 자본시장법’이라 한다) 제165조의4 제1호 및 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2009. 12. 21. 대통령령 제21898호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 자본시장법 시행령’이라 한다) 제176조의5 제1항 제1호에 따라 결정되었고, 원고는 이에 따라 합병신주를 발행하여 이를 BBB의 주주에게 교부하였다.

  다. 원고는 기업인수 · 합병에 관한 회계처리준칙(이하 ⁠‘결합회계준칙’이라 한다)에 따라 BBB의 순자산 공정가액과 합병대가의 차액을 회계장부에 영업권(이하 ⁠‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 계상하였다.

  라. 원고는 이 사건 합병과정에서 계상한 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제24조 제4항이 정한 감가상각자산인 ⁠‘영업권’에 해당하지 않는다고 보고 이 사건 영업권의 가액을 익금에 산입하지 아니하였고, 세무상 감가상각비로 손금처리하지도 않았다.

  마. 피고는 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 영업권으로서 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라 한다) 제17조 제1항 제3호 단서에서 규정하는 ⁠‘합병평가차익’에 해당하므로 해당 금액을 2009 사업연도의 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입하여야 한다는 이유로, 이 사건 영업권을 익금산입하고 영업권 상각부인액을 손금에 산입하여, 2015. 3. 24. 원고에게 2009 사업연도 법인세 ○○○원을 경정 · 고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

  바. 원고는 2015. 5. 12. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2016. 7. 25. 원고의 청구를 기각하였다.

  [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 당사자들의 주장

    1) 원고

      이 사건 영업권은 BBB의 무형의 사업상 가치를 평가하여 승계한 것이 아니라, 결합회계준칙에 따라 BBB의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 그 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액과의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하므로, 익금산입대상인 합병평가차익에 해당하지 않음에도, 피고는 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당함을 전제로 이 사건 처분을 하였던바 이는 위법하므로 취소되어야 한다.

    2) 피고

      BBB은 간질환 치료제인 ○○○를 대표 상품으로 하여 동종업계에서 차별화된 기술력을 보유하고 있는 회사로, 탄탄한 판매망 및 영업구조를 가지고 있고, 재무구조가 건실하며 성장가능성이 높은바, 원고는 BBB의 영업상 비밀 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 평가하여 이 사건 합병대가를 산정한 것이므로, 이 사건 영업권은 법인세법상의 합병평가차익에 해당한다. 따라서 피고가 같은 취지에서 한 이 사건 처분은 적법하다.

  나. 관계 법령

    별지 관계 법령 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 관련 법리(대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등 참조)

      구 법인세법에 의하면, 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다(제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호). 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호․거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ⁠‘상호 등’이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).

      이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.

      가) 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.

        세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 법인세법 시행령에서 정한 ⁠‘영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건’은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.

      나) 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.

      다) 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유․무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금(구 법인세법 제16조 제1항 제2호 가목) 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.

    2) 이 사건 영업권이 법인세법상 과세대상인 합병평가차익에 해당하는지 여부

      가) 인정사실

        갑 제2호증의 2, 갑 제3, 4, 5, 6호증, 을 제2, 5, 6, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래 사실이 인정된다.

        ① 원고는 2000. 11. 17. 설립된 후 모바일 컨텐츠 관련사업을 주로 영위하다가 2008. 10. 24. 주식회사 CCC와 사이에 주식회사 DDD가 개발 중인 바이오시밀러 제품 및 각종 신약 등에 대한 국내 독점판매 및 유통권에 관한 계약을 체결하고, 주 업종을 의약품 등의 제조·판매로 전환하였다. 이 사건 합병 당시 작성된 합병신고서에 의하면 이 사건 합병의 배경은 원고가 위 독점판매 및 유통권에 관한 계약 체결에 따라 향후 영위하게 될 의약품 제조 및 판매업과 관련된 유통 및 영업조직망 등의 확충에 대한 필요성을 인식하여 BBB을 합병함으로써 안정적인 사업기반을 확보하고 사업규모를 확대하며, 이로써 투자여력을 강화하여 미래성장기반을 확보하기 위함이다.

        ② 이 사건 합병 전·후 원고 및 BBB의 매출액 등은 아래와 같다.

        ③ 이 사건 합병 당시 작성된 합병신고서에 의하면 2006년부터 2008년까지 국내 주요 제약업체 및 BBB의 매출액 및 그 신장률은 아래와 같다.

        ④ BBB은 2008. 12.말 기준 총자산 대비 매출채권 비율이 30.3%, 매출액 대비 매출채권 비율이 36.3%에 이르러 이는 재무부담의 요인으로 작용하고 있었다.

        ⑤ 이 사건 합병 전 BBB과 비슷한 규모의 중·소 제약사들의 영업이익률은 아래와 같다.

        ⑥ 이 사건 합병 당시 작성된 합병신고서에 의하면 이 사건 합병 당시 BBB의 전체 매출액에서 간질환 치료제인 ⁠‘○○○’의 매출액이 약 41.5%를 차지하고 있었다(다음으로 높은 비율을 차지하고 있는 제품은 혈액순환개선제 ⁠‘◇◇◇’로 약 6.1%를 차지하고 있었다).

        ⑦ 국내 간질환 치료제 시장규모는 2009년 기준 약 900억 원이고, BBB의 ⁠‘○○○’가 ◎◎◎ 등과 함께 주요 제품으로 시장을 점유하고 있었는데, 각 점유율은 아래와 같다.

         ⑧ 이 사건 합병 전(2007. 8.경부터 2009. 3.경까지) BBB의 주가변동 내역은 아래와 같다.

      나) 구체적 판단

        앞서 처분의 경위 및 위 인정사실에서 본 각 사실 및 이에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 회계장부에 이 사건 영업권의 가액으로 계상한 ○○○원은 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐, 원고가 BBB의 상호·거래관계 그 밖의 영업상의 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것이라고는 단정하기 어렵고, 피고가 제출한 증거들만으로는 이와 달리 보기에 부족하므로, 영업권의 세법상 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 합병에서 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 인정되지 않는 이상 이 사건 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않는다.

        또한 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건 사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있다. 원고 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서, 합병대가가 BBB의 순자산 공정가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다.

        그렇다면 이 사건 영업권이 그 사업상 가치를 별도로 평가하여 대가가 지급된 것으로서 법인세법상 과세대상인 합병평가차익임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

        ① 원고는 이 사건 합병 전인 2008. 10. 24. 이미 주식회사 DDD 헬스케어와 사이에 주식회사 DDD가 개발 중인 바이오시밀러 제품 및 각종 신약 등에 대한 국내 독점판매 및 유통권에 관한 계약을 체결함으로써 의약품 판매로의 업종 변경을 위한 의약품 판매 유통권은 확보하였던 것으로 보이는바, 이 사건 합병의 우선적 목적은 의약품 판매로 주 업종을 변경한 원고가 동종업계의 BBB을 흡수합병함으로써 회사의 규모를 확대하고 보다 안정적인 사업기반을 조성하기 위함이었던 것으로 보인다.

        ② BBB이 이 사건 합병 전 수년간 흑자상태를 유지하고 있었고 동종업계의 평균 영업이익률보다 다소 높은 영업이익률을 기록하고 있었으나, 그것이 BBB의 재무상태가 비교적 양호하였다는 사실을 넘어 반드시 BBB이 뚜렷한 자산가치 있는 무형적 자산을 별도로 보유하고 있었다는 징표가 되는 것은 아니다.

        ③ BBB의 이 사건 합병 당시의 매출액 규모는 주요 제약업체와 비교할 때 현저히 작은 수준이었고(주요 제약업체의 1/10 ~ 1/20 수준이었다), 영업이익률 또한 유사한 규모의 중소제약사와 비교할 때에는 특별히 높은 수준을 유지하고 있었다고 보기 어렵다. 또한 BBB의 주가는 2007. 8.경 5,700원으로 최고점을 기록한 이후 이 사건 합병 전까지 지속적인 하락세였고(2008. 10.경에는 1,000원 미만까지 떨어졌다), 이 사건 합병 직전 2009. 3.경에는 약 2,000원 수준에서 등락을 거듭하고 있었던바, 위와 같은 매출액 수준, 영업이익률, 주가변동내역에 비추어 볼 때 원고가 BBB을 흡수합병하면서 유형적 자산을 뛰어넘는 특별한 초과수익력이 있는 영업권의 가치를 기대하였거나 이를 평가하여 합병에 이르렀을 것이라고는 선뜻 단정할 수 없다.

        ④ 이 사건 합병 당시 BBB은 전체 매출액의 41.5%를 차지하고 있던 간질환 치료제인 ⁠‘○○○’ 외에 특별히 시장 지배적인 제품을 보유하고 있지 않았는데, 위 ○○○ 또한 간질환제부분 시장 점유율이 2008년 기준 14%로, ◎◎◎ 등에 이은 4위였던바, 위 점유율이 2004년 이후 지속적으로 상승하고 있었다는 점을 고려하더라도 이 사건 합병 당시를 기준으로 볼 때 원고가 BBB을 흡수합병함으로써 가까운 시일 내에 위와 같은 주요 제품의 시장점유율을 넘어서는 초과수익력이 실현되리라고 충분히 기대할 수 있는 상황이었다고는 단정할 수 없다.

        ⑤ 실제 이 사건 합병 이후 3년간 원고의 매출액은 이 사건 합병 전 원고의 매출액과 BBB의 매출액을 단순합산한 것보다도 감소하였던바, 원고가 BBB을 흡수합병함으로써 특별한 초과이익을 뚜렷하게 얻은 것으로 단정하기 어렵다.

        ⑥ 원고는 구 자본시장법 제165조의4 제1호, 구 자본시장법 시행령 제176조의5 제1항 제1호에 따라 평가기준일인 2009. 5. 20.을 기준으로 원고와 BBB의 합병비율을 산정하였고, 합병 신주 이외에 별도의 합병교부금은 따로 지급하지 않았다.

        ⑦ 원고는 결합회계준칙에 따라 BBB의 순자산 공정가액과 합병대가의 차액인 ○○○원을 회계장부에 이 사건 영업권으로 계상하였으나, 별도로 이 사건 영업권의 가액을 평가한 사실은 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2018. 08. 24. 선고 서울행정법원 2016구합77186 판결 | 국세법령정보시스템