요지

등록전매입세액은 공제할 수 없는 것이며 면세사업자등록은 부가가치세법에서 정한 사업자등록에 포함되지 않으므로 면세사업자번호로 수취한 매입세금계산서는 공제할 수 없는 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 1. 17. 주택신축판매업을 영위하기 위하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하고, ○○구 ○○로○○번길 ○○에 주거용 오피스텔 32호(이하, ⁠‘이 사건 오피스텔’이라 한다) 등을 신축(2017. ○○. ○○. 사용승인)하여 2019년경까지분양하였다.

나. 원고는 이 사건 오피스텔의 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호(이하, ⁠‘이 사건 면세조항’이라 한다)에 따른 부가가치세 면제대상이라고 보고, 이에 대한 부가가치세를 신고, 납부하지 않았다.

다. 피고는 이 사건 오피스텔 공급이 이 사건 면세조항의 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아, 2021. 7. 2. 원고를 과세사업자로 직권등록한 다음, 2021. 11. 1. 원고에게 2018년 제1기부터 2019년 제1기까지의 부가가치세를 결정·고지하였다.

라. 원고는 위와 같이 과세사업자로서 부가가치세가 부과되자, 2021. 8. 6. 2017년제1기와 제2기에 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서의 각 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2017년 제1기분 부가가치세 ○○원 및 2017년 제2기분 부가가치세 ○○원의 환급을 청구하는 기한 후 신고를 하였다.

마. 피고는 2022. 1. 12. 원고가 환급을 구하는 과세기간의 매입세액이 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제8호(이하, ⁠‘이 사건 불공제조항’이라 한다)에 따른 사업자등록 신청 전의 매입세액에 해당한다고 보아 이를 공제·환급하지 않는다는 취지의 기한 후 신고결정을 통지(이하, ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2022. 3. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022.10. 20. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 불공제조항은 구체적 타당성이 있는 범위 내에서 합목적적으로 해석되어야 하는 점, 피고는 원고가 한 면세사업자등록만으로도 납세의무의 파악이나 과세자료 확보에 어려움이 없는 점, 원고가 법에 대한 부지로 사업자등록을 잘못 이행한 것에 불과함에도 이 사건 불공제조항을 적용하는 것은 원고에게 너무 가혹한 제재인 점, 소득세법 제168조 제3항은 ⁠‘이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법 제8조를 준용한다’고 규정하고 있으므로 면세사업자로 사업자등록을 한 원고의 경우에도 부가가치세법 제8조에 따른 사업자등록을 한 것으로 보아야 하는 점, 원고에게 부가가치세 납세의무를 회피하거나 과세자료를 은닉하려는 의도가 전혀 없었던 점, 원고가 면세사업자로 사업자등록을 할 당시 조세심판원에서 주거용 오피스텔의 공급이 부가가치세의 과세대상에 해당되지 않는다는 취지의 결정을 수차례 내린 바 있어서 원고는 이를 신뢰하여 면세사업자로 등록한 것인데, 이 사건 불공제조항을 적용하여 매입세액을 불공제한다면 관련 법령을 불명확하게 규정한 입법자의 과오 내지 유권 해석기관의 법해석 변경으로 인한 불이익을 납세의무자인 원고에게만 전가하는 것으로서 조세정의에 반하는 점 등을 고려하면, 이 사건 불공제조항을 원고에게 적용하는 것은 위법하다.

나. 이 사건 불공제조항에 관하여, 사업자등록을 하였으나 면세사업자로 잘못 등록한 원고에게도 적용하는 것은 납세의무자인 원고의 재산권에 대한 과도한 제한이자 조세평등주의에 위배되어 위헌․무효이다.

다. 원고가 면세사업자로 사업자등록을 할 당시 주거용 오피스텔은 부가가치세 면세대상에 해당한다고 본 다수의 조세심판원의 결정례가 존재하였고 과세당국의 세무공무원들조차 주거용 오피스텔을 부가가치세 면세대상으로 인식하여 납세자에게 그러한 내용으로 안내하였는바, 원고는 이를 신뢰하여 면세사업자로 등록하였다. 조세심판원은 2017. 12. 20. 조세심판관 합동회의를 통해 비로소 종전 결정례를 변경하여 주거용 오피스텔도 부가가치세의 과세대상에 해당한다는 결정을 내렸고, 피고는 그 무렵부터 원고와 같은 주거용 오피스텔의 신축․분양업자들에 대해 소급과세를 시작하였다. 원고가 면세사업자로 사업자등록을 하고 이 사건 오피스텔을 신축․분양한 것은 조세심판원 등 피고의 공적견해를 신뢰하여 이를 따른 것이므로, 피고가 그 이후 이에 반하여 원고를 과세업자로 보아 이 사건 처분을 내린 것은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 첫 번째 주장에 대한 판단

1) 관련법리

구 부가가치세법 제8조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제39조 제1항 제8호 소정의 '제8조 제1항의 규정에 의한 등록'이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고, 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 '면세사업자용'이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은 법 제8조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호 소정의 '제8조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액'에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원2004. 3. 12. 선고 2002두5146 판결 등 참조).

2) 이 사건의 경우

앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 불공제조항을 원고에게 적용하여 한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 사업자등록 전 매입세액 불공제 조항은 이른바 전단계세액공제방식을 취하고 있는 부가가치세제하에서 조세채권을 확보함에 있어서 필요한 납세의무자의 관련사항으로 과세자료를 파악하는데 적합한 사실을 세무관서의 대장에의 등재를 강제함으로써 거래의 정상화 및 과세표준의 양성화를 기하고 근거과세를 확립하려는 데 그 입법목적이 있는 제재규정으로서, 세금계산서제도와 더불어 부가가치세제도를 유지하는 근간이 되는 사업자등록제도의 확립에 그 입법목적의 정당성이 있다.

구 부가가치세법 제8조 제1항에서는 ⁠‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다’고 규정하고 있고, 제3조는 영리 목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 ⁠‘사업자’는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있다.

② 구 부가가치세법 시행령 제12조 제2항은 면세사업자의 고유번호에 대하여 관할 세무서장이 과세자료를 효율적으로 처리하기 위해 면세사업자에 대하여 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있도록 규정하고 있고, 소득세법 제168조 제1항은 ⁠‘새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관한 세무서 장에게 등록하여야 한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 사업자등록에 관련된 각 규정의 취지를 종합하면, 구 부가가치세법 제8조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고, 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 같은 법 제39조 제1항 제8호 소정의 제8조 제1항의 규정에 의한 등록이란 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다.

③ 그러므로 부가가치세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 면세사업자용 이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도, 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것이거나 부가가치세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐, 부가가치세법 제8조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수는 없다.

④ 소득세법 제168조 제1항은 과세사업 또는 면세사업 구분 없이 사업을 시작하는 자는 사업자등록을 해야 한다고, 제2항은 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 자는 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다고 각 규정하면서, 제3항은 ⁠‘이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대하여는 부가가치세법 제8조를 준용한다‘고 규정하고 있다. 그러나 위 제3항에서 부가가치세법 제8조를 준용한다는 것은 그 신청방법 및 절차에 관하여 부가가치세법 제8조를 준용한다는 것일 뿐, 면세사업자의 사업자등록을 과세사업자의 사업자등록으로 본다는 취지는 아니다.

⑤ 조세심판원이 ⁠‘오피스텔의 공급이 이 사건 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상인지 여부’에 관하여 2017. 12. 20.자 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지는 이를 긍정하기도 하고 부정하기도 하였던 것으로 보인다. 그러나 이와 같이 조세심판원의 결정이 일관되지 않았다는 사정만으로 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기는 어려운 점, 오히려 국세청은 예규,

질의회신 등을 통해 일관되게 ⁠‘오피스텔의 공급에 대해서는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호가 적용되지 않는다’는 공적 견해를 표명하여 온 것으로 보이는 점, 원고는 국세청 등에 질의를 하는 방법 등으로 의문을 충분히 해소할 수 있었을 것으로 보이는데도, 그러한 노력을 전혀 하지 않은 채 자신에게 유리한 조세심판원의 일부 결정만을 근거로 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않은 점, 원고가 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 불과한 것으로 평가할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고에게 이 사건 오피스텔의 공급에 관하여 부가가치세를 신고ㆍ납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

나. 두 번째 주장에 대한 판단

위에서 살핀 여러 사정들과 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 불공제조항을 원고에게 적용하는 것이 과잉금지원칙에 위배되어 원고의 재산권을 침해한다거나 조세평등주의를 위반한다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 이 사건 불공제조항은 사업자등록제도가 정착되지 않으면 부가가치세제도의 근간이 흔들릴 수 있는 점을 고려한 제재적 성격의 규정으로서 그 입법목적이 정당하고, 그 입법목적의 달성을 위하여 사업자등록을 하지 아니한 사업자에 대해 매입세액공제를 불허하는 수단을 선택한 것은 사업자등록의 이행을 담보하기 위한 효과적인 방법이 될 수 있으므로 수단의 적정성이 인정되는 점, 사업자등록이 이루어지지 않으면 법인세, 소득세, 지방세 등의 정확한 산정이 곤란할 뿐만 아니라 최종소비자에 대한 부가가치세의 전가가 적정하게 이루어지기 어려워 세제 전반의 부실한 운영을 초래할 수 있는 점, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제5호 단서 및 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조 제9항이 사업자등록 전의 매입세액이라도 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것은 매출세액에서 공제하도록 규정함으로써 매입세액 불공제로 인한 침해를 최소화하기 위한 장치를 두고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 법률조항이 과잉금지의 원칙에 위배되어 납세자의 재산권을 침해하는 규정이라 할 수 없다(헌법재판소 2011. 3. 31. 선고 2009헌바319 결정 참조).

② 이 사건 불공제조항은 사업자등록을 하지 아니한 데 대한 제재로서 매입세액 불공제의 불이익을 주는 것이지 성별・종교・사회적 신분 등을 이유로 불합리한 차별을 하는 것이 아니므로, 평등원칙에 반한다고 할 수도 없다(대법원 2011. 7. 14. 선고2009두20841 판결).

다. 세 번째 주장에 대한 판단

1) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1988. 9. 13. 선고 86누101 판결 등 참조).

2) 이 사건에서 보건대, 세무공무원이 원고에게 오피스텔의 공급이 부가가치세 면세대상에 해당한다고 안내하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없는 점, 조세심판원이 ⁠‘오피스텔의 공급이 면세대상에 해당하는지 여부에 관하여 2017. 12. 20.자 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지 이를 긍정하기도 하고 부정하기도 하였으나 그것만으로는 공적견해를 표명한 것으로 볼 수 없는 점, 설령 피고가 공적견해를 표명한 것으로 볼 수 있다 하더라도 위에서 살핀 여러 사정에 의하면 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수 없는 점 등 제반사정에 비추어 보면, 이 사건 처분에 신뢰보호원칙위반의 위법이 있다고 인정하기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 인천지방법원 2024. 01. 18. 선고 인천지방법원2023구합50343 판결 | 국세법령정보시스템