요지

부동산 양도 당시 원고가 관할 세무서장에게 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받은 사실이 없으므로 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당하지 않아 1거주자로 보아 양도소득세의 부과처분은 정당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

청 주 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2023구합52180 양도소득세등부과처분취소

원 고 AAA

피 고 1. BB세무서장

         2. 대한민국

변 론 종 결 2023. 11. 30.

판 결 선 고 2024. 1. 18.

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 청주세무서장이 2021. 8. 1. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 62,842,240원의 부과처분을 취소하고, 피고 대한민국은 원고에게 30,450,460원을 지급하라.

이 유

1. 처분의 경위

      가. 원고는 CCC 소속 교회로서 2006. 2. 17. 충북 OO시 OO구 OO동 XX-X 대지 391㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.

      나. 이후 원고는 2019. 10. 29. 나은화에게 이 사건 토지를 7억 5,000만 원의 거래가액으로 양도(이하 ’이 사건 양도‘라 한다)하고, 2021. 6. 21. 피고 BB세무서장에게 양도가액 7억 5,000만 원, 취득가액 591,428,571원으로 하여 양도소득세 30,450,460원을기한후 신고․납부하였다.

      다. 피고 BB세무서장은 원고가 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조에 따른 ’법인으로 보는 단체‘로 승인받지 않아 이 사건 양도가 법인 아닌 단체인 종교단체가 부동산을 양도하는 경우에 해당하여 양도소득세 과세대상이 된다고 보고, 2021. 8. 5. 원고에게 실제취득가액 418,000,000원을 전제로 이 사건 양도로 인한 2019년 귀속 양도소득세를 93,292,706원(가산세 포함)으로 산정하고, 여기에서 기납부세액 30,450,460원을 공제한 62,842,240원을 결정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

      라. 원고는 이에 불복하여 2022. 2. 23. 심판청구를 하였으나, 2023. 6. 29. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

      가. 원고의 주장 취지

원고는 비록 이 사건 처분 이후이기는 하나 2021. 12. 2. 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받았고, 이 사건 토지도 원고의 명의로 취득하였으며, 그동안 취득세 및 재산세에 대하여 비과세혜택을 받았고, 이 사건 토지의 처분 이전부터 구 국세기본법 제13조 제2항 각호의 요건을 모두 갖추고 있었던 이상 같은 항에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당함에도 불구하고, 이와 달리 원고가 법인 아닌 단체로서 거주자에 해당 한다는 전제 하에 한 이 사건 처분은 위법하다.

또한 이와 같이 원고가 법인으로 보는 단체에 해당하는 경우 이 사건 토지의 양도차익에 관하여는 양도소득세가 아니라 법인세를 납부하게 되는데, 이 사건 토지는 양도 당시 원고가 3년 이상 고유목적사업에 사용하여 법인세가 면제되는 것이므로 결국 원고가 납부한 양도소득세는 잘못 납부된 것이어서 피고 대한민국은 원고에게 그 과오납부액을 부당이득으로 반환하여야 한다.

      나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

      다. 판단

      1) 구 국세기본법 제13조 제1항은, ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단 ･ 재단 등은 법인으로 본다고 규정하고, 같은 법 제13조 제2항은, 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 ･ 관리하는 등 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다.

    위와 같은 구 국세기본법 규정은, 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단 ･ 재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조).

    이러한 규정의 성격과 아울러 구 국세기본법 제13조 제1항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은법 제13조 제2항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, 구 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다고 할 것이다.

      2) 앞서 든 증거, 갑 제1호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종

    합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

      가) 피고를 비롯한 관할 세무서는 사업자등록번호의 고유번호를 부여함에 있어 4, 5번째 자리에 소득세법 제2조 제3항에 해당하는 법인 아닌 종교단체의 경우에는 개인구분 코드인 ⁠‘89’, 법인으로 보는 단체의 경우에는 법인성격 코드인 ⁠‘82’를 부여 하여 왔고, 그 신청 및 승인 절차를 구분하여 처리를 하여 왔다.

      나) 원고는 2002. 10. 21. ’상호 AAA, 대표자: DDD, 사업장소재지 : 청주시 OO구 OO동 XX번지'로 하여 사업자등록(사업자등록번호'XXX-89-XXXXX)을 하였다.

      다) 원고는 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였다가, 2021. 11. 26. 기각결정을 받은 후 피고 청주세무서장에 대하여 국세기본법 제13조 제6항 및 같은 법 시행령 제10조에 따라 ⁠‘법인으로 보는 단체’ 승인을 신청하였다.

      라) 피고 청주세무서장은 2021. 12. 2. 원고에게 신규로 ⁠‘법인으로 보는 단체'로 지정 통지를 하면서, 그 고유번호로 'XXX-82-XXXXX'를 부여하였다.

      3) 위 2)항의 인정 사실을 위 1)항 법리에 비추어 보면, 이 사건 양도 당시에는 원고가 피고 BB세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실이 없으므로, 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다. 그 후에 원고가 법인으로 보는 단체로서의 지위를 취득하였다 하여 이미 원고에게 거주자로서 성립한 양도소득세 납세의무에 영향을 줄 수는 없다.

     4) 결국 이 사건 처분은 적법하므로 이 사건 양도는 양도소득의 과세대상이 되고, 원고는 이 사건 처분에 따른 납세의무가 있으며, 원고가 이미 납부한 양도소득세는 납부하여야 할 세액의 범위 내에 있어 잘못 납부되거나 초과 납부된 것이라고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 각 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여

주문과 같이 판결한다.

출처 : 청주지방법원 2024. 01. 18. 선고 청주지방법원2023구합52180 판결 | 국세법령정보시스템