요지

부동산 등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정에 의하여 등록한 단체라는 사실만으로 주무관청에 허가를 받아 설립되거나 단체로서 등록된 것이 아니므로 국세기본법 제13조 제1항에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2014. 7. 1. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세

5,155,350원 및 가산금 1,082,560원, 지방소득세 및 가산세 583,720원 합계 6,821,630

원의 각 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 법인격 없는 사단인 교회로 2013. 7. 26. 원고 소유의 전남 00군 00읍

00리 000-0 소재 종교용지 000㎡ 및 그 지상건물 000㎡(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라

한다)를 이00에게 양도하였는데 피고에게 양도소득세를 신고하지 않았다.

나. 피고는 국세기본법상 ⁠‘법인으로 보는 단체’ 외의 법인 아닌 단체인 종교단체가 부

동산을 양도하는 경우 거주자로서 양도소득세 과세대상이 된다고 보고 2014. 7. 1. 원

고에게 2013년 귀속 양도소득세 7,107,610원을 결정․고지(이하 ⁠‘이 사건 당초처분’이

라 한다)하였다가, 이 사건 부동산의 환산취득가액 계산 시 오류를 확인하여 2014. 8.

27. 원고에게 이 사건 당초처분에서 양도소득세 중 1,952,260원을 감액하는 경정결정 을 하고 이를 고지하였다(이하 위와 같이 감액된 이 사건 당초처분을 ⁠‘이 사건 처분’이

라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 8. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2015. 9.

11. 기각되었다.

라. 한편, 원고는 2004. 1. 9. 00군수에게 부동산등기용등록번호 부여신청을 하여 그

무렵 위 등록번호를 부여받았고, 2014. 7. 25. 피고로부터 수익사업을 하지 않는 비영

리법인으로 보는 단체의 고유번호(000-00-00000)를 부여받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 11, 13호증, 을 제1호증의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

(1) 소득세법의 부적용

원고는 부동산등기법과 법인 아닌 사단․재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호

부여절차에 관한 규정에 의하여 주무관청인 00군청에 등록한 단체인 점, 00등기소

장의 심사를 거쳐 이 사건 부동산을 원고 명의로 소유권이전등기하여 고유목적사업에

25년 이상 사용한 점, 2014. 7. 25. 피고로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 점

등을 고려하면, 원고는 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 의해 주무관청에 등록된 사

단에 해당한다. 따라서 원고는 양도소득세 납세의무자인 거주자가 아니고, 법인세법이

적용될 뿐인데 법인세법령에 의하여 법인세가 면제된다.

(2) 실질과세의 원칙

피고는 원고가 실질적인 공익법인에 해당하는 단체임을 인정하면서도 원고를 영리

단체의 개인으로 보아 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였는바, 피고의 과세

처분은 국세기본법 제14조가 정한 실질과세의 원칙을 위반한 것이다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 소득세법 적용 여부에 관하여

(1) 법리

구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항은

법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으 로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 법인으로 보는 법

인격 없는 사단․재단 기타 단체에 관하여 정하고 있는 구 국세기본법 시행령(1993.

12. 31. 대통령령 제14076호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조는 제1호에서 '주무

관청의 허가를 받아 설립한 사단․재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것'을, 제

2호에서 '공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것'을

들고 있으므로, 법인격 없는 사단은 법인격 없는 재단과는 달리 주무관청의 허가를 받

아 설립된 것이 아니라면 세법의 적용에 있어서 법인으로 볼 수 없고, 법인격 없는 사

단인 종교단체에 대하여도 달리 해석되지 않는다고 할 것이며, 위 각 규정은 조세법의

특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단․재단

기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다 는 것으로서 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 합리적인 규정이라고 할 것이다

(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조). 그리고 이러한 해석은 위 구 국

세기본법 시행령 제8조가 그대로 본문 내용에 들어가고, 여기에 ⁠‘법령에 따라 주무관청 에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것’이 추가된 현행 국세기본

법 제13조 제1항에 대하여도 마찬가지로 적용된다고 할 것이다.

(2) 이 사건의 경우

위 인정사실 및 관계법령에 비추어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하

면, 원고는 주무관청의 허가를 받아 설립되거나 단체로서 등록된 것이 아니므로 국세

기본법 제13조 제1항, 제4항에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는다. 따라서

원고는 양도소득 과세대상으로서 이 사건 처분에 따른 납세의무가 있으므로, 원고의

위 주장은 이유 없다.

① 원고가 2004. 1.경 00군수로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받아 이 사건

부동산에 대한 소유권이전등기 등 등기업무를 처리한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러 나 00군수가 부여한 부동산등기용 등록번호는 부동산등기법 제26조 제1항, 제48조

제2항, 제49조 제1항 제3호, 법인 아닌 사단․재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번

호 부여절차에 관한 규정 제8조에 의하여 부동산의 등기에 관하여 등기권리자나 등기

의무자의 기재를 하기 위한 것일 뿐이다. 그리고 부동산등기법 제49조 제1항 제3호가

시장․군수․구청장을 법인 아닌 사단․재단의 부동산등기용 등록번호 부여권자로 규

정하고 있다고 하여 위 시장․군수․구청장이 국세기본법 제13조 제1항 제1호에서 정

한 원고의 ⁠‘주무관청’이 된다고 볼 수도 없다.

② 원고가 이 사건 부동산을 양도한 2013. 7. 26. 이전에는 주무관청으로부터 국세

기본법 제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 없다. 법인세법

시행령 제3조 제1항 제1호 라목은 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인

받은 날을 법인의 사업연도 개시일로 규정하고 있다. 원고가 2014. 7. 25. 피고로부터

비영리법인으로 보는 단체의 고유번호를 부여받았다고 하더라도 이를 이유로 이 사건

부동산 양도일인 2013. 7. 26. 이전에 관한 세무서장으로부터 승인받은 법인이라고 볼

수도 없다.

나. 실질과세의 원칙

국세기본법 제14조에서 규정하는 실질과세의 원칙은, 납세의무자가 소득이나 수익,

재산, 거래 등의 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을

취한 경우 그 형식이나 외관에 불구하고 그 뒤에 숨어 있는 실질에 따라 과세요건이

되는 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 발생, 귀속과 내용 등을 파악하여 과세하여야 한

다는 국세부과의 원칙을 말하는 것이다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 등

참조).

이 사건에서 보건대, 앞서 본 바와 같이 국세기본법 제13조는 조세법의 특성상 과세

되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단․재단 기타 단체

중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 규정인

바, 원고가 실질적인 공익법인에 해당하는 단체라고 하더라도 위 규정에서 정한 요건 을 충족하지 못한 이상 원고를 법인으로 보는 단체로 보지 않고 거주자로 보아 양도소

득세를 부과한다고 하여 실질과세의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다고 할 것이다.

따라서 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 어느 모로 보나 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이 와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

출처 : 광주고등법원 2016. 10. 13. 선고 광주고등법원 2016누3788 판결 | 국세법령정보시스템