요지

관세환급금의 추징 결정으로 인하여 당초 소득으로 신고되었던 관세환급금이 후발적으로 국가에 귀속되었는 바, 이 사건 추징은 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호의 ⁠‘소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정이 있을 때’와 유사하다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정거부처분 취소청구 부분을각 각하한다.

2. 피고가 2014. 9. 3. 원고에게 한 2011년 귀속 종합소득세 경정거부처분 중40,061,566원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 9. 3. 원고에게 한 2009년 내지 2011년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 안경테 수출업체인 ⁠‘AAA’을 1990. 9. 15.부터 2011. 9. 30. 폐업할 때까지 운영하였던 개인사업자로서, 2009년부터 2011년까지「수출용 원재료에 대한관세 등 환급에 관한 특례법」에 따라 관세 합계 183,925,220원(= 2009년분 51,652,120원 + 2010년분 57,695,990원 + 2011년분 74,577,110원)을 각 환급받았으며, 위 환급금을 각 과세기간의 총 수입금액에 산입하여 종합소득세를 신고하였다.

나. 부산세관장은 2014년 관세조사 실시 결과, 원고가 수출물품의 생산자에 해당하지 않음에도 관세를 부당하게 환급받은 사실을 확인하고 2014. 6. 19. 원고에게 관세합계 248,494,810원(= 2009년분 50,518,360원 + 2010년분 90,788,030원 + 2011년분107,188,420원, 가.항의 각 환급금을 초과하는 금액이 각 가산세로 포함되어 있다)을추징고지(이하 ⁠‘이 사건 추징’이라 한다)하였으며, 원고는 2014. 7. 7. 이를 모두 납부하였다.

다. 원고는 2014. 7. 11. 피고에게 이 사건 추징금 248,494,810원을 2011년의 필요경

비로 산입하여 종합소득세 63,423,412원의 환급을 구하는 취지의 경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2014. 9. 3. 필요경비의 귀속연도는 그 경비가 확정된 날이 속하는 과세기간이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 11. 25. 심판청구를 하면서, 2009년부터 2011년까지각 과세기간의 총 수입금액에서 해당 관세환급금을 공제하는 방법으로 종합소득세 경정이 이루어져야 한다고 주장하였으나, 조세심판원은 2015. 5. 11. 이 사건 추징금은추징일이 속하는 과세기간의 필요경비로 산입함이 타당하다는 이유로 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함, 이하 같다), 제9호증의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 당사자들의 주장 요지

1) 피고의 주장

원고가 2014. 7. 11. 피고에게 2011년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구를 하였을 뿐, 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세에 대하여는 경정청구를 하지 않았으므로, 이 사건 처분에 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분이 포함 된다고 볼 수 없다. 따라서, 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정거부처분 취소청구 부분은 취소를 구하는 대상이 되는 처분이 존재하지 않으므로 부적법하다.

2) 원고의 주장

원고는 관세환급금의 추징이 있는 경우 그것이 확정된 과세연도의 필요경비로 처리하여 온 피고의 관행에 따라, 이 사건 추징금을 원고의 폐업일이 속하는 2011년의 필요경비로 산입하여 경정청구를 한 것에 불과하고, 그 실질은 이 사건 추징과 관련된 2009년부터 2011년까지의 종합소득세의 경정을 모두 구한 것으로 보아야 할 뿐만 아니라, 피고로서는 원고가 주장하는 위법사유나 환급방식에 구애됨이 없이 이 사건 추징과 관련이 있는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있으므로, 이를 간과한 피고의이 사건 처분에는 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세에 대한 경정거부처분이 포함되어 있다고 보아야 한다.

3) 판단

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사, 확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조). 한편, 소득세는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 1년분의 소득금액에대하여 과세하는 이른바 ⁠‘기간과세’이므로, 매년마다 그 과세기간이 종료하는 12. 31.에 개별적·독립적인 납세의무가 성립된다고 보아야 한다.

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면,원고가 2014. 7. 11. 피고에게 2011년 귀속 종합소득세 등 과세표준확정신고 및 납부 계산서를 제출하면서, 이 사건 추징금을 2011년 귀속 필요경비로 산입하여 종합소득세를 다시 결정해달라는 경정청구를 하였고, 이 사건 추징금을 해당 연도별로 구분하거나 이를 구분할 수 있는 자료도 제출하지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고의 이 사건 경정청구는 2011년 귀속 종합소득세만을 대상으로 한 것으로 봄이 상당하므로, 피고로서는 2011년 귀속 과세표준 및 세액의 정당성에 대하여 조사·확인할 의무가 있을 뿐, 이와 과세기간을 달리하는 2009년 및 2010년 귀속 과세표준 및 세액의 정당성에 대하여 조사·확인할 의무를 인정할 수 없어 피고의 이 사건 처분에 2011년과 과세기간을 달리하는 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부가 포함되어 있다고 보기 어렵다. 나아가 원고가 조세심판청구를 제기하면서 2009년 내지 2011년 귀속 종합소득세를 각 경정해달라고 주장하였다 하더라도, 그로 인하여 원고의 이 사건 경정청구가 2009년, 2010년 및 2011년 귀속 종합소득세의 경정청구로 변경이 허용된다고 보기 어려울 뿐만 아니라 조세심판청구의 기각 결정에 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분이 존재하는 것으로 볼 수도 없다[뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 경정청구는 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 소정의 후발적 사유에 따른 경정청구로서, 그 사유가 발생한 날로부터 2개월 이내에 경정을 청구하여야 하는데, 원고의 2009년 및 2010년 종합소득세 경정청구 주장은 이 사건 추징일인 2014. 6. 19.로부터 2개월이 경과하였음이 역수상 명백한 2014. 11. 25. 제기된 조세심판청구절차에서 이루어져 그 청구기간이 경과하였음은 기록상 명백하다]. 그렇다면, 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정청구 취소청구 부분은 취소를 구하는 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 추징은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2소정의 후발적 경정사유에 해당하므로, 이 사건 추징금 중 환급금 상당액은 각 과세기간의 총 수입금액에서 공제되어야 할 항목일 뿐, 필요경비라고 볼 수 없다. 따라서 피고로서는 2009년부터 2011년까지의 각 과세기간의 총 수입금액을 경정하는 방법으로과세표준 및 세액 경정을 하여야 한다.

2) 가사 이 사건 추징금 중 환급금 상당액을 필요경비로 보더라도, 이 사건 추징이 후발적 경정사유에 해당하는 이상, 관세환급이 이루어진 각 과세연도의 경정사유로 삼아야 한다.

3) 피고 주장과 같이 이 사건 추징금 중 환급금 상당액이 2014년의 필요경비라고 보더라도, 소득세법 기본통칙 39-0…5의 취지 및 실질과세원칙 등을 고려하여 원고가 폐업한 2011년의 필요경비로 보아 2011년 귀속 과세표준 및 세액의 경정이 이루어져야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 추징이 후발적 경정사유에 해당하는지에 관하여

가) 구 국세기본법 제45조의2 제2항은 ⁠‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하면서, 제2호에서 ⁠‘소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때’를, 제5호에서 ⁠‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’를 각 후발적 경정청구사유로 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임을받아 ⁠‘대통령령으로 정하는 사유’를 구체적으로 규정하고 있는 국세기본법 시행령 제25조의2는 제1호에서 ⁠‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’를 해당 사유로 규정하고 있다. 이와 같이 구 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

나) 위 법리 및 법령의 규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 추징 중 2011년 환급분 74,577,110원의 추징으로 인하여 피고의 원고에 대한 당초 2011년 귀속 종합소득세 부과처분에는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호에 따른 후발적 경정사유가 존재한다고 봄이 상당하고, 나머지 2009년 및 2010년 각 환급분의 추징은 앞서 경정청구 및 그 거부처분의 존재가 인정되지 아니한 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세의 경정사유가 될 수 있음은 별론으로 하고, 2011년 귀속 종합소득세의 경정청구 사유로 볼 수 없으며, 나머지 각 해당연도의 가산세 부분은 당초 총수입금액에 계상되지 않았을 뿐만 아니라, 총수입금액에 대응하는 필요경비로 인정되지도 아니하므로 경정사유가 존재한다고 볼 수 없다.

① 부산세관의 이 사건 추징 결정으로 인하여, 당초 원고의 소득으로 신고되었던 2011년분 관세환급금이 후발적으로 국가에게 귀속되었는바, 이 사건 추징은 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호의 ⁠‘소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정이 있을 때’와 유사하다고 볼 수 있다.

② 원고가 2011년경 부산세관으로부터 환급받은 관세 74,577,110원을 총 수입금액에 합산하여 종합소득세를 신고하였는바, 위와 같은 과세관청의 관세환급 결정은 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분’으로 볼 수 있고, 그 후 부산세관이 2014. 6. 19. 이 사건 추징을 한것은 그러한 ⁠‘관청의 허가나 그 밖의 처분’이 취소된 경우에 해당한다고 보아야 한다.

③ 원고가 2011년분 관세환급금을 추징당하여 이를 납부한 이상, 실질과세의 원칙상 그 관세환급금이 총수입금액에 합산됨에 따라 증가된 소득에 대응하는 종합소득세는 원고에게 환급하는 것이 상당하다.

2) 피고의 주장에 관하여

피고는, 원고가 먼저 이 사건 추징금이 2011년의 필요경비에 해당함을 전제로 이 사건 경정청구를 하였고, 이 사건 추징금의 귀속연도는 그 확정일이 속하는 2014년으로 보아야 하므로, 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로 주장할 수 있다할 것인바(앞서 본 대법원 2002두9261 판결), 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 경정청구서에 경정청구이유를 ⁠‘관세환급금 추징에 따른 소득금액 변동’이라고 기재하고, 추징금 납부 영수증 및 명세서를 증빙자료로서 첨부한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 추징에 따른 후발적 경정청구로서 이 사건 경정청구를 하였다고 봄이 상당하다. 따라서, 원고는 이 사건 소송에서 경정청구 당시 주장과 달리 관세환급분을 필요경비가 아닌 수입금액의 경정으로 주장할 수 있고, 피고로서는 앞서 본 바와 같이 당해 과세기간의 정당한 과세표준 및 세액에 대하여 조사·확인할 의무가 있으므로, 원고가 이 사건 추징금을 필요경비로 지목하였는지 여부와 관계없이 이 사건 추징이 후

발적 경정사유에 해당하는지 여부에 관하여 판단하였어야 할 것인바, 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다.

3) 정당세액

따라서 원고가 이 사건 추징일인 2014. 6. 19.로부터 2개월 이내인 2014. 7. 11.에 한 이 사건 경정청구는 2011년 관세환급금에 상당하는 추징액 74,577,110원의 범위 내에서는 국세기본법 제45조의2 제2항 소정의 후발적 경정청구로서 적법하다 할 것이므로, 당초 원고가 신고한 2011년 귀속 종합소득금액 300,717,724원에서 위74,577,110원은 감액되어야 할 것인바, 이에 따라 2011년 귀속 종합소득세를 다시 계산하면 다음과 같다.

4) 소결론

그렇다면, 원고의 2011년 귀속 종합소득세액은 33,426,685원에서 10,064,839원으로 23,361,846원이 감액되어야 할 것인바, 이 사건 처분 중 40,061,566원(= 당초 원고가 경정청구한 63,423,412원 - 경정대상세액 23,361,846원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 경정거부처분 취소청구부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 이 사건 처분에 대한 취소청구 부분은 위인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2016. 02. 02. 선고 대구지방법원 2015구합22938 판결 | 국세법령정보시스템