요지

위탁계약에 따른 대행사업비와 위탁수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 위탁수수료 전체가 용역의 대가이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 포함됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여, 2014. 11. 4. 한 2009년 제2기분 부가가치세 589,033,070원,2014. 11. 5. 한 2010년 제2기분 부가가치세 537,190,970원, 2011년 제2기분 부가가치세 521,332,150원, 2012년 제2기분 부가가치세 525,083,560원, 2013년 제2기분 부가가치세 580,100,510원의 각 과세처분을 모두 취소한다(소장 청구취지 기재 처분일자‘2014. 11. 12.’는 오기로 보인다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 8. 10. 지방공기업법 및 ○○시 ○○도시개발공사 설립 및 운영조례에 따라 지역균형개발 등을 목적으로 설립되어 주택 및 토지개발사업, 임대주택 운영사업, ○○시 소유의 공유재산의 관리 및 운영사업 등을 영위하여 온 법인이다.

나. 원고는 2006. 1.경부터 2012. 3.경까지 ○○시와 사이에, ○○시 소유의 공영주차장, ○○종합운동장 및 국민체육센터, ○○ 체육시설(야구장, 축구장), ○○시 종합공설장사시설인 ○○공원, ○○시 벤처센터(이하 ⁠‘이 사건 각 시설’이라 한다)의 각 관리․운영에 관한 아래와 같은 내용의 위․수탁계약(이하 ⁠‘이 사건 각 위탁계약’이라 한다)을 체결하고, 이 사건 각 시설을 관리․운영하는 대행업무(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라한다)를 수행하여 왔으며, 이와 관련하여 ○○시로부터 인건비와 전기, 수도요금, 하청업체 외주비용 등의 대행사업비와 위탁수수료를 수령하였는데, 2009년부터 2013년까지 각 제2기분 부가가치세 신고를 함에 있어, 위탁수수료에 관해서만 매출세액 신고를 하고, 대행사업비에 대하여는 매출세액 신고를 하지 않았다.

1) 공영주차장 위􎇍수탁계약

제4조(위탁관리의 범위) ① ○○시는 동 협약서 제2조의 위탁시설물에 대한 소유권을 가지며 원고가 대행하는 수탁관리 업무 범위는 다음과 같다.

1. 대상 시설의 관리운영 및 장비의 유지관리

2. 대상 시설의 사용료 징수 및 운영수입금 세입조치

3. 대상 시설의 관리운영에 따른 제 경비사용

제5조(수탁자의 의무 및 책임) ② 원고는 대행경비 및 재산을 주차장 운영에 직접 사용하여야 하며 원칙적으로 목적 외 사용, 권리의 양도, 대여, 매매, 교환, 담보제공, 재위탁 등의 행위를 할 수 없으며, 수탁받은 모든 재산은 선량한 관리자로서 주의의무를 다하여야 하며, 시설유지관리에 책임을 진다.

제6조(사용료 징수 등) ① 원고는 동 협약서 제2조의 위탁시설물의 사용료는 ○○시주차장 조례에서 정하는 금액의 범위 내에서 원고가 징수한다.

제7조(수입금 세입조치) 원고는 동 협약서 제2조의 위탁시설물의 운영 수입금 전액을 익일까지 ○○시가 정하는 세입구좌에 입금 조치하여야 한다.

제8조(대행사업비) ① 대행사업비는 위탁사업에 필요한 제반 운영경비로서 원고는 연간사업계획서와 예산서를 작성하여 매 회계연도 개시 전에 ○○시에 제출하여야 하며, ○○시는 통산 운영비를 고려하여 특별회계예산으로 편성하여야 한다.

② ○○시는 편성된 예산의 자금은 원고의 자금수요에 따라 매월 또는 분기별로 원고의 요청에 의하여 교부한다.

③ 공영주차장 운영상 추가로 발생되는 대행사업비는 원고의 요청이 있을시 ○○시가 타당하다고 인정될 때 예산범위 내에서 교부하여야 한다.

제9조(대행수수료) 대행수수료는 주차장 총 수입금의 7.5%로 한다.

제11조(안전관리 및 민􎇍형사상의 책임) 주차장 관리􎇍운영하면서 원고의 귀책사유로 발생되는 사고 및 손해에 대하여 민􎇍형사상 모든 책임을 진다.

제13조(지도감독) ① ○○시는 위탁시설의 관리운영과 관련하여 다음 각 호의 지도감독권을 행사할 수 있으며 원고는 이에 적극 협조하여야 한다.

1. 위􎇍수탁 관리계약 이행사항 확인 감독

2. 운영수입 세입조치 이행사항 감독

3. 운영방법 업무지도

2) ○○종합운동장 및 국민체육센터 위􎇍수탁계약

제3조(위􎇍수탁운영의 범위) ○○시가 원고에게 위탁하는 사무의 범위는 다음 각호와 같다.

1. ○○종합운동장 및 ○○국민체육센터의 관리􎇍운영

2. 효율적이고 합리적인 운영체계 수립 및 시행

3. 시설의 사용허가, 변경 등 관리􎇍운영에 필요한 사무

4. 시설의 유지􎇍관리􎇍보수에 관한 사무

제5조(위􎇍수탁재산의 관리) ① 위􎇍수탁재산에 대한 소유권은 ○○시에게 있다.

③ 원고는 위􎇍수탁재산을 위􎇍수탁받은 사업목적 이외의 용도로 사용하여서는 아니 된다.

제6조(위탁운영비) ① ○○종합운동장 및 ○○국민체육센터의 관리􎇍운영에 소요되는 비용(이하 ⁠‘운영비’라 한다)은 ○○시의 예산(위탁관리비)으로 하고, 수입금은 ○○시의 세입으로 한다.

② 원고는 제2조에서 정한 위􎇍수탁재산의 운영으로 발생한 수입금 전액을 익일까지 ○○시가 지정하는 세입구좌에 입금하여야 한다.

③ 원고는 ○○시의 예산(위탁관리비)의 범위 내에서 매 분기별 소요되는 비용을 판단하여 매분기 직전 월 10일까지 ○○시에 요청하고, ○○시는 매분기 전월말까지 그 비용을 교부한다.

제7조(수탁자의 의무) ① 원고는 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여 수탁시설을 효율적으로 관리􎇍운영하여야 한다.

제8조(운영사업계획) ① 원고는 제3조의 규정에 의한 위􎇍수탁운영에 대하여 다음연도 관리􎇍운영사업계획서와 수입지출예산서를 수립하여 매년 8월말까지 ○○시에 제출하여야 하며 ○○시는 그 내용을 검토하여 회계연도 개시 전까지 승인하고 필요한 예산을 확보하여야 한다.

③ 원고는 제1항에 따라 승인된 연간 관리􎇍운영사업계획서를 기초로 세부관리􎇍운영계획을 수립하되, 효율적인 시설관리􎇍운영 및 수익창출을 위하여 부단히 연구􎇍개선 노력하여야 한다.

제8조의1(위탁 관리􎇍운영 대행수수료) ○○시는 위탁관리 및 운영에 따른 대행수수료를 지급할 수 있다.

제16조(민􎇍형사상 책임 등) ① 원고는 위􎇍수탁시설 등을 관리􎇍운영하면서 발생되는 사고에 대하여 민􎇍형사상의 모든 책임을 진다.

3) ○○ 체육시설(야구장, 축구장) 위􎇍수탁계약

제3조(위􎇍수탁운영의 범위) ○○시가 원고에게 위탁하는 사무의 범위는 다음 각호와 같다.

1. 체육시설의 관리􎇍운영에 관한 사무(시설 유지􎇍보수, 야구 리그운영 등)

2. 사용료의 징수에 관한 사무

3. 시설의 사용허가, 변경 등 관리􎇍운영에 필요한 사무

제5조(위􎇍수탁재산의 관리) ① 위􎇍수탁재산에 대한 재산권은 ○○시에게 있다.

③ 원고는 위􎇍수탁재산을 위􎇍수탁받은 사업목적 이외의 용도로 사용하여서는 아니 된다.

제6조(위탁운영비) ① ○○ 체육시설의 관리􎇍운영에 소요되는 비용(이하 ⁠‘운영비’라 한다)은 ○○시의 예산(위탁관리비)으로 하고, 수입금은 ○○시의 세입으로 한다.

② 원고는 제2조에서 정한 위􎇍수탁시설의 운영으로 발생한 수입금 등을 ○○시가 지정하는 세입구좌에 입금하여야 한다.

③ 원고는 ○○시의 예산(위탁관리비)의 범위 내에서 ○○시에 요청하고, ○○시는 그 비용을 교부한다.

제7조(수탁자의 의무) ① 원고는 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여 수탁시설을 효율적으로 관리􎇍운영하여야 한다.

제8조(운영사업계획) ① 원고는 제3조의 규정에 의한 위􎇍수탁운영에 대하여 다음연도 관리􎇍운영사업계획서와 수입지출예산서를 수립하여 매년 8월말까지 ○○시에 제출하여야 하며 ○○시는 그 내용을 검토하여 회계연도 개시 전까지 승인하고 필요한 예산을 확보하여야 한다.

③ 원고는 제1항에 따라 승인된 연간 관리􎇍운영사업계획서를 기초로 세부관리􎇍운영계획을 수립하되, 효율적인 시설관리􎇍운영에 노력하여야 한다.

제17조(민􎇍형사상 책임 등) ① 원고는 위􎇍수탁시설 등을 관리􎇍운영하면서 발생되는 사고에 대하여 민􎇍형사상의 모든 책임을 진다.

4) ○○시 종합공설장사시설인 ○○공원 위􎇍수탁계약

제2조(위􎇍수탁사무) 이 협약에 의한 위􎇍수탁사무의 내용은 다음 각호와 같다.

1. 위􎇍수탁사무

장사시설의,

1) 각 시설물의 유지관리

2) 장례식장 운영􎇍유지관리

3) 봉안시설 운영􎇍유지관리

4) 기타 부대설비 유지관리

제7조(시설 및 장비의 관리) 원고는 이 협약에 의하여 ○○시가 관리를 위탁한 시설 및 장비에 대하여 선량한 관리자의 의무를 다하여야 한다.

제11조(수입금 세입조치) ① 원고는 동 협약서 제2조의 위탁시설물 운영수입금 전액을 익일까지 ○○시가 지정하는 세입구좌에 입금조치 하여야 한다.

제12조(대행수수료) ○○시는 수익금의 10% 이내의 범위(부가세 포함)에서 대행수수료를 지급할 수 있다.

제13조(위탁비용의 지급) ① 수탁운영관리비용은 총액계약에 의해 분기별 소요금액을 지급한다.

제15조(책임) 원고는 장사시설의 운영과 관련하여 제3자에게 재산상 또는 인적 피해를 입히거나 원고의 부주의로 인하여 시설의 파괴, 훼손 등 ○○시의 재산상 손실 또는 손해가 발생하였을 경우에는 원상회복 및 민􎇍형사상의 모든 책임을 진다.

5) ○○시 벤처센터 위􎇍수탁계약

제2조(위􎇍수탁사무) 이 협약에 의한 위􎇍수탁사무의 내용은 다음 각호와 같다.

1. 위􎇍수탁사무

벤처센터의,

1) 벤처센터 관리운영 및 장비의 유지관리

2) 벤처센터 임대료 징수 및 관리

3) 벤처센터 관리비 징수 및 관리

4) 부설주차장 운영􎇍유지관리 및 수입금 세입조치

5) 기타부대설비 유지관리

제7조(시설 및 장비의 관리) 원고는 이 협약에 의하여 ○○시가 관리를 위탁한 시설 및 장비에 대하여 선량한 관리자의 의무를 다하여야 하며, 시설의 파손 또는 망실시에는 ○○시에 변상하여야 한다. 다만, 천재지변 등 불가항력적 사고로 발생한 때에는 그러하지 아니하다.

제11조(임대료 및 수입금 징수􎇍관리) ① 원고는 벤처시설 임대와 관련하여 ○○시가 체결한 벤처시설 임차인과의 계약에 따라 임대료를 부과 징수하여야 하며, 임차인이 임대료를 체납시에는 계약에 따라 ○○시를 대신하여 필요한 조치를 취하여야 한다.

② 원고는 벤처시설 임차인으로부터 징수한 임대료와 이 협약서 제2조의 부설주차장 운영수입금 전액을 주1회 ○○시가 지정하는 세입구좌에 입금조치 하여야 한다.

제13조(대행수수료) ○○시는 제12조에 의거 세입조치한 관리비 및 부설주차장 운영수입금의 10% 이내의 범위(부가세 포함)에서 대행수수료를 지급할 수 있다.

제14조(위탁비용의 지급) ① 위탁운영 관리비용은 총액계약에 의해 분기별 소요금액을 지급한다.

제16조(책임) 원고는 벤처센터의 운영과 관련하여 제3자에게 재산상 또는 인적 피해를 입히거나 원고의 부주의로 인하여 시설의 파괴, 훼손 등 ○○시의 재산상 손실 또는 손해가 발생하였을 경우에는 원상회복 및 민􎇍형사상의 모든 책임을 진다.

다. ○○지방국세청장은 원고에 대한 세무조사 결과, 원고가 ○○시로부터 2009년부터 2013년까지 교부받은 대행사업비 합계 293억 원(2009년 55억 원, 2010년 57억 원,2011년 57억 원, 2012년 58억 원, 2013년 65억 원)도 이 사건 용역에 대한 대가로서 부가가치세 과세대상이라는 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 위 대행사업비 293억 원에서 이 사건 각 시설과 관련하여 원고 명의의 매출세금계산서가 발급된 142억 원, ○○시 명의로 매입세금계산서를 수취한 16억 원, 원고가 납부한 부가가치세 9억 원 등을 차감한 후 공급가액으로 환산한 10,035,840,090원을 각 과세기간별 과세표준에 산입하여, 원고에게, 2014. 11. 4. 2009년 제2기분 부가가치세 589,033,070원, 2014. 11. 5. 2010년 제2기분 부가가치세 537,190,970원, 2011년 제2기분 부가가치세 521,332,150원, 2012년 제2기분 부가가치세 525,083,560원, 2013년 제2기분 부가가치세 580,100,510원 합계 2,752,740,260원(각 가산세 포함, 이 사건 각 시설의 사업주체를 ○○시로 경정하면서 발생한 환급세액 630,037,750원을 고지세액에서 충당한 후의 세액은 합계 2,122,702,510원이다)을 각 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 1. 27. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 3. 14. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 

다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제2, 3호증, 을 제1, 2호증의 각 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 ○○시로부터 수령하는 대행사업비에는 ⁠‘이윤’이 포함되어 있지 않고, 사전에 대행사업비 예산을 편성하여 ○○시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하며, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 ○○시에 반환하도록 되어 있어, 대행사업비의 수령 및 집행과 관련하여 원고에게 이익이나 손실이 발생할 여지가 없고, 대행사업비에 대한 실질적인 관리․처분권도 없는 점, 피고도 이 사건 시설의 이용료 매출에 대한 부가가치세는 ○○시가 부담하여야 한다고 보고 있는바, 대행사업비는 이에 상응하는 매입에 해당하므로, 원고가 시설이용료를 대리징수한 것이라면 대행사업비도 단순히 대행지출한 것에 불과하다고 보아야 하는 점 등을 고려하면, 원고의 대행사업비지출은 ○○시를 대행한 것일 뿐, 자기의 책임과 계산으로 한 것이 아니므로, 이를 원고에 대한 부가가치세의 과세표준으로 삼을 수 없다.

2) ○○시가 원고에게 교부한 대행사업비는 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 소정의 ⁠‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금‘에 해당하므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.

3) 원고는 대행사업비의 지출과 관련하여 ○○시 명의로 하청업체 등으로부터 매입세금계산서를 수취한 부분에 관하여는 매입세액의 공제를 받지 못하였는바, 해당 대행사업비에 대한 매출세액을 원고로부터 징수하는 것은 부당하다.

4) 설령 원고가 ○○시로부터 수령한 대행사업비를 원고에 대한 부가가치세 과세표준에 산입하여야 한다 하더라도, 원고가 이를 부가가치세 과세대상이 아니라고 오인한 데에는 정당한 사유가 존재하므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 위 가.의 1) 주장에 관한 판단

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제48조 제1항 및 부가가치세법 제29조 제1항, 제3항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다.

나) 이 사건에서 보건대, 앞의 1.에서 인정한 사실과 을 제4, 5호증의 각 기재 및변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 사정들, 즉 ① 원고는 ○○시로부터 이 사건 각 시설에 대한 관리․운영 업무 일체를 위탁받았고, 이 사건 각 시설의 관리․운영에 대한 일체의 책임을 원고가 부담하기로 약정한 점, ② 원고는 이 사건 각 위탁계약과 관련하여 분기마다 ○○시로부터 인건비, 전기, 수도요금, 소모품 등의 경비, 하청업체외주비용 등으로 구성된 대행사업비를 총액으로 지급받고, 이와 별도로 위탁수수료를 지급받았으며, 직접 인력을 채용하고 외주 용역계약을 체결하여 위와 같이 총액으로 지급받은 대행사업비를 위 인건비, 외주용역비 등에 사용하는 방식으로 이 사건 각 시설의 관리․운영 업무를 수행하여 온 점, ③ 원고는 2011 사업연도부터 이 사건 각 위탁계약에 따라 ○○시로부터 수령하는 대행사업비와 위탁수수료 전체를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하고 있고, 피고에게 법인세 신고를 함에 있어서도 대행사업비와 위탁수수료 전액을 수입금액으로 신고한 점, ④ 원고는 ○○종합운동장 및 국민체육센터, ○○ 체육시설(야구장, 축구장), ○○시 종합공설장시시설인 ○○공원의 관리․운영과 관련한 하청업체 외주비용에 관하여 해당 하청업체로부터 원고를 공급받는 자로 하여 매입세금계산서를 수취하였을 뿐 이에 상응하는 대행사업비에 대한 매출세금계산서를 ○○시에 발급한 바 없는바, 위 외주비용에 해당하는 대행사업비를 부가가치세 과세표준에서 제외하면 이 부분과 관련하여 매입만 존재하고 매출이 누락되는 결과를 야기하는 점[○○시가 공급받는 자로서 직접 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 제외되었다(앞의 1.의 다.)], ⑤ ○○시는 이 사건 각 시설의 관리․운영과 관련한 일체의 업무를 도급하는 자의 지위에서 수급인의 업무를 감독할 수 있고, 관리․운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비(이 사건에서는 대행사업비) 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것이므로, 원고가 ⁠‘○○시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 ○○시에 반환함으로써 당초 약정한 위탁수수료만 취득하였다’고 하여, 원고가 위 대행사업비의 지출에 관하여는 단순히 ○○시를 대행하는 지위에 있었다고 단정하기 어려운 점, ⑥ 이 사건 각 시설에 대한 이용료는 이 사건 각 시설의 이용자들로부터 그 이용에 대한 대가로 지급받는 ○○시의 ⁠‘수입’ 또는 ⁠‘매출’로서, 이는 ○○시가 그 관리․운영을 위하여 지출하는 원고에 대한 용역대금 등의 ⁠‘비용’ 내지 ⁠‘매입’에 대응하는 것일 뿐, 위와 같은 이용료의 귀속이 이 사건 용역에 대한 대가의 범위를 결정하는 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 위탁계약에 따른 대행사업비는 ○○시에 공급한 이 사건 용역의 수행과정에서 원고의 계산으로 지출한 것으로, 대행사업비와 위탁수수료 전체가 이 사건 용역의 대가로서 구 부가가치세법 제13조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항 및 부가가치세법 제29조 제1항, 제3항이 정하는 ⁠‘재화또는 용역을 공급받는 자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것’에 해당한다고 봄이 상당하다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

2) 가.의 2) 주장에 관한 판단

구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제10항 및부가가치세법 제29조 제5항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외하는 공공보조금은 ⁠‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는’ 공공보조금이어야 하는바,원고가 ○○시로부터 받은 대행사업비가 공공보조금에 해당한다고 할지라도, 위 대행사업비는 원고가 ○○시에게 위탁사업계약에 따른 용역을 제공하고 ○○시로부터 그에 대한 직접적인 대가로 지급받은 것이므로 위 각 규정에 따라 ⁠‘부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는’ 공공보조금으로 볼 수 없다. 이 부분 원고의 주장 역시 이유 없다.

3) 가.의 3) 주장에 관한 판단

살피건대, 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고가 ○○시로부터 2009년부터 2013년까지 교부받은 대행사업비 합계 293억 원 중 그 지출과 관련하여 ○○시 명의로 매입세금계산서를 수취한 16억 원에 관하여는 이를 공급가액에서 차감하여 세액을 산정한 사실은 앞의 1.의 다.에서 인정한 바와 같고, 달리 원고가 해당 비용의 지출과 관련하여 매입세액의 공제를 받아야 한다고 볼 근거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4) 가.의 4) 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실을 고려하지 않고,법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는바(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결, 대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두12986 판결 등 참조), 원고가 주장하는 사유는 법령의 부지나 착오에 불과하므로 원고가 부가가치세 신고․납부의무를 위반한 데 대하여 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2016. 12. 21. 선고 수원지방법원 2016구합64471 판결 | 국세법령정보시스템