요지

각 세법에서 사업자등록과 고유번호를 구별하고 있으며 고유번호증을 교부받은 것만으로는 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없고, 고유번호증이 법인세법 제111조 제4항에 따라 주주등의 명세서 등을 첨부하여 법인설립신고를 한 것으로도 볼 수 없으므로 등록전 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 7. 8. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분 중 2010년 제1기 부가가치세 0,000,000원, 2010년 제2기 부가가치세 0,000,000원, 2011년 제1기 부가가치세 0,000,000원, 2011년 제2기 부가가치세 0,000,000원, 2012년 제1기 부가가치세 0,000,000원, 2012년 제2기 부가가치세 0,000,000원, 2013년 제1기 부가가치세 0,000,000원, 2013년 제2기 부가가치세 0,000,000원 2014년 제1기 부가가치세 0,000,000원, 2014년 제2기 부가가치세 0,000,000원에 해당하는 각 부분의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 ○○구 ○○대로 000 소재 ○○오피스텔(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)의 관리․운영을 위하여 설립된 법인격 없는 사단이고 2006. 8. 5. 피고로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인의 고유번호증을 교부받았으며, 2015. 8.20. 사업의 종류를 업태 운수업, 종목 주차장 운영업으로 하여 부가가치세법상 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지 사이에 주차료 수입, 창고사용 관리비 등 수익사업의 수입이 발생하였으나 이에 관한 부가가치세 등의 신고를 누락하였고, 피고는 원고에 대한 세무조사를 거쳐서 2015. 7. 8. 별지 1 목록 기재와 같이 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세(각 가산세 포함)를 결정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2015. 8. 10. 국세청에 심사청구를 하였으나, 국세청은 2015. 11. 24. 위심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 9호증, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2호증의2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

법인세법 제111조 제4항, 법인세법 시행령 제154조 제3항에 비추어 볼 때 피고가 원고에게 부여한 고유번호는 사업자등록과 동일한 효력이 있으므로 관련 매입세액을 사업자등록 전 매입세액이라고 보아 공제하지 않는 것은 위법하다.

또한, 피고는 이 사건 처분시 수익사업과 직접 관련된 도급관리비에 대한 매입세액(이하 ⁠‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 전혀 공제하지 않았으나, 원고는 고유목적사업과 수익사업을 겸하고 있기 때문에 구분이 불분명한 공통매입세액 중 수익사업(주차관리및 창고임대)와 관련된 매입세액은 안분계산하여 00,000,000원을 공제하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판 단

부가가치세법 제39조 제1항 제8호는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 한편 법인세법 시행령 제154조 제3항은 ⁠‘국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 아니하는 법인에 대하여는 고유번호를 부여하여야 한다’고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제8조 제1항은 ⁠‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게사업자등록을 신청하여야 한다’고 규정하면서 그 시행령 제12조 제2항에서 ⁠‘관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 등 법 제54조 제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다’고 규정하여 사업자등록과 고유번호를 구별하고 있는바, 원천징수의무나 협력의무의 이행을 위한 고유번호를 사업자로서의 사업자등록이라고 볼 수는 없다.

따라서 원고가 고유번호증을 교부받은 것만으로는 부가가치세법 제8조에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 고유번호증을 교부받은 기간 중에 발생한 매입세액은 위 조항 소정의 ⁠‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다 할 것이다.

원고는 피고가 원고에게 부여한 고유번호가 사업자등록과 동일한 효력을 가지는 근거로서 법인세법 제111조 제4항 등을 들고 있으나, 법인세법 제111조 제4항은 ⁠‘제109조에 따른 법인 설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다’고 규정하고, 같은 법 제109조 제1항 전단은 ⁠‘내국법인은 그 설립등기일부터 2개월 이내에 각호의 사항을 적은 법인 설립신고서에 대통령령으로 정하는 주주등의 명세서와 사업자등록 서류 등을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다’고 규정하고 있는바, 원고가 위 규정에 따라 주주등의 명세서 등을 첨부하여 법인 설립신고를 하였다는 점에 관한 아무런 주장, 입증이 없는 이 사건에서 원고의 고유번호증 교부를 위한 신청을 가리켜 위 조항 소정의 법인 설립신고와 동일한 것으로 보아 사업자등록신청을 한 것으로 볼 수는 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2016. 07. 07. 선고 서울행정법원 2016구합1745 판결 | 국세법령정보시스템