요지

양도계약 내용 위반에 대한 손해배상을 위해 포기한 양도금액은 별도의 법률관계에 의해 손해배상조로 지급된 금원이므로 양도가액 경정 사유에 해당하지 않음

판결내용

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

상세내용

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2015. 7. 16. AAA 주식회사(이하 ⁠‘매수인’이라 한다)와 사이에 원고들이 보유하고 있는 주식회사 BBB(이하 ⁠‘대상회사’라 한다)의 발행주식 160,000주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다) XX 원에 매도하기로 하되, 원고들은 매수인의 주주인 CCC 사모투자전문회사(이하 ⁠‘투자회사’라 한다)에 후순위 출자금 XX억 원(이하 원고들이 위 투자회사에 납입하기로 한 XX억 원을 ⁠‘후순위 출자금’이라 한다)을 납입하기로 하였고, 매수인은 원고들이 위 후순위 출자금을 납입하는 것을 조건으로 원고들에게 매수대금 XX억 원을 지급하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 매매계약 중 이 사건과 관련이 있는 부분의 내용은 아래와 같다.

제2조(매매주식의 매매)

2.2 매매대금. 매수인이 매도인에게 지급하는 매매주식에 대한 매매대금은 XX원으로 한다.

2.3 매매대금의 지급. 매수인은 거래종결일에 각 매도인에게 매매대금을 다음과 같이 지급한다.

(1) 매수인이 각 매도인에게 지급하는 매매대금은 다음과 같다.

(2) 매수인은 거래종결일에 위 각 매매대금을 각 매도인이 지정한 은행계좌로 입금하는 방법으로 지급하되, 거래종결일 및 그 익일에 ① 매수인의 주주에 대한 후순위출자금을 제외한 금액 상당액 및 ② 매수인의 주주에 대한 후순위출자금 상당액으로 나누어 지급할 수있다.

제4조(매도인의 확약 및 보증)

4.12 계약 등.

대상회사의 영업과 관련하여,

b. 대상회사가 제조하여 주식회사 DDD에 공급한 ○○○과 ●●●의 관련된 레시피(know-how 및 영업비밀 포함)는 모두 대상회사가 소유하고 있다.

c. 대상회사를 제조사로 하여 주식회사 DDD에 공급한 ○○○과 ●●●관련 제품은 포장을 제외하고 위탁 없이 모두 직접 생산하였다.

d. 주식회사 DDD는 대상회사가 공급하는 ○○○ 및 ●●● 제품군에 대

하여 제조업자를 대상회사 이외의 제3자로(주식회사 DDD 포함) 변경할 의향이나 계획 을 매도인이나 대상회사에 표시한 적이 없다.

제9조(손해배상)

9.2 매도인의 확약 및 보증 위반으로 인한 손해배상의무는 본 계약상 매도인의 확약 및 보

증이 허위이거나 부정확한 경우, 매도인은 그로 인해 매수인이 입은 손해를 배상해야 하며,

그 배상한도는 매매대금의 20%로 한정한다.

나. 매수인은 2016. 7. 24. 원고들에게 매수대금 중 720억 원을 먼저 지급하였고, 원고들은 지급받은 위 XX억 원 중 X억 원을 같은 날 유한회사 EEE(이하 ⁠‘EEE’이라한다)에 출자금으로 납입하였으며(위 출자금은 원고들이 납입하였으나, 원고들과의 양도담보계약에 따라 김EEE 등 5명을 포함하여 총 8명이 사원으로 등재되었다), EEE은 같은 날 투자회사에 후순위 출자금 X억 원을 납입하였다. 원고들이 이 사건 매매계약에서 약정한대로 투자회사에 대한 후순위 출자금 X억 원의 납입을 마친 이후 매수인은 원고들에게 2015. 7. 30. X억 원을, 2016. 7. 24. X억 원을 지급함으로써 이사건 매매계약에 따른 매수대금 XX억 원을 전액 원고들에게 지급하였다.

다. 원고 aaa, bbb은 2015. 8. 24.경 피고 □□□세무서장에게, 원고 ccc은 2015. 8. 24.경 피고 ■■■세무서장에게 각 이 사건 매매계약에 따른 주식의 양도에 대하여 양도소득세 및 증권거래세를 아래와 같이 신고‧납부하였다.

라. 매수인은 2017. 7. 7. 원고들을 상대로 이 사건 매매계약 중 ⁠‘○○○과 ●●● 관련 레시피 등을 모두 대상회사가 소유하고 있음을 확인하는 부분’에 관하여 원고들이 기망하였음을 이유로 이 사건 매매계약을 취소하고 매매대금 XX억 원의 반환을 구하는 소를 제기하였다(서울OO지방법원 20OO가합OO).

마. 원고들은 2017. 8. 11. 매수인, EEE, 투자회사의 무한책임사원인 주식회사 JJJ파트너스, FFF 주식회사(이하 주식회사 JJJ, FFF 주식회사를 합하여 ⁠‘무한책임사원들’이라 한다)와 사이에, ① EEE은 후순위 출자

금에 관한 일체의 권리를 무한책임사원들이 지정하는 자에게 무한책임사원들이 지정하는 방법으로 무상양도할 의무를 부담하고, 무한책임사원들은 EEE에 후순위 출자금에 관한 일체의 권리를 확약서 등을 제출하는 방법으로 포기할 것을 요구할 수 있으며,

② 원고들은 XX억 원을 출자하여 대상법인이 발행하는 신주를 인수하고 주식회사 OO에서 매입한 원료 재고 및 그로 인해 발생한 매입채무인 X원에 대한 마이너스 세금계산서 발행 등의 책임을 부담하며,

③ 합의서에서 정한 EEE과 원고들의 의무가 모두 이행되는 경우 매수인 및 매수인의 사채권자들 중 사채 권면금액 XX억 원 이상을 보유하고 있는 자들은 이 사건 매매계약과 관련하여 원고들에게 어떠한 책임도 제기할 수 없다는 내용의 합의서(이하 ⁠‘이 사건 합의서’라 한다)를 작성하였다.

바. EEE은 2017. 11. 6. 매수인에게 이 사건 합의서에서 정한 의무, 즉 후순위 출자금에 관한 일체의 권리를 포기하는 등 매수인이 요구하는 일체의 조치를 취할 것을 확약하는 취지의 확약서(이하 ⁠‘이 사건 확약서’라 한다)를 교부하였다. 한편, 매수인은 2017. 11. 17. 위 라항 기재 소를 취하하였다.

사. 원고 aaa, bbb은 2019. 10. 12. 피고 □□□세무서장에게, 원고 ccc은 같은 날 피고 ■■■세무서장에게 이 사건 합의서에 따라 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금 중 후순위 출자금인 XX억 원이 양도가액에서 차감되어야 한다는 이유로 별지1 기재와 같이 기 납부한 양도소득세 및 증권거래세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

아. 피고 □□□세무서장은 2020. 5. 11. 원고 aaa, bbb의 경정청구를 거부하는 처분을 하였고, 피고 ■■■세무서장은 2020. 5. 8. 원고 ccc의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 피고들의 각 거부처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 거부처분’이라 한다).

자. 원고들은 이에 불복하여 이의신청절차를 거쳐 2020. 12. 21. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 29. 원고들의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 15호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재,

변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

3. 원고들의 주장

가. 원고들은 매수인과 사이에 이 사건 합의서를 작성하고 이 사건 확약서를 통해 후순위 출자금에 관한 일체의 권리를 포기함으로써 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금이 XX억 원으로 감액되었거나 일부해제 되었다.

나. 위와 같은 대금감액의 합의 또는 일부해제는 국세기본법 제45조의2 제2항 및 국세기본법 시행령 제25조의2에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당한다.

다. 따라서 위와 같은 후발적 경정청구사유에도 불구하고 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 각 거부처분은 위법하다.

4. 판단

가. 관련 법리

1) 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고2010두7970 판결 등 참조). 나아가 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 5년 이내에 신고한 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있으므로, 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였더라도 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 되면, 당초의 신고는 정당한 과세표준 및 세액을 초과한 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도인은 대금감액을 이유로국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다. 한편, 후발적 경정청구기간(안 날로부터 3개월)을 경과한 경우라도 통상적 경정청구기간이 경과하지 아니하였다면, 납세의무자는 후발적 경정청구사유로 통상적 경정청구를 할 수 있다(대법원 2018. 6. 15. 선고 2015두36003 판결 등 참조).

2) 한편, 의사표시의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서 계약당사자 사이에 어떠한 계약 내용을 처분문서의 서면으로 작성한 경우에 서면에 사용된 문구에 구애받지는 아니하지만 어디까지나 당사자의 내심적 의사의 여하에 관계없이 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적 의미를 논리와 경험의 법칙에 따라 합리적으로 해석하여야 하며, 이 경우 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 그 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 문언대로의 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2014다1508 판결 등 참조).

나. 이 사건의 경우

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 합의서는 이 사건 매매계약상 ⁠‘매도인의 확약 및 보증’ 조항 위반에 따른 손해배상책임 등에 관한 합의로 봄이 상당하고, 손해배상의 일환으로서 EEE의 투자회사에 대한 후순위 출자금을 포기하기로 하는 것일 뿐 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 XX억 원에서 XX억 원으로 감액하기로 하는 합의로 평가할 수는

없고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 처분문서인 이 사건 합의서에는 앞서 본 것과 같이, ① EEE이 후순위 출자금에 관한 일체의 권리를 무상양도하거나 확약서 등을 제출하는 방법으로 포기할 것, ②원고들이 XX억 원을 출자하여 대상법인이 발행하는 신주를 인수하고 주식회사 GGG에서 매입한 원료 재고 및 그로 인해 발생한 매입채무인 XX원에 대한 마이너스 세금계산서 발행의 책임을 부담할 것, ③ 매수인 측은 EEE과 원고들의 의무가 모두 이행되는 경우 이 사건 매매계약과 관련하여 원고들에게 모든 민·형사상 법적책임을 확정적으로 면책하고 이에 관한 권리를 포기할 것 등을 정하고 있고, 이는 그 문언상 원고들의 손해배상책임 등에 관한 합의인 것으로 보인다.

2) 한편, 이 사건 합의서에는 매매대금 자체를 변경(감액)하는 취지로 볼 수 있는 문구는 등장하지 않고 이 사건 매매계약이 유효함을 전제로 매도인인 원고들이 향후 부담하는 의무 등에 관하여 규정하고 있는데, 이 사건 매매계약에서 ⁠‘매도인의 확약 및 보증’(제4조)과 ⁠‘손해배상’(제9조)에 관한 조항은 매매대금에 관한 조항(제2조)과 항을 달리하여 명확하게 구분되어 있으며, 이 사건 합의서에는 앞서 본 바와 같은 손해배상 책임 등의 이행으로 인해 매매대금이 어떻게 변경된다는 취지의 언급도 없으므로, 이 사건 합의서는 이 사건 매매계약의 다른 규정인 매매대금에 관한 규정에는 아무런 영향을 미치지 않는 것으로 보인다. 따라서 이 사건 합의서가 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금까지 변경(감액)하는 취지라고 해석하는 것은 이 사건 합의서의 문언에 어긋난다.

3) 이 사건 합의서가 작성된 경위, 즉 원고들이 대상회사가 보유하고 있음을 확약한 ⁠‘○○○과 ●●●’ 관련 레시피 등 영업비밀에 관하여, 주식회사 DDD는 이 사건 매매계약 체결 이후 위 레시피 등에 관한 권리가 자신에게 있다고 주장하며 2016. 6경부터 대상회사와의 거래를 전면 중단하고 화장품 제조를 주식회사 DDD의 자회사인 HHH에게 맡겼던 점, 이로 인해 대상회사의 매출액이 2015년에는 504억 원이었으나 2016년에는 104억 원으로 급감한 점, 매수인이 2017. 7. 7. 이 사건 매매계약의 취소를 원인으로 매매대금의 반환을 구하는 소를 제기한 점, 이 사건 매매계약의 ⁠‘매도인의 확약 및 보증’(제4조)과 ⁠‘손해배상’(제9조) 조항의 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 합의서는 이 사건 매매계약과 관련된 분쟁을 종결하고 관련 손해배상의 내용을 정리하는 합의로 평가하는 것이 거래의 객관적 성격 및 당사자의 진정한 의사에 부합하는 것으로 볼 수 있다. 다만 이 사건 매매계약의 손해배상에 관한 조항(제9조 9.2)에는 손해배상책임의 한도액이 매매대금의 20%(250억 원)로 제한되어 있어 이 사건 합의서에서 손해배상책임의 이행방법으로 정한 총 금액이 위 한도액을 초과하는 것으로 볼 여지도 있지만, 당시 매수인은 이 사건 매매계약을 취소하고 매매대금 XX억 원 전액의 반환을 청구하고 있었던 점, 원고들이 XX억 원을 출자할 의무를 부담하게 되지만 동시에 대상법인이 발행하는 신주를 인수하게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 그러한 사정만으로는 위의 평가에 지장이 되지 않는다.

4) 원고들이 이 사건 합의서에 따라 실제로 이행한 내역을 보더라도 이는 매매대금의 감액에 따른 일부 매매대금의 반환으로 보기 어렵다. 이 사건 확약서에 따라 EEE이 후순위 출자금에 관한 권리를 확정적으로 포기하였다고 볼 수 있는지 여부는 별론으로 하더라도, 원고들은 매수인으로부터 이 사건 주식의 매매대금 합계 XX억 원을 전부 지급받았는데, 이 사건 확약서에 따라 EEE이 포기한 후순위 출자금에 관한 권리는 그 자금 출처가 이 사건 매매대금 중 일부일 뿐 EEE의 투자회사에 대한 출자행위라는 별개의 법률행위로 발생한 권리이므로, 그런 권리를 포기하였다고 하더라도 이를 두고 매매대금 자체의 반환이라고 보기는 어렵다. 달리 원고들이 위 매매대금 XX억 원 중 XX억 원을 매수인에게 반환하였거나 반환하기로 약정하였음을 인정할자료도 없다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, ⁠「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

■ 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유)

법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

끝.

출처 : 인천지방법원 2024. 01. 12. 선고 인천지방법원 2023구합51865 판결 | 국세법령정보시스템