요지

원고는 특수관계법인에 특허권을 양도하는 계약을 체결하고 장기간의 기술료를 수취한바, 쟁점소득의 실질은 계속ㆍ반복적인 특허권 임대소득에 해당하므로 기타소득이 아닌 사업소득으로 보는 것이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 별지 1 목록 기재 각 고지일에 원고에 대하여 한 같은 목록 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 주식회사 AA(이하 ⁠‘AA’이라 한다)의 대표자이다.

 나. 원고는 AA에 2008. 11. 25. 4건, 2009. 5. 20. 1건, 2017. 5. 2. 1건, 2020. 10. 16. 1건의 각 특허권을 양도하고 그 양도대가로 각 특허권 존속기간의 만료 연도까지 매년 해당 특허권에 의한 매출액의 5%를 지급받기로 하는 내용의 각 기술이전계약(특허매매)을 체결하였다(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 각 계약’이라 하고, 개별적으로는 ⁠‘2008년 계약’과 같이 지칭하며, 해당 특허권들을 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다).¹⁾

 다. 원고는 이 사건 특허권의 양도대가 명목으로 2008년부터 2020년까지 AA으로부터 약 55억 3,900만 원(그중 2016년부터 2020년까지는 약 21억 6,300만 원)을 지급받았고, 이를 ⁠‘기타소득’으로 보아 각 과세연도의 종합소득세를 신고·납부하였다.

 라. 서울지방국세청장은 2021. 7.~8.경 원고에 대하여 2016년부터 2020년까지 과세연도에 관한 개인제세통합조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하여, 이 사건 특허권의 양도대가 명목으로 지급받은 돈(이하 ⁠‘이 사건 쟁점소득’이라 한다)은 ⁠‘기타소득’이 아닌 ⁠‘사업소득’이고, 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

 마. 피고는 원고에 대하여 2021. 11. 1. 2016년부터 2020년까지 귀속 종합소득세 합계 672,850,310원, 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지 부가가치세 합계 295,504,680원을, 2021. 12. 13. 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 부가가치세 합계 129,449,580원을 각 부과하였다(상세내역은 별지 1 기재와 같다. 이하 각 ⁠‘이 사건 종합소득세 부과처분’, ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9호증, 을 제3, 4, 14호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

 가. 원고의 주장 요지

  1) 2015년 대전지방국세청장의 BB세무서장에 대한 종합감사 및 2017년 CC세무서장의 AA에 대한 법인세 사후검증 절차에서 이 사건 쟁점소득의 세법상 성격에 대한 조사가 이루어졌다. 그럼에도 서울지방국세청장이 다시 이 사건 세무조사를 실시하였으므로, 이 사건 처분은 중복세무조사에 기초한 것으로서 위법하다.

 2) 원고는 이 사건 특허권을 ⁠‘임대’한 것이 아니라 ⁠‘양도’하였고, 계속적, 반복적으로 그 행위를 하지도 않았으므로 이 사건 쟁점소득은 사업소득이 아니다. 그럼에도 원고가 무형재산권 임대업²⁾을 영위하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 모두 위법하다.

 3) 과세관청이 위 1)항과 같은 종합감사 및 사후검증 과정 등에서 원고 및 AA이 이 사건 쟁점소득을 기타소득으로 신고한 것에 아무런 조치를 취하지 않은 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 쟁점소득을 기타소득 및 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 본 것에 정당한 사유가 있으므로, 적어도 가산세를 부과할 수는 없다.

 나. 관계 법령

  별지 2 기재와 같다.³⁾

다. 이 사건 세무조사가 위법한 중복세무조사인지에 대한 판단

  1) 세무공무원은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없고, 다만 법령에서 정한 예외적인 경우에 한하여 재조사가 허용된다[구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항].

    세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조). 그런데 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).

  2) 앞서 든 증거들에다가 갑 제11호증, 을 제19, 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 대전지방국세청장이 2015. 8. 24.부터 2015. 9. 10.까지 원고의 납세지 관할 세무서인 BB세무서에 대해 감사대상기간을 2009년부터 2013년까지로 한 업무감사를 한 사실, CC세무서장이 2017. 6. 9.부터 2017. 8. 8.까지 AA의 2016 사업연도 법인세 신고내용에 대해 사후검증을 실시한 사실은 인정된다.

    그러나 앞서 든 증거들 및 이 법원의 BB세무서 및 CC세무서에 대한 각 과세정보제출명령 회신 결과에다가 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 세무조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

    ① 원고는 대전지방국세청장의 업무감사 당시 대전지방국세청장의 요구로 2008년 계약서, 2009년 계약서, 특허등록원부, AA이 위 각 계약에 따라 원고에게 지급한 양도대금 내역 등을 제출하며 그 양도대금이 기타소득임을 소명하였다고 주장한다.

      그러나 해당 종합감사기간의 감사결과보고서 등 내부 자료에 원고와 관련된 내용이 있다는 점이 확인되지 않고, 그 감사대상기간(2009년~2013년)도 이 사건 세무조사의 조사대상기간(2016년~2020년)과 중복되지 않는다. 원고가 위 업무감사기간에 대전지방국세청장에게 원고 주장과 같은 자료를 제출하였더라도, 이는 대전지방국세청장이 BB세무서의 업무처리 과정의 적법성·타당성 등을 감사하는 과정에서 단순히 신고내용 확인 등 사실관계를 확인하기 위해 그와 같은 자료를 제출받았을 가능성이 크다.

    ② CC세무서장은 AA의 2016 사업연도 법인세 신고내용에 대한 사후검증 과정에서 AA의 업무용자동차 관련 비용, 연구인력개발비 세액공제 적정 여부, 법인 신용카드 사적 사용 검토 및 타계정과목별 검토, 공사진행률 산정 적정 여부를 검토하였다.

      CC세무서장은 그 과정에서 AA 측으로부터 위 관련 자료를 제출받았을 뿐 이 사건 특허권 양도와 관련한 조사를 하지는 않았던 것으로 보인다.

 라. 이 사건 쟁점소득이 사업소득인지 등에 대한 판단

  1) 관련 법리

    국세기본법 제14조 제2항은 ⁠“세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”고 규정함으로써 실질과세의 원칙을 천명하고 있다.

    한편 소득세의 과세대상인 사업소득은 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속·반복적으로 행해지는 사회적 활동인 사업에서 발생하는 소득을 말한다. 어떠한 소득이 사업소득에 해당하는지 아니면 일시소득인 기타소득에 해당하는지는 그 소득이 발생한 납세의무자의 활동 내용, 기간, 횟수, 태양 그 밖에 활동 전후의 모든 사정을 고려하여 그것이 수익을 목적으로 하고 있는지, 계속성·반복성이 있는지 등을 사회통념에 따라 판단하여야 한다(대법원 2010. 9. 9. 선고 2010두8430 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등 참조). 또한 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3호, 제3조 제1호는 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있는데, 여기서 ⁠‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다(위 대법원 2010두8430 판결 등 참조).

  2) 구체적 판단

    앞서 든 증거들, 을 제1, 2, 5, 9 내지 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 특허권의 사용거래는 그 목적물의 특성상 인적 기반이나 물적 설비를 갖추지 않더라도 가능한 점, 그 밖에 이 사건 각 계약의 체결 경위나 내용, 이 사건 쟁점소득의 규모와 발생 기간 등까지 더하여 보면, 이 사건 쟁점소득은 기타소득이 아니라 무형재산권 임대업 영위에 따른 사업소득에 해당하고, 원고는 부가가치세 납세의무자인 사업자에 해당한다고 볼 수 있다. 결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    가) 원고는 이 사건 특허권 외에도 다수의 특허권을 보유하면서,⁴⁾ 이 사건 각 계약 체결 전후로 AA 외의 제3자에게 실시권을 설정해주었다. 구체적으로 원고는 ① 2011년 등록번호 제10-1111111호, 제10-2222222호, ② 2013년 등록번호 제10-3333333호, ③ 2016년 등록번호 제10-4444444호, 제10-5555555호, 제10-6666666호, 제10-7777777호, ④ 2019년 등록번호 제10-8888888호인 특허권에 관해 제3자에게 통상실시권을 설정해주었다. 원고는 2016년경 주식회사 DD에 위 제10-6666666호 특허권에 대한 통상실시권을 부여하면서 도급공사 공급가액의 5%를 대가로 지급받기로 하는 등(갑 제9호증의 3, 7면) 제3자로부터 통상실시권 설정의 대가를 지급받기로 약정해왔다.⁵⁾

    나) 원고는 위 실시권 설정 전후로 이 사건 각 계약을 체결하면서 이 사건 각 체결 이후 이 사건 특허권에 대한 양도대가 명목으로 매년 해당 특허권에 의한 매출액의 5%를 지급받기로 한 것과는 별도로, ⁠‘2008년 계약’ 시에는 AA이 위 계약 체결 전 위 계약대상 4건의 특허권을 2007. 12. 31.까지 사용한 것에 대한 대가인 경상기술료 명목으로 매출액 5% 상당인 4억 5000만 원⁶⁾을 지급받기로 하였고, ⁠‘2017년 계약’ 시에도 마찬가지로 위 계약대상 1건의 특허권에 대한 2016. 12. 31.까지의 경상기술료 명목으로 매출액 5% 상당인 9,200만 원을 지급받기로 하였다. 이는 원고가 이 사건 특허권 양도 전부터 AA에 해당 특허권의 사용권한을 부여하고 그 대가, 즉 사용료를 사후에 정산받은 것이라고 볼 수 있다.

    다) 원고는 위와 같이 다수의 특허권을 보유하면서 영리를 목적으로 AA 또는 제3자에게 특허권에 대한 사용권을 부여하여 왔고(해당 특허권에 의한 매출이 발생하지 않아, 원고가 실제 소득을 얻지 못하였다고 하더라도 이는 사후적 사정에 불과하다), 이 사건 각 계약은 그러한 과정에서 체결되었다. 비록 이 사건 각 계약이 특허권 양도의 형식으로 되어 있고 원고의 지분포기 또는 지분이전등록 등의 방식으로 AA에게 그 권리가 이전되었더라도, 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 쟁점소득은 특허권 양도의 대가라기보다는 사용료의 실질을 가지고 있는 것으로 볼 수 있다.

      ① 이 사건 각 계약은 이 사건 특허권의 양도대가를 해당 특허권 존속기간의 만료 연도까지 매년 해당 특허권에 의한 매출액의 5%로 정하고 있다. 객관적 가치 산정이 어려운 특허권의 특성을 고려하더라도 그 존속기간 내내 매출액의 일정 비율을 양도대가로 지급하도록 하는 것이 일반적이라고 보기는 어렵다.

      ② 원고와 AA은 이 사건 각 특허권 양도 시 각 특허권에 대한 객관적 가치평가를 거치지 않은 채 해당 특허권에 의한 매년 매출액의 5%를 양도대가로 산정하였다. 원고가 AA과의 사이에서 사후 정산한 이 사건 각 계약 체결 전 특허권의 사용료와 아무런 차이가 없다. 또한 2008년 계약상 4건의 특허권은 원고와 AA, 제3자가 공동 특허권자이고, 2017년 계약상 1건의 특허권은 원고와 AA이 공동특허권자임에도 이에 대한 고려 없이 일률적으로 각 매출액의 5%를 양도대가로 산정하였는데(원고는 AA이 공동특허권자로 형식적으로 등록되어 있을 뿐이라고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거도 없다), 이는 원고와 AA이 위 금액을 특허권의 정당한 소유권 이전에 대한 대가라기보다는 그 사용에 대한 대가로 인식하고 있었기 때문으로도 볼 수 있다.

      ③ 2008년 계약상 4건의 특허권은 원고와 AA, 제3자가 공동특허권자로 등록되어 있었는데, 원고는 위 계약 체결 이후 자신 명의의 지분포기등록을 하였다. 특허의 공유자가 지분을 포기하면 그 지분은 다른 공유자에게 각 지분의 비율로 귀속하므로(민법 제278조, 제267조), 위 지분포기등록으로 인하여 AA은 위 4건의 특허권에 대하여 원고의 공유지분 전부를 이전받지는 못하였다. 그럼에도 대산은 이에 대하여 이의를 제기하지 않았는데, 이는 원고와 AA이 이 사건 특허권의 이전 자체에는 별다른 관심을 두지 않았기 때문으로 볼 수 있다.

      ④ 원고는 2008. 9. 30.경 eee(형제자매)과 함께 AA의 지분 100%를 보유하게 된 직후 이 사건 각 계약을 체결하면서, AA이 원고의 사전 서면 동의 없이 제3자에게 이 사건 특허권을 제공하거나 양도할 수 없도록 하는 내용도 포함하였다. 즉 원고는 AA이 원고의 의사에 반하여 이 사건 특허권을 처분하기가 사실상 불가능해진 이후 이 사건 각 계약을 체결한 것인데, 앞서 본 바와 같이 특허권 사용료와 같은 금액을 받으면서 이를 특허권 양도로 한 것은 필요경비 공제 등의 관점에서 사업소득보다 기타소득이 유리하다고 판단한 것으로 보이기도 한다.

 마. 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는지에 대한 판단

  국세기본법 제48조 제1항 제2호는 ⁠‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.

  그런데 원고가 실질을 바탕으로 이 사건 쟁점소득의 성격에 대해 면밀히 검토하였다고 볼 만한 사정이 없고, 과세관청도 원고가 취한 이 사건 각 계약의 형식이나 외관으로 인하여 이 사건 쟁점소득의 성격이 쟁점이 아니었던 종전의 업무감사나 법인세 사후검증 과정에서 이를 지적하지 못하였다고 보이는 이상, 원고에게 가산세를 부과하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 2008년 계약상 각 특허권의 등록번호는 제10-0000000호, 제10-0000000호, 제10-0000000호, 제10-0000000호, 2009년 계약상 특허권의 등록번호는 제10-0000000호, 2017년 계약상 특허권의 등록번호는 제10-0000000호, 2020년 계약상 특허권의 등록번호는 제10-0000000호이다.

2) 무형재산권 임대업은 특허권, 상표권, 광물 탐사권 등의 무형 재산권을 보유하여 제3자에게 사용할 수 있는 권한을 부여하고 사용료를 받는 산업활동으로(한국표준산업분류 분류코드 76400), ⁠‘사업시설관리, 사업 지원 및 임대 서비스업’에 속한다.

3) 법령이 개정되었으나 개정 전후의 취지가 동일하거나, 이 사건과 관련된 부분이 개정되지 않은 경우에는 편의상 가장 최근의 것만을 기재한다. 이하 같다.

4) 피고는 원고가 약 90여개의 특허권을 가지고 있다고 주장하는데, 원고도 이를 특별히 다투고 있지는 않다.

5) 심사청구에 대한 국세심사위원회의 심의 과정에서 원고의 소명내용(갑 제7호증, 심사청구결정서 72, 73면)을 보면, 원고는 위 제10-6666666호 특허권 외의 다른 특허권에 대하여도 통상실시권 설정의 대가를 지급받기로 약정한 것으로 보인다.

6) 위 4건의 특허권 등록시점인 2005년경부터 2007년까지 AA의 손익계산서(을 제9호증)상 매출액인 89억 원의 5% 수준이다.

출처 : 서울행정법원 2024. 05. 31. 선고 서울행정법원 2022구합81957 판결 | 국세법령정보시스템