요지

(1심판결과 같음) 피합볍법인의 사업 전부를 승계한 경우 직전 4년간 연구비의 연평균발생액은 합병 사업연도의 개시일부터 종료일까지의 사업연도 월수로 나누어 계산하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2014. 3. 11. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세

742,714,243원의 경정청구거부처분 중 333,677,133원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같은 부분을 고쳐 쓰는 외에는

제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본

문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

가. 제1심판결 제6면 제10행의 ⁠“위법․무효이고”를 ⁠“위헌․위법한 것으로서 무효이 고”로 고쳐 쓴다.

나. 제1심판결 제9면 제3행부터 제17행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

“그러나 원고의 주장처럼 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우 합병법인의 ⁠‘해당

과세연도의 개월 수’를 ⁠‘합병 후 개월 수’로 보면, 예를 들어 이 사건에서 이 사건 승계

연구소 연구비에 한정하여 보면, 피합병법인이 합병 전(2010. 1. 1.부터 2010. 6. 30.까

지) 이 사건 승계연구소 연구비로 ⁠‘0원’을 지출하고, 합병 후(2010. 7. 1.부터 2010. 12.

31.까지)에 원고가 이 사건 승계연구소 연구비로 피합병법인의 직전 4년간 연구비의

연평균발생액 2,045,185,561원과 동일한 금액을 지출한 경우에도 이 사건 승계연구소 에서 합병 이후 발생한 위 연구비에서 피합병법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생

액의 6/12를 공제한 금액의 40/100에 해당하는 금액을 세액공제 해주어야 하는 불합리 가 발생할 수도 있는 점(합병이 없었을 경우 2010년 1년간 지출된 총 연구비가 피합병

법인의 직전 4년간 연구비의 연평균발생액과 동일하여 그 증가분이 없으므로 이 사건

승계연구소와 관련하여 세액공제되는 금액이 없었을 것인데, 합병이 있었다는 이유만 으로 세액공제되는 금액이 발생하는 부당한 결과가 도출된다. 이러한 결과는 연구비가

과거 평균 발생액보다 증가하였을 경우 그 증가분에 대하여 세액공제가 이루어지도록

함으로써 기업의 연구개발을 장려하는 구 조세특례제한법 제10조의 취지에 반하는 것 으로 보인다) 등에 비추어 보면, 이와 같이 사업연도 중간에 합병이 이루어진 경우와

합병이 없는 경우에 세액공제를 받을 수 있는 연구비 총액이 달라지는 것은 합병 여부 및 합병 시기의 차이에 따른 결과이지, 이를 조세평등주의에 위배된 것이라 단정할 수

없다.

또한 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목은 ⁠‘해당 과세연도에 발생한 일반

연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력

개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의

경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액’을 세액공제액으로 규정하고 있고, 구 조세특례

제한법이 정한 위 ⁠‘해당 과세연도’는 ⁠‘세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도’를 의미

하는 것이 명백하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항의 ⁠‘해당 과세연도의 개

월수’도 ⁠‘합병 후 개월 수’가 아닌 ⁠‘세액공제를 받으려는 자의 해당 과세연도의 개월

수’로 보는 것이 오히려 구 조세특례제한법의 위임취지에 부합하는 것으로 보인다. 따 라서 원고의 ② 주장도 받아들일 수 없다.“

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이

하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.

출처 : 대전고등법원 2016. 09. 01. 선고 대전고등법원 2016누11146 판결 | 국세법령정보시스템