요지

구 종부세법 시행령 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항과 제2항이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 종부세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

 1. 원고의 청구를 기각한다.

 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

 △△세무서장이 202x. x. xx. 원고에게 한 202x년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 x,xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 각 취소한다¹⁾

이 유

 1. 처분의 경위

  가. 원고는 건설산업기본법 제54조에 따라 설립되어 조합원에게 필요한 보증과 자금의 융자, 공제사업 등을 영위하고 있는 법인이다.

  나. 원고는 202x년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 202x. 6. 1. 기준으로 종합합산과세대상 토지 5건 및 별도합산과세대상 토지 47건(이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 보유하고 있었다.

  다. 피고는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 구 종합부동산세법 시행령(2022. 8. 2. 대통령령 제32831호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항, 제2항(이하 '이 사건 시행령 조항'이라 한다)에 따라 x,xxx,xxx,xxx원으로 산정한 후 202x. x. xx. 원고에게 202x년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원 합계 x,xxx,xxx,xxx원을 결정․고지하였다(이하 합하여 '이 사건 처분'이라 한다).

  라. 원고는 이에 불복하여 202x. x. 11. 이의신청을 하였으나 △△세무서장은 202x. 4. 7. 원고의 이의신청을 기각하였다. 원고가 202x. x. 12. 재차 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 202x. x. 10. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

   종합부동산세와 재산세는 모두 보유세로서 동일한 부동산에 대하여 부과되는 것이므로 이중과세가 문제된다. 이러한 종합부동산세와 재산세의 이중과세 문제를 해결하기 위하여 종합부동산세법 제9조 제3항과 제14조 제3항, 제6항은 기납부한 재산세를 공제하도록 규정하면서, 같은 법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서 공제 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있다. 그 위임에 따라 이 사건 시행령 조항은 공제되는 재산세액을 산정하기 위한 계산식을 규정하고 있다. 그런데 이 사건 시행령 조항에 따른 계산식 중 분자 부분은 ⁠“(주택 등의 공시가격을 합산한 금액 – 종합부동산세 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율”인데, 이러한 산식에 의하면 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 세액만을 공제하고 나머지 세액은 공제하지 않게 되는바, 위 계산식을 규정한 이 사건 시행령 조항은 기납부한 재산세를 공제하도록 정한 모법의 위임 범위와 한계를 벗어나 이중과세금지 원칙에 위반되는 것이어서 효력이 없다. 따라서 이 사건 시행령 조항에 따른 종합부동산세가 적법하다는 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 종합부동산세에서 공제되는 재산세를 계산하는 산식은 대법원 2015. 6. 23. 선고2012두2986 판결의 법리와 같이 ⁠“(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × ⁠(재산세와종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율)”이 되어야 하고 그에 따라 재계산하면 202x년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원, 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원 합계 x,xxx,xxx,xxx원이 되므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

 나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 이 사건 시행령 조항의 내용

    구 종합부동산세법(2022. 9. 15. 법률 제18977호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 의하면, 주택과 종합합산과세대상인 토지(이하 위 주택과 토지를 함께 가리킬 때에는 '주택 등'이라 한다)에 대한 종합부동산세액은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산정하고, 같은 법 제9조 제4항, 제14조 제7항으로 주택 등의 종합부동산세액을 계산할 때 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임하고 있다. 그 위임에 따른 이 사건 시행령 조항, 즉 ❶ 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항에 의하면, 주택분 종합부동산세액에서 공제하는 ⁠‘주택분 과세표준 금액에 대한 주택 등의 재산세로 부과된 세액’은 ⁠‘주택의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택의 공시가격을 합산한 금액 – 종합부동산세 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율× 재산세 표준세율} ÷ 주택을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세상당액’이고, ❷ 구 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항, 제2항에 의하면 토지분 종합합산세액에서 공제하는 ⁠‘토지분의 재산세로 부과된 세액’은 ⁠‘토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(토지의 공시가격을 합산한 금액 – 종합부동산세 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율} ÷ 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 계산식(이하 ❶ 과 ❷ 를 합하여 ⁠‘이 사건 계산식’이라 한다)에 따라 산정한 금액’으로 한다.

   2) 이 사건 시행령 조항의 개정 경위

    가) 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다. 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법에서부터는 공시가격을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하되, 위와 같은 과세표준에 세율뿐만 아니라 연도별 적용비율도 곱하여 세액을 산출하도록 하였다. 다만 종합부동산세법은 제정 당시부터 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 왔고, 이와 관련하여 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에서는 공제되는 재산세액을 ⁠‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다.

    나) 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항, 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4는 2021년 납세의무가 성립하는 종합부동산세의 경우 주택과 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 95로(제1항 제3호), 별도합산과세대상인 토지의 원칙적인 공정시장가액비율도 100분의 95(제2항 제3호)로 각 정하고 있다. 또한 구 지방세법(2023. 3.14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법시행령(2022. 6. 30. 대통령령 제32747호로 개정되기 전의 것) 제109조는 토지의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각 정하고 있다.

    다) 위와 같이 공정시장가액비율 제도가 도입되면서 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에서는 공제되는 재산세액의 계산을 ⁠‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 계산식(이하 ⁠‘종전 계산식’이라 한다)에 의하도록 하였으나, 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 ⁠‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × ⁠[(주택 등의 공시가격을 합산한 금액 – 종합부동산세 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율] ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 사건 계산식에 의하도록 규정하였다.

    라) 그 후 2021. 2. 17. 대통령령 제31447호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산식을 ⁠“(법 제8조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세의 과세표준 × 「지방세법 시행령」 제109조 제2호에 따른 공정시장가액비율)”로 개정하여, ⁠‘주택의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × ⁠[(주택의 공시가격을 합산한 금액 – 종합부동산세 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율] ÷ 주택을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’으로 규정하였다.

   3) 이 사건 시행령 조항의 효력

    가) 앞서 본 바와 같이 재산세와 종합부동산세의 과세표준 산정에 관하여 공정시장가액비율 제도가 도입되었고, 재산세와 종합부동산세에 각각 적용되는 공정시장가액비율이 반드시 일치하지는 아니하게 된 결과, 동일한 과세대상 재산이더라도 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역 중 일부에 대하여만 종합부동산세가 과세되고 그와 같이 종합부동산세가 과세되는 부분은 재산세와 중복하여 과세되는 부분과 그렇지 않은 부분으로 나뉘게 되었다. 이에 따라 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부에 의하여 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위가 달라지게 된다.

    나) 그런데 앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에서는 주택 등의 ⁠‘과세표준 금액에 대하여’ 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있을 뿐이고, 같은 법 제9조 제4항, 제14조 제7항에서는 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 이러한 구 종합부동산세법규정의 문언, 체계와 취지 등에 비추어 보면, 위와 같이 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부는 기본적으로 입법자에게 광범위한 입법형성의 자유가 주어진 영역이라고 할 것인데, 구 종합부동산세법은 이를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다.

    다) 그 위임에 따라 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 종전 계산식에 의하도록 규정하여, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되도록 하였다. 이에 의하면 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분은 고려할 필요가 없으므로(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등 참조), 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 전액이 공제되는 결과에 이르게 된다.

    라) 반면 그 후 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 개정하였고, 재차 2021. 2. 17. 주택분에서 공제되는 재산세액 계산을 개정하여 주택 등에 관해 이 사건 계산식에 의하도록 규정하였는데, 이에 의하면 개정 전(종전 계산식)과는 달리 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 중 일부만이 공제되는 결과에 이르게 되나, 이는 입법자가 구 종합부동산세법 제9조 제4항, 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 하였기 때문이다. 따라서 이 사건 시행령 조항이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 모법인 구 종합부동산세법 제9조 제4항, 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다(대법원 2023. 8. 31. 선고 2019두39796 판결 참조).

   4) 소결론

    따라서 이 사건 시행령 조항은 모법의 위임 범위와 한계를 준수한 것으로 적법·유효하므로, 위 조항에 근거하여 이루어진 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 소장 청구취지로 ⁠“△△세무서장이 202x. x. xx. 원고에게 한 202x년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원 합계 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.”라고 기재하였으나, 갑 제3, 4호증의 각 기재 및 소장 청구원인 제3의 다항 부분 기재에 의하면 위 기재 금액은 피고의 각 부과처분과 원고가 산정한 정당세액의 차액이고 피고의 각 부과처분의 일부 취소를 구하는 것이 명백하므로, 일부 취소의 청구취지 형식에 맞게 이를 수정하여 기재한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 01. 26. 선고 서울행정법원2023구합50875 판결 | 국세법령정보시스템