취득세등부과처분취소

 ⁠[대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두43097 판결]

【판시사항】

농업협동조합이 부동산을 ⁠‘고유업무에 직접 사용’함의 의미 및 구 지방세특례제한법 제14조 제3항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 같은 법 제94조에 따른 추징사유의 존부를 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단해야 하는지 여부(원칙적 적극)

【참조조문】

구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제14조 제3항, 제94조(현행 제178조 참조)

【전문】

【원고, 피상고인】

장호원농업협동조합 ⁠(소송대리인 법무법인 화평 담당변호사 이현성 외 1인)

【피고, 상고인】

이천시장

【원심판결】

서울고법 2014. 10. 1. 선고 2014누53904 판결

【주 문】

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】

상고이유를 판단한다. 
1.  구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되어 2012. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 ⁠‘지특법’이라 한다) 제14조 제3항, 제94조는 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다) 등이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하되(이하 ⁠‘이 사건 면제조항’이라 한다), 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징한다(이하 ⁠‘이 사건 추징조항’이라 한다)고 규정하고 있다.
 
2.  원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 지역농업협동조합인 원고가 미곡종합처리장의 용도로 사용하기 위하여 이 사건 각 건물을 신축하여 2011. 1. 24. 사용승인을 받고 그에 따른 취득세 등을 면제받은 후 그때부터 2년 이내인 2011. 12. 31. 이 사건 각 건물을 조합공동사업법인인 이천남부농협쌀조합공동사업법인(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)에 현물출자한 사실, 이에 피고는 ⁠‘원고가 이 사건 각 건물의 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다’고 보아 면제된 취득세 등을 추징하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
그런 다음 원심은, 이 사건 면제조항과 추징조항의 입법 취지, 조합공동사업법인의 목적과 사업 범위, 설립 요건, 회원의 자격 등 농업협동조합법상의 지위, 이 사건 법인은 원고와 2개의 지역농업협동조합이 공동으로 추진해 온 미곡종합처리장 운영 등 양곡경제사업 및 이와 관련된 인적·물적 조직을 통합·승계하기 위하여 설립된 점, 이 사건 각 건물은 이 사건 법인에 출자된 이후에도 그 회원인 원고 등 지역농업협동조합들을 위한 미곡종합처리장으로 계속 사용되고 있는 점, 이 사건 법인에게도 이 사건 면제조항이 적용되어 이 사건 각 건물의 취득에 대하여 취득세가 면제되는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 고유업무를 수행하기 위하여 이 사건 법인에 현물출자한 이 사건 각 건물을 원래의 목적대로 계속 사용하고 있는 이상 이 사건 추징조항에서 정한 ⁠‘사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
 
3.  그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다. 
가.  이 사건 면제조항과 추징조항의 문언과 입법 취지, 이 사건 면제조항과 추징조항은 농업협동조합 등 공익적 업무를 수행하는 특정한 법인들을 대상으로 하여 해당 법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 하면서도 임대용 부동산을 면제대상에서 제외하는 등 그 사용방법을 제한하고 있고 아울러 매각·증여와 같이 유상 또는 무상으로 소유권이 이전된 경우를 추징사유의 하나로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 농업협동조합이 어느 부동산을 ⁠‘고유업무에 직접 사용’한다고 함은 농업협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 농업협동조합의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다. 그리고 이 사건 면제조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 이 사건 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 한다.
 
나.  원심이 인정한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 각 건물을 이 사건 법인에 현물출자하여 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 이 사건 각 건물이 원고의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 원고가 이 사건 각 건물을 그 사용일부터 2년 이내에 현물출자한 이상 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하고, 이 사건 법인이 이 사건 면제조항에서 정한 취득세 면제대상 법인에 해당한다거나 이 사건 각 건물이 이 사건 법인에 현물출자된 이후에도 미곡종합처리장의 용도로 사용되고 있다고 하여 달리 보기는 어렵다.
 
다.  그런데도 원심은 이와 달리, 이 사건 각 건물에 대하여 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하지 아니하였다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 추징조항의 해석·적용에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 
4.  그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권순일(재판장) 민일영 박보영(주심) 김신

출처 : 대법원 2015. 03. 26. 선고 2014두43097 판결 | 사법정보공개포털 판례