양도소득세 경정거부처분 취소

 ⁠[대법원 2013. 1. 31. 선고 2012두8588 판결]

【판시사항】

구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항,
제40조 제1항이 정한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 ⁠‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식의 ⁠‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’(=취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가) 및 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 직전연도의 기준시가를 적용하여야 하는지 여부(소극)

【판결요지】

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항,
제4항,
구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항,
제40조 제1항,
구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 ⁠(나)목,
소득세법 시행령 제164조 제3항 규정의 내용을 바탕으로,
구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항,
제40조 제1항에서 말하는 ⁠‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식 ⁠‘양도소득금액 × ⁠(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / ⁠(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ ⁠(이하 ⁠‘이 사건 산식’이라 한다)는 전체 양도소득금액을 ⁠‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ⁠‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득일과 양도일 및 취득일로부터 5년이 되는 날의 각 기준시가는 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직한 점,
소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 취득일로부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식의 ⁠‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’는 취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하고, 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 기준시가를 적용할 것은 아니다.

【참조조문】

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항,
제4항,
구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항,
제99조의3 제2항,
구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 ⁠(나)목,
소득세법 시행령 제164조 제3항

【전문】

【원고, 상고인】

【피고, 피상고인】

역삼세무서장

【원심판결】

서울고법 2012. 3. 21. 선고 2011누34193 판결

【주 문】

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】

직권으로 판단한다.
구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관하여 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 위에서 말하는 ⁠‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식으로 ⁠‘양도소득금액 × ⁠(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / ⁠(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ ⁠(이하 ⁠‘이 사건 산식’이라 한다)라고 규정하고 있다.
한편 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항은 ⁠“ 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 ⁠(가)목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.”고 규정하면서, 그 제1호 ⁠(나)목에서 ⁠‘건물’에 관하여는 ⁠‘건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액’을 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 ⁠“ 법 제99조 제1항 제1호 ⁠(가)목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.”고 규정하고 있다.
위 각 법령규정의 내용을 바탕으로, 이 사건 산식은 전체 양도소득금액을 ⁠‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ⁠‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득일과 양도일 및 취득일로부터 5년이 되는 날의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 취득일로부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서의 ⁠‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’는 취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하고, 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 기준시가를 적용할 것은 아니다.
원심은, 그 채택 증거들에 의하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감할 양도소득금액은 신축주택 취득일부터 일정 기간에 실제로 발생한 양도소득금액이 아니라 법령에서 정한 신축주택 취득 당시 또는 양도 당시 기준시가 등 특정한 시점의 기준시가를 요소로 하는 산식에 따라 계산된 금액으로 의제하고 있어 기간이나 기한에 대한 민법 제161조, 국세기본법 제5조의 규정이 기준시가를 정하는데 적용될 여지가 없다고 전제한 후, 이 사건 산식에서 ⁠‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’도 ⁠‘신축주택을 취득한 날부터 5년이 되는 특정한 시점의 기준시가’를 의미하므로 이 사건 산식에는 이 사건 주택의 취득일로부터 5년이 되는 날인 2007. 4. 29. 유효한 2006년 기준시가를 적용하여야 하고 2007. 4. 30. 고시된 2007년 기준시가를 적용할 수 없다고 판단하였다.
그러나 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 주택의 취득일로부터 5년이 되는 날인 2007. 4. 29.에는 2007년 기준시가가 고시되지 않았으나 사후에 2007년 기준시가가 고시되어 있었으므로 이 사건 산식에는 2007년 기준시가를 적용하여야 한다. 그럼에도 원심은 이 사건 산식에 2006년 기준시가를 적용하여야 한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.
그러므로 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 신영철 김용덕 김소영(주심)

출처 : 대법원 2013. 01. 31. 선고 2012두8588 판결 | 사법정보공개포털 판례