요지

-임차한 토지에 본인부담으로 건물을 신축하고 임대인 명의로 보존등기한 것에 대하여 신축가액을 용역의 대가와 교환거래로 보아 부가가치세를 과세한 것은 적법함
-국세기본법령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않거나 과세전 적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우라면, 과세관청이 과세예고통지를 생략하고 과세처분을 하였다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건 2023구합24235 부가가치세부과처분취소

원 고 송OO

피 고 OO세무서장

변 론 종 결 2024. 5. 23.

판 결 선 고 2024. 7. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 7. 7. 원고에 대하여 한 2018년 제1기 귀속 부가가치세 000,000,000원부과처분을 취소한다.

이 유

 1. 처분의 경위

  가. 부동산 임대차계약의 체결

  (1) 원고는 ⁠‘OOOOO센타’라는 상호로 OO시 O구 OO동 OOO-OO 및 OOO-OO 토지3,553㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 함)에서 자동차 정비업을 영위하고 있다.

  (2) 원고는 2018. 1. 31. 주식회사 AA(이하 ⁠‘AA’라 함)와 이 사건 토지 및 그 위에 건축될 연면적 1,740,64㎡의 건물에 관하여 임대인 AA, 임차인 원고, 임대차기간2017. 2. 1.부터 2027. 1. 31까지, 임대차보증금 000,000,000원, 월세 00,000,000원으로하는 내용의 ⁠‘부동산 임대차계약’을 체결(이하 ⁠‘이 사건 임대차계약’이라 하고, 그에 관한 계약서를 ⁠‘이 사건 임대차계약서’라 함)하였고, 이 사건 임대차계약서 제5조에는 이 사건 토지 위에 신축될 건물에 관하여 다음과 같은 특약사항을 두고 있다.

제5조 건물에 대한 사항

   1) 당초 임대인은 나대지 상태로 임대하기로 하였으나 ⁠(월세 적용은 나대지를 기준 적용하여 정하였음), 임차인이 영업상 필요에 의하여 건물을 신축하여야 함에 따라, 건물은 임차인의 비용으로 설계 시공하고 소유권보존등기는 임대인 명의로 한다. 계약 종료 시 임차인은 건물을 철거하고 임대차목적물을 나대지 상태로 원상회복하여 임대인에게 반환하여야 한다. 단, 임대인이 원할 시 건물은 무상으로 임대인의 귀속으로 한다.

   2) 신축 건물의 건축주 명의 및 소유권보존등기는 임대인 명의로 하고, 비용 회계에 관한 사항은 협의해서 처리한다.

   3) 계약 종료 시 임차인은 임대인에게 건물에 대한 권리주장, 비용상환 청구, 유익비, 권리금, 이사비 등을 일체 주장하지 못한다.

  (3) 원고는 이 사건 임대차계약에서 정한 바에 따라 이 사건 토지 위에 연면적 1,740,64㎡의 지상 2층 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 함)을 신축한 다음, 2018. 3. 12.이 사건 건물에 관하여 AA 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

  나. 부가가치세의 부과 및 소송의 제기

  (1) OO지방국세청장은 2022년 AA에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 원고가 AA에게 ⁠‘건물’이라는 재화를 공급하고, 그 대가로 AA는 ⁠‘이 사건 토지의 임대’라는 용역을 공급하는 형태의 교환거래를 한 것으로 판단하였다.

  (2) OO지방국세청장은 2023. 1. 9. 피고에게 과세자료를 통보하였고, 이에 피고는2023. 7. 3. 원고에게 이 사건 건물의 설치가액 0,000,000,000원을 과세표준에 산입하여 2018년 제1기 귀속 부가가치세 000,000,000원을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라함)하였다.

  (3) 원고는 2023. 7. 12. 이 사건 처분에 대한 심사를 청구하였으나, 국세청장이2023. 10. 18. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하자 2023. 11. 24. 이 사건 소를 제기하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제3호증, 갑제5호증, 갑제6호증, 을제1호증, 을제2호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

  가. 원고의 주장

  (1) 이 사건 임대차계약을 교환거래로 보기 위해서는 ⁠‘이 사건 토지를 무상 또는 저가의 임료로 제공받고, 그 대가로 이 사건 건물을 계약기간 종료 후 무상으로 이전한다’는 요건이 충족되어야 하는데, 원고는 이 사건 토지와 관련하여서는 그에 대한 적정임대차보증금과 임료를 지급하였고, 이 사건 건물과 관련하여서는 AA에게 무상으로 그에 관한 소유권을 이전해 준 것이 아니라 임대차가 종료하면 이를 철거하기로 약정하였을 뿐이므로, 이 점에서 보면 이 사건 임대차계약은 교환거래에 해당한다고 할 수없다. 그런데 피고는 이 사건 임대차계약의 실질에 관하여 입증을 제대로 하지 않은채 이 사건 임대차계약이 교환거래에 해당한다고 판단한 다음 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

  (2) 피고는 이 사건 건물의 설치금액인 950,000,000원이 아닌 신축원가인 1,338,515,071원을 과세표준으로 하여 이 사건 처분을 함으로써 과세표준 산정의 오류를 범하였다.

  (3) 피고는 이 사건 처분에 앞서 원고에게 과세예고통지를 하여야 함에도 불구하고하지 않았는바, 이로 인하여 원고는 과세 전 적부심사의 기회를 갖지 못하는 등 불이익을 입게 되었다. 이는 중대한 절차적 하자에 해당하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

  (4) 이 사건 임대차계약에 따르면 이 사건 건물의 공급시기는 이 사건 임대차계약종료일이 포함된 2027년 제1기가 되어야 함에도 불구하고 2018년 제1기에 대하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 관계 법령
별지 기재와 같다.

  다. 이 사건 임대차계약이 교환거래에 해당하는지 여부에 대한 판단
살피건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 피고가 이 사건 임대차계약을 교환거래로 보아 원고에게 이 사건 건물의 공급에 대한 부가가치세를 부과한 것은 정당하다고 보아야 한다. 원고의 이 부분주장은 받아들이지 않는다.

  (1) 부가가치세법 제9조 제1항은 ⁠‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다’고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조제1항 제3호는 ⁠‘재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것’을 재화의 공급으로 보고 있다.

  (2) 이 사건 임대차계약은 임대차계약서 상으로는, 원고는 이 사건 토지 위에 자신의비용으로 건물을 신축하여 AA 명의로 그 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳐주되 임대차계약이 종료하면 그 건물을 철거해 주는 것으로 되어 있고, AA는 이 사건 토지와 그 지상에 신축될 건물을 임대차보증금과 월세를 지급받고 원고에게 임대해 주는것으로 되어 있다. 하지만 앞에서 본 바와 같이 이 사건 임대차계약 종료 시 AA가 원하기만 하면 원고가 신축한 건물이 무상으로 AA에게 귀속되기로 약정되어 있는 점 등을 종합하여 보면 이 사건 임대차계약의 실질은 원고가 AA에게 이 사건 건물이라는 재화를 무상으로 공급하고, AA는 그 대가로 원고에게 이 사건 토지 및 이 사건건물의 임대용역을 제공하는 것으로, 위 ⁠(1)항에서 적시한 법령에서 정하고 있는 교환계약에 해당한다고 함이 타당하다.

  (3) 원고는 ① 원고는 이 사건 임대차계약에 따라 AA에게 적정 액수의 임대차보증금과 임료를 지급하였으므로 이 사건 토지에 대한 임료는 무상 또는 저가라고 할 수 없고, ② 이 사건 건물은 임대차계약 종료 시 철거될 것이기에 비록 현재 AA 명의로소유권보존등기가 마쳐져 있으나 이것만으로 원고가 AA에게 이 사건 건물을 무상으로 이전해 주었다고 할 수는 없으므로, 이 사건 임대차계약의 실질을 교환거래로 판단하는 것은 부당하다는 취지로 주장한다. 살피건대, ① 이 사건 건물에 관한 등기사항전부증명서(을제2호증)의 기재에 의하면, AA는 이 사건 임대차계약이 체결되고 난 직후인 2018. 5. 2. 이 사건 건물에 관하여 채무자 AA, 근저당권자 주식회사 우리은행, 채권최고액 48억 원으로 된 근저당권을설정한 것을 비롯하여 2020. 7.경까지 AA를 채무자로 하는 6건의 근저당권을 추가로 설정하였다가, 2020. 12. 위와 같이 설정된 7건의 근저당권을 말소한 후 다시 7건의 근저당권을 설정한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 AA가 이 사건 건물을 소유권자로서 실제로 사용·수익하고 있다고 볼 수밖에 없는 점, ② 변경 임대차계약서(갑제2호증)의 기재에 의하면, 원고와 AA는 2023. 6. 30. 이 사건 임대차계약서의 내용을 변경하는 임대차계약을 체결한 사실, 그 계약에 따라 변경된 내용은 앞서 본 이 사건 임대차계약 제5조를 삭제하는 것인 사실을 인정할 수 있으나, 위 변경 임대차계약은 조세심판원이 AA의 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구에 대하여 기각결정을 내린 2023. 6. 28. 직후에 체결된 것이어서 이를 이 사건 임대차계약 체결 당시의 이사건 임대차계약의 실질을 판단하는 자료로 삼기는 어려운 점, ③ 이 사건 토지의 임료가 무상 또는 저가인지 여부는 교환거래의 성립요건이라고 할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

  라. 과세표준 산정 오류 여부에 대한 판단
살피건대, 원고가 작성한 이 사건 건물에 관한 계정별원장(갑제3호증)의 기재에 의하면, 이 사건 건물 신축을 위한 총비용은 0,000,000,000원인 사실이 인정되는 점, 건물을 신축하여 공급하고 그에 대한 무상사용권을 취득하는 경우 이는 금전 이외의 대가를 받은 경우에 해당하여 재화 또는 용역의 시가인 공사비 총액을 부가가치세의 과세표준으로 삼아야 하는 점(대법원 1991. 8. 27. 선고 90누9247 판결 참조) 등에 비추어 보면, 피고가 원고가 작성한 계정별원장에 기재된 건물 신축 총비용을 과세표준으로 삼은 것은 정당하다고 판단된다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

  마. 과세예고통지를 하지 않은 중대한 절차적 위법 여부에 대한 판단살피건대, 갑제4호증, 을제3호증, 을제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 피고가 이 사건 처분에 앞서 과세예고통지를 하지 않은 것이 위법하다고 보이지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

  (1) 국세기본법 제81조의15 제1항은 세무서장 또는 지방국세청장은 납부고지하려는세액이 100만 원 이상인 경우 등에 해당하는 경우 납세자에게 과세예고통지를 하여야한다고 정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한과세 전 적부심사를 청구할 수 있다고 정하고 있는 한편, 같은 조 제3항에서는 납세자가 과세 전 적부심사 청구를 할 수 없는 경우를 정하면서 제3호에서 ⁠‘과세예고통지를하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 이는 과세 전 적부심사를 거치지 않거나 그에 관한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있다는 의미로 봄이 타당하다.

  (2) 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세 전 적부심사 제도가 가지는 기능과 이를통해 권리구제가 가능한 범위, 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 과세관청이과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세 전 적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면 원칙적으로이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것이므로, 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하여 그 과세처분은 위법하다고 보아야 한다. 그러나 국세기본법령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지않거나 과세 전 적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우라면, 과세관청이 과세예고통지를 생략하고과세처분을 하였다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).

  (3) OO지방국세청장은 AA에 대한 법인통합조사 이후인 2023. 1. 9. 피고에게 원고에 의해 AA에게 공급된 이 사건 건물이 과세표준에서 누락되었다는 과세자료를 송부하였고, 이에 피고는 원고에게 과세자료에 대한 소명을 요구한 점, 원고는 2023. 1. 19. 피고에게 이 사건 건물의 공급에 관한 소명서를 제출하였는데, 이 소명서에는 이사건 임대차계약을 교환거래로 볼 수 없다는 의견만 기재되어 있을 뿐 피고가 이 사건건물의 공급과 관련한 과세 내용을 정할 수 있는 자료는 첨부되어 있지 않았던 점, 피고는 AA에 대한 부가가치세 부과처분과 원고에 대한 이 사건 처분을 함께 검토하였을 것으로 보이는데, 조세심판원의 AA의 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구에 대한 결정이 2023. 6. 28.에야 내려진 점, 피고는 2023. 7. 3. 비로소 원고로부터 과세표준의 근거자료인 계정별원장을 제출받은 점 등에 비추어 보면, 피고가 원고에 대한 2018년 제1기 귀속 부가가치세에 대한 국세부과 제척기간의 만료일인 2023. 7. 25.로부터 3개월 이전에 원고에 대한 과세부과 내용을 정하여 원고에게 과세예고통지를 하기 어려웠을 것으로 보인다. 사정이 이와 같다면, 이 사건 처분에 있어서는, 피고가 이사건 처분 이전에 원고에게 과세예고통지를 하지 않은 것이 위법하다고 볼 수는 없는 사정이 존재한다고 봄이 상당하다.

바. 이 사건 건물의 공급시기 오류 여부에 대한 판단

     살피건대, 부가가치세법 제15조 제1항 제2호에 의하면, 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 재화의 공급시기는 재화가 이용가능하게 되는 때인바, 앞서 본 바와 같이이 사건 건물은 신축되어 AA의 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌고 AA는 그 때부터 이 사건 건물을 담보로 제공하는 등으로 사용·수익해 왔으므로, 이 사건 건물이 AA에게 공급된 시기는 이 사건 건물이 신축되어 AA의 명의로 소유권보존등기가 마쳐진 2018년 제1기라고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

  사. 소결론
위에서 판단한 바와 같이 원고가 이 사건 처분이 위법하다며 내세우는 주장들은 모두 받아들일 수 없고, 나아가 앞서 든 증거들과 사정들을 종합하면 이 사건 처분은 적법하다고 인정된다.

 3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2024. 07. 11. 선고 부산지방법원 2023구합24235 판결 | 국세법령정보시스템